万历皇帝共有八个皇子，却没有一个是出自于正宫娘娘王皇后。按照中国古代宗法制中“有嫡立嫡，无嫡立长”的继承原则，皇长子朱常洛应该被立为太子，作为帝国的合法继承人。
可问题是，皇家历来有子凭母贵的传统。朱常洛的母亲本来是李太后（万历帝生母）宫中的宫女，生出这位皇长子完全是一场意外事故，并非真的得到了皇帝的宠爱。时间倒回万历九年（1581年）的某一天，万历皇帝像往常一样来到了慈圣太后的住处慈宁宫准备向李太后请安，不巧的是圣皇太后因事不在。慈宁宫的一名年轻貌美的小宫女王氏向少年皇帝献茶，万历皇帝一时冲动就宠幸了这个王氏宫女。万历皇帝的第一个皇子就以一种方式来到了世间，在德至上的明朝，这应该算是一件不光彩的事。
万历皇帝本来准备提上裤子就不认账的，哪里会料到欢娱过后还要负责任，因为王氏宫女为其播下了一个龙种。虽然他事后还想赖账，可专门记录皇帝吃喝拉撒睡的官员已经在《起居注》里留下了证据。
万历皇帝是个感情非常专一的人，他的心中只有一个郑贵妃，情比金坚。虽然王氏为其诞下龙种，可还是无法得到皇帝的感情。
在位长达将近半个世纪的万历皇帝，就像一个幽闭症患者，天天沉溺于后宫，差不多有三十年没有上朝问事。或与心爱的郑贵妃厮守缠绵，或与太监和宫女纵情玩乐。就连宫廷失火、帝国官吏缺失一半这样的大事，他都懒得去过问，关起宫门过自己的快乐生活。
文官与皇权之间的激烈冲突，更是让他心灰意冷。在他看来，那些帝国的官僚们总是和自己对着干，而且越干越有劲，自己提议或赞成的，他们一律反对，而大臣们坚持的，又是自己最头疼的。
为了能够将郑贵妃的儿子立为太子，万历皇帝与官员们展开了一场旷日持久的较量。这也为本朝埋下一个极为惨重的政治危机，最终导致帝国拖着沉重的病体滑向沉沦。
郑贵妃先后为皇家生过三个儿子，皇三子朱常洵和皇四子朱常治，其中皇二子少年早夭。
万历皇帝很不愿意将皇长子朱常洛立为太子，更何况孩子的母亲还是一位职位低下的宫女，他并不喜欢她。当然除了郑贵妃，他的感情世界已经容不下第三者。正因为这份感情的牵扯，在册立皇太子这样的国本问题上，万历皇帝为了心爱的女人，不惜与帝国的官僚集团撕破脸皮，不仅不册立太子，还私下允诺立郑贵妃的儿子为太子。
面对帝国上下的流言汹汹，万历皇帝丝毫不为所动，以皇长子年龄尚小为借口推托过去。
等到皇长子朱常洛年满5岁的时候，他的母亲王氏还没有受封，而刚刚诞下皇三子朱常洵的郑贵妃却要被封为皇贵妃。消息传来，就有一位给事中上疏提出异议：按照伦理和习惯，这种尊荣应该首先授予皇长子的母亲恭妃王氏，德妃郑氏仅为皇三子的母亲，却后来居上，实在是本末颠倒。
这一异议虽然引起万历的一时不快，但册封典礼仍按原计划进行。在子凭母贵的皇家后宫，这种身份上的强烈对比，传递给官员大臣的信号就是——万历皇帝随时会废长立幼。这给了本就喜欢寻找话题的言官们有了更多发挥的机会，一时之间，皇帝的意图与代表传统礼法的文官产生火花四溅的碰撞。
在所有的儒家经典和前朝旧制中，“无嫡立长”都是一个死理。在儒家信徒和大部分帝国文官儒臣的眼中，他们认的死理往往就是绝对的真理，谁反对都是错，就算是皇帝想要与真理抗拒也不行。
不遵循传统，就是不守三纲五常；不讲人性道德，就是对帝国政治局势的破坏。
帝国官员不能容忍自己的皇帝成为反人伦纲常的急先锋，更不能容忍他拿帝国的长治久安开玩笑。
帝国的言官们毫不避讳，说万历皇帝晋封郑德妃是为朱常洵立嗣创造条件，皇帝不应该专宠郑贵妃一人。按照传统习惯，皇帝应当先晋封产下皇长子朱常洛的生母恭妃王氏为皇贵妃，更有人直接喊出了“册立东宫”的口号。
面对帝国官员的指责，万历皇帝除了愤怒还是愤怒。他向官员们解释，“册封贵妃，初非为东宫起见，科臣奈何讪朕。”就是说册封贵妃与立储没有任何关系，朝臣不应该把这两件事联系起来指责他。
万历皇帝给出的解释，没有人能够听得进去。官员们虽然一直在拿“无嫡立长”的法则来掣肘皇帝，但是对于万历来说，他有自己的应对策略。他之所以在册立太子一事上久拖不决，正是处于自己利益的考虑。等到皇后去世，郑贵妃可以升为皇后，按照有嫡立嫡的法则，到那个时候，就可以名正言顺地立皇三子朱常洵为太子，兑现自己对郑贵妃爱的承诺。
君臣之间因为册立太子而斗得天昏地暗，太子是嗣君，是帝国未来的掌舵人，是国家命运之根本，因此这场旷日持久的君臣斗争就成了“国本之争”。
“国本之争”的时间跨度之长创造了帝国政治斗争的一项新记录，在帝国权力高层足足折腾了三十多年。从万历十四年（1586年）前后起直到万历四十八年（1620年）明光宗朱常洛继位止，这样一幕政治闹剧给明代后期的政治生活造成了极深远的影响。
随着时间的推移，国本之争的性质发生了根本性的变化。那些批评万历皇帝的朝臣们的思想动机开始变得复杂，“国本之争”成了挂羊头卖狗肉的政治游戏，逐渐沦为权力集团党争的工具。
万历二十二年（1594年），“正人”中的代表人物，去职的吏部郎中顾宪成在家乡无锡的东林书院聚众讲学，一些志同道合者如高攀龙、钱一本等人都参与其中，一时声名大噪，那些“抱道忤时”，“退处林野”的士大夫们都闻风而向附，以至于书院的学舍常常拥挤不堪。
一些有心结党博取利益的帝国官员，借着向万历皇帝发难的机会，以达到掣肘皇权，扩张权力地盘的目的。在这场“国本之争”中，东林党的崛起彻底改变了帝国的命运走向。
东林党发端于东林书院，东林书院从成立之初就打着学术的旗号，行政治之实。
其实它并非单纯的学术团体，而是一个有着政治目的的在野人士俱乐部，其人员构成主要是在野知识分子。
东林书院就像是一个权力信号的发射台，帝国官场的各种复杂关系和政治能量都会在这里交汇并发散出去，进而形成一个庞大而复杂的网络。随着影响力的增加，东林书院讲学大会的规模也越来越大。有时会多达千人以上。
走进东林书院的不光有在野人士，甚至连一些在职官员也会前来参加讲学活动。用东林书院创办者顾宪成的话说，“同志毕集，相与讲德伦学，雍容一堂”。官员的不断参与使得东林书院逐渐成为朝堂之外的权力集散地，低级别官员加入其中是为了形成抱团势力，寻找政治靠山；而那些高级别官员加入其中，则是为了能够形成对抗皇权与其他势力集团的党派。
明朝是一个道德至上的时代，而东林党从建立之初就将自己置于道德的制高点上。其成员以文人的道义气节为标榜，以天下君子自居。
在一个道德统治的国度里，东林党人却把自己视为道德的化身。可问题是，结党必然会营私，结党必然会破坏政治势力的平衡。无论在任何时代背景下，统治者都不愿意看到有人结党，无论是官家，还是民间。
现在有一个词叫“圈里圈外”，里外是两个世界。东林书院的存在，将帝国的政治势力划为圈里圈外。圈里是东林党人，他们往往能够坚持自己的原则，专门同皇帝和帝国的高级官员作对，自命为“正人”或者“清流”；而圈外是非东林党人，他们是遵循官家的游戏规则，迎合皇帝和辅臣的人，称为“邪佞”。
如果说帝国的政治圈子是一个股份有限公司，但凡入股者都有利益分红。东林党的存在和发展必然会威胁到其它非东林党人的利益，还有皇家的利益。
在这种情况下，许多非东林党人士为了保护自己的利益就会采取防范措施。既然东林党是抱团组织，那么为了保持权力博弈的均衡性，非东林党人也纷纷以地域为单位，以乡人中的高官为领袖，在帝国官场上也形成一个攻守联盟。
在这种风气的引领之下，帝国的权力系统内部党派林立。在当时能够与东林党相抗衡的党派，是同样居于帝国权力系统内部的浙党。
如果说东林党是在野人士的权力抱团，那么浙党则更多是来自于政治斗争第一线的权力团体，是朝堂人士的权力抱团。当时的帝国首辅沈一贯，纠结京城的浙江籍官僚，形成“浙党”。他们与东林党认针锋相对，又与宫中的阉党遥相呼应。
除了浙党，帝国的权力系统，还有很多小派系。比如当时还有以湖北籍官员为主的是“楚党”，以山东籍官僚为主的，称“齐党”，而楚党与齐党常依附于浙党，合称作“齐楚浙党”。另外还有“宣党”和“昆党”。
由于“国本之争”拖得时间过长，东林党与“浙党”等非东林党之间的矛盾也越来越深。发展到最后，帝国的派别之争到了针锋相对的地步。不论是大事小事，原则问题还是非原则问题，正邪双方都要争得没完没了，帝国的中央权力系统被折腾得乌烟瘴气。各党派将帝国权力系统分解得支离破碎，相互之间明争暗斗，致使党争绵延数十年。