时隔不久，嘉靖皇帝就将父亲的神主从安陆州迁到京城，安放在观德殿。他给父亲兴献帝的尊号为“皇考恭穆献皇帝”，先前的“本生”两个字已被悄悄抹去。嘉靖七年（1528年），嘉靖皇帝终于如愿以偿，追封自己的生父为明睿宗，其牌位入主太庙，摆放在明武宗之上，自己的生母也被封为皇太后。
从这件事可以看出，当张璁议奏上前，嘉靖皇帝虽然是一个刚愎自用的人，却不敢将自己的个人意志强制推行。因为那时候他心里也清楚，他的理由和依据是站不住脚的，他是在做一件违反儒家经典、礼制、祖训的事。
凡此种种，正是内阁官员和大臣们借以限制皇帝独断专行的法宝。君主专制制度的时间越久，这类法宝就会积累得越多。在尊崇兴献王这事上，如果没有张璁这些权力投机者，光凭嘉靖皇帝个人，是很难扭转被动局面的。而且即便有了张璁等议，拒绝中旨的斗争还是延续了两年多。由此可以看出，明代皇权受内阁、廷议的限制是何等之大。
大议礼之后，一批支持嘉靖皇帝的权力投机者如张璁，桂萼等中下级官员进入内阁。这批人的权力运行之道，就是以绝对服从皇帝的权威为天职。在大议礼事件中，与皇帝与议礼派苦斗三年的文官集团，在新的权力结构面前分崩离析。此后，帝国虽然也出现过海瑞这样直言犯上的人物，但就整个文官集团而言，却再没有了制衡皇权的心气。直到半个多世纪后，幼主万历继位，文官们才算稍稍恢复元气。
正德和嘉靖两位皇帝在自己执政期间都遇到了直面百官哭求的状况，万般无奈之下他们都动用了廷杖。但两人得到的结果却大相径庭，前者即便动用了廷杖，也没能完成自己的政治主张，依旧屈从于官员集团所带来的政治压力。后者打出了威风，成了真正的胜利者。
如果从性格上分析明朝的16个皇帝，他们中间的一半以上都偏于温和。相比较而言，朱元璋、朱棣和朱厚璁是他们中间行事最为果决，对大臣也是最酷烈的三个皇帝。嘉靖皇帝在初登大宝时，他所拥有的政治经验和手段几乎是一张白纸。而大议礼事件的爆发，使一个懵懂的少年迅速脱胎换骨为老辣的政治家，并最终使其成为明朝最懂得控制权力的皇帝之一，尤其对于文官集团的控制更是达到了炉火纯青。此后他的历届首辅，从张璁、夏言、严嵩，一直到徐阶都是他整个棋盘上的一个个棋子。明朝在宣德之后皇权就逐渐降低，以致于出现了杨廷和那样强势的内阁首辅。
嘉靖皇帝最擅长的手段就是利用官员来掣肘官员，他在任期间使得皇帝的权威性得到大幅度提升，内阁的权力有了进一步的下降（当然太监的权力降的更低）。他后来的那些继任者们再没有学习到他身上的权力谋略之术，由他一手打造出来的强势皇权也很快走向衰落，阁权迎来了再次壮大的机会。等到万历执政时期，皇帝已经已经很难撼动高官的地位，到了天启的时候皇权更需要借助于宦官的力量来和文官集团一较高下。明王朝的政治斗争就是这样在权力与权力的攻守平衡中，一路踉踉跄跄走向危途。