朱元璋死了，孙子朱允炆继承皇帝位，就是明惠帝。这时候又有人向他提及方孝孺。经过洪武年间的血腥清洗，这时候的帝国权力系统可以说陷入了人才荒。朱允炆就把方孝孺从汉中召来南京任翰林侍讲，第二年又将其升为侍讲学士，职务级别虽然不是很高，只是从五品，但却很有实权，建文帝非常倚重于他。
君臣二人的关系亦师亦友，每遇国家大事犹豫不决，朱允炆第一个想到的人就是方孝孺。可以说，方孝孺成了朱允炆智囊团的一名政务高参。这种依赖性并不仅仅局限于政务方面，就连平日的读书学习，遇到疑难问题，明惠帝朱允炆也会去请教方孝孺。皇帝上朝处理政务，对官僚们的提议，有时就命方孝孺当场批答。同时方孝孺还是修撰《太祖实录》领导小组组长。燕王朱棣起兵后，朝廷讨伐他的诏书和檄文都是出自方孝孺之手。
在年轻幼稚的建文皇帝当政四年中，比皇帝大二十岁的方孝孺充当着朱允炆精神导师的角色。意气风发的朱允炆对学识渊博、人品出众的方孝孺寄予了无限的信任与期望。四十岁刚出头的方孝孺正值一个男人干事创业的巅峰期，他的政治的蓝图正在徐徐展开。
眼前这个青春勃发，仁心宅厚的书生皇帝，对他这个老师尊崇有加。朝堂和谐，君臣同心。他们在成全对方的同时，也在成全自己。
建文帝执政的四年时间，正是沉寂半生的方孝孺一步步走向人生巅峰的四年，也是他一步步滑向权力深渊的四年。
在建文帝朱允炆打造的帝国上层权力结构中，齐泰、黄子澄和方孝孺犹如并驾齐驱的“三驾马车”。三人都不是吃素的，均是帝国的饱学之士，更是书生中的道德标杆。他们的言行引领着天下读书人唯马首是瞻。
朱允炆本来就是性情温和之人，而他所倚重的这“三驾马车”，更是文人中的典范。自古以来，书生治国并不缺乏飞扬的激情，也不缺乏理想化的施政纲领，往往缺乏的是对于政治全局的一种掌控。
而这时候，弥漫在帝国权力空间的书卷气，使得朱元璋留下的铁血政治来了个急刹车。
建文时期的“三驾马车”，定下了朱允炆执政时期以儒治国、以礼治国的文人调调。
建文帝与三人组合进入了一个你侬我侬的蜜月期，君有情，臣也尽心。朱允炆的执政理念与他的皇爷爷朱元璋完全是两种截然不同的风格，而这种不同完全是颠覆性的不同。朱元璋奉行的是个人专制和铁血规则。而对于齐泰、黄子澄和方孝孺“三驾马车”来说，建文帝对他们的倚重与信任，给了他们无穷无尽的动力。可惜的是这种动力并没有及时转化为治国的效率，文人的高度热情换来的却是政治上的不成熟和冒进，这在无形之中就拖了帝国前进的后退。
“三驾马车”跑得虽然十分卖力，却让人感觉有跑偏之嫌。而留给他们的时间是有限的，跑得越卖力，离他们的终极目标就会越远。
“三驾马车”左右了建文帝朱允炆短暂的政治命运，虽然齐泰、黄子澄和方孝孺联手打造了“建文新政”，但哥三个在具体分工上却各司其责，齐、黄致力于削藩，方孝孺忙于推行新政。从某种程度上来说，方孝孺是建文帝执政期间的总设计师，总揽全局。建文帝的这种做法改变了朱元璋时代那种独揽大权，一个人说了算的专制局面，无形中扩大了臣属的权力范围。
用后来明成祖朱棣的大臣姚广孝的话来说，方孝孺是天下读书人的种子。
既然是种子，就要发芽开花结果。在治国方面，方孝孺倾向于复古，能够以《周礼》制度来重新界定大小诸司的品级和阶勋。
在官僚制度的改革上，朱允炆与帝国的前任领导朱元璋唱的是反调。朱元璋实行的是“右武抑文”的做法，这是一种让人非常纠结的做法。他一边大肆杀戮开国的那些功臣勋将，一边又以文臣学士作为主要的仕进对象，对帝国的权力结构实施文职化。
朱元璋对文臣学士及士大夫阶层是没有什么好感的，甚至处于一种敌对状态。他创设的廷杖制度，可以说就是为文官量身打造的。稍有不满意，当场扒下裤子，摁到在朝堂之上廷杖翻飞，血贱玉阶，肉飞金陛。文官们本来就是一群顾脸又顾屁股之人，这般肆意肆意摧残和侮辱，简直让他们生不如死。
与朱元璋相比，朱允炆显然要比自己的爷爷朱元璋温柔得多。这种温柔更多是对杀气过重的帝国制度的修正。这种制度上的软化除了朱允炆的性格使然，更多是来自于方孝孺等人的影响。作为“读书人种子”的方孝孺更倾向于《周礼》，他提议用《周礼》制度来重新界定权力制度中的大小诸司的品级和阶勋。如何将天下读书人散了的心，重新缝合起来。方孝孺开出的药方是，国家应该归还文官应有的地位。
建文帝与方孝孺等君臣在以仁义礼乐治国的理念上的是高度一致的，正是这种和谐一致，建文君臣才营造出有别于洪武年间“铁血政治”的良好政治生态环境。
在方孝孺的大力倡导之下，建文帝重新规定官制：升六部尚书为正一品，设左右侍中，位列侍郎以上。这是在朱元璋废除丞相制度后，建文帝第一次把六部尚书提到了与都司同级的地位。朱元璋在废除宰相制以后，仅将分掌天下各项政务的六部尚书品秩定为正二品。相比那些动不动在朝堂上就被打屁股的文官，帝国的武官地位显然要高于文官，比如中央的五军都督府的左右都督的品秩都是定为正一品。
在方孝孺的建议之下，建文二年（正月下诏，更定大明官制，大致内容如下：将六部尚书由原来的正二品升为正一品，增设左右侍中，其位置在六部侍郎之上；
将地方文臣布政使由正三品升为正二品；将都察院改名为御史府，其长官都御史改名为御史大夫；
将都察院下属的十二监察道改名为左右两院，左院叫拾遗，右院叫补阙；将通政使司改名通政寺，原通政使改称为通政卿；
将大理寺改名为大理司，大理寺卿改称大理卿；光禄寺卿改称为光禄卿；
在翰林院下重新设立承旨，将侍读学士和侍讲学士改名为文学博士；
在詹事府下增设资德院；增设文翰、文史两馆；
将殿阁大学士一并改名为殿阁学士，内各设学士2人；
将明皇宫的谨身殿改名为正心殿，增设正心学士1人；
增设亲王宾辅，提高太仆寺少卿、鸿胪寺少卿丞和国子监丞等官的品秩等等。
建文帝改革地方官制，精简机构有个最大的特点，那就是撤销的机构大多与收税有关，整个建文四年仅增设了一个河泊所。大量地方机构尤其是税务部门的裁撤，大批冗官冗员的淘汰，减轻了广大人民的负担。
这种文官制度的修订，是建文帝加强文官之治的开始。他尝试着想把权力重新交还给六部尚书，显然这是对于朱元璋专制制度的一种矫正。
建文帝在有意无意之间，扩大了国子监和翰林院的职责和人员编制。这样就传递出一个信号：皇帝正在从教育和训练太子及诸年幼王子方面入手，普及儒家文化。他希望能够以修齐治平理论来重新构建一个崭新的帝国。他在人与人之间的礼仪上同时规定：亲王对自己的老师要以礼相待，谈话的时候，老师不必称臣，可以只称姓名。建文帝这么做就一个目的，那就是尊崇儒家文化，仁义治国。
据《明史》记载，建文元年即建文帝即位后一年的时间里，大明刑部上报的在押囚犯比洪武时减少了3∕10。大量的冤假错案的复审平反和刑典的改轻，宽刑疏法，这对缓和社会矛盾和稳定大明帝国的统治起到极大的促进作用。