1997年，史蒂夫以一名临时CEO的身份取代了吉尔的统治，并在2000年被董事会正式任命为苹果公司的当家人，尽管当时他表现出一副颇不情愿的样子。
与此同时，牛顿机开始走下坡路。牛顿机在市场上和客户手中的表现可谓差强人意。刚刚发布掌上电脑时，人们还没有弄清楚数字管理软件的价值。但是有一款产品，也是用牛顿机的软件运行的，看上去有点像奇怪的手提电脑，那就是eMate 300。
在吉尔·阿梅里奥被赶下台之前，他将牛顿机系列独立出来，组成了牛顿公司（Newton Inc.），这个公司是苹果公司的全资实体，也许他的用意是希望将其出售。
几个月之后，当史蒂夫·乔布斯接管苹果公司时，他又将这个实体收回。这是一个昂贵的项目，一度被认为对苹果公司的未来至关重要。
但是在史蒂夫接手后，其重要性还依然如此吗？抑或是史蒂夫有意将之废弃从而开始撰写苹果的新一篇章？
这就是1997年亚当·陶写给史蒂夫·乔布斯的那封信件中所提出的问题。对这个牛顿软件的开发者而言，史蒂夫当时的回复是令人振奋的。
亚当：
我认为，eMate拥有灿烂的前景——正是由于这个原因我才把它重新拉回到苹果阵营来。苹果拥有的优质资源可以为它提供更广阔的市场空间和更好的销售团队。
你完全可以想象，一个被剥离出去的小公司当然不可能拥有像苹果那样卓越的销售团队以及强大的市场推广力量。通过在销售和市场方面进行适当投资，我们希望eMate能够获得巨大的商业成功。
对于掌上电脑（messagePad），我们还有一点拿不准。由于它的价格更高（通常在1000美元甚至更高，而eMate只需要700-799美元），并且没有键盘，所以比起eMate来，它的市场似乎小一些。然而，目前掌上电脑的销售非常活跃。所以呀，还真难说……我想知道，你是怎么看呢？
不过，不用担心！我们正在把这个队伍重新纳入苹果公司的统筹管理当中，我们可以向它的产品投入更多市场和销售资源，而并非只是向一个缺乏这些资源的被剥离的小公司倾倒我们的产品。
祝一切顺利！
史蒂夫
现在看来，史蒂夫在信中所阐述的观点是站得住脚的。掌上电脑的价格比较昂贵，这就决定了它的消费群体只能是小众。整个牛顿公司的努力完全有可能就这样葬送在这个被苹果公司抛弃的孤儿身上。但是，在回复这封信的五个月之后，史蒂夫明显改变了主意，取消了对牛顿产品的研发和生产。
在这段时间里，苹果已经发展成了一个强有力的巨人，只是这个巨人的脚步还不够坚实，它拥有一支可以彼此相对独立开展研发的团队，它们的产品也不尽相同。这种形势也可能迫使史蒂夫从新的视角不断削减开支，调整产品生产线。
在某种程度上，eMate的确以iBook的形式实现了华丽的蜕变，拥有了史蒂夫所说的“灿烂的前景”。iBook其实是一种诞生于1999年的笔记本电脑，它使用的是Mac操作系统。尽管与eMate的软件不同，二者的外表却有几分相似。
现在看来，当初史蒂夫因为掌上电脑“没有键盘”的原因而将其发展计划摒弃在一边是可笑的。多年之后，当他开发设计了触摸屏幕的iPad时，正是因为这个原因而招致了同样的批评。史蒂夫在“枪毙”了掌上电脑几年以后，开始反思这种装置，并对此产生了截然不同的认识。
然而，就在史蒂夫开始着手研发一款没有键盘的平板电脑时，他还是会在一些公开场合对平板电脑表现出一副嗤之以鼻的态度，宣称电脑一定要有实实在在的键盘。
“事实证明人们是喜欢键盘的。”史蒂夫这样说道。得益于牛顿机，苹果公司“拥有迄今为止世界上最棒的手写输入软件”，但是，“这也没关系，因为用手写输入的速度实在是太慢了。你们知道的，如果全部靠手写的话，你根本没有办法跟上你接收邮件的速度。”手写识别技术最终被包含在Mac OS X的操作系统里面，但是这种性能的优势在很大程度上却被忽视了。
在史蒂夫的使命中，不断完善掌上电脑成了重中之重。1997年，史蒂夫进行了一项新尝试，从3Com公司购买了掌上电脑（PalmPilot）业务。时隔一年，他就对着《财富》杂志的记者侃侃而谈苹果公司的掌上电脑了。
到2002年时，苹果公司的掌上电脑依然没有问世，一位叫作本恩（Ben）的果粉说，他曾经给史蒂夫写了一封信，询问掌上电脑这个项目的进展，并且向史蒂夫提到有几家网站上已经刊登出了苹果掌上电脑的模型。
史蒂夫让他的助理联系了本恩，向他的来信表示感谢，并且询问该如何查找那几家网站的地址。
在这场有关电脑的交谈当中，本恩记得，史蒂夫的助理曾经把电话递给了身边的某个人，只听到那个人说：“嗨，本恩，你好啊！我是史蒂夫·乔布斯。你告诉我的那个关于苹果掌上电脑模型网址的事对我来说还真是个大新闻。他们的网址是什么？我和我的团队想去看一看。”
本恩得到的不仅是与史蒂夫·乔布斯千载难逢的通话机会，还有苹果公司后来寄给他的一件带有苹果标志的T恤衫。
到了2003年，史蒂夫认为掌上电脑上市的时候到了，同时他决定下一步将用手机取代掌上电脑。那一年，在一个名为数字化会议（All Things Digital conference）的数码盛会上，史蒂夫提出：“你的口袋里终将会有一部手机，那就是能够为我们传递讯息的设备。”
也就是在那个时候，史蒂夫私底下决定要将平板电脑计划搁置起来，先着手手机生产，这项新计划从开始筹备到有产品问世又花费了他四年的时间。但是，在当年的那个会议上，史蒂夫却说他并不愿意涉足手机开发。
史蒂夫说：“我们公司选择开发iPod，而不是掌上电脑。我们把资源都配置到iPod生产线上了。”iPod的操作系统是由一支专门的研发队伍开发的，其中有些人曾经参与过牛顿掌上电脑的研发，他们后来成立了一个叫作Pixo的公司。
在那之后不久，苹果收购了Pixo OS，并使它成为了iPod的集成软件。2003年，Pixo公司又被升阳电脑公司收购。其实长期以来，升阳电脑公司一直希望能够与苹果公司进行合作。
如果苹果公司当初选择那个合适时机下手，那么它们的掌上电脑应该也能够风生水起了。牛顿机曾经一度领先时代潮流，它所蕴含的一些理念是具有前瞻性的。
其实，曾经有一个阶段Palm公司的掌上电脑业务开展得有声有色。但是苹果公司的产品却从未露面。2007年时，史蒂夫说，他没有向市场上推出一款“苹果掌上电脑”（Apple PDA），这点足以令他非常自豪。史蒂夫曾经要创造最棒掌上电脑的想法后来随着他把整个掌上电脑计划打入冷宫而不了了之。
也许这是一场个人的战争。2010年，《商业周刊》曾经采访约翰·斯卡利，他被问到这样一个问题：“史蒂夫出于复仇的心理扼杀了你的明星产品——牛顿机，你是否认为他这么做是为了报复？”约翰·斯卡利回答道：“也许吧。他不愿意和我说话，所以我一直都不知道这个问题的答案。”