然而，这个世界毕竟是多姿多彩的，并不是每一株植物都是墙头草；也不是每一双眼睛都只盯着势利的走向。韩延之完全拒绝了刘裕的引诱，并不畏权势，在回信中对刘裕的说法一一严正驳斥，透出一股威武不能屈的丈夫气概：
“承蒙您亲率大军，远征西土，荆州全境的士民百姓，都不知发生了什么事，无不惊慌恐惧。现在收到您屈尊写给我的亲笔信，我才知道刘公这次出兵的原因完全只为了谯王司马文思那件事，这让我不得不心生感慨：司马平西（即司马休之，时任平西将军，故有此称）公忠体国，行事宽厚，待人诚恳。因为刘公曾建下匡复朝廷的巨大功勋，国家和皇室都依赖您的辅佐，所以司马平西在朝廷之外推崇宣扬您的功德，在朝廷之内对您一向赤诚相待，几乎做的每一件事都听从您的指教，对您的尊崇已无可复加。
“去年只因为谯王有些细小的过错受到弹劾，作为父亲的司马休之大人就主动请辞荆州刺史的职务，如果谯王真犯了什么了不得的大罪，大人怎么可能闭口不言？何况大人不久前已经呈报天子，废去了司马文思的谯王之位。司马休之大人唯一没做绝的，就是杀掉自己的亲儿子而已！推己及人，假如您遇上同样的事，不也会这样做吗？想不到啊，仅仅因为这种算不上理由的理由，您就发动大军，兴师问罪！正所谓欲加之罪，何患无辞？
“刘裕足下：如今四海之内，还有谁看不出你的险恶用心？你还想用花言巧语来欺骗国士吗？你在信中自称‘处怀期物，自有由来’，今天你出兵讨伐别人的主公，却在私下里以利益引诱别人背叛主公，这就是所谓的‘处怀期物，自有由来’吗？回想一下你的所作所为，刘藩是怎么死于阊阖门下的，诸葛长民是如何毙命于你的左右的？对地方大员，先用甜言蜜语加以欺骗，乘人不备再突然派兵偷袭（指刘毅事件）。于是，你成功了，庙堂之上，从此再没有了忠贞诚信之士；京城之外，今后不再有可以性命相托的封疆之臣。但是，对于这样的成功，你不觉得可耻吗？你手下的那些将佐和朝中的贤达，都被迫把命抵押给你，在你的威压之下苟且偷生。我虽然是个粗浅鄙陋的人，也曾向君子学习过做人的准则，像司马平西这样品行高尚的主公，怎么能让他没有可托命的臣子呢？我不可能去自投虎口，步郗僧施的后尘。假如上天还要让灾乱继续，九流浑浊，我自当与臧洪（东汉末年东郡太守，以重义著称，曾为袁绍属下，后因袁绍拒不救援至交张超而脱离，后为袁绍所杀）同游于地下。其他的话，不用多说！”
韩延之不仅写下这篇措辞尖锐的回信，而且因为刘裕的父亲叫刘翘，字显宗，故意将自己的字改成显宗，给儿子取名韩翘，以表明决不向刘裕臣服的决心。
刘裕要除掉司马休之，只是建立刘氏江山的一个必要步骤，并非真的对司马休之有多少恶感，对于忠义之士，他更是一向敬重。所以当刘裕收到韩延之的回信后，一点儿也没有生气，反而大为赞叹，将这封信拿给左右传阅，并夸奖说：“做人家的部属，就应该像韩延之这样！”
【刘裕的失算】
与刘裕预料的不同，荆、雍叛军并没有被他大兵压境的声势吓倒。他们一方面派出使臣，同时向后秦和北魏求救，如果这些“远水”能够到达，实力上就不弱于刘裕了；另一方面，乘讨伐军行动迟缓的机会，选择了主动出击，一马当先者，是雍州刺史鲁宗之和儿子鲁轨。
此时，属于刘裕一方的江夏太守刘虔之驻军三连，修筑桥梁，并积聚了大批粮草，等待讨伐军的到达。没想到最先到的不是檀道济，而是鲁轨。这位鲁公子，有一个很有个性的小名象齿，擅长弓马，勇力绝人，是一员猛将。他发动奇袭，击斩刘虔之，缴获大批辎重，当头给了讨伐军一个下马威。而且由于檀道济、朱超石原本指望着刘虔之的粮草，刘虔之的失败让他们的补给落了空，结果直到这次战争结束，檀、朱部始终未能参战。这次失利其实已给此次讨伐敲了一记警钟，但刘裕仍没有注意。
稍后，鲁宗之、鲁轨率得胜之师南下支援司马休之，与越过江夏口的徐逵之大军交战于江陵城之南的破冢。象牙果然是硬的，徐逵之白白是刘裕的女婿，岳父那种出神入化的用兵技巧，一点儿也没学会。一场大战下来，讨伐军惨败，先锋司令徐逵之、将军王允之、沈渊子阵亡，只有蒯恩败而不乱，打退鲁轨的追击，安全撤回。
这次西征的开始阶段，可谓败得一塌糊涂。究其原因，主要是刘裕过分低估了司马休之那两下子，在此役开始时，连刘裕自己都没有进入临战状态，在他影响下，讨伐军将士们也都是抱着“轻轻松松取胜，平平安安回家”的念头来的，根本没有打大仗的心理准备，临战之时，自然显不出他们该有的水平。
而反观另一方，由于司马休之被整，给司马氏皇族及非刘裕嫡系的地方实力派们敲响了警钟，他们都已经感觉到了刘裕咄咄逼人的攻势，而且受到威胁的已不仅仅是荣华富贵，还有身家性命，形势迫使他们不得不奋起反击。因为他们已无路可退，所以战斗意志非常坚定，能够超水平发挥。
总之，太过轻敌的刘裕本来想栽培徐逵之，不成想弄巧成拙，反而害了女儿和女婿。这个错误的性质与当年慕容垂让慕容宝挂帅征伐北魏有几分相似，当然后果没那么严重，毕竟司马休之不是拓跋珪那样的高手，而刘裕的身体也还很壮实。
因为唇亡齿寒的体会已感同身受，所以从刘裕制造司马文思案开始，到整个战役期间，各地发生了多起反抗刘裕事件，其首领多是姓司马的晋朝宗室。这大概是已有一百多年历史的晋朝在最后灭亡前，司马家族的人迸发出的最后一缕血性。
在广陵，受后秦支持的司马国璠兄弟悄悄潜回国内，秘密聚众数百人，乘夜突袭府衙，并射伤留守的南青州刺史檀祗（檀道济的哥哥）。好在檀祇临危不乱，对左右说：“敌人在夜晚袭击，就是想趁人不备，他们的人数一定不会太多，天亮必然逃走。”便耍弄了一点诡计，吩咐更夫，提前打五更，听到打更的司马国璠兄弟部众误以为天快亮了，不敢恋战，果然从城中撤走，白白死伤百余人，行动失败。
在国都建康，不知从什么地方冒出一支首领不明的数百人武装，乘夜突袭建康城东北郊的冶亭，一时京城大震，人心惶惶。幸亏留守的将军刘钟反应及时，迅速将其消灭。
而对刘裕更大的打击来自南燕故地。北青州刺史刘敬宣手下一名参军司马道赐，是晋朝皇族的疏远支系。大概他觉得晋室的兴亡司马家的人都有责任，在得知刘裕讨伐司马休之的消息后，义愤填膺，秘密串联了同僚辟闾道秀、王猛子数人，密谋刺杀刘敬宣，然后据青州响应司马休之。不久，他们乘一次与刘敬宣单独召对的机会，王猛子出手将刘敬宣砍死于坐席。不过他们行事不够缜密，让刘敬宣的左右闻讯，一起动手，迅速将他们打败，司马道赐、辟闾道秀、王猛子三人都被杀死。这次变乱虽然被消灭于萌芽，但刘裕因此失去了此生最忠实的挚友……
也许正是因为此役初期的失利和各地发生的反抗，迫使刘裕对司马皇族的能量做出新的评估，认识到他们并不像自己原先以为的那样软弱无力，从而为他后来弑杀晋安帝和晋恭帝埋下伏笔。
【平定荆、雍】
不过在这一堆坏消息中，荆州南部给刘裕传来一个不大不小的好消息：原先在平定刘毅之后，王镇恶被任命为武陵（今湖南常德）内史，理论上要受司马休之节制。武陵郡有一个蛮族首领叫向博抵，经常下山到汉人聚居区从事打家劫舍的创收活动，为武陵当地一大害。王镇恶到任以后决定把他铲除。因武陵郡兵不多，所以在出兵前，王镇恶向司马休之请援，司马休之便派朱襄率军帮助他讨伐向博抵。
等王镇恶击败蛮族部落，建康方面对荆、雍二州的进攻也全面展开。王镇恶收到刘裕的密信之后，立即决定站在刘裕一边，发动袭击，一举斩杀司马休之派来的援军将领朱襄。但杀死朱襄之后，王镇恶并没有迅速北上会攻江陵，而是停在当地洗劫杀掠附近的蛮族部落，既出气又发财，拖延了进军时间。
破冢开战的时候，刘裕正驻军马头（今湖北公安，在长江南岸，斜对北岸的江陵），等待着女婿的捷报和王镇恶前来会师。万没想到，王镇恶没有等来，等来的却是女儿变成寡妇的消息！被自己寄予厚望的徐逵之就这么战死了，痛心和悔恨让刘裕怒不可遏，便不再等武陵方面的军队到达，于三月二十九日，下令大军向北强渡长江，向江陵进攻，与司马休之决一死战！
大敌当前，司马休之也把全部身家都投进了这场凶多吉少的豪赌，他自己不善战，便将荆州兵权交给儿子司马文思，会同鲁轨的雍州援军，共集结了四万大军抵抗。荆、雍联军抢先占据了地利，在长江北岸构筑了防御阵地，等待着刘裕的讨伐军。
由于这一带的长江北岸沿岸都是峭壁，攀爬十分困难，刘裕大军的几次强攻都告失利。眼见敌方连连得手，战船上的刘裕情绪越来越糟糕，在暴怒中，刘裕第一次在战场上失去了理智，也不考虑分兵迂回，而是披上铠甲，要像当年一样，一马当先，率军强行攻击。
但他手下的人都很清楚：现在的刘裕已经不是那个在吴郡以一敌千的小军官，也不是那个在罗落桥冲锋陷阵，手刃皇甫敷的义军首领了。刘裕今年已经五十二岁了，已略高于当时人们的平均寿命，身手已不复当年的矫健。更重要的是，他的命已远比当年贵重，在战争中死一个团长和死一个总司令造成的影响是绝不相同的。所以左右将领纷纷劝阻，但刘裕越发暴怒，谁也劝不住。
就在这个时候，一位眉目清秀、风度儒雅的美男子突然从后面奔出，死死抱住刘裕，不让他离船，刘裕愤怒中回头一看，正是太尉府主簿谢晦。
谢晦，字宣明，谢混的堂侄，原先曾在孟昶手下担任建威府中兵参军，孟昶自杀后，建威府自然也跟着解散。刘裕认为这是个抄底的好机会，吩咐刘穆之说：“你看看孟昶府中幕僚，有什么能干的人可以招到我的府里来。”刘穆之便向刘裕推荐了谢晦。与倒霉的堂叔不太一样，谢晦虽然也是顶级的士族子弟，但早已认定刘裕必成大事，所以倾心相随，没有卷入谢混的案子。谢晦足智多谋，精明强干，先以刑狱断案方面的才能引起刘裕的注意，得到提拔。后来在义熙土断时，他负责分管扬、豫两州，表现也非常出色，以公允著称，是刘裕手下屈指可数的能吏，平日深受刘裕的器重。
作为一个聪明人，谢晦很清楚，当领导在激动之下说错话时，最需要的就是一个结实有力的下行台阶。宋代大学者胡三省在评点《资治通鉴》时，都忍不住称赞说：谢晦真是懂得抓住时机，该出手时就出手啊！总之，谢晦以刘裕政敌亲戚的身份，能笑傲官场，实非侥幸。
不过现在，震怒中的刘裕简直没理可讲，他抽出宝剑，直指谢晦，大喝说：“我杀了你！”谢晦高声回答：“天下可以没有我谢晦，但不能没有刘公！只要能阻止公犯险，我谢晦死有何惜！”经过他这么一抱、一呼，刘裕的情绪才稍稍平静。
此时，负责组织登岸进攻的将领正是身经百战的建武将军胡藩，刘裕给他下达了命令，叫他立即发起攻击！胡藩看看对岸的地形，不由得面露难色，这种地方怎么攻？刘裕看见胡藩迟迟没有动作，刚压下去火气又冒了上来，喝令左右：“把胡藩给我抓过来！斩首！”
胡藩听到这道命令，吓了一大跳，死了女婿的刘太尉今天真是疯了，连忙大声对传令兵耍赖说：“我正受命攻击敌人，暂时不能接受其他命令！”
由于感觉到脖子后有股冷飕飕的气息，胡藩只好拼命了，并一不留神，成了攀岩运动的先驱。他选了一个最为险要，守军没太注意的地方，用刀在岩石缝隙间挖出一个个仅能容纳脚趾的浅坑，身先士卒一点点向上爬，终于爬上了峭壁，后边的士兵也学着他的样子，纷纷爬上崖壁，突然出现在守军意想不到的侧面。登上岸的讨伐军毫不迟疑，立即展开进攻，年轻气盛的鲁“象牙”到底不是沙场老将胡藩的对手，被压得步步后退。
刘裕看到战机已至，立即挥动大军从正面猛攻。在刘裕的严令驱使下，北府勇士终于找回了战场上那种铁与血的感觉，恢复了虎贲之师的威武本色。在这些百战精锐的猛烈攻击下，司马文思和鲁轨指挥的荆、雍联军完全不是对手，被打得溃不成军！
得手的刘裕指挥军队乘势追击，轻而易举攻克了江陵。而司马休之不愧是拥有“遁走”特技的逃跑达人，再次平安无事，并携着盟友鲁宗之、儿子司马文思一起逃往襄阳，留鲁轨守石城（今湖北钟祥），挡一挡追兵。
有了不久前的惨痛教训，刘裕这次没给司马休之等人留下喘息的机会，他命令分兵两路追击：命阆中侯赵伦之与沈林子率军从陆路追击，进攻防守石城的鲁轨。赵伦之是刘裕生母赵安宗的弟弟，刘裕的亲舅舅，为人孝顺俭朴，但才能平庸，不通人情世务，刘裕把他放在百战名将沈林子之上，提携自家人的意图很明显。训斥了姗姗来迟的王镇恶一通后，命他率水军从汉水北上，攻击襄阳。
在沈林子的猛攻之下，鲁轨一面苦守，一面向襄阳方面求救。司马休之和鲁宗之不敢迟疑，稍稍收拾余众之后，便亲自率军救援石城。可两人还未到达，鲁轨已经被沈林子击败，石城失守。司马休之、鲁宗之等人只好汇合鲁轨的败兵逃往襄阳。但就在他们将要进城之时，王镇恶的水军也已迫近襄阳，鲁宗之的帐下参军李应之立即决定倒戈，关闭城门，不让鲁宗之等人入城。司马休之、司马文思、鲁宗之、鲁轨、韩延之等人只好再向北逃亡，投奔后秦。王镇恶一路追赶，一直追到晋秦边界也没能追上，回军。此时后秦与北魏派来支援的军队还在路上，得知司马休之已败，也各自回师。
【督护歌】
胜利了，荆、雍二州平定了。荆州刺史的职位暂时由刘裕兼任，雍州刺史一职则交给了舅舅赵伦之，东晋政权实现了建立以来前所未有过的中央集权，虽然权力并没集中在天子手中。刘裕在战前希望达成的主要目标已经达到，但这样的成功，却难以让他感觉到些许的快乐，为了这场胜利，他付出的代价太惨痛了。这个代价主要是心理上的：他该如何去面对女儿刘兴弟那失神的目光？