如此的义正词严，还有谁敢说反对？不管士族和普通侨人们乐意不乐意，义熙土断都带着刘裕的铁血意志，在各地雷厉风行地展开了。大部分侨置郡县被撤销，机构被精简，大批官员下岗，少数残存的侨置郡县基本上都坐以实地，逐渐消除和非侨置郡县的差别。大部分侨人的临时户口被注销，领到了本不想领的正式户口。对少数敢于对抗土断、隐匿人口者，刘裕绝不介意使用雷霆手段，杀一儆百，如前文提到过的会稽虞亮藏匿人口案，就是一例。
经过义熙土断，晋朝政府的收入增加，省下了大量不必要的开支，财政状况大为好转，为后来的历次北伐攒下了足够的资本。百姓的负担变得比较均衡，民间怨气稍为和缓，心怀不满的世家豪门也不得不默认了这样的改变：天下已经不再是他们的天下了。也许可以说，如果没有刘裕执政时期这些强有力的改革攻坚，打击了顽固的大士族势力，就不会出现刘宋初年“元嘉之治”的繁荣景象。
不过，作为侨人的一员，刘裕发起大刀阔斧的义熙土断，并不能代表他大公无私。首先，作为晋朝事实上的主宰，刘裕自身的利益已经在很大程度上和国家利益重叠，增强国力也就是在加强他自己的权势。其次，刘裕的义熙土断尽管执行力度很大，但并不彻底，采用了不吃窝边草的政策，诏令中明文规定：居住在晋陵郡的徐、兖、青三州侨人不在土断之列。之所以这样做，是因为刘裕的武力基础北府军大部分是居住在晋陵的徐、兖、青三州侨人，这是他的核心地盘，刘裕不能不照顾这些人的利益。所以义熙土断仍是一次不彻底的的改革，也为后来侨人问题的再次恶化埋下了种子。
【怀璧其罪】
一般说来，一个人的理想不会是一成不变的，而往往随着环境的改变而改变，是一个从量变到质变的渐进过程。比如说，当年在京口卖草鞋时，刘裕心中的理想，也许和绝大多数平凡的下层人相同，只是让妻子给他生个儿子（所以他才给大女儿取名兴弟），自己在赌场上樗蒲的时候能够多抛出几把“卢”。但一个曾经赤脚的人一旦穿上了皮鞋，就不可能再保持对草鞋的向往，随着刘裕走出京口简陋的故居，踏上往来搏杀的征途，取得越来越多的战功，他的人生目标自然也就随着时势不断向上攀升。
我们难以确切地知道，刘裕是在什么时候把这个目标上升为当皇帝的，不过可以通过史料感觉到，在刘裕铲除刘毅和诸葛长民后不久，他取司马氏而代之的意图已经非常明显，因为他终于将清洗的矛头从桀骜不驯的昔日战友，转向了驯服已久的司马皇族。首当其冲的皇族成员是那个不久前经他保举成为荆州刺史的平西将军司马休之。
司马休之，字季豫，他的祖先可以上推到司马懿的弟弟魏国中郞司马进，从血缘上说，已经是非常疏远的皇族，成色比刘备那个“皇叔”也强不了多少，但因为司马进的儿子司马逊在晋朝初建时受封为谯王，此后司马逊的嫡系子孙便代代世袭了谯王的爵位。相比庸人居多的司马氏其他支系，谯王家族算是晋朝皇族中比较优秀的一支。在东晋初年，谯闵王司马承曾为国死难，谯敬王司马恬和谯忠王司马尚之都有忠义的名声，因此这一家族一直身份显贵，在皇族中威望甚高。司马休之尽管没有承袭谯王的爵位，但他将长子司马文思过继给已经绝后的兄长司马尚之，使之承袭了谯王之位，所以他是谯王的父亲，在司马皇族中声望是数一数二的，而手握的实力则居皇族第一！
假如按光荣游戏“三国志Ⅱ”的标准来设定晋末人物，司马休之的特技一定是“遁走”，生就一双让捕快们望尘莫及的飞毛腿。在桓玄之乱中，司马休之的哥哥谯忠王司马尚之因为属于司马元显一党被桓玄擒杀，而司马休之虽然也打了败仗，却成功逃走，与刘敬宣等人一起投奔南燕。后来因为卷入谋刺慕容德一案，被南燕追捕，司马休之再次成功逃脱。回到东晋后曾一度被任命为荆州刺史，正好遇上桓振第二次反攻荆州，江陵被攻陷，但司马休之脱身及时，又一次化险为夷。
从他这一系列充满传奇色彩的“逃命史”来看，司马休之似乎除了腿快以外，别的本事不大，远不及已被刘裕铲除的刘毅和诸葛长民。而司马休之自己也很有自知之明，在为人上，处事低调，待人和气，没有盛气凌人的贵族做派。就仕途而言，他无心参与争权夺利的角逐，在桓玄倒台后的几轮政坛斗争中，一直在局外旁观，像空气一样无色无味，不对政局施加任何影响，给人的印象是一个忠厚本分的老实人。
然而，尽管流水无心恋落花，落花却有意随流水。虽然司马休之既没有权力欲，也不贪财，只想平平安安过到老，但由于刘裕暂时拉拢皇族的需要，荆州刺史的大权还是落到了他的头上。习惯于在开会时只拍手不举手的司马休之接受了这个他并不很想要的职务，只是还没有意识到这个山芋会有多烫手。
对于有天下之志的刘裕来说，当初让司马皇族执掌荆州，不过是权宜之计，迟早是要收回的。现如今，刘毅和诸葛长民两位老战友都已经找阎王报到去了，几经打击的旧日权贵们在义熙土断及禁止封山占水等政令面前瑟瑟发抖，敢怒而不敢言。司马休之虽非政敌，但至少是一个异己分子，而且听说最近他在荆州的政绩不错，很得当地人心，并不是一个很安全的人物。刘裕为了加强自身实力，真正统一晋朝内部，防止对自己不满的人找到一个新的核心团结起来，认为司马休之已到了该被解决的时候了。匹夫无罪，怀璧其罪！谁让司马休之出身晋室皇族，又当了荆州刺史呢？
借口就像漂亮女明星的八卦新闻，从来都不难找，司马休之虽然很低调，但他那个继承了伯父谯王之位的长子司马文思却是个不知天高地厚，行事高调的豪门公子。应该说，他生错了时代，作为东晋末年的皇族子弟，却沾染有战国贵族的习气，招揽了一大帮江湖豪侠当自己的门客，这些人好勇斗狠，时常惹是生非。简直明摆着给人挑毛病，实在是个良好的下手目标。
据正史记载，义熙十年（公元414年）三月，建康城中发生了一起大案，而犯罪嫌疑人正是谯王司马文思和他手下那帮门客。不久，皇帝下诏，赦免司马文思，但将他的党羽全部诛杀。远在江陵的司马休之听说儿子犯案，也吓坏了，忙上书请罪，请求辞去荆州刺史职务，这种样子戏谁都不会当真，所以朝廷下诏不准。随后，刘裕命人将司马文思押送江陵，交给司马休之处置，准备看他“大义灭亲”。
不知是司马休之没有领会刘裕的意思，还是他虽然知道刘裕的意思，但毕竟父子情深，下不去手，所以只是上表，请求废去司马文思的谯王爵位，并写信给刘裕，表达自己最诚挚的感谢和道歉。刘裕见司马休之不肯杀子，大为不悦，命江州刺史孟怀玉都督豫州六郡，开始为西征司马休之做准备。
那么司马文思究竟犯了什么案子？罪到底至不至死？为何说得不明不白？遗憾的是，确实说不明白，因为几本正史对这起案件的记载不一致。归纳一下，大致有三种说法。
一说司马文思没犯什么大事，就是招揽门客而已，要放在战国时代，还是“贤明”的表现，像“战国四公子”之类，就是靠干这个出名的。但刘裕没事找碴，说他组织黑社会性质团体，见《宋书·武帝纪》：“休之兄子谯王文思在京师，招集轻侠，公执文思送还休之，令自为其所。”《南史·宋本纪》：“休之子谯王文思在都，招聚轻侠，帝执送休之，令自为其所。”
第二种说法与上一说大相径庭，司马文思犯的是历朝历代的必杀之罪：谋反。他与左右密谋，要发动政变，推翻刘裕。见《晋书·列传七》：“文思性凶暴，每违轨度，多杀弗辜。好田猎，烧人坟墓，数为有司所纠，遂与群小谋逆。”和《魏书·司马休之传》：“休之子文思继休之兄尚之为谯王，谋图裕，裕执送休之，令自为其所。”
第三种说法是和稀泥的记载，司马文思擅自斗殴杀人，有罪，但没到谋反这么严重。见《资治通鉴》：“（司马休之）子谯王文思在建康，性凶暴，好通轻侠；太尉裕恶之。三月，有司奏文思擅捶杀国吏，诏诛其党而宥文思。”
从司马文思后来到北魏的经历来看，此人有几分精明干练，但品行不端，的确不是什么好鸟。不过，他是否有胆量在刘裕眼皮底下策动谋反，还是很让人怀疑的。稍后韩延之在给刘裕的书信中称司马文思“以微事见劾”，如果当时他就已被判成谋反罪，韩延之恐怕不可能这样用词。而在上述正史中，由最熟悉刘宋史事的沈约编著，且成书也最早的《宋书》不认为司马文思谋反，所以谋反一说，恐不可信。
这件事可能与赵宋初年秦王赵廷美谋反案类似，都属于事出有因，查无实据。在动手之时，刘裕和赵光义一样底气不太足，所以下手还留有一定余地，等时过境迁，人证物证都已湮灭，再来把谎说圆，把谋反案坐实。
不过，不管司马文思案的真相究竟如何都不重要。因为刘裕要清除司马氏皇族势力的大方针是不会变的，就算司马休之真的杀掉了儿子，刘裕也会有别的借口摆平他。炸药还在，导火索多的是，弄灭其中一根，并不会改变最后爆炸的结局。
【延之回书】
义熙十一年（公元415年）正月，刘裕正式动手了。他逮捕了司马休之在京城的次子司马文宝和侄子司马文祖，并立即将两人赐死，随后正式出兵西上，进攻荆州。同时，朝廷加授刘裕为荆州刺史，赐黄钺，并大赦天下。消息传到荆州，司马休之的部下平西府司马张裕、南平太守檀范之料定顶头上司这次是死定了，都弃职而走，投奔建康。
而子侄被杀、大军将至的严酷现实把司马休之逼到了墙角：最初你要杀刘毅，我没有说话，因为我并不擅权；后来你要杀诸葛长民，我没有说话，因为我并不贪污；可现在，你要杀我了！司马休之总算明白了，绥靖政策是带不来自身平安的，他就算再本分也不得不奋起反抗了。
二月，司马休之公开上表列举刘裕目无君上，独断专行，擅自杀戮大臣刘毅、刘藩、诸葛长民、谢混、郗僧施等罪行，宣布举兵讨伐。同时，雍州刺史鲁宗之尽管数次立下大功，但他知道自己并不是刘裕的嫡系，见刘裕连老好人司马休之都不肯放过，担心清洗的目标迟早会轮到自己，在司马休之的竭力争取下，也和儿子竟陵太守鲁轨一道，在襄阳起兵响应。
尽管出现了计划外的鲁宗之叛乱，但刘裕好像并没当一回事，他的行动并不迅速，直到二月二十七日，他统率的讨伐大军才正式从建康出发。平静没多久的荆襄之地又要开战了。这一回，刘裕把留守后方的任务交给了自己的二弟中军将军刘道怜，刘穆之再一次担任助手。不过对于二弟那两下子刘裕心知肚明，所以特别吩咐，朝中的所有事情，不论大小都由刘穆之决定，至于二弟该签字的时候签字，该盖章的时候盖章，其他事就别管了！ 另外，刘裕又命刘钟率军驻防石头、冶亭，负责京城防务。
如果和两年多前讨伐刘毅一役相比，不难发现，刘裕此次西征实在大失该有的水准，完全没有一点儿专业精神。上次讨伐刘毅的保密工作做得多好啊，刘藩都被杀一个多月了，荆州还无人知晓，直到王镇恶的军队杀进江陵城，城中还毫无防备。这回可好，还没动手就弄得天下皆知，让司马休之和鲁宗之有充分的时间做抵抗的准备。
显而易见，这种漫不经心的作风，证明了刘裕根本没把司马休之当成是值得认真应付的对手。在刘裕看来，对付一个无胆无勇的皇亲国戚，只要凭借自己的威名，吓也能把他吓趴下。对于这种“低难度”的战事，刘裕关心的并不是如何取胜，而是安排谁来立功。刘裕虽然还没称帝，但实际上已经把晋朝看成是自家天下了，清除司马家为的是什么？还不是为了给刘家的人腾地方，所以这种美差肯定是要留给自家人的。
问题是留给谁呢？刘裕手下虽然称得上人才济济，但在亲戚中并没几个可用之才，唯一能干的刘道规已死，刘道怜属于不可雕的朽木，刘裕虽然有几个儿子，但都还未成年，思来想去，刘裕最后决定将这次行动的重点培养对象选定为自己的女婿——刘兴弟的丈夫振东将军徐逵之。
徐逵之是刘裕的京口同乡秘书监徐钦之的儿子，叔父徐羡之与刘裕的交情非同一般，当年曾一同在刘牢之手下做事，是资深同僚。刘裕掌权后，徐羡之历任镇军参军，尚书库部郎，领军司马等职，与谢混共事，是刘裕安插在刘毅同党内部的卧底。后来又担任琅琊王大司马参军，替刘裕暗中监控安帝的弟弟琅琊王司马德文，并协助刘穆之管理朝政。因为从事的是不招人眼球的地下工作，所以一直不太上镜头，但暗地里绝对是刘裕最信任的心腹之一，日后成为刘裕的托孤之臣。刘兴弟和徐逵之自幼青梅竹马，感情非常要好，再加上两家长辈又有如此密切的关系，便结成了儿女亲家。
儿子还小，女婿也就等于半个儿了，所以刘裕在此役中，对这位爱婿可谓百般照顾。他任命徐逵之为前锋司令，蒯恩、王允之、沈渊之等三将为副，配以最好的装备，百战的精兵，西出江夏进攻司马休之。并且说好了，只要此仗胜利，就将荆州刺史一职授予徐逵之。为了降低正面攻击部队的作战难度，刘裕另派檀道济、朱超石率步骑进攻襄阳，牵制雍州的鲁宗之，使其不能南下救援。至于刘裕本人，当然不会去和女婿抢功，只率军在后方远远地压阵。
虽然刘裕认为已经胜券在握，但就像犀牛叫牛，蜗牛也叫牛一样，胜仗也是分三六九等的，如果有办法能赢得更轻松，损失更小，何乐而不为？正好司马休之的下属中，有个比较能干的录事参军韩延之，曾经在刘裕手下做过事，刘裕觉得在我强敌弱的大背景下，这个人是可以争取过来的，便写了一封密信悄悄送给他，让他背叛司马休之，给自己当卧底。而密信的内容，可谓颠倒黑白的范例。
“司马文思犯下的大罪，早已是远近共知，但朝廷没有独断处置，而是在去年秋天，让人将他送给司马休之自己处理，应该说，做到这一步，也算推诚至公到家了！然而，司马休之对此竟然连一点儿愧疚之心都没有，也没有谢罪的表疏，对司马文思既不严惩，又不把他遣送回朝，行事如此，天地不容！这次我受皇上的圣命，西讨荆州，要追究的只有司马休之、司马文思这两个首恶。至于荆州政府的其他旧人，只不过受到他们父子的逼迫驱使，我是不会怪罪的。往年之所以杀郗僧施、谢邵、任集之这些人，是因为他们长年累月，不断地挑唆刘毅造反，你们的情况和他们完全不一样，只是一时受到胁迫，本身没有丝毫的过失。你们是知道的，我刘裕一向都怀有谦敬之心，长久以来从未改变。如今大军已经上路，正是你们回归朝廷的有利时机，如果迟延观望，等大军到达，兵刃相交，稍不留神，就兰艾不分，玉石俱焚了。所以，我才写下此信告之，也请让其他人都知道我的诚意！”