不过刘裕的为人我们是清楚的：政治利益高于一切，只要成为他前进的拦路虎，他绝不会在乎你是否对他有恩！厚道的姚兴白白助人为乐，最终也未能给子孙换来平安。以后的史实证明：与刘裕作邻居，实在是姚家的大不幸，后秦虽然用大放血的方法躲过了初一，但终究没能躲过十五，姚家迎来的将是国破家亡。
【穆之献策】
义熙三年（公元407年）十二月二十三日，建康政坛发生了一次重大变故，刘裕的政治盟友，司徒、录尚书事兼扬州刺史武冈侯王谧逝世。这是刘裕前进道路上的一次重要挫折，不过要想弄清楚这件事对晋朝政局的冲击有多大，最好先弄清楚王谧的官究竟有多大，他在中央政府的位置究竟有多重要。这其实是一个既简单又复杂的问题，说它简单，是因为王谧的职务史书上记载得清清楚楚，说它复杂，是因为这些职务所代表的实际职权并不是固定的。
两晋南北朝时期是中国的政治架构由三公九卿制向三省六部制变化的过渡阶段，人事制度最欠缺的是规范化，各种官职和将军名号很让人眼花缭乱。对王谧最重要的三个职务大致可以这样解释：司徒是名誉宰相，录尚书事是实质宰相，扬州刺史是扬州省长兼首都军区司令。
因为很难用现今的职务类比，姑且用大家比较熟悉的晚清官职说明：王谧的官大致相当于××阁大学士、军机大臣、直隶总督兼北洋大臣。即便晚清声名赫赫的重臣李鸿章也没有做到这么大的官，李鸿章为大学士、直隶总督兼北洋大臣，但一生未入军机处。
不过，历史上，职位与职权经常是脱钩的。如果你以官职为依据，认为王谧在晋末的位置比李鸿章在晚清更重要，那就大错特错了。王谧本身虽有名望，但并无实力，王谧是站在前台表演动作口形，真正发出声音的是坐镇京口的刘寄奴和谋士刘穆之。两相配合，使得建康新政府既好看，又好听。
但现在，这种两面光的政策执行不下去了。王谧的死，对刘裕而言是一个很大的损失，他此后再找不到这么合适的士族代言人。王谧留下的空缺如果让别的士族名士来顶替，刘裕将很可能丧失对中央的控制，因为现在晋朝的实力派人物并不只有刘裕一人！其他实力派人物中，最重要的就是左将军兼豫州刺史、南平郡公刘毅。面对突如其来的变化，胸怀大志的刘希乐在竭力压制内心喜悦的同时，早已料定：这个机会，走过路过，不容错过！
虽是良机，但对良机的使用也是需要很高的政治技巧的，一定要拿捏到位，不能刺激刘裕的神经，以免弄巧成拙。经过精心盘算，刘毅向朝廷提出两套方案：一是由琅琊王司马德文担任司徒（反正司徒已经退化为荣誉衔，让皇族担任也无碍），由中领军谢混接替王谧的其他职务；二是司马德文任司徒，谢混录尚书，扬州刺史则授予刘裕，刘裕可以坐镇京口遥领，好发挥强项，为国家捍卫北疆，扬州刺史的对内职责由孟昶代理。提出两套方案后，刘毅等人也显得非常谦逊，不敢擅自决定，派尚书右丞皮沈携带方案，前往京口请刘裕选择。
从表面上看，两套方案都合情合理，论门第，论声望，谢混最合适接替王谧，而且两条建议似乎都没刘毅自己什么事，他摆出一副一心为公的高风亮节的样子。但在实际上，不管刘裕选择方案一还是方案二，刘毅都是包赚不赔的：刘裕的势力都将被悄悄地从中央挤出去，换上刘毅的盟友。不过，刘毅的计划虽然高明，还是疏忽了一件事：这个世界上的聪明人，并不只有他一个。
义熙四年（公元408年）正月，皮沈到达京口，他首先见到的是刘裕的记室录事参军刘穆之。皮沈向刘穆之传达了廷议的结果，刘穆之听罢，假装要上厕所，请皮沈稍待。一到厕所，刘穆之悄悄写下一纸便条：“皮沈来了，他说的话千万不可以同意！”然后遣人送给刘裕。过了一会儿，刘裕出来接见皮沈，不谈正事，尽打哈哈，一番你好我好天气好的客套之后，就打发皮尚书去馆驿休息。然后再召刘穆之来商议此事：“你说皮沈的话不能听，是什么意思？”
刘穆之先向刘裕分析了此时的政局，预测时势的变化：“晋朝失政，非止一天，再加上桓玄篡夺，天命已移。以公今天的功勋、声望、地位，怎么能谦让处下，只做一个守边将领？刘毅、孟昶与你都是布衣起事，共建大义，同为谋求富贵。只是举事之时有先后，为求成功故推你为首，但在心中始终视你为同僚而不是上司，并不会对你心服口服，效忠于你。既然本非君臣，力量权势又相当，将来怎么可能不反目成仇，相互吞噬？”把政治温情脉脉的面纱一把扯下，露出赤裸裸的利益，而且一语中的，刘穆之确是个明白人。
接着，刘穆之提出处理意见：“扬州是国家的根本重地，不可以假手于人，原先推让王谧，不过是一时的权宜之计。如今再让出去，又没有第二个王谧可用，一旦在中央失去权柄，就将处处受制于人。以朝廷上下对你的猜疑和畏惧，各种各样的诽谤和谣言必然交相而至，将来的灾祸难以估量！怎么能不深思熟虑？只是他们已经抢先拿出了朝议结果，如果一定说要自己来干，不但不好措辞，也得罪了全体朝臣，不是好办法。所以不妨答复他们，因为这件事关系重大，不能草率决定，我将亲往建康与大家细细商议。只要你到了京城，他们绝对不敢越过你，将这些职务另授他人！”
刘裕听罢，大悦，决定依计而行，起程赴建康。果然几天后，建康又出台了新的朝议结果，除了司马德文仍任司徒外，完全推翻了刘毅原先的提议，任命刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，驻京辅政，仍兼徐、兖二州刺史。之后，刘裕推荐诸葛长民任青州刺史，镇丹徒（相当于镇京口），弟弟刘道怜任并州刺史（空衔，晋朝已无并州），镇守建康郊外的石头城。至此，刘裕牢牢控制了中央，在与刘毅这位老战友的明争暗斗中，又胜了一个回合。
【殷、桓谋反案】
刘裕从后台京口走到了前台建康，省去了遥控设施，执政更便利了。一方面更强化了手中的权力，另一方面，因他出身低微，不符合当时习惯中摄政大臣的条件，也招致更多士族豪门和反桓战友们的不满，逐渐在晋朝内部形成了松散、但却广泛的反刘裕集团。
在历史上，要摆平内部反对派一般有两种办法。一种是进行政治大清洗。刀光闪过，人头滚滚，谁还敢多说话？成功的例子如斯大林发动的肃反运动。不过这种疗法，虽然直指病根，但副作用太大，自打自受伤，如果条件不够成熟，不排除有阴沟里翻船的可能性。另一种是化内部矛盾为对外动力，通过对外胜利赢得威望，来压制内部反对派。这种办法的缺点是难度较大，属于那种没有金刚钻，就揽不了的瓷器活的事，不是高手就别想了，纵是高手都可能搞砸。所以当年桓温尽管多次使用这一招，仍一不小心就失了手，桓玄则一直不敢用。另外，此法虽有显著疗效，但终究治标不治本，不能从根本上斩断病根。
刘裕最后的选择是两者兼而用之：放疗化疗都是疗，白猫黑猫都是猫，十八般兵器全用上，彼此优势互补，消灭火力盲区，终能将一切反对派铲除干净！
虽然是两手抓，两手都要硬，毕竟也得有个先后顺序。这是很好理解的，在同一时间段内，只用一个拳头打人，才能力道十足。刘裕采取的步骤是两手交替进行，相互促进：一、先铲除实力弱，根基浅的内部异己分子，先杀几只鸡吓吓猴子；二、出兵，通过对外的胜利扩大声望，加强权势；三、利用加强的权势，更容易进行政治清洗，清除那些实力雄厚的顽固猴子；四、通过清除异己，整合内部，赢取更大的对外胜利；五、用更大的胜利带来的更大声望去攀登最后的顶峰……
刘裕的计划定好了，现在的问题是：谁是第一只倒霉的鸡？在讲述杀鸡过程之前，先看看一只符合吓猴子标准的鸡，应该具备什么特征：
首先，必须是一只鸡，没有强力后台，没有军方背景，没有盘根错节的关系网，宰了也不会触犯《野生动物保护法》，不会对国家实力产生不利影响；
其次，应该是一只名鸡，不能是默默无闻的小鸡雏，应该拥有相当的名望，使得宰它既能让猴子们感受到刀的锋利，今后老实一点，又不至于因过分震惊而猴急跳墙。
经过一番检索排查，一位老熟人就光荣上榜了，他便是曾做过楚朝侍中的现任东阳太守的殷仲文。
殷仲文是一位财迷。当年他作为桓玄的亲信，在担任楚朝高级领导期间，聚敛了大量的金银钱财和珍宝古玩，他将这些东西全藏在了自家地窖里。后来殷大人跟随桓玄从建康出逃，因走得太过仓促，这些东西没来得及带走。等他反正归晋，回到建康旧宅一看，惨也，全都不翼而飞！那是多大的打击啊，从无所不有，到一无所有，这种痛苦远远超过了从来没有！但坚强的殷大人没有因此一蹶不振，他化悲痛为欲望，竭力跑官，想至少弄个尚书仆射一级的职务，捞点儿外快，补贴一下消瘦的腰包。
跑官的要诀在于讨好实权人物，现在晋朝的头号实权人物当然是刘裕，所以殷仲文一开始就把工作重点放在刘裕身上。义熙元年（公元405年）三月，回建康不久的殷仲文便向刘裕提出一个讨好的建议：朝廷的皇家乐队设施配备不全，希望以刘裕的名义重建。这个建议今天听起来平淡无奇，但中国古代对音乐的看法与今天大相径庭。《汉书》在追溯音乐的形成时，就认为音乐是由古圣人制作，用来教化万民的，意义极为重大。因为音乐如此神圣，所以“礼乐征伐自天子出”，不是一般人有资格创作的，根据《左传》记载：“治定功成，礼乐乃兴”，故礼乐兴也是为政有道，天下太平的象征。因此，殷仲文提出由刘裕来重建朝廷雅乐是一种高水平的拍马术，其暗含的深意只可意会，不可言传。
谁知秀才遇上兵，有理说不清，这一拍竟拍到了马腿上。也不知是刘裕的文化修养不够高，还是他对殷仲文本就没什么好印象，竟然一口否决：“现在哪有多余的时间做这种事？而且我也不懂音乐！”见大鱼不上钩，殷仲文只好继续将鱼往道上引：“只要你对它有兴趣，自然就会懂了。”可刘裕接下来的回答彻底打消了殷大人的献媚计划：“正因为了解它就会喜欢它，喜欢它就会耽误正事，所以我绝不去碰它！”
对刘裕的攻略彻底失败，殷仲文只好退而求其次，前去结交刘毅。这次他干得不错，很快便与刘毅结成密友，只可惜刘毅的大腿毕竟没有刘裕的粗，虽有这层关系，他也未能得到提拔重用，反而从中央被外放为东阳太守。灰心失望也好，愤愤不平也罢，朝廷的人事命令总得执行。临行之时，殷仲文到刘毅的府第游宴盘桓了好几天，至于他们在这几天内究竟谈了什么，外人就不清楚了。越是不清楚的事，越容易让人产生想象，殷仲文的举动都让刘裕看在了眼中，进一步加深了对他的厌恶和防备。
当时何无忌正担任都督豫州及扬州五郡诸军事，正好是新任东阳太守殷仲文的顶头上司，他听说殷仲文要来任职，非常高兴。
之所以高兴，是因为何无忌是殷仲文的粉丝。何无忌是个业余文学爱好者，所以当初撰写檄文的事由他来干，而殷仲文除了会拍马屁和贪污外，还是当时有名的笔杆子。后来南朝的著名文学家谢灵运曾评价他说：“若殷仲文读书半袁豹，则文才不减班固。”
这样的文坛巨匠，自然是文学青年何无忌的仰慕对象，于是何无忌热情邀请殷仲文来自己府上做客。殷仲文此时心情正失落，便有口无心地答应顺道拜访。何无忌闻之大喜，让人打听殷仲文的行程，在家殷勤准备。谁知殷仲文因为心情失落而精神恍惚，说过之后就把这事给忘了，虽经过何无忌的驻地，却没有前往拜见，穿城而过。
再说何无忌带着崇敬的心情，眼巴巴地等着偶像，偶像却对他视若无物，把他晾在一边就跑路了。他不由得大怒：怎么说我也是你的上司，你怎能如此公然藐视我？何无忌此时的心情，如同被负心郎抛弃的痴情女，因爱之深故而恨之切，誓不与姓殷的善罢甘休！
殷仲文大人，这可是你自己找死，怨不得别人了。你不但是桓氏旧人，而且反桓三巨头就得罪了两个，交好刘毅的行为更成了刘裕的眼中钉，收拾你正好可以给刘毅一点颜色看看，而刘毅也绝对不会为了你和刘裕摊牌。
不久后，发生了南燕新皇帝慕容超派兵侵扰晋朝北方边界的事，朝廷开会讨论应对措施。何无忌乘机在私下对刘裕说：“桓胤、殷仲文这些人是国家的心腹大患，应该趁早处理，至于北方胡人的侵扰，不过是皮肤病，用不着忧虑。”刘裕一听，正中下怀，那好，动手吧。
灾难临近了，不知是否有心灵感应，有一天殷仲文起来照镜子，发现铜镜中竟怎么也看不到自己那张英俊的脸，因而大惊失色。殷仲文是位帅哥，喜欢照镜子也是人之常情。《晋书》上的这条记载如果不是捏造的，很可能是殷仲文觉察到大祸将至，开始出现幻觉了。
在这个类似鬼片的情节发生数天后，晋朝有关部门适时地破获了一桩“谋反”案：据线报，东阳太守殷仲文与其弟南蛮校尉殷叔文、晋陵太守殷道叔、镇军将军府部将骆冰、骆冰之父永嘉太守骆球、桓石松（从名字上看可能是桓豁的儿子，但前文说过东晋的桓家宗亲只赦免了桓胤一人，故而存疑）、曹靖之（楚朝的从事中郞）、卞承之（楚朝的秘书监，可能和卞范之有关系）、刘延祖（来历不清楚）等桓楚余孽串通一气，打算推桓胤为首，发动叛乱，重兴伪楚！经过调查，证据确凿，于是以上提到的几位，一律全族诛杀！
随着殷仲文那颗漂亮的脑袋离开了相伴多年的脖子，与两个弟弟和数百名同事、亲属的人头一同落地，刘裕的第一波清洗工作顺利完成。待将滴血的屠刀收入刀鞘，刘裕傲然俯视着下边战战兢兢的众多士族朝臣，仿佛在公开宣示：苍茫大地，我主沉浮！
放心吧，诸位大人，你们暂时都是安全的，根据安内与攘外两手交替进行的方针，刘裕的下一个行动目标是对外开疆。当时的晋朝，主要邻国有四个，从东到西分别是：鲜卑慕容家的南燕、鲜卑拓跋家的北魏、羌人姚家的后秦、汉人谯家的西蜀。刘裕确定的目标是最东边的南燕，传奇家族慕容氏的末日就快到了。
其实刘裕想攘的“外”，最初并不是南燕，而是巴蜀。但因为巴蜀距离建康过于遥远，在统治根基还不很稳固的情况下，刘裕不敢离开建康太远。因此他对谯蜀发动的几次进攻，没有一次是亲自动手的。
义熙三年（公元407年）八月，刘裕曾命老友刘敬宣和弟弟刘道规为主帅，出兵讨蜀。谯纵一面命大将谯道福率蜀军据险死守，一面又紧急向后秦求救，姚兴也迅速调秦军两万前往援蜀。结果战局长期僵持，一直拖到第二年七月，刘敬宣虽然没在战场上失利，但晋军因粮草不继，疫病流行，损失过半，无奈之下，只得撤兵。