第二年春，缓过劲来的卢循命麾下第一猛将徐道覆为先锋（卢循的姐夫），再次进攻东阳。刘裕迎击，于二月八日大败徐道覆，因功被桓玄升为建武将军、彭城内史。升官归升官，和去年一样，刘裕仍然没有趁热打铁，又给了卢循大半年的恢复时间。到了八月，磨磨蹭蹭的建武将军刘裕终于主动出击，兵锋直指永嘉。卢循迎击，战败，退守，再败，只好弃永嘉南逃。刘裕率军在后面不紧不慢地追击，卢循屡败，一路南逃到晋安（今福建福州市），从晋安乘船遁入大海，继续向南方逃去。刘裕此时没有水军，追到晋安后回师北返。
十几天后，刘裕到达会稽郡山阴县，在这里遇上了正等着他的好友何无忌。何无忌可不是来找他聊天的，而是来说服他造反的。作为刘牢之的外甥，他对舅父的大仇并无一日忘却，而复仇的所有希望都在刘裕身上了。
因此，他一直密切关注着局势变化，感到现在有机会了：首先，经过一年多执政，桓玄人心已失；其次，桓氏集团的重要成员，桓玄的哥哥荆州刺史桓伟刚刚病逝；第三，刘裕重新得到起用，手中握有一支军队；第四，刘裕曾在会稽郡驻过军，因军纪良好，在这一带口碑甚佳，容易得到当地人拥护。因此，何无忌劝刘裕不要回去交令（那等于把现有的兵权交回去），就在山阴起兵反桓玄。
刘裕听罢，感到事关重大，没有轻率决定，悄悄找来与他交情很好的当地豪族孔靖商议。孔靖反对说：“山阴距离建康太远了(约四百公里)，起事不易成功。而且桓玄现在还没有篡位，此时起兵也没有足够的号召力，不如等桓玄篡位之后，我们在京口起事，可一举致其死命。”刘裕权衡利弊后，认为孔靖说得更有道理，决定暂不行动，装作忠于桓玄样子，等待更好的时机。
而此时，桓玄仿佛怕刘裕等久了不耐烦，正在与左右心腹策划代晋称帝的事宜。对此事最积极的是殷仲文和卞范之，两人一面向桓玄劝进，一面写好加赐“九锡”和晋帝禅位两份诏书，只差加盖印章了。见部下这么积极拥护，桓玄便同意了，一切按部就班地进行。
九月初，皇帝下诏，任命桓谦为侍中、开府、录尚书事；王谧为中书监、司徒；桓胤为中书令；加授桓修抚军大将军。
九月十六日，皇帝再下诏，划出十个郡建立楚国，封桓玄为楚王、相国，总管文武百官。接着，又加赐桓玄九锡。
所谓九锡，是指九种礼器或特殊待遇，表示天子对大臣的最高礼遇。包括：一、金车大辂和兵车戎辂各一辆、佩黄马八匹；二、衮冕之服，加上配套的赤舄（xì，指鞋)一双；三、皇家校音器具一套；四、宅第赏赐红漆大门；五、上朝可享受贵宾专用通道；六、虎贲卫士三百；七、红色专用弓箭一百支，黑色专用弓箭一千支；八、金色斧头（也就是黄钺）；九、供祭礼用的香酒，以少见的黑黍和郁金草酿成。九锡本身并没有太大价值，但有极高的象征意义。
一般来说，在中国历史上，“加赐九锡”是篡位干线上很重要的一站，过了这一站后，如果不发生车祸（根据历史经验，篡位干线一向是事故高发区），那么篡位列车的前方到站便是终点站“祭天受禅”了！
【灵宝登基】
虽然离皇帝宝座只有最后一段路了，但通常这段路也是全程中最崎岖、最考验司机驾驶技术的。因此桓玄仍有疑虑，其中很重要的一条就是他要弄清楚：刘裕是否支持自己称帝？
击败卢循，凯旋后，刘裕顺顺当当地将兵权交还北府现任领导桓修，其表现不但是能干，而且表明没有拥兵自重的私心，这让桓玄非常满意。同时，他在北府军旧部心目中的地位也完全取代了刘牢之，成为北府军新的精神领袖，其实际影响力远不是官方指定的北府最高长官桓修所能比的，因此桓玄已经无法忽视他的态度。
于是，他让负责日常政务的堂兄桓谦去探探刘裕的口风。接到任务的侍中大人不敢怠慢，亲自来会见刘裕，悄悄对刘裕说：“如今楚王勋高德厚，朝中有不少人在议论，都认为应有禅让之事，不知你怎么看？”显然，桓玄、桓谦兄弟已经把刘裕当成实话实说的至诚君子了，殊不知出惯老千的刘寄奴正准备要钓鱼执法呢。刘裕说：“当今楚王，是宣武（桓温，其谥号“南郡宣武公”）之子，不论功勋德望，皆是当世无比！而晋朝衰弱已久，民众的期待指望，早已不在司马皇家的身上。此时顺应天意人心，接受禅让，有何不可？”桓谦听罢大喜道：“既然连你都说可以，那就肯定可以了！”
事后看来，桓氏兄弟在此事上的天真程度令人咋舌。就算是白纸黑字的誓书，都不见得可信，何况是一句空口无凭的话？桓玄与桓谦竟然就信了！
一般来说，桓玄识人的能力还是不错的，如当初对殷仲堪的判断，就不差分毫。对刘裕的才干，他也有清醒的认识，怎么还会犯这样致命的错误呢？桓玄之所以上当，很大程度上是被刘裕以往的表现和刘裕的低下出身给蒙蔽了。
在桓玄看来，刘牢之反司马元显时，刘裕曾强烈反对，当刘牢之再反桓玄时，刘裕不但不从，还辞官还家，证明了他不仅不是刘牢之的同党，而且很有操守，绝非刘牢之之流的反复小人；不久前击破卢循，也很快交还兵权，显得完全没有野心，此人应该是一条直性汉子，心口相随，言出必行。再加上桓玄出身高贵，必然沾染了当时盛行的门阀观念，很可能认为，刘裕虽战功卓著，但出身低，资历浅，眼光定然不会很高，随便得件东西都能当成宝，能得到自己的破格提拔，定然会感恩图报。
放下心来的桓玄，开始为篡位进程的最后冲刺添加燃料。首先，他继续做戏，上书司马德宗，请求辞职，返回封国养老。然后让傻皇帝亲自作书挽留，不行啊，国家人民离不开你啊！（很怀疑这条记载的真实性，学不会说话的司马德宗学得会写字吗？）桓玄便顺理成章地留了下来，一副勉为其难的样子。其次，各种天降“祥瑞”当然也是不能少的，十月，有地方官员奏报：淤塞多年的钱塘县（今浙江杭州）临平湖湖面突然开通，充满清澈的湖水。这个消息一传到建康，朝中文武百官齐集庆贺。司马德宗下诏曰：“这样的祥瑞不是我这个德薄的君主所能承当的，一定是因为相国的功德达于极致，所以天地为之动容！太平的教化，就数今天最为盛大，四方的百姓，无不心悦诚服，只恨语言贫乏，都找不到可供赞美的言词了！”如此肉麻地吹捧自己，桓玄仍能不起鸡皮疙瘩，让人叹服。不久，又有地方奏报，江州降下甘露，为“祥瑞运动”锦上添花。
除了制造“祥瑞”，桓玄还有一个很可笑的想法，认为每逢圣王开基之时，天下都会有著名的隐士，比如周武王时有伯夷、叔齐；汉高祖时有商山四皓，即汉初隐居商山的四个老头，“东园公”庾宣明、“夏黄公”崔少通、“绮里季”吴实和“甪（lù）里先生”周元道；汉光武时有严子陵（刘秀的同窗，隐于富春山）；晋武帝时有皇甫谧（汉末名臣皇甫嵩的曾孙，著名学者，有《帝王世纪》、《列女传》等著作传世）。如果自己开国时没有大隐士的话，岂不是比前辈掉价？奈何大隐士这种东西通常产量不高，并不像货架上的大白菜，随到随买。虽然楚王说了：“这个可以有。”但下属的调查报告是：“这个真没有！”
不过这点小困难岂能难住桓灵宝？只要发挥一下主观能动性，任何人间奇迹都可以创造出来，何况只是个隐士。桓玄派人像星探一样四处搜寻合适的人选，找到皇甫谧的六世孙皇甫希之，决定由他来扮演隐士。桓玄给了皇甫希之一笔钱，命他进山中隐居，然后让皇帝下旨，征召他为著作郞，但又命皇甫希之推辞不就。接着，再让皇帝征召，再让皇甫希之拒绝……这样的双簧反复演了几次之后，朝廷下旨褒奖，宣布了对皇甫希之的鉴定结果——“高士”，一位大隐士就这样被生产出来了！可惜，和上一个剧本一样，这次的演出也不太成功，当世人都讥笑皇甫希之为“充隐”（冒充的隐士，连山寨版都算不上）。
各种准备工作做足之后，大亨二年（公元403年）十一月，冗长啰唆的禅位仪式正式到来：十一月十八日，由卞范之把拟好的禅位诏书拿到皇宫，要安帝司马德宗照着抄写一遍，由临川王司马宝负责协助（恐怕是由司马宝代笔）。十一月二十一日，司徒王谧入宫，从安帝处取走传国玉玺，呈献给楚王桓玄。十一月二十三日，司马德宗搬出皇城，暂住永安宫，后与弟弟司马德文一起迁往寻阳（今江西九江）。十一月二十四日，晋朝历代皇帝的牌位被迁出太庙，在朝的文武百官一齐出城，去姑孰向桓玄劝进。十二月三日，三十四岁的桓玄正式在九井山的受禅台登基称帝，国号“大楚”，改年号为“永始”,实现了桓温未能实现的梦想。桓玄追尊父亲桓温为“太祖宣武皇帝”，嫡母晋南康公主司马兴男为“宣皇后”。如果司马兴男还活着，不知她是愿做晋朝的公主，还是楚朝的太后。儿子桓升为豫章王，桓家人如桓谦、桓修等一班兄弟子侄也各自封王。立国已一百三十八年的晋朝（包括西晋）暂时灭亡。
【波澜涌动】
今天如果你问大楚朝的开国皇帝是谁？十个人起码有九个半不知道：楚朝？有这么一个朝代吗？是陈胜（张楚）或是项羽（西楚）？这怪不得大家，只怪这个楚朝实在太短命，其地位又未得到正史承认。
短命的大楚朝，一开局就没什么好兆头。十二月九日，桓玄住进建康的皇宫，就在他登上皇帝御座的时候，不知是因为体重超标需要减肥，还是御座让人动过手脚，这个本该质量很过关的座位竟一下子塌了！不但让摔了一跤的大楚皇帝很没面子，更让在场群臣大惊失色。好在此时侍中殷仲文挺身而出，及时展示了职业马屁精的专业素养：“这一定是因为皇上的恩德太过厚重，连大地都难以承载！”桓玄才转惊为喜。
虽然这件事让殷仲文糊弄过去了，但其实桓玄并不心安。一个多月后，大楚永始二年（公元404年）二月一日夜，长江突发洪水，大水突破堤防冲进石头城（今南京市西北），卷走了不少居民。民众的哀号呼救声与怒涛澎湃的声音交织在一起，震天动地，正在皇宫中尚不明原由的桓玄听到后大惊：“难道是有人造反了！”桓玄之所以产生这样的误解，是因为早在他称帝前，随着民众对他越来越失望，各地对他的反对声浪已经渐渐从无到有，由小变大了。
大亨二年（公元403年）九月，原殷仲堪的旧部庾仄，趁荆州刺史桓伟病逝，新刺史桓石康还未到任的机会，集结七千余人，突然进攻襄阳，打败雍州刺史冯该，攻克城池。而后庾仄设立晋朝七代皇帝祭坛，声称要为晋朝讨伐奸贼桓玄。后来桓石康到任，调大军征讨襄阳，庾仄战败逃往后秦。
同月，已逃到南燕的高雅之和中书侍郎韩范上书南燕皇帝慕容备德（即慕容垂的幼弟慕容德），请求燕军南下讨伐桓玄，声称：“桓玄犯上作乱，上下离心离德，”“即使不能平定吴会，至少长江以北唾手可得！”但慕容备德考虑再三后不愿惹是生非，只在都城广固（今山东益都）举行了一场盛大的阅兵式，便不了了之。史书记载，参加此次阅兵的军队步兵三十七万，骑兵五万三千，战车一万七千辆，这几个数字可以肯定被夸大了。假如这几个数字是真的，这将是整个世界历史上规模最大的一次阅兵。燕军南下虽未成为现实，但证明那些流亡在外的前朝政要们一直没有放弃打回来的谋划，威胁仍然是现实存在的！
不久后，更大的乱子发生在益州（今四川）。水淹石头城的同月，益州刺史毛璩拒绝接受桓玄授予的散骑常侍、左将军官职，不承认大楚皇帝的合法性。并扣留了桓玄的使臣，传檄四方，列举桓玄的罪状，号召天下共讨之！同时命部将巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之挥军进攻，打败了楚朝任命的梁州刺史桓希，然后亲率益州军队沿江东下，推进到白帝城（今重庆奉节县东白帝山，刘备的托孤地）。刚刚立国没几天，楚朝的西面，就出现了一个不容忽视的敌人。
【英雄集结】
可能是为了商议如何对付西边的危险事态，本月，大楚帝国的徐、兖二州刺史、安成王桓修从京口进京朝见桓玄，在陪同人员中，就有官拜彭城内史的刘裕。这是桓玄与刘裕两人的第一次见面。
在历史上，这两位同样篡晋称帝的“同志”见了面，究竟说了些什么，史无明文，但可以确定的是，未来的宋武帝给此时的大楚皇帝留下了深刻的印象。第一天会见结束后，桓玄对他的重臣，刘裕曾经的恩公司徒王谧赞叹说：“刘裕气度不同于常人，真算得是当今人杰了！”而且这句话是纯粹的夸奖，不暗含着“说破英雄惊杀人”一类的居心。接下来的几天里，不论是出巡还是朝堂集会，桓玄都要召刘裕作陪，对他殷勤款待，屡屡重赏，还特别下旨嘉奖刘裕及属下有功人员：“刘裕以寡敌众，屡次击破贼寇的锋芒，并跨海穷追（指进攻郁洲），将这帮妖道十歼七八。其属下众将奋力作战，虽重伤不下火线。因此从主帅到各级将士都应该重赏，以奖励诸位的功勋！”公平地看，桓玄对刘裕的恩遇并不亚于苻坚待慕容垂。
当年苻坚初见慕容垂，重臣王猛便认为慕容垂非久居人下之人，劝苻坚趁早杀之！而桓玄身边正好也有这么一个角色，便是桓玄的皇后刘氏。她对桓玄说：“刘裕龙行虎步，视瞻不凡，恐怕不会久居人下，不如趁现在把他除掉！”这话几乎和王猛说的一模一样，而桓玄的反应也和苻坚相差不大：“我正要扫清北方，平定中原，除了刘裕，还有谁能担当这样的重任？你说的那件事，等将来天下一统，再慢慢考虑吧。”
桓玄大概没想到，他对刘裕的厚待，刘裕在内心丝毫不为所动。按照刘寄奴早已盘算好的步骤，大楚皇帝已经是他将要捕杀的猎物！几天后，刘裕假称自己旧伤复发，要回去养病。桓玄毫无戒心，便让他离开建康，与何无忌一起，乘船返回京口。
才刚回到家，就有一位京口老乡来找何无忌，此人是青州刺史桓弘的参军，桓玄身边红人刘迈的弟弟——刘毅。刘毅，字希乐，祖籍和刘裕一样，都是彭城（今江苏徐州），至于是不是汉室宗亲，就不大清楚了。他少有大志，自负有文武才干，不治产业，也就说他和刘裕一样喜欢，甚至更喜欢赌博，可能赌技还要更高一点，因为没听说他曾让人吊起来打。总之，这个人极有冒险精神，天生就是不安分的主。
刘毅一见到何无忌，便开门见山地提出，要同何无忌一起谋划讨伐桓玄，看来他早看出何无忌的心意而且胆子更大，不愧是赌徒。何无忌假意说：“如今桓家这么强大，如何对付得了？” 刘毅满不在乎地说：“世间的强弱是不断变化的。如果领导无方，即使现在强大，也很快会变得弱小！要举大事，现在缺的只是一个能干的带头人罢了。”何无忌试探他说：“我看草莽之间，不是没有英雄啊！”刘毅坦言道：“以我所见，当今能算英雄的只有刘裕一人而已！”何无忌笑而不答，其意尽在不言中。
随后，以刘裕、刘毅、何无忌三人为首，悄悄汇集了一批志同道合的好汉，开始秘密策划讨伐桓玄。除了三个领头的，这个反桓集团的主要成员还有以下几人。