【道坚自缢】
尽管没能得到刘裕的支持，刘牢之仍召集其他属下，宣布了自己打算据守江北，讨伐桓玄的决定。如果说他在几天前背叛司马元显的决定已经让众将跌破了眼镜，现在的声明则更遭到了部下几乎一致的强烈反对。
早在洛涧之战时就追随刘牢之的参军刘袭不顾多年交情，当面斥责上司：“这个世上最不能做的事就是背叛！将军在几年前背叛了王兖州（王恭），近日背叛了司马郎君（司马元显），现在又要背叛桓公！一个人三次背叛，还有何面目立于天地间？”说完，完全不给老帅面子，起身离开大营，很多将佐也跟着他一起离开，人一下子就走了差不多一半。刘牢之傻了眼，这回真是人心散了，队伍不好带啊！
难带还得带，惶惶不安的刘牢之让儿子刘敬宣潜回京口，把家属接出来。同时带着他剩下的部属往东北走，向广陵方向撤退。刘牢之此时在北府军中的威信已经丧失殆尽，部下一路走，一路散，人越来越少。到了和刘敬宣约定会合的地点，刘敬宣却因为那天大雾，城门延迟数时辰才开而误期未到。一时间，不明原由的刘牢之以为事情败露，儿子可能已经被杀了！一连串的打击，让他五内如焚，伤痛莫名，精神几近崩溃！浑浑噩噩间，带着余众继续走，最后几个下属看他这副恍恍惚惚的样子，倍感寒心，知道老帅这次真是没救了，还能跟着他寻死么？待到新洲（建康北面长江中，今八卦洲）时，剩下的人差不多也都跑光了！
四顾茫然，刘牢之突然清醒过来：自己已经无路可退了！刘裕说得果然没错，我连广陵都到不了啊！我刘牢之竟也有今天！
此时正值阳春三月，春风又绿江南岸，空气中弥漫着野花的芬芳，但刘牢之已经闻不到了，他的心里已是肃杀的寒冬。百战老将悲从中来，走到一棵大树旁，用一根绳索结束了自己的生命。曾经的光荣与梦想，所有的罪过与悔恨，都化做过眼的烟云，万事皆休。
过了一阵子，迟到的刘敬宣赶到新洲，发现老父已成亡魂，顾不得哀悼，也来不及给父亲收尸，便匆匆忙忙渡江，逃往广陵。亏得刘牢之的部分故吏念及往日情意，一起买了棺木将他的灵柩送回丹徒安葬。
几天后，桓玄听说刘牢之已死，大喜之余，下令挖开其坟墓，将尸体拖出斩首，然后曝尸于市！接着，桓玄乘胜追击，开始对群龙无首的北府旧将们进行大清洗：吴兴太守高素（可能是高雅之的父亲）、将军竺谦之及其堂兄竺朗之、面斥过刘牢之的参军刘袭、刘袭的弟弟刘季武、刘裕的老上级孙无终等人，相继被杀害！从这一系列举动可知桓玄对刘牢之和北府军的忌讳之深，更彰显了刘牢之投降桓玄的做法是何等愚蠢。扬扬得意的桓玄宣布大赦天下，改年号为“大亨”。这一年晋朝有三个年号，分别是元兴元年、隆安六年、大亨元年。
面对这种情况，暂时不在桓玄控制中的北府将领及道子党的残余们，根本不相信大赦天下能赦到他们，只有联手反抗了。刘袭的兄长冀州刺史刘轨、司马尚之的弟弟司马休之、刘敬宣、高雅之，还有袁虔之、刘寿、高常庆、郭恭等人，先到广陵，再逃到山阳（今江苏淮安县），同时派遣使者向后秦求援，企图讨伐桓玄。但人心已散，加上后秦姚兴正好在柴壁之战中大败于北魏拓跋珪，根本无力支援。面对桓玄军队北上，众人无计可施，只得各自逃亡。其中刘轨、司马休之、刘敬宣、高雅之逃奔南燕，袁虔之、刘寿、高常庆、郭恭逃奔后秦，由谢玄创建的北府军政集团暂时瓦解。
至此，在原北府的高级将领中，只有刘裕、何无忌等少数几人因为早早辞去军职回乡，既和刘牢之划清了界线，又显得没有拥兵自重的野心而大得桓玄欢心。桓玄很清楚：要实现稳定的统治，光靠挥舞大棒显然不行，胡萝卜也得适时出手。一方面打击反对派，一方面也得树立榜样，而刘裕各方面的表现都使他成为此时桓玄最需要的正面典型：既是常胜名将，又有爱民的好名声，又没有野心（这点最重要，虽然桓玄其实是看走眼了），虽出身北府却不是刘牢之等人的党羽，奖励他正好可以安抚忐忑不安的北府余部。总之，这样合适的人还能不重用么？
于是，刘裕的又一条预言应验了：“今方是玄矫情任算之日，必将用我辈也。”大亨元年（公元402年）五月，刘裕辞职回乡之后仅两个多月，就被桓玄征召起用，任命为抚军中兵参军，前往东阳（今浙江金华），讨伐孙恩的余党卢循。
【孙死卢继】
自隆安五年（公元401年）底，孙恩被刘裕打得大败逃回舟山群岛后，晋朝政府为防止他死灰复燃，下令封锁沿海，禁止船只出海，切断沿海居民与孙恩的联系（后来明、清两朝的海禁政策大概就是受此事的启发）。这项制度一实施，孙恩的补给几乎断绝，处境变得极为困难，而后岛上又发生瘟疫，很多人病死。万般无奈之下，孙恩不得不带着不多的部下于大亨元年（公元402年）三月第五次登陆，进攻临海（今浙江临海）。
这次他的声势和实力都已远小于前四次，一上岸就让临海太守辛景打得大败。孙恩盛时曾有十几万人，现在只剩下几千人，不由得心灰意冷，又怕成为晋军的俘虏，便心一横，投海自尽。
当初孙恩第一次登陆时，三吴地区下层的五斗米道信徒们，不分男女老幼纷纷加入，其中有不少妇女带着婴儿，影响了大队人马的行军速度。孙恩见此情况便下令：将婴儿装在竹篮子里投入水中！并作祷文说：“恭喜你们先登入仙界，我随后就会来找你们！”孙天师果然言而有信，说到做到了。同时还有几百名狂热的信徒也陪着孙恩一起投海，一起当“水仙”去了。剩下的大部分“长生人”没有跳海，可能他们估计自己的“功力”还达不到成仙的境界，便公推孙恩的妹夫卢循为首，继续“修行”。
卢循，字于先，小名元龙，祖籍范阳涿郡（今河北涿州）。与大舅子孙天师相比，卢循的祖上要显赫得多，远祖可以推到汉末大儒卢植。卢植学识渊博，刚毅有大节，常怀济世之心。在东汉曾官居侍中，当过刘备和公孙瓒的老师。在黄巾起义时，连败黄巾军首领张角，但因不肯向来前线视察的宦官左丰行贿，被装在囚车里拿送京城，按减死罪处罚。
卢植之后，卢家一连数代都是政府中的高级官员，成为家世显赫的名门望族。但经历了十六国的大乱之后，卢家人因为曾出仕“伪朝”，南渡又太晚，门第因此一落千丈，江表士族再不把卢家当名门看待。到卢循这一代，卢家只能屈尊降贵，娶门第不显的孙恩之妹为妻了。卢循少年时就显得神采不凡，多才多艺，隶书与草书都写得很好，棋艺高超。有一个叫慧远的和尚曾对他说：“你虽然外表儒雅不俗，但内心却不想走正道！”
慧远和尚没说错，但话又说回来，这能怪卢循吗？不想走正道的原因是正道不好走啊！卢循的情况与杨佺期颇为类似，都生于已没落的昔日名门，对现实不满是理所当然的。而在当时“上品无寒门，下品无世家”的大环境下，他们的身份要靠官方正常的用人程序来出人头地几乎是不可能的，偏偏他们又都是不甘于平庸的人，所以为了重振门楣，杨佺期选择了从军，卢循选择了造反。
与孙恩相比，卢循为人要温和得多，孙恩好多次滥杀无辜，幸得卢循的劝止，有不少人因此获救。大概也因为这个原因，他在孙恩部众中很得人心，故在孙天师死后，顺利成为其余部首领。出身书香世家的卢循，“道行”可能没有孙恩高，但比孙恩更有当领袖的能力，尽管受任于危难之际，还是很快稳住了阵脚，这股势力并没有因作战失利和孙恩“成仙”而消亡，反而大有回升之势。
此时桓玄刚在建康执政不久，需要操心的麻烦事太多，暂时分不出时间来对付卢循，于是顺水推舟，发了一道招安令，任命他为永嘉（今浙江温州）太守。卢循也需要时间来喘息，便恭恭敬敬地接受命令，带领部众前去上任，由黑道洗成了白道。
【桓玄弄权】
自孝武帝死后五年间，晋朝便一直处于动荡不安内战频繁之中：三次“昌道内战”，孙恩五次登陆，还有桓玄灭殷仲堪、杨佺期之战，几乎没消停过一天。民众们苦于连绵不绝的天灾人祸，非常渴望能出现一位政治强人来结束乱局，救民于水火。因此，当桓玄刚刚进入建康城的时候，惩办了司马元显信任重用的奸邪小人，提拔了一批素有清誉的名士进入领导阶层，使他一时间民意支持率极高，那时京城一片欢腾，人人都以为太平盛世就要出现了。
但一般期望值越高，现实带来的失望就越大。桓玄的本事尽管比司马元显强一些，但从本质上说，他们仍是同一类人，都是贪图享受、眼高手低的纨绔子弟。这一点有不少人已经看出来了。当逃亡的北府将领袁虔之到达长安时，后秦主姚兴问他：“桓玄的才干如何？及不及得上桓温？将来能否成大事？”袁虔之的回答有惊人的预见性：“桓玄利用朝政混乱的机会，窃取国柄，并非才干过人。他为人猜忌成性，刻薄残忍，又刑赏不公，依我看，比他父亲差远了！从现在的趋势看，他必然要篡位，但以他的能力不可能成功坐稳江山，最终只是为将来的英雄开道，成为他人向上攀登的垫脚石罢了！”
果然，没过多久，众人就失望地发现：虽然在建康尚书台办公的长官由司马大人变成了桓大人，朝廷上下都换上了新面孔，但这个新政权并没有什么新气象。除了新任广州刺史吴隐之等少数人外，各级官员更加腐败。
桓玄的奢侈放纵，不但比司马元显毫不逊色，而且更讲究生活品位，在这方面他颇似数百年后的轻佻天子宋徽宗。例如，他既喜欢珠宝玉器，又喜欢名贵字画，还喜欢景色幽雅的园林美宅。对这些东西，时时赏玩不够，只要听说什么地方有这几类宝贝，就要去把原主人找来，然后与之赌博，把这些东西赢归己有，估计也不是桓大人赌技超人，只是没人敢赢他罢了。不仅如此，还派出左右亲信前往四方探访，一旦发现有漂亮的竹木、佳果，就要设法搬来装饰自己的宅第，完全是“花石纲”的前身。
有桓玄的榜样在前，他的亲信们也都飞扬跋扈，贪赃枉法，如主要谋士丹阳尹卞范之，“盛营馆第。自以佐命元勋，深怀矜伐，以富贵骄人，子弟慠慢，众咸畏嫉之”。（《晋书·卞范之传》）侍中殷仲文，“以佐命亲贵，厚自封崇，舆马器服，穷极绮丽，后房伎妾数十，丝竹不绝音。性贪吝，多纳货贿，家累千金，常若不足”。（《晋书·殷仲文传》）
当然，让一部分人先富起来是合理的，追求生活品位也不算过错，但前提是不能把自己的幸福建立在剥夺更多人幸福的基础上。就在桓玄及其一小撮同党纵情享受的时候，大部分人的生活水准却在继续恶化，甚至到了连皇帝司马德宗都受冻挨饿的程度，一般百姓的处境可想而知。
作为一位国家领导人，桓玄缺少足够的政治智慧，但对做表面文章很拿手，很喜欢做戏。大亨元年（公元402年）四月，桓玄离开京城前往姑孰（桓温掌权时常驻此地遥控朝廷），作出谦让的姿态，请求辞去录尚书事职务，并让皇帝下诏同意。表面上桓玄不参与国政了，但实际上朝廷每有重大决定，都必须到姑孰请示他后才下发诏书，一般的小事则由他堂兄尚书令桓谦和亲信丹阳尹卞范之决定，换汤不换药。
而且自桓郎中问诊以来，也没开出过什么好药。因为没有全局观念，桓玄治国喜欢苛察琐碎的小事，以显示自己明察秋毫；因为缺乏长远规划，所以朝令夕改，让下边的人无所适从，具体政策的出台往往失误频繁。当时三吴的饥荒仍在继续，很多民众逃离家园谋生。但到处都是避难流民，与桓公治下天下承平的局面不和谐，于是，桓玄一方面下令赈灾，一方面勒令各地难民回家。这原本应该是条善政，但桓玄只是泛泛地命令赈济，并没有调拨足够的粮米，又被经手官吏层层克扣，结果被召返乡的难民无粮可食，纷纷倒毙路旁，酿成了更大的悲剧！自然，这种情况不会妨碍桓玄的属下继续吹捧他爱民如子，为他歌功颂德。
所以到了八月，一批官员在桓玄的暗示下，上书皇帝：太尉桓玄因平定司马元显有功，应该加封豫章郡公；因平定殷仲堪和杨佺期有功，应该加封桂阳郡公。虽然这些天来，这枚橡皮图章时不时要饿肚子，但仍忠实地履行了自己的职责：准奏。
桓玄原本承袭桓温的爵位，已经是南郡公，现在又多了两块封地。就像一位阔佬有了三处豪华别墅也只能住一处一样，为了不闲置房产，桓玄将豫章郡公让给只有四岁的儿子桓升，桂阳郡公让给侄子桓浚。
之后，桓玄继续从事“演艺生涯”，这次他要挑战的新角色是大义凛然的爱国将领。第二年春，桓玄上书，表示要亲率三军，北伐中原，扫平关洛，攘除奸凶，兴复晋室，还于旧都！那股子慷慨义烈，实不下诸葛武侯！谁料这份充满爱国激情的奏章递上去后，朝廷却下诏：不准。谁让桓大人又是位一心奉公的“忠臣”呢？于是只得“奉诏”停止行动。唉，虽然满腔忠义，奈何报国无门，惜哉！
这本来是个好剧本，但因为几乎人人都知道圣旨是怎么回事，因而桓玄的演出并不太成功，感动的人不多，人们大多都在暗中偷笑。想来，桓灵宝如果活到今天，一定能去洛杉矶领取金酸莓大奖！
经过这一轮轮来回折腾，桓玄治国的能力大家总算是了解了，天下人无不对其大失所望，民意支持率仿佛次贷危机后的道琼斯指数，一直跌跌不休，逐渐滑落谷底。
【重装上阵】
这个时候，三吴一带连灾情相对较轻的会稽郡，户口都减少了百分之三四十，而临海（今浙江临海）与卢循刚刚就任太守的永嘉（今浙江温州）二郡更是重灾区。由于饥饿和逃亡，两郡的民间十室九空，不少富贵人家虽然穿着绫罗绸缎，抱着金银珠宝，却因买不到食物，只能关上大门，活活饿死家中。
卢循虽然已经是朝廷命官，但桓玄肯定不会给他的人发饷，他们估计也没练过“辟谷”之类的功夫，道爷也是要吃饭的！大亨元年（公元402年）五月，卢循率领他的人从永嘉出发，洗劫了临海郡（辛景虽然打败了孙恩，但拿卢循没办法），发现这一带几乎没什么可抢的，又转攻东阳（今浙江金华）。不想很不走运，因为刘裕已经重装上阵，来了！
听说受招安不久的卢循又在惹是生非，桓玄很生气，后果很严重，决定对这个不识好歹的家伙给予迎头痛击。谁能承担这个任务呢？桓玄想到了刘裕。他正想从原北府军中树立一个先进典型，消除军方的不安定因素。未参与政治斗争，没有野心，又特别能战斗的刘寄奴再次脱颖而出。
自孙恩起兵以来和刘裕交手多次了，不管占有多大的优势，结果都是每战必败！久而久之，他们对刘裕都形成了惯性恐惧，见到他就如同老鼠见到猫，这样的战斗自然没什么悬念，卢循理所当然地被打败，朝永嘉方向溃逃。
可能因为刘裕军也缺粮，或是兵少，或是桓玄在上，刘裕也不想这么快就解决掉卢循，有养寇之心。总之，完成救援东阳的任务就行了，没必要太积极，当出头鸟有什么好？刘裕没有乘胜追击，这使卢循顺利退回永嘉。