刘牢之早年的经历，我们不太清楚，但可以想见，一个出身低下又不符合时尚口味的北方流民，一定碰过很多壁，一定见惯了世族高门的白眼，他们处处用不经意间表露出来的优越感提醒着刘牢之：你低人一等！久而久之，刘牢之自己也在不知不觉间接受了这个身份定位：自己只是给人打工的！即使后来战功卓著，荣升高位，依旧是打工者的姿态。虽然他也曾对此感到愤愤不平，但他的做法只是换一个老板，从没想到自己也是可以当老板的。
据说印度的驯象师在驯象时，会将刚出生不久的小象绑在小木桩上，活泼的小象自然不乐意，会极力想挣开，但因为身体弱小，怎么也挣不脱。一次次的挫败就会深深印在小象的脑海，让它感到小木桩是不可战胜的。等到它长成身强体壮的成年象，驯象人再将它绑到小木桩上时，尽管此时它能轻易拔掉木桩，但小时的印象已成为心理障碍，使得它再也不敢尝试挣脱，不知道自己已经足够强大，仍只能被绑在小木桩上。
刘牢之的误区就在于：他已经到了非当老板不可的位置，却仍然把自己当成打工仔，并天真地以为，离开了司马元显，还可以给桓老板打工，不知道已经没有老板敢要他这样的员工了！不管怎样挣扎，他终究还是挣不脱自己心灵深处的那根小木桩，悲哉！
三月一日，刘敬宣奉刘牢之的命令觐见桓玄，威震天下的北府军不战而降。
【晋廷易主】
见到前来请降的刘敬宣，桓玄非常高兴，任何人捡到这样的大馅饼都没法不兴奋，这标志着进京的道路已经畅通无阻了。为了麻痹刘牢之，桓玄举办盛大的酒宴，款待刘敬宣，还特意搬出自己珍藏的名家书画与刘敬宣一同观看，那情形着实是亲密无比。刘敬宣乃实诚人，对这套把戏信以为真，而桓玄的左右都在一旁偷笑。
朝廷的讨伐军统帅司马元显在听说刘牢之倒戈，桓玄军陆路已到新亭（今江苏南京市南，临江依山所筑的军事要塞）时，连忙离开住了半个月的“船上宾馆”，逃回建康城。三月三日，司马元显壮着胆子集合守军，出城布阵于宣阳门外，筑垒防御。此时军心已乱，还没见到桓玄军队，就有传言说：桓玄已经到朱雀桥（在今南京市南秦淮河上，刘禹锡诗“朱雀桥边野草花，乌衣巷口夕阳斜”说的就是此处），士兵开始逃亡。桓玄军的前锋小队刚出现，只喊了一声：放仗（缴枪不杀）！晋军便完全崩溃，四散逃命！
司马元显几乎孤身匹马，仓皇逃进城中。平日里“捧月”的“众星”们，此时差不多跑了个精光，只剩下张法顺还跟着他。巨大灾祸终于降临，打掉了司马元显身上的最后一点自信，洗去了他身上所有的华彩，让他重新变成一个无助的孩子。恍恍惚惚间，他逃进司马道子的宅第“东府”，向父亲问计。司马道子那两下子还不如儿子呢，能有什么好主意？父子俩只能抱头痛哭。
稍后，曾是司马元显身边马屁军团骨干之一的从事中郎毛泰，带着人闯进东府，逮捕司马元显，将他押解到新亭码头，绑在拴船的石栏上，当着众人的面一条条地数落他的罪状！曾经不可一世的会稽王世子此时似乎已神志不清，只是喃喃自语：“我让张法顺害了，我让王诞（王导的曾孙，曾劝司马元显不可杀桓修、桓谦兄弟）害了！”直到此时，他仍然只是诿过于人，没有反省自己。
毛泰同志的事迹说明：这个世界从来都不缺少墙头草，越是在官场，这种植物生长得越茂盛。三月四日，朝中高官们声称奉皇帝旨意，出城迎接慰劳桓玄大军。桓玄便在众多高官谄媚的簇拥下，得意扬扬地进入建康，持续了多年的昌明党与道子党之争，至此完全画上句号，东晋进入了桓玄时代。为了显示拨乱反正，当天废止了刚刚使用不久的“元兴”年号（司马“元”显再也别想“兴”了），恢复旧年号为隆安六年。
桓玄当政后的首要大事当然是给自己和自己人加官晋爵，于是让司马德宗下诏：一、任命桓玄为都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，总理朝政，加黄钺；二、任命桓玄的哥哥桓伟为荆州刺史；三、任命桓谦为尚书左仆射；四、任命桓修为徐、兖二州刺史，顶替刘牢之掌管北府；五、任命桓石生为江州刺史；六、任命此次立下大功的谋士卞范之为丹阳尹。
除了这几个自家人，为了显示新政权具有广泛的代表性，桓玄也提拔了一批有名望的非嫡系人士，头一个便是王谧。王谧是王导的孙子，就是当初慷慨解囊，替刘裕还赌债的王长史。他在桓玄起兵之前，奉朝廷旨意前往荆州传诏，桓玄认为他家世高贵，素有清誉，非常适合给自己装点门面，便把他留下来，殷勤款待，极为礼遇。桓玄掌权后，王谧被任命为中书令，成为新政权的核心人物。
新领导班子的重要成员还有殷仲文、刘迈、刁逵等。殷仲文是殷仲堪的堂弟，同时也是桓玄的姐夫，原任新安（今浙江淳安）太守。他在得知桓玄起兵时，弃官前往投奔，坚决站在小舅子一边，与堂哥和司马元显划清界限，因此得到桓玄的赏识。刘迈曾是殷仲堪帐下参军，得罪过桓玄，等桓玄打进建康时，他专程跑来进见。桓玄板着脸训斥说：“你还敢来见我！不怕死啊？”刘迈回答：“射小白带钩的管仲，斩重耳衣袖的寺人披，他们都没有死，所以我自知不死。”桓玄此时心情正好，刘迈的马屁拍得又很上档次，再加上提拔一个无害的旧怨很能收买人心，因此刘迈也得到收用。还有前广州刺史刁逵，原先进京述职，被桓玄强留收用，现任命为豫州刺史，接替司马尚之。
论功行赏之后，接下来就是“惩办战争罪犯”了。三月五日，建康市民有机会大开眼界，一大批平日养尊处优的王公贵族被押赴“菜市口”，砍掉了高贵的脑袋。具体名单有：前骠骑大将军会稽王世子司马元显、东海王司马彦璋（司马元显的儿子，司马元显只有二十岁，儿子自然还是个幼童）、前豫州刺史谯王司马尚之、前武昌太守庾楷（赌博害死人啊）、前庐江太守张法顺、前从事中郎毛泰（毛大人白忙活了，折腾了半天，还得陪着司马元显一起死）。稍后，司马元显的另外五个儿子也全部被诛杀。骠骑长史王诞虽然也是司马元显的亲信，但因为他曾营救过桓修、桓谦兄弟，被免死流放岭南（和毛泰一比较，可见救人还是要强过害人）。
作为当今皇帝的叔父，会稽王司马道子得到一点优待，暂时免死。他先是被人检举：犯有酗酒、不孝的过失，理应斩首（司马道子酗酒是有名的，不孝不知从何说起。而且这两项“罪行”在《晋律》中的量刑应该也不是死刑）。桓玄佯作宽大，将他迁往安成郡（今江西省安福县东南）安置，数月后，悄悄遣人将其毒杀。
执掌了晋朝中央政府六年大权的司马道子父子至此双双毙命，道子党势力彻底瓦解，这一年，司马元显二十岁，司马道子三十八岁。客观地说，司马道子父子的失败实属自作自受，两个并不适合执掌权柄的纨绔子弟因为出身而成了国家的实际领导人，不论对他们自己，还是对万千民众，都是巨大的灾难。可悲的是，类似的灾难在此后的中国历史上，仍屡见不鲜。
关于他们的故事也没有完全结束，两年后，桓玄倒台，已经死去的司马道子和司马元显父子又摇身变成了正面楷模，朝廷下诏褒扬说：“故太傅公（司马道子）如伊尹在世，契阔皇家，论亲论贤，世间都无第二人可比。故骠骑大将军（司马元显）则在内总领朝纲，在外宣扬威略，志在荡平世间的灾难，以保护国家社稷。”特追赠司马道子为丞相，追赠司马元显为太尉，并加谥号“忠”。倍加哀荣，给他们补办了高规格的追悼会。
又过了几年，一个少年突然出现在建康，自称是司马元显的儿子司马秀熙，当年避难蛮中，逃过了桓玄的屠杀。司马道子的妻子，会稽王太妃王氏与他见面，认定是自己的孙子，便请求朝廷让司马秀熙继承会稽王爵位。
此时，在晋朝中央实际掌权的人已是刘裕。表彰司马道子父子那是做给别人看的，毕竟死人是无害的。但鉴于司马元显在司马皇族中曾有过的特殊影响力，刘裕并不希望他真有后人活在世上。于是，一个“真相调查委员会”很快成立了，并且很快拿出了刘裕最希望得到的调查结果：司马秀熙乃是一个叫勺药的奴仆冒充的！这个少年随即被斩首，王太妃痛哭不已，但再不敢多说一句话！关于司马秀熙案的真相，今天已经难以确知，但有一点是可以肯定的：司马道子一系，断子绝孙了！
【白衣还乡】
当年曹操攻克下邳，生擒了骁勇过人的徐州刺史吕布。曹操有意将其纳为属下，但因其反复，又有些拿不定主意，便征询左右的意见。刘备提醒他说：“曹公不记得丁原、董卓的事了吗？”结果，吕布就被拖下去“咔嚓”了。如今桓玄不用人提醒，王恭和司马元显的往事他记得很清楚。因此，差不多就在司马元显等人人头落地的同时，刘牢之也接到了新委任状：解除军职，调任会稽内史。
一眨眼工夫，自己就变成了军队转业干部，好个“大度”的桓公啊，才过河就拆桥！刘牢之就算政治嗅觉再迟钝，也闻出不对了：“桓玄刚上台就夺去我的兵权，大祸将至了！”正好，留在桓玄身边作人质的儿子刘敬宣提出，愿意回去做老父的思想工作，让他一心一意服从大局，绝对听从朝廷安排。面对这样“诚恳”的提议，桓玄竟然同意了，放刘敬宣去见刘牢之。说不清这究竟是桓玄的失算还是他的谋算，也许他认为刘牢之此时造反必败，有意引诱。
果不其然，刘敬宣一见到刘牢之，立刻把原来的承诺丢到九霄云外了，建议父亲立即举兵袭击桓玄，不可以坐以待毙！迟疑了一阵子之后，刘牢之决定再次造反，此时距离他背叛司马元显，投降桓玄才过去几天时间。
造反毕竟是一种超高风险投资，从历史经验来看，其血本无归的概率远远超过炒作纳斯达克的高科技股票。而且这也是一种不光彩的行为，反复的反叛更是对自身人格的彻底否定！不论成败，刘牢之都将名望扫地。所以，这并不是一个轻松的决定啊！
但刘牢之只能如此，因为前两次反叛还是他自己的选择，这回则是被逼上梁山了！刘牢之完全没有了背叛王恭时的从容镇定，也没有了背叛司马元显时的武断与专横，只能放下架子，用尽乎于哀求的口气向刘裕，这位最能干的下属寻求支持。像一个溺水的人在拼命寻找可供攀附的稻草一样，他对刘裕说：“我打算北退广陵（今江苏扬州市），与高雅之（时任广陵相）会合，然后举兵讨伐桓玄，你可以和我一起去吗？”
不知刘裕看着老帅憔悴的样子，心里可曾涌起万千感慨。曾几何时，刘牢之是晋朝寒门人士的一面旗帜，他的存在，给所有出身不高的人带来了希望：即使没有显赫的祖先，依然有可能凭借才干和努力出人头地！刘牢之自然也曾是刘裕的偶像和前进的标杆，而且刘寄奴能有今天，也离不开刘牢之的提携，刘裕并不是无情的人啊！然而，刘裕还是冷静地拒绝了老帅的乞求：“几天前，将军手握数万劲旅，不能一战，望风而降，使得桓玄得志，威震天下。如今正是他声望最高的时候，三军的人情，朝野的人望，都已倒向他，还有谁肯跟着你造反？将军如今莫说起兵，就是广陵恐怕也到不了！恕我不能陪将军了，只能脱下军服回京口去。”
东海中尉何无忌拿不定主意，问计于刘裕：“我该怎么办？”刘裕的回答展示了他对时势的敏锐洞察力：“我看这一次，镇北将军（刘牢之）免不了一死了！你不妨和我一起放弃军职，回京口避开此祸。这件事过去后，桓玄为了收买人心，必然会任用我们。将来桓玄如果能保守晋臣的节操，我们可以一起为他做事；如果他生异心，我们再设法算计他！”听此一番话，何无忌认定，刘裕便是值得他此生追随的人。两人遂结成生死至交，离开危机四伏的刘牢之，抛弃了军中职务，返回京口老家，白衣还乡。
一般情况下，刘裕是一个恩怨分明的人。对他有恩的人，如刘敬宣、王谧以及从母家人等，他都照顾有加；而欺凌过他的人，他也会加倍报复。但不管报恩还是报仇，都是有前提的，都是在不涉及重大政治得失的情况下。一旦事关大局，刘裕绝不会被感情左右，总能理智地做出尽乎冷酷的决定（尽管这些决定也并不全是正确的）。严格来说，刘裕仍然算不上一位合格的政治家，但他已经是一名高水平政客了。他对此后时局演变的预测，准确入微，远不是在政治上后知后觉的刘牢之所能比的。