之后他提出了解决教案问题的建议：“臣愚久已隐忧，深思补救之策，以为保教办案，亦在于变法而已；变法之道，在开教会、定教律而已。”（同上。）具体来说，就是建立一个全国性的孔教会，以衍圣公为孔教会的总理，“自王公士庶，有志负荷者，皆听入会”，并“听会中士庶公举学行最高为督办，稍次者多人为会办，各省府县，皆听其推举学行之士为分办”，然后由衍圣公出面以孔教会的名义与教皇定约、定律，如此则“教律既定，从此教案皆有定式，小之无轻重失宜之患，大之无藉端割地之害。其于存亡大计，实非小补”（同上书，93页。）。因为当时的教案主要发生在天主教的教堂，所以康有为的这个建议显然从各国天主教会和梵蒂冈的关系中得到了启发。（茅海建对康有为开教会、定教律以办教案的建议评论说：“从以上文字来看，康对西方教会及其相关法律并不知详，所拟‘以教制教’的方案，亦近同于说梦。”（茅海建：《从甲午到戊戌——康有为〈我史〉鉴注》，446页）说康有为“对西方教会及其相关法律并不知详”大概没有错，但没有注意到康有为这一建议受到各国天主教会与梵蒂冈的关系的启发，使得这一评论不够公允；而且，从朝廷的角度来看，教案问题最迫切的是与割地赔款有关的政治问题，因此，将康有为的这一建议概括为“以教制教”，就是完全错误的。即使康有为的孔教建制主张在一定程度上就是针对基督教而发，他的目的也是为了保孔教。）康有为注意到，在中国的天主教会一方面隶属于他们的国家，一方面隶属于梵蒂冈。于是，为了使教案问题与国家间关系脱钩，也就是去掉教案问题中的国家因素，他提出建立一个全国性的孔教会与梵蒂冈定约、定律，以避免国家以教案为借口进行要挟：“今若定律，必先去其国力，乃可免其要挟。莫若直与其教会交，吾亦设一教会以当之，与为交涉，与定和约，与定教律。”（《康有为全集》第四集，93页。）
那么，这是否意味着康有为在此主张建立的是一个独立于国家的教化组织呢？或者说，康有为在此主张建立的是否是一个孔教的梵蒂冈呢？答案是否定的。在康有为的建议中，衍圣公作为孔教会的总理要“上之朝”，对于孔教会的性质，他也明确地说：“教会之名，略如外国教部之例。其于礼部，则如军机处之与内阁，总署之与理藩院，虽稍听民举，仍总于圣公。则亦如官书局之领以大臣。”（《康有为全集》第四集，93页。）在1898年6月21日进呈给皇帝的《日本变政考》中，康有为如是概括他开孔教会以办教案的主张：“今宜改礼部为教部，以发明孔子之道为主，日讲君臣父子之义、忠爱之道，定集会教徒，讲说教义，结教会之例，定两教之律，及判讼之例。庶几吾教明，而教案易办也。”（《康有为全集》第四集，152页。）由此“吾教明而教案易办”的思路可见，康有为此处建议设立的孔教会实际上还是一个国家机构，其主要职能除了传播孔教之外，还承担国家的宗教事务管理工作。这样一个既有传教组织性质、又有国家宗教事务管理机构性质的孔教会意味着康有为那时的孔教主张仍然不脱早期官办教化的敷教思路，且在教案问题的激发下又出新义。
与此相应的是，康有为在《教学通义》中依据经典而提出的“通于治理而言教化”的观点正是他在这个折子中提出保教主张时所陈述的一个重要理由：“夫天之生民，有身则采君以群之，有心则尊师以教之。君以纪纲治大群，师以义理教人心。然政令徒范其外，教化则入其中；故凡天下国之盛衰，必视其教之隆否。教隆则风俗人心美，而君坐收其治；不隆则风俗人心坏，而国以从之。此古今所同轨，万国之道义也。”（同上书，94页。）顺此，康有为还对保教与保国、保朝廷的紧密关联作了进一步的发挥，并在“变法之本”的意义上论及保教的重要性：“若大教沦亡，则垂至纲常废坠，君臣道息，皇上谁与同此国哉？方今割地频仍，人心已少离矣。或更有教案生变，皇上与二三大臣，何以镇抚之耶？臣愚窃谓，今日非维持人心，激厉忠义，不能立国；而非尊崇孔子，无以维人心而厉忠义。此又变法之本也。”（同上书，94页。）
此外，在《上清帝第二书》中已经提出的改淫祠为孔庙的建议也出现在这个折子里，康有为还进一步请求光绪帝举行临雍之礼，亲自祭孔，并就讲明孔学、弘扬孔教一事出台具体的奖赏措施，以示其对孔教的重视：“伏惟皇上举行临雍之礼，令礼官议尊崇之典，特下明诏，令天下淫祠皆改为孔庙，令士庶男女咸许膜拜祭祀，令孔教会中选生员为各乡县孔子庙祀生，专司讲学，日夜宣演孔子忠爱、仁恕之道，其有讲学之士行高道明者，赏给清秩。”（《康有为全集》第四集，94页。）
此折子还有一个重要内容，即题目中所谓的“厘正科举文体”，焦点在废八股。我们知道，废八股以改革旧的教育体制——即科举制——是以康有为为代表的维新派的一项重要的政治诉求。康有为充分肯定科举制的意义，指出这一制度设置的目的在于培养、选拔德才兼备的人士以为国家所用，“而欲其负荷大教，推行圣道，讲明义理，培养人心，美化风俗，立功立政，毗佑国家”（同上书，93页。）。更明确地说，除了从为国家培养、选拔官吏的为政之法的意义上肯定科举制之外，康有为还从能“负荷孔子之教”的为教之法的意义上肯定科举制。因此在叙述科举制的历史时，他说：“若夫为教之法，自朱子讲明义理，发明四书，元、明尊之，以四书义试士，本欲天下士人日诵圣言，发明大道也。”（同上书，93页。）之后他提出，科举制的问题在于“积久弊生”，以致有八股之制。
对于八股的危害，在康有为自己所上的奏折和他为其他一些维新派人士代写的奏折里多有陈情，概而言之主要有两个方面。一个关乎智，即他认为民智不开根源于以八股试士：“今日之患，在吾民智不开。故虽多而不可用。而民智不开之故，皆以八股试士为之。学八股者，不读秦、汉以后之书，更不考地球各国之事，然可以通籍，累致大官。今群臣济济，然无以任事变者，皆由八股致大位之故。”（这是《我史》中记载的康有为1898年6月16日利用召对的机会向光绪帝面陈八股之害时所说的话，参见《康有为全集》第五集，93~94页。类似内容亦见于此处讨论的保教折。）另一个关乎德，即他认为风俗之坏、人心之薄亦根源于以八股试士，因为正是以八股试士的制度导致国人从小就不读孔子之书，不习孔子之教：“以故今天下人士，知律而不知经，知势而不知教，知利而不知义，知公而不知私，敢于作奸犯科，而不敢急公仗义。其事上也，知拜跪忌讳，貌为畏谨，而内便其欺诈粉饰之私；其交友也，应酬往还，饮食征逐，而内怀险诐轻薄之意；其临下也，则刻暴残忍，而无仁厚恺悌之心。都会尤甚！官场尤甚！”（《康有为全集》第四集，94页。）在总结八股的危害时康有为更将之置于亡国、亡教的高度上：“故国亡于无教，教亡于八股。故八股之文，实为亡国、亡教之大者也。”（《康有为全集》第四集，94页。）
鉴于康有为对科举制的以上认识，我们能够理解，康有为针对科举制所存在的问题而提出的变法主张何以不是废除科举制，而是改革科举制。（干春松在《科举制的衰落和制度化儒家的解体》一文中从制度儒学的角度论述了科举制的衰落，参见干春松：《制度儒学》，84~104页，上海，上海人民出版社，2006。）如果联系戊戌期间康有为等维新派人士的其他政治主张和政治活动，那么，我们可以概括说，康有为改革科举制的主要举措包括开学堂、正文体、办孔教。开学堂之目的在崇才学、开民智：“泰西变法三百年而强，日本变法三十年而强。我中国之地大民众，若能大变法，三年而强。欲使三年而强，必使全国四万万之民皆出于学，而后智开而才足。”（康有为：《请改直省书院为中学堂乡邑淫祠为小学堂令小民六岁皆入学折》，见《康有为全集》第四集，317页。）正文体之目的在明经义、正士德：“今夫四书文之所以足贵者，将使人读书以明理，穷经以尊圣也。今截搭枯窘、割裂破碎之题，非以通经，乃以蠹经；代古立言，优孟傀儡之体，非以尊圣，乃以侮圣。故臣谓非立法不善之为害，而文体不正之为害也。请特下明诏，斟酌宋、元、明旧制，厘正四书文体。凡各试官命题，必须一章一节一句，语气完足者；其制艺体裁，一仿宋人经义、明人大结之意，先疏证传记以释经旨，次博引子、史以征蕴蓄，次发挥时事以觇学识；不拘格式，不限字数。……如此则观听一新，人务实学，有经义取士之效而无其弊矣。”（康有为代杨深秀作：《请正定四书文体以励实学而取真才折》，见《康有为全集》第四集，63页。）办孔教之目的则在美风俗、办教案，如前所述。
由此可见，戊戌时期康有为的孔教建制主张其实是他改革科举制的一个重要内容。从这个视角看，我们不难理解，为什么他会将建孔教的下手之处落在“厘正科举文体”这一点上：“而下手之始、抽薪之法，莫先于厘正科举及岁科试。四书文体以发明大道为主，必须贯串后世及大地万国掌故，以印证之；使学通今古中外，乃可施行其文体如汉、宋经义。”（《康有为全集》第四集，94页。）另一方面，建孔教也因此与开学堂有所关联了。我们知道，在康有为等维新派人士的多番鼓吹下，光绪帝于1898年7月3日颁布圣谕，下令开大学堂，停八股，举行经济常科。康有为在受到鼓舞的情况下马上又上一道折，即《请改直省书院为中学堂乡邑淫祠为小学堂令小民六岁皆入学折》，论及开高等学堂、中学堂和小学堂之事，以与大学堂的开设相衔接。在这道折子里，康有为建议将直省及府、州、县的公立书院及民间的义学、社学、学塾“皆改为兼习中西之学校”，而以“省会之大书院为高等学，府、州、县之书院为中等学校，义学、社学为小学”。至于学堂的教学方针，一言以蔽之，则曰“通经史而讲时务”（《康有为全集》第四集，318页。）。