针对朱一新这一具有强烈卫教情怀的指责，康有为首先非常感慨地说：“是何言欤！马舌牛头，何其相接之不伦也！”（康有为：《答朱蓉生书》，见《康有为全集》第一集，323页。）然后他依此从三个要点对自己的主张作了进一步的解释。首先，他从中国当时实际面临的处境谈起，引出强国必须变法的主张，进而引出卫教必须变法的主张，而其中隐含的前提是强国才能卫教：“吾今且以质足下，以为今之西夷与魏、辽、金、元、匈奴、吐蕃同乎？否乎？足下必知其不同也。今之中国与古之中国同乎？异乎？足下必知其地球中六十余国中之一大国，非古者仅有小蛮夷环绕之一大中国也。今以不同于匈奴、吐蕃、辽、金、蒙古之西夷数十国，其地之大，人之多，兵之众，器之奇，格致之精，农商之密，道路邮传之速，卒械之精炼，数十年来，皆已尽变旧法，日益求精，无日不变，而我中国尚谨守千年之旧敝法。……使彼不来，吾固可不变。其如数十国环而相迫，日新其法以相制，则旧法自无以御之。是故香港割，诸行开，御园焚，热河幸，安南失，缅甸亡，俄不费一矢而割混同库页六十里之地与之，乃至蕞尔之日本，亦灭我琉球，窥我台湾，而补二十万焉，今高丽又将叛矣。是时才臣名将，布满中外，然犹如此。甲申一役，法人仅以轻师游弋海疆，而我天下震动，废饷数千万，至今疮痍未弭。……试问异日若有教衅，诸夷环泊兵船以相挟制，吾何以御之？……国亡教微，事可立睹。诸君子乃不察天人之变，名实之间，犹持虚说，坐视君民同灭而为胡虏，仆虽愚，不敢以二帝三王之裔，四万万人坐为奴虏，而徇诸君子之虚论也。周子亦言‘天下势而已矣’，若吾力强，可使吾孔子之学，中国之声灵，运一地球，吾不自立，则并其国与其教而并亡之。足下岂未之思乎？”（《康有为全集》第一集，323~324页。）
其次，康有为一方面指出“六经之道，日用所共由，如火不可缺”，其中所包含的义理并无中外之殊，特别是三纲五常，其“义理之公，因乎人心之自然，推之四海而皆准”；另一方面则提出“西人学艺，与其教绝不相蒙”，因此，“以西人之学艺政制，衡以孔子之学，非徒绝不相碍，而且国势既强，教藉以昌也”（《康有为全集》第一集，324~325页。）。这里的要点在于，康有为认为他所倡导的新法主要属于学艺政制方面，与教化不在同一层次，因此他的核心看法是，实行西人之学艺政制不仅无损于孔子之教，而且还是强国倡教的必由之路。由此我们可以看到，虽然我们常常将“中体西用论”的提出者归于张之洞，但实际上此处康有为为了回应朱一新的激烈批评所作出的申言已经使自己的立场落在中体西用论的地带了。（在戊戌期间康有为代宋伯鲁所作的《请将经济岁举归并正科并饬各省生童岁科试迅即遵旨改试策论折》中，康有为明确提到了中体西用的思想：“臣窃维中国人才衰弱之由，皆缘中西两学不能会通之故。故由科举出身者，于西学辄无所闻知；由学堂出身者，于中学亦茫然不解。夫中学，体也；西学，用也。无体不立，无用不行，二者相需，缺一不可。”（《康有为全集》第四集，306页））
再次，康有为以“大道之行专问力”的看法来说明传教的重要性，并申说传教对于发扬孔子之教的必要性和紧迫性，其言可谓发人深省：“或者孔子道至大至中，不患不行，是亦不然。仆以为行不行，专问力而已。力者何？一在发挥光大焉，一在宣扬布护焉。凡物美斯爱，爱斯传，此一义也。然名誉不闻，则美弗著，政俗已定，则美难行。今地球四洲，除亚洲有孔子与佛、回外，余皆为耶所灭矣。使吾国器艺早精，坐令彼诱之而坐大，此不宣扬之失策也。夫吾孔子之教，不入印度，而佛能入中国，岂孔学不及佛哉？传与不传异耳。此其明征也。若教既交互，则必争长，争之胜败，各视其力。先入为主，则国俗已成。尊奉既定，则难于改革。耶稣之教，所至皆灭，至于入土耳其、波斯及吾中国，则数百年犹格格不少行焉，所谓先入为主，难于改革也。然彼奉教之国未灭亚洲耳，若国步稍移，则彼非金、元无教者比也，必将以其教易吾教耳。犹吾孔教本起中国，散入新疆、云南、贵州、高丽、安南也。以国力行其教，必将毁吾学宫而为拜堂，取吾制义而发挥《新约》，从者诱以科第，不从者绝以戮辱，此又非秦始坑儒比也。”（《康有为全集》第一集，325页。）进而，康有为明言自己强国以卫教的动机，指出卫教正是自己提出种种政治和经学主张的核心关切，并申说早在《教学通义》中已经提出的“今最要是敷教之义”：“故仆之急急以强国为事者，亦以卫教也。沮格而归，屏绝杂书，日夜穷孔子之学，乃得非常异义，而后知孔子为创教之圣，立人伦，创井田，发三统，明文质，道尧舜，演阴阳，精微深博，无所不包。仆今发明之，使孔子之道有不藉国力而可传者，但能发敷教之义，宣扬布护，可使混一地球。”（《康有为全集》第一集，325页。）
与《教学通义》相比，康有为在此处对“敷教之义”的申说侧重点有所不同。在《教学通义》中康有为侧重于从国家治理的角度言教化，而在此处则强调如何使孔教成为一个全球性的普世教化。很明显，这种变化一方面与康有为对中国所处实际环境的把握与刻画有关：如上引文已提及的，康有为越来越明确地意识到，理解中国当时所面临的实际处境，必须充分重视西方的意义，西方不同于过去中国所面对过的魏、辽、金、元、匈奴、吐蕃，这一点既表现在西方的学艺政制上，也表现在西方的教化传统上；另一方面也与两个文本所面对的言说对象的不同有关：《教学通义》的写作在一定程度上具有上书的性质，故其言说对象是皇帝或朝廷，而在此处康有为与之论学的朱一新则是一个笃信儒教的卫教人士。质而言之，强国与卫教对康有为来说是一而二、二而一的，面对主政朝廷的皇帝，康有为则以卫教以强国说之，面对笃信儒教的士夫，康有为则以强国以卫教说之。
实际上，康有为的孔教思想一直是从国家与社会两个层面上展开的，可以说他的思路一直是双管齐下，只不过其言说的侧重点在不同的时候有所不同而已。从甲午战争到戊戌变法这一段时间里，康有为在他给皇帝的上书和奏折中明确提出了孔教建制主张，其立论的思路自然还是通于治理而言教化。在1895年拟成但未呈递至都察院的《上清帝第二书》（即著名的“公车上书”）中，康有为专门谈到朝廷应当给予孔教的发展以制度上的扶持与保障：“然近日风俗人心之坏，更宜讲求挽救之方。盖风俗弊坏，由于无教。士人不励廉耻，而欺诈巧滑之风成。大臣托于畏谨，而苟且废弛之弊作。而六经为有用之书，孔子为经世之学，鲜有负荷宣扬，于是外夷邪教，得起而煽诱吾民。直省之间，拜堂棋布，而吾每县仅有孔子一庙，岂不痛哉！今宜亟立道学一科，其有讲学大儒，发明孔子之道者，不论资格，并加征礼，量授国子之官，或备学政之选。其举人愿入道学科者，得为州、县教官。其诸生愿入道学科者，为讲学生，皆分到乡落，讲明孔子之道，厚筹经费，且令各善堂助之。并令乡落淫祠，悉改为孔子庙，其各善堂、会馆俱令独祀孔子，庶以化导愚民，扶圣教而塞异端。其道学科有高才硕学，愿传孔子之道于外国者，明诏奖励，赏给国子监、翰林院官衔，助以经费，令所在使臣领事保护，予以凭照，令资游历。若在外国建有学堂，聚徒千人，确有明效，给以世爵。余皆投谍学政，以通语言、文字、测绘、算法为及格，悉给前例。若南洋一带，吾民数百万，久隔圣化，徒为异教诱惑，将沦左衽，皆宜每岛派设教官，立孔子庙，多领讲学生分为教化。将来圣教施于蛮貊，用夏变夷，在此一举。且藉传教为游历，可洞夷情，可扬国声，莫不尊亲，尤为大义矣。”（《康有为全集》第二集，43页。）
这段话也同样出现在不到一个月后递送都察院的《上清帝第三书》中，其中几处文字稍异，值得注意的是原来态度非常鲜明的“外夷邪教”被改为言辞较为中立的“外国异教”。从这段话中我们可以看到，康有为在此的敷教主张主要集中在朝廷设立道学科这一点上。道学科既然属于官制系统，那么，设立道学科的敷教主张就意味着官办教化是康有为建设孔教的核心思路。道学科的主要事务就是传播孔教。具体而言，道学科有国内事务和国外事务之别。就国内事务而言，康有为提出了几个具体的建议：一是关于敷教之官员，康有为提议在朝廷对讲学大儒“量授国子之官，或备学政之选”，在地方则以愿入道学科的举人和诸生为州、县之教官和乡落之讲学生；二是关于地方开办孔教的经费筹措，康有为提议充分发挥已有善堂的助力；三是关于孔庙的建设，康有为提议“令乡落淫祠，悉改为孔子庙”，令各善堂、会馆“独祀孔子”。就国外事务而言，康有为提出了鼓励高才硕学到国外传播孔教的一些具体措施：首先是朝廷对于愿在国外传播孔教者给以官衔和经费，对于传播孔教有明显效果者给以世爵；其次针对南洋华人较多的特殊情况，康有为建议朝廷多派教官，广立孔庙，以弘扬教化。
对比一下此处设立道学科的敷教主张与《教学通义》中以立教章、设教官、建教堂为主要内容的敷教主张，我们可以发现，康有为的孔教建制主张具有明显的连续性。质言之，《教学通义》中的孔教建制主张与《上清帝第二书》、《上清帝第三书》中的孔教建制主张在根本思路上是完全一致的，只不过在后者中原先提出的一些主张更加具体化了，而且明确增加了向国外传播孔教的内容和具体措施。《教学通义》中康有为明确区分教、学、官，并贯彻“通于治理而言教化”的思路，在《上清帝第二书》和《上清帝第三书》中同样如此。而且，或许还需要澄清的是，尽管在确立今文经学立场之后康有为以《周礼》为刘歆之伪作，但他在《教学通义》中主要依据《周礼》所提出的敷教主张并没有因为经学立场的变化而被废弃，这其中的一个证据可见于《上清帝第二书》和《上清帝第三书》中。我们很容易发现，在《上清帝第二书》中，康有为五处援引《周礼》，在《上清帝第三书》中，康有为则六处援引《周礼》，都是为了正面阐述自己的主张。（参见《康有为全集》第二集，38、39、41、42、44页（《上清帝第二书》），70、72、73、75、79页（《上清帝第三书》），其中五处内容一样。）这意味着1895年的康有为仍然很重视《周礼》中的思想，尽管其时他以《周礼》为刘歆所作之伪书，或者更明确地说，其时他对《周礼》的态度是伪而不废。（后来在《官制议》（1904年）第二卷“中国古官制”中，康有为批评唐《六典》、宋《开元礼》有“行空文虚礼”之累，且“求之孔子六经则无之”，究其来源则在于“伪《周官》之造因为之也”，然后批评《周官》之礼制曰：“盖充刘歆之伪《周礼》，六官长贰，几皆为事神、侍君之官礼。繁稠重叠，交错联互，虽有强力暇日，不能行其虚文密仪者也。而顾学若朱子，为所重欺，称为盛水不漏，古今安得不为所愚哉！考刘歆官制之所以偏重于事神、侍君者，盖彼目睹汉制而铺张繁密之，以媚王莽，亦由习于古者野蛮事神之迷俗，生于秦汉专制之积习所致也。孔子之生时，更古于刘歆，其时神教尤
迷，君主亦专，而孔子六经扫除洗涤事神之官，供奉君身之官，至无一字，盖不使其入于后人之心脑中也。岂料刘歆可涂涂附，教猱升木，从而附会增多之，以误中国二千年耶。”（《康有为全集》第七集，239页）但他又提出《周官》中仍有良法美意存焉，亦是伪而不废之意：“然刘歆多读周世列国之遗书，于立国之制，有极纤悉精密而为后世治一统之制所不及者，故以今日欧人立国之政考之，亦多相合。盖凡治一统之制必疏，而国争之制必密，乃势之自然也。以此比之，则今欧人新制乃在近数百年间，而刘歆之制乃出数千年前，亦足贵矣。今略择其良法美意而发明之。”（同上书，241页）而康有为列举的《周官》之良法美意其中一项就是与教俗有关的司谏之官：“特立司谏之官，掌劝德正行，强之道艺，巡问而观察，书其德行道艺，辨其能而可任国事者。今欧美各国，皆以德行之事附之于教，七日而一谆劝之，故能常提其良心。《周官》有司谏以劝德正行，强之道艺，巡问而观察之，其法密而意良矣。后世既无司谏，又无教士，自出学之后，终身不闻一嘉言懿行，岂教民之意哉？”（同上书，244页）可以看到，这里的思想仍是充分肯定《教学通义》中提出的敷教之义。）
在戊戌变法期间，康有为专门上了一道奏折，敦促朝廷保教，此即1898年6月19日递呈的《请商定教案法律厘正科举文体听天下乡邑增设文庙谨写〈孔子改制考〉进呈御览以尊圣师而保大教折》（以下简称“保教折”）。康有为写作此折的一个直接契机是针对当时屡屡发生而令清政府非常头疼、难以解决的教案事件，比如1897年11月发生的曹州教案，德国以此为借口强占胶州湾，并于1898年在获得赔偿之外强迫清政府签订《胶澳租界条约》，取得胶州湾99年的租期。在此折一开始，康有为首先从国家存亡的高度上提出了对教案问题的一个政治理解：“泰西以兵力通商，即以兵力传教。其尊教甚至，其传教甚勇；其始欲以教易人之民，其后以争教取人之国。”（《康有为全集》第四集，92页。在1898年7月进呈给皇帝的《列国政要比较表》中，康有为在比较了各国的教民人数之后说：“诸教人数比之二十四年，耶稣教多至若是。而吾教未尝有传教士，推广日澌月变，所忧滋大。教变，而国亦从之矣。”《康有为全集》第四集的368页表达的也是教与国共存亡的思想。）接着，他描述了五十年来教案所带来的祸害：就朝廷而言，是“皇上忧劳，大臣奔走，土地割削，举国震骇”，就地方而言，则是“州、县见教民，畏之如虎。有讼狱，一从彼教，则曲亦得直。奸民多托而自庇者，气压乡曲。小民无知，益复风从，裹胁益众……故畏之愈甚，媚之愈至，从之愈多，莠民多从，教案愈起”（同上。）