值得注意的是，以古文为主、兼采今文的经学大家郑玄在《驳五经异义》中对尹更始、刘向等人的看法提出了反驳：“《洪范》五事，一曰言。言作从，从作乂。乂，治也。言于五行属金，孔子时，周道衰亡已，有圣德无所施用，作《春秋》以见志。其言可从，以为天下法，故天应以金兽，性仁之瑞，贱者获之，则知将有庶人受命而行之。受命之征已见，则于周将亡，事势然也。兴者为瑞，亡者为灾，其道则然。何吉凶不并，瑞灾不兼之有乎？如此修母致子，不若立言之说密也。”（转引自皮锡瑞：《〈驳五经异义〉疏证》，278~279页。）不过，这并不意味着郑玄同意西狩获麟为兴汉之瑞的公羊家观点。此处所引许慎和郑玄的文字都提到“麟应孔子而至”之义，大略对应于徐彦所概括的第三义。尹更始、刘向等人以“吉凶不并，瑞灾不兼”为理由而得出“麟为周亡天下之异，则不得复为汉瑞”的看法，进而得出“知麟应孔子而至”的看法；郑玄则反驳了“吉凶不并，瑞灾不兼”的看法，但他也是以西狩获麟为孔子受命之征。郑玄其实是赞同公羊家以西狩获麟为孔子受命之征、孔子为素王的看法的，此义明确见诸《六艺论》：“孔子既西狩获麟，自号素王，为后世受命之君，制明王之法。”孔颖达在《春秋左传正义》中还提到：“贾逵、服虔、颍容等以为孔子自卫反鲁，考正礼、乐，修《春秋》，约以周礼，三年文成致麟。”（杜预：《春秋左传正义》卷五十九，见阮元校刻：《十三经注疏》（下），2172页。贾逵、服虔、颍容即《五经异义》中提到的“说《左传》者”。）我们知道，贾逵、服虔、颍容等人都是治《左传》的古文经学家，可见“麟应孔子而至”是宗《左传》的古文经学家和宗《公羊传》的今文经学家的一个共同看法。而且，既然麟为仁兽、圣王之符瑞的信念为古文经学家和今文经学家所共享，那么，以孔子为素王的看法其实并非公羊家独有的观点，而是古文经学家也认可的。
这样看来，在对西狩获麟的理解上，古文经学家与今文经学家的一个最明显的不同在于是否以麟来为兴汉之瑞这一点上，特别是对于何休提到的孔子已经预言到汉兴以及《演孔图》中的神奇描述，是古文经学家重点拒斥的。今文经学家强调孔子与汉代之间的联系，以孔子当一代之王，所以麟应孔子而至与麟来为兴汉之瑞被认为是一件事的两个方面，其观点突显了孔子为汉立法的意涵；古文经学家则强调了孔子与周道之间的联系，认为孔子从周道而为后世修《春秋》，其观点笼统于孔子为后世立法的思想。可以看到，这二者之间的差异并非不可融通：只要排除《演孔图》中的神奇描述，今文经学家的看法就与古文经学家相当接近了。（关于这一点，皮锡瑞说：“麟为汉瑞，详见何氏《解诂》引《演孔图》。《演孔图》虽属谶纬家言，孔子作《春秋》，本为后王立法，继周者汉，即谓《春秋》为汉制亦无不可。麟出为作《春秋》瑞应，即谓麟出为汉瑞亦无不可。《春秋繁露·符瑞篇》云：‘西狩获麟，受命之符。’是西汉大儒已为此言，不待东汉崇信谶纬之后也。汉人多以获麟颂扬汉代。韩敕碑云：‘后制百王，获麟来吐。’史晨碑云：‘西狩获麟，为汉制作。’又云：‘获麟趣作，主为汉制。’是其明证。在汉言汉，推尊昭代，不得不然。后人多以崇信谶纬为公羊家罪案，斯昧古之甚矣。左氏家不信此说，故但以麟为孔子瑞，不以为汉瑞。”（《〈驳五经异义〉疏证》，282~283页））另外，还应当注意到，今文经学家以《春秋》为孔子拨乱反正之作，古文经学家则以《春秋》为孔子的中兴之教，这两种看法也颇有一致之处。古文经学家与今文经学家在对西狩获麟的理解上的实质的不同表现在如何理解孔子的立法的问题上。上引《春秋左传正义》中杜预所言“若能用此道则周室中兴”及孔颖达提到贾逵、服虔、颍容等人认为孔子修《春秋》是“约以周礼”等说法，是理解古文经学家的看法的一个要点。古文经学家虽然和今文经学家一样认为孔子作《春秋》是为后世立法，但古文经学家更强调孔子立法对于周礼的继承性。如果我们从比较接近今文经学的立场上来看，强调孔子立法对于周礼的继承性可能导致孔子“创制显庸”之意味的减弱。不过，无论孔子“创制显庸”的意味如何减弱，古文经学家认可孔子为后世立法这一点不可能被动摇，因为既然麟为圣王之符瑞且麟为孔子而来皆为古文经学家所认可，那么，孔子为圣王也必然为古文经学家所认可，而改制立法则是为圣王者的应有之义。
其实，郑玄的看法已经从一个角度表明，孔子为素王、西狩获麟为孔子受命之符乃是古文经学家和今文经学家的共同看法，虽然在具体理解上二者存在着各自看来非常重要的差异。康有为对此虽然没有作细致的分析，但他也引用了许多超出今文经学范围的文献来证明孔子为素王的观点并非仅限于今文经学家。康有为在论证孔子为教主时比较有创造性的是他在“素王”和“教主”之间进行了意义上的勾连：“素王，空王也。佛亦好空王，又号法王。凡教主尊称，皆取譬于人主，何异焉？”（《康有为全集》第三集，104页。）我想特别指出的是，如果这一点没有问题的话，那么，站在古文经学的立场上，也能证成、甚至更能证成孔子为教主的看法。
但康有为这时的孔教论确实与其今文经学立场有密切关系。在《孔子改制考》的序中，康有为引用了《演孔图》黑帝降精而生孔子的说法：“天既哀大地生人之多艰，黑帝乃降精而救民患，为神明，为圣王，为万世作师，为万民作保，为大地教主。”（《康有为全集》第三集，3页。）黑帝降精而生孔子的说法既然见诸《演孔图》，或许为何休这样的公羊家所认可，但很难在《公羊传》中找到明确的根据，或许也很难为同为公羊家的董仲舒所认可。康有为援引这一说法表明他在“神道设教”的路上走得很远。在此我们必须提到基督教这个外缘性的参照。不难想到，基督教福音书中关于玛利亚由圣灵怀孕而生耶稣的说法对于康有为起用《演孔图》中黑帝降精而生孔子的说法不无关系。
不过，似乎有证据表明，在理解康有为的“教主”概念时，我们亦不宜过分强调基督教思想的影响，更不宜仅以基督教为参照。从《孔子改制考》可以清楚地看到，在康有为那里，不仅耶稣、释迦牟尼、琐罗亚斯德等被认为是教主，希腊贤哲、先秦诸子等也都被认为是教主：“于是才智之尤秀杰者，蜂出挺立，不可遏靡。各因其受天之质，生人之遇，树《论语》，聚徒众，改制立度，思易天下。惟其质毗于阴阳，故其说亦多偏蔽，各明一义，如耳、目、鼻、口不能相通。然皆坚苦独行之力，精深奥玮之论，毅然自行其志，思立教以范围天下者也。外国诸教亦不能外是矣。当是时，印度则有佛、婆罗门及九十六外道并创术学，波斯则有祚乐阿士对创开新教，泰西则希腊文教极盛，彼国号称同时七贤并出，而索格底集其成。故大地诸教之出，尤盛于春秋、战国时哉！”（同上书，8页。）从中也可以看出，康有为的“教”的概念是非常广义的，并非限于狭义的宗教，可以涵摄包括宗教在内的、以教化为目的的一切学术。
但我们又不能因此而过分弱化康有为以孔子为教主的独特看法。虽然康有为认为诸子皆为改制立法之教主，但正如上引文中所言，他亦认为诸子所立之教各执一义而流于偏蔽，而孔子则为“诸子之卓”，“积诸子之盛，其尤神圣者，众人归之，集大一统，遂范万世”（《康有为全集》第三集，8页。）。他的这个看法在文献上曾诉诸《庄子》。《庄子·天下》中有一段话论及“古之人”内圣外王之道，称“配神明，醇天地，育万物，和天下，泽及百姓，明于本数，系于末度，六通四辟，小大精粗，其运无乎不在”。康有为认为其中的“古之人”指的就是孔子（康有为提出的理由如下：“或以古人属禹、汤、文、武，则开端云：‘天下之治方术者多矣！皆以其有为不可加。’指当时春秋、战国创教立说之诸子而言，故谓为‘治方术’。《论衡》谓孔子，诸子之杰者也。孔子在当时，道未一统，孔、墨并称，儒、墨相攻，古列在当时天下治方术诸家之内。若古之人为三代先王，则当言古今之为治道多矣，不当言天下之治方术。文质三正，循环递嬗，三王方听人人用二代之礼乐，何尝以为无以加？故知古之人非三代先王也。既非三代先王，则古之人为孔子尤确。而古之人所为《诗》、《书》、《礼》、《乐》，非孔子而何？”（《康有为全集》第三集，140页）），且认为庄子的这段话是对孔子的最佳描述：“所以尊孔子者云：‘配神明，醇天地，育万物，和天下，泽及百姓，明于本数，系于末度，六通四辟，小大精粗，其运无乎不在。’又开篇称为‘神明圣王’，自古尊孔子、论孔子，未有若庄生者。虽子思称孔子曰：‘洋洋乎发育万物，峻极于天，上律天时，下袭水土’，不若庄子之该举。子贡、有若、宰我所称，益不若子思矣！固由庄生之聪辨，故一言而能举其大，亦由庄生曾为后学，能知其深也。后世以《论语》见孔子，仅见其庸行；以《春秋》见孔子，仅见其据乱之制；以心学家论孔子，仅见其本数之端倪；以考据家论孔子，仅见其末度之一二。有庄生之说，乃知孔子本数、末度、小大、精粗无乎不在。信乎惟天为大，固与后儒井牖之见异也。”（《康有为全集》第三集，139~140页。）庄子在这个语脉中还谈到古人内圣外王之道存乎六经，而后世学者则“多得一察焉以自好”，因此流于“不该不遍，一曲之士”，“譬如耳、目、鼻、口，皆有所明，不能相通”，于是“道术将为天下裂”。康有为亦以此来理解孔子与诸子的关系，即认为诸子各得孔子六经之一偏。
康有为的“教主”概念直接关联于“改制立法”之意涵。因此，在《孔子改制考》中，康有为一方面援引经、史典籍中有关孔子为素王等说法来说明孔子为教主，另一方面主要通过对比分析诸子在制度上的不同主张来说明孔子如何改制立法，从诸子与孔子的关系这一独特视角来突显孔子所立之教的意义。对于孔子改制立法的主要内容，康有为有一个比较全面的概括：“凡大地教主，无不改制立法也。诸子已然矣。中国义理、制度皆立于孔子，弟子受其道而传其教，以行之天下，移易其旧俗。若冠服、三年丧、亲迎、井田、学校、选举，尤其大而著者。”（同上书，111~112页。）我们在此不作具体分析。
康有为还提出诸子改制皆托古的看法。他指出人情往往“荣古而虐今，贱近而贵远”，因此，“当时诸子纷纷创教，竞标宗旨，非托之古，无以说人”（同上书，29页。）。关于孔子的改制托古，康有为援引了《孝经纬·钩命诀》中的话：“子曰：‘吾作《孝经》，以素王无爵禄之赏，斧钺之诛，故称明王之道。’曾子避席复坐。子曰：‘居，吾语女，顺孙以避灾祸，与先王以托权。’”然后评论说：“孔子改制托古大义，全见于此。一曰素王之诛赏，一曰与先王以托权。守经之徒，可与立者也。圣人但求有济于天下，则言不必信，惟义所在。无征不信，不信民不从，故一切制度托之三代先王以行之。若谓圣人行事不可依托，则是以硁硁之小人律神化之孔子矣。布衣改制，事大骇人，故不如与之先王，既不惊人，自可避祸。”（《康有为全集》第三集，141页。）如果说以孔子为黑帝降精而生表明康有为在神道设教的路上走得很远的话，那么，以孔子改制托诸古人则在一定意义上又体现出康有为对孔子的理解的另一面，即他对于“以硁硁之小人律神化孔子”的批评。康有为强调孔子改制托古，在很大程度上还是为了解释经、史典籍中存在的关于孔子与三代以及上古之联系的大量记载，这是他证成其今文经学立场的一个必要步骤。
论者往往将康有为的改制托古论与其变法维新主张关联起来，认为康有为为了变法维新而倡改制托古，其实这个看法一则有倒果为因的嫌疑，一则有不合事实之处。（这一点从如下事实亦可察其端倪：戊戌期间一些赞同康有为变法主张的士大夫，如张之洞、孙家鼐、陈宝箴、翁同龢等，对康有为《新学伪经考》和《孔子改制考》中的今文经学思想却很不以为然。）首先，虽然康有为的改制思想与其变法维新主张具有紧密关联，但并不是说康有为为了变法维新才倡导改制思想。（认为康有为为了变新法而倡导改制思想不仅见诸后来的史学研究者，而且见诸1891年朱一新写给康有为的信中：“今托于素王改制之文，以便其推行新法之实。无论改制出于纬书，未可尽信，即圣人果有是言，亦欲质文递嬗，复三代圣王之旧制耳，而岂用夷变夏之谓哉？”（《康有为全集》第一集，329页））我们已经指出，约写作于1885年的《教学通义》的中心思想，其实是从今改制。就是说，早在1885年左右——这个时间距离康有为以荫生资格向光绪帝首次上书的1888年尚有三年，距离康有为以举人资格主导“公车上书”的1895年尚有十年——康有为已经有了改制的思想，而这一思想是与他那时衡定周、孔的经学思想直接相关联的。其次，康有为在确立今文经学立场时将改制与托古相关联，而托古这一思想本身与其变法维新主张并没有什么实质性的关联。实际上，联系《教学通义》中的思想，改制托古论其实是康有为衡定周、孔的一种新方式。就是说，从原先的从今改制论到后来的托古改制论，主要关联于康有为经学思想的变化。从中我们也可以看到康有为前后思想的连续性：托古改制论并非从今改制论的对立，不仅二者皆以改制立论，而且，如果抽掉二者所指的具体历史内容而仅从逻辑上看的话，毋宁说托古改制论恰恰是在从今改制论的基础上发展出来的。
对康有为今文经学思想的简要刻画有助于我们对其孔教概念形成一个轮廓性的理解。如果说《教学通义》时期康有为的孔教思想与基督教没有明显的关联，那么，康有为在确立今文经学立场的过程中提出的孔教思想是否受到基督教的明显影响呢？答案可以说是肯定的。不过，我们亦不宜过分夸大这种影响的程度和重要性。在1891年康有为写给朱一新的一封信中，康有为针对朱一新“阳尊孔子，阴祖耶苏”的指责，为自己作了辩护。