既然在康有为的建议中，大学堂、高等学堂、中学堂和小学堂的教学内容都包含以经学为主的孔子之学，那么，孔教会与这些学堂究竟是个什么样的关系呢？更进一步，既然开学堂在一定意义上能够承担发明孔子之道的制度功能，那么，建孔教到底还有什么意义呢？与这个问题相关的一个细节是，在《请改直省书院为中学堂乡邑淫祠为小学堂令小民六岁皆入学折》中，康有为建议将乡邑淫祠改为小学堂，而前面我们已经提及，在《上清帝第二书》、《上清帝第三书》和《请商定教案法律厘正科举文体听天下乡邑增设文庙谨写〈孔子改制考〉进呈御览以尊圣师而保大教折》中，康有为则是建议将淫祠改为孔庙。其间的差异部分可以通过诉诸上书和奏折所具有的明显的时机性和策略性得到解释，但是，一个疑问仍然会由此而生发出来：是不是从制度设置的层面上看包含孔子之学的学堂可以代替孔教会，假如不考虑开孔教会与办教案的关联？
如果联系《教学通义》中康有为对教与学的明确区分，我们就不难找到答案。康有为自然主张孔子之学应当成为各类学堂必不可少的教学内容，但是，孔教会的设置自有其制度功能：除了康有为当时非常关切的教案问题之外，设置孔教会的一个更重要的制度功能在于化民美俗。而化民美俗光靠各类学堂的设置是不足敷用的。实际上，康有为在戊戌期间提出的改革旧有教育制度的举措与他在《教学通义》中就教学问题而提出的从今改制主张具有明显的连续性。前面已经梳理过，在《教学通义》中，康有为明确区分了教、学、官：“教，言德行遍天下之民者也；学，兼道艺登于士者也；官，以任职专于吏者也。”并以此为基础区分了庶民之教、士夫之教与官吏之教，相应地，就学的内容而言，在庶民之教是公学，包括幼学、德行学、艺学和国法掌故等；在官吏之教则特重私学，或称专学，即官守之学；在士夫之教则是公学与私学兼之。而且，他认为，春秋以来，庶民之教、士夫之教与官吏之教三者合而为一其实意味着庶民之教和官吏之教皆亡，只剩下士夫之教，而再往后士夫之教又亡于章句、词章之学。
以此衡之，康有为在戊戌期间所提出的改革科举制的举措中，开学堂与办孔教之间的差异，正对应于《教学通义》中教与学之间的差异，或者说对应于士夫之教与庶民之教之间的差异。而开学堂一项中对专科之学——即科学——的重视，又可以看作是《教学通义》中与官吏之教与士夫之教皆有关的专学的一种扩展或引申，因为新的处境要求国家广开民智，以期获得“有一民，即得一民之用”的强国之效。且正如在《教学通义》中敷教主张相对于已有的教学制度而言基本上属于新增加的内容一样，办孔教在康有为改革科举制的举措中也基本上属于新增加的内容，二者同样显示出康有为从国家治理的层面对庶民之教的特别重视。就是说，从总体上看，康有为改革科举制的思路与《教学通义》中提出的教学复兴方案完全一致，因为坏于八股的科举制正是《教学通义》中所说的坏于章句、词章之学的士夫之教。
从甲午战争到戊戌变法这段时间里，康有为除了积极上书、企图走“得君行道”的上行路线之外，还发起、组织了一些以士人、学子为主要参与者的会社。（康有为如是谈及上书与开会之间的关联：“自上书不达之后，日以开会之义，号之于同志。”（《我史》，光绪二十一年条下，见《康有为全集》第五集，86页））关联于戊戌变法，学界大都强调这些会社的政治性质，比如其中有些会社甚至被认为已初具政党的模型。（如梁启超后来认为，强学会的性质“实兼学校和政党而一之焉”。马洪林说：“保国会已粗具资产阶级政党的规模和性质。”参见马洪林：《康有为大传》，275、280页，沈阳，辽宁人民出版社，1988。）不过，从康有为为这些会社所写的序文、缘起和章程中，我们可以看到他发起、组织这些会社与其孔教建制主张之间的密切关联。
1895年9月，康有为在北京筹设强学会，基本会员除康有为之外，还有梁启超、陈炽、杨锐、文廷式、王鹏运、沈曾植、沈曾桐、袁世凯等人。1895年11月，上海强学会成立，列名会籍的有黄体芳、屠仁守、康有为、梁鼎芬、黄绍箕、蒯光典、张謇、乔树楠、黄绍第、汪康年、邹代钧、黄遵宪、左孝同、志钧、沈瑜庆、龙泽厚等人。在为北京强学会所写的序文中，康有为以尊王攘夷为号召，发保国、保教、保种之义：“有能来言尊攘乎？岂惟圣清，二帝、三王、孔子之教，四万万之人，将有托耶！”（康有为：《京师强学会序》，见《康有为全集》第二集，89页。值得注意的是这里康有为不是直接言孔教，而是与他在确立今文经学立场之前一样言“二帝、三王、孔子之教”。）在为上海强学会所写的章程中，康有为一开始就阐述了讲学、修教以强国的宗旨：“本会专为中国自强而立。以中国之弱，由于学之不讲，教之未修，故政法不举。……今设此会，聚天下之图书器物，集天下之心思耳目，略仿古者学校之规，及各家专门之法，以广见闻而开风气，上以广先圣孔子之教，下以成国家有用之才。”（康有为：《上海强学会章程》，见《康有为全集》第二集，93页。）具体到修教方面的内容，康有为强调了三点：一是强调“创讲堂以传孔教”为入会者“义所应为之事”；二是强调入会者须“德业相劝，过失相规，患难相恤，务推蓝田乡约之义，庶自保其教”；三是强调入会者讲求学问可以“听性所近”而“分门别类”，但必须“以孔子经学为本”。（参见《康有为全集》第二集，94页。）在为上海强学会所写的后序中，康有为再一次发保国、保教、保种之义：“凡吾神明之胄，衣冠之族，思保其教，思保其类，以免为象、驼、牛、马之受槛、絷、刲、割，岂无同心乎？抑其甘沦异类耶？其诸有乐于会友辅仁欤？仁者何？仁吾神明之胄，先圣孔子之教，非欤？”（康有为：《上海强学会后序》，见《康有为全集》第二集，97页。）
1897年2月，康有为在桂林与唐景崧、岑春煊等人发起组织圣学会。在代岑春煊写的《圣学会后序》中，康有为指出圣学会的成立主要是为了尊圣：“今以《史记》例，当孔子生二千四百四十八年，侁侁士夫，开圣学会，举庚子拜经之义，以尊至圣。”（《康有为全集》第二集，266页。）关于为何要尊圣，康有为在阐述其今文经学立场之下以孔子为改制立法之教主及三世说等思想之前，首先提出了一个独特的观点，即人之三本以师为大：“人有三本。天地者，生之本也；祖宗者，类之本也；君师者，治之本也。三本孰为大？曰师为大。人恶知天，圣师告我天而尊天；人恶知祖父，圣师告我祖父而亲祖父；人恶知君，圣师告我君而事君。生与类皆由造物，治则在人道。君之所治人道，曰礼义名分，纲纪政令，教化条理，文章正朔，衣服器械，宫室饮食事为，无一不出于师，无一不在师治之内。然且从之则治，不从则乱；从之则永，不从则促；从之则安，不从则危；从之则存，不从则亡。神明圣王，师乎师乎，孔子乎！”（《康有为全集》第二集，265页。）对师道的如此强调和重视，让我们想起韩愈的《师说》，特别是其中“道之所存，师之所存”的著名言论。
在《两粤广仁善堂圣学会缘起附会章》一文中，康有为也明确提到在善堂内设立圣学会是以广教为主：“本堂创行善举，特奉孔子，如劝赈赠医、施衣施棺诸善事，开办有年。今欲推广专以发明圣道，仁吾同类，合官绅士庶而讲求之，以文会友，用广大孔子之教为主。”（同上书，268页。）至于圣学会的全部宗旨，康有为的陈述略同于前面提到的他对强学会宗旨的陈述，而更强调了对庶民之教的关切：“今本堂创设此会，略仿古者学校之规，及各家专门之法，以扩见闻而开风气，上以广先圣孔子之教，中以成国家有用之才，下以开愚氓蚩陋之习，庶几不失广仁之义云尔。”（同上书，268页。）
由此可见，与之前的强学会和后来的保国会相比，圣学会更接近纯粹的孔教会，以至于论者称之为“近代中国最早的孔教会组织”（颜炳罡：《孔教运动的由来及其评价》，载《齐鲁学刊》，2004（6）。）。在《两粤广仁善堂圣学会缘起附会章》一文中，康有为也提到了圣学会的成立有一个与实际处境有密切关系的重要参照物，即基督教：“外国自传其教，遍满地球，近且深入中土。顷梧州通商，教士猬集，皆独尊耶稣之故，而吾乃不知独尊孔子以广圣教，令布濩流衍于四裔，此士大夫之过也。”（《康有为全集》第二集，268页。）在圣学会的会章中，康有为首先谈到的就是庚子拜经：“本善堂于壬辰年，立有庚子拜经之会，奉马中丞、赵学使批准，人士济济，惜久而渐洇。夫中国义理学术大道，皆出于孔子，凡有血气，莫不尊亲。外国自尊其教，考其教规，每七日一行礼拜，自王者至奴隶，各携经卷，诵读嫫拜。吾教自有司朔望行香，而士庶遍礼百神，乃无拜孔子者，条理疏矣。今宜大复厥规，每逢庚子日大会，会中士夫衿带陈经行礼，诵经一章，以昭尊敬。其每旬庚日，皆为小会，听人士举行，庶以维持圣教，正人心而绝未萌。”（《康有为全集》第二集，268页。）论者多谓康有为模仿基督教“每七日一行礼拜”的教规而创立庚子拜经之例（参见喻大华：《论康有为的孔教思想及其创立孔教的活动》，载《南开大学学报》，2002（4）；韩华：《民初孔教会与国教运动研究》，48~49页，北京，北京图书馆出版社，2007。），其实此论多有未审之处。首先，庚子拜经并非康有为所创。康有为此处明确谈到广仁善堂立庚子拜经之会是在壬辰年（1892年），这个时间距康有为第一次赴桂林尚有两年之久。其次，庚子拜经并非凭空创设，而是其来有自。南朝时笃信儒学的臧荣绪（415—488）因尊敬孔子而笃爱五经，以孔子生于庚子日，于是每逢庚子日即陈列五经，具衣冠而拜之。这是庚子拜经的历史渊源。因此，说庚子拜经可能受到基督教每七日礼拜上帝这一教规的激发，乃是持平之论，若说庚子拜经出于对基督教教规的模仿则持论太过。
1898年4月，康有为在北京发起、组织保国会，其所讲求者仍是“保国、保种、保教之事”，具体一点来说就是“保全国家之政权、土地”、“保人民种类之自立”、“保圣教之不失”（康有为：《保国会章程》，见《康有为全集》第四集，54页。）。保国会章程中有些具体内容与强学会相同，但保国会在组织方面的考虑显然比强学会更为充分、细致，比如该章程明言保国会是一个全国性的组织，并专门谈到了总会与分会之间的关系：“十一：自京师、上海设保国总会，各省各府各县皆设分会，以地名冠之。”（《康有为全集》第四集，54页。）再比如该章程对于保国会的主要组织方式做了明确的规定，主要在选举和议会：“十二：会中公选总理某人，值理某人，常议员某人，备议员某人，董事某人，以同会中人多推荐者为之；十三：常议员公议会中事；十四：总理以议员多寡决定事件推行。”（《康有为全集》第四集，54页。）将保国会的组织结构与组织方式与前面已经讨论过的康有为在戊戌期间所上的保教折中构想的孔教会的组织结构和组织方式对比一下并不是没有意义的：保国会是一个全国性的组织，在总会之下设立分会，孔教会也是一样；保国会的总理、值理及议员须通过公选而产生，孔教会则以衍圣公为总理，而督办、会办及委员也是通过公举而产生。在写作于1910年9月30日的《论中国宜用孔子纪年》中，康有为提到：“昔在戊戌之岁，吾立孔教会于京师，士大夫多从焉。于是奏请令各省、府、县、乡皆立会，公举耆旧志士学人为会长，改教官为奉祀官，诸生为讲生，而京师立教部，令各省公举教部长以总持焉，而于大事以孔子生纪年。事未行而新政败，吾亦逋亡在外，十二年于兹矣。”（《康有为全集》第九集，163页。）既然康有为在1898戊戌之年发起、组织的社团只有保国会，那么，可见在康有为的心目中，保国会就是孔教会。