曾国藩心想，多年合作，保奏他正是为了让他作为湘军的可靠支持者，谁料想沈葆桢上得台来便断自己的后路。你建军没错，但事有轻重缓急之分，曾国荃的军队都要闹兵变了，你还给我拆台。既然你不仁，那就别怪我不义了。于是，曾国藩给九江关道蔡锦青下令，让他解九江关洋税三万两给雨花台湘军，以解眼前之急。蔡锦青是沈的手下，但是曾公的命令不敢违，便向南京运银。谁知被沈葆桢发现了，把蔡大骂一顿，勒令他追回款项，否则就罢他的官。蔡锦青两头受气，可是心里明白，谁都得罪不起，你们让我干啥我就干啥呗，于是又把银子给追了回来。
这下曾国藩大营炸开了锅，到嘴的鸭子飞走了，这沈葆桢也太忘恩负义了，于是都请求曾国藩弹劾沈葆桢。曾国藩心里也不愿闹翻，只是现在事情紧急，这银子是非争不可的。
慈禧这些天没干别的事，就看大臣们弹劾曾国藩纵容军队抢劫的折子了，正在想着用什么法子治治他时，就收到了曾国藩的奏折。慈禧令户部以“部文”的形式答复曾国藩，大意是：曾国藩不要再要江西的军饷了，每个月两湖、川、赣协解的军饷还不够吗？现在江浙的长毛都快肃清了，上海那么富，你还想要江西的银子，这分明是“广揽利权，贪得无厌”。
曾国藩看完“部文”，气得半天说不出话。江浙的战事完没完，每天发出的战报说得还不清楚？但他转念一想，清廷以户部名义下旨骂他，显然是有人从中作梗。谁呢？众幕僚说，还能有谁，沈葆桢啊。不过，沈葆桢还真没有打这个小报告。慈禧早就想打压打压曾国藩了，由她授意户部是很有可能的。但是，怒火中烧的曾国藩就把屎盆子扣在了沈葆桢的头上。
写完弹劾沈葆桢的折子，亲兵正拿着往外走，一直沉默着的曾国藩突然说：“慢着！拿去烧掉！”
曾国藩的心情并没有因为写了弹劾沈葆桢的折子而舒服多少，他忽然想到，要参掉一个沈葆桢不难，但是，沈葆桢是他一手保举的，走了一个沈葆桢，能保证下一任就比沈葆桢好吗？会不会又来一个陈启迈呢？再说，曾国荃的军队目无法纪、大肆抢劫也是人所共见的事实，这个时候要是再为自己辩护，那在朝中就更被动了。但是，自己都快断粮了，朝廷还说他贪得无厌，这个冤枉却不能不辩。思来想去，曾国藩拟了一个《沥陈饷缺兵弱职任太多户部所奏不实》的折子。大意是：东南数省虽然都同意给钱，但实际给的也就是广东省，其他省分文没给。现在我从江西弄了一万五千两，又被追了回去。户部说我是广揽利权，我怎么会不知道揽权人的下场？即是如此，不如让别人来代我主持大局吧，现在“兵弱饷绌，颠覆将及”，一旦发生重大变故，我可担不起这个责任！
曾国藩的口气看似威胁，其实不然。从他的日记看出，曾国藩确实是有隐退的意思。因为弟弟病死，部队没有军饷，别人又不断参他位高权重、专权，朝廷对他也是有了猜疑，身心俱疲的曾国藩确实是想回老家了。
沈葆桢听说曾国藩上奏要求“引退”，心说曾老头又来这招，我也会。于是也赶紧上了个奏折，陈请开缺，“以养老亲”。
慈禧自然不会让他们在这紧急关头回家休息，正在为难的时候，有人来报说李泰国购买轮船的退款五十万两送来了。慈禧就把江西的厘金一分为二，使曾、沈各得其半，并把这五十万两拨给曾国藩。
慈禧干脆好人做到底，又拨淮北盐厘每月八万两，从湖南拨粮优先保证围城军，还拨给安徽、河南等省士绅的捐款数十万两。这些钱粮一下子缓解了湘军的困难，保证了围城军的供应。
曾、沈二人也不提告老还乡了，结束了轰动一时的争饷闹剧。湘军因祸得福，加紧了攻城的步伐。
5.江浙战事
西边曾国藩调兵遣将围南京，东边的李鸿章更是像刚出笼的小鸟，放手大干。同治二年（1863）开始，李鸿章、左宗棠与洋人组织了中外混合军，向江、浙地区的太平军占领区发动了凌厉的攻势。
李鸿章有外交才能和天赋，在常人看来最不容易相处的洋人，李鸿章却和他们打得火热。他在上海与英国的奥伦、戈登达成协议，组织“常胜军”，由上海向西进军。
第一战：太仓。同治二年十二月，奥伦与淮军程学启、郭松林部三千名英军、一万名淮军，携带西洋野战炮、来福枪等先进装备，向太仓进攻。他们以重炮轰倒城墙，然后准备鱼贯而入。然而没有想到的是，太仓的老百姓、太平军全部冲到倒塌的城墙边防守，上至耄耋老者，下至十岁幼童，整个太仓竟然全民皆兵。整整五个小时，四百名英国军、二千余名淮军倒在了进攻的路上，全城血流成河，令人目不忍睹。
第二战：苏州。戈登、程学启等不敢大意，纠集五万人进攻苏州。苏州是李秀成重点经营的所谓第二个“小天堂”，这里聚集了太平军的四万守军，由慕王谭绍光指挥。
十月十七日（11月27日），戈登、程学启的联军夜袭苏州东门外的石垒。谭绍光猝不及防，立即身先士卒，提刀杀入敌阵。后面的战士冒着弹雨，誓死把湘军和戈登的军队堵在东门外。在连续三天的战斗中，英国仅军官就被击毙十余名，士兵伤亡三百五十余名。谭绍光不顾疲劳，每天都在东门指挥作战。就在这个时候，纳王郜永宽、康王汪安钧等八个高级将领集体叛变，它的严重后果是：谭绍光被杀，苏州丢失。
由于湘军不断壮大，以及洋人军队的介入，太平军内的悲观情绪不断滋长，不战而降的事件不断发生：同治元年，上海南汇太平军守将吴建瀛、刘玉林率万余部队投降；接着，常熟守将骆国忠投降。
在这种背景下，郜永宽等人也在私下积极串联，准备投降。李秀成对这些人的活动早就听到了风声，但他无意阻止，或许是一连串的失败让这位少帅对天国的命运丧失了信心。谭绍光也发现了汪有为等人的串联活动，但他并没有意识到问题的严重性，只是想，降就降吧，只要自己不降就行。他只是进行了一番苦口婆心的劝导。汪安钧等人惊慌失措，以为谭绍光只是表面上稳住他们，实则准备镇压，便抓紧了联络活动。
程学启派人秘密和郜永宽、汪安钧、汪有为等人谈判，郜等人要求留下生命即可，到时候可以献出一个城门。李秀成风闻此事，但没告知谭绍光，谭绍光完全被蒙在鼓里。
十月二十四日（12月4日），谭绍光召集众将召开军事会议，为进一步坚守苏州作战斗部署。会上，谭绍光批评了郜永宽等人。在座的众将，除郜、汪二人外，还有比王武贵文、宁王周文佳、天将汪有为、范起发、张大洲、汪怀武等六人，一听谭绍光对他们大加指责，便相互使眼色，手握兵器准备动手。
谭绍光的话音刚落，康王汪安钧抽出短剑向谭绍光的胸部刺去。谭绍光被刺中，大叫一声，其他人一拥而上，汪有为一刀砍下了慕王的首级。
郜永宽跳上桌子，高叫：“天国的气数已尽，苏州城的粮食已吃光了，再也守不下去了。我们已经和李大人讲好，只要献城投降，大家都可以保全生命！”
郜永宽等打开城门迎李鸿章、程学启、戈登等入城。但是，这八个人的命并没有保住，李鸿章进城后便翻脸不认人，把他们都处死了。
与此同时，左宗棠在浙江和法国军人德克碑的“常捷军”联合，与太平军作战。绍兴、金华、严郡、富阳等城镇被攻下，浙江各城镇的太平军守将纷纷开城投降。这样，杭州、嘉兴等重要城镇成了一个个孤城。同治三年二月十八日（1864年3月25日），嘉兴终被攻陷。二月二十四日（3月31日），杭州被攻陷。
在苏、浙的作战中，值得一提的是常州。
进攻常州的是淮军的刘铭传、周盛波部和戈登的“常胜军”。太平军守将护王陈坤书顽强抵抗，守城半年之久。戈登用重炮轰倒了几处城墙，却总是冲不进城去。几次下来，湘军和戈登的军队都不敢冲了。戈登不信邪，命令军官组成先锋队，其他士兵殿后。结果，军官攻到缺口的地方，陈坤书领着百十名亲兵冲杀过来，十九名英国军官负重伤，十名被当场打死。