外来物种的控制与管理已经引起了国际社会的高度重视，许多国家也相继制定了相关的政策和法律。目前，我国还没有制定一部专门的法律来规制外来物种的入侵。涉及外来物种控制与管理的现有法律包括《农业法》、《环境保护法》、《海洋环境保护法》、《进出境动植物检疫法》、《过境卫生检疫法》、《传染病防治法》、《动物防疫法》和《种子法》等；行政法规和部门规章包括《植物检疫条例实施细则》、《重大动物疫情应急条例》、《突发公共卫生事件应急条例》、《森林病虫害防治条例》、《国家突发环境事件应急预案》、《林业外来有害外来物种入侵灾害预案》；此外，一些省市还制定了地方性法规，如《安徽外来物种入侵突发事件预案》、《沈阳外来物种防治管理暂行办法》。
二、具体法律制度
(一)分类制度
我国已经初步建立了外来物种名录。2002年12月，国家环保总局和中国科学院联合发布了《中国第一批外来入侵物种名单》，公布了我国包括紫茎泽兰、飞机草、牛蛙等在内的外来入侵物种；农业部发布了《进境植物检疫危险性病、虫、杂草名录》、《禁止携带、邮寄进境的动物、动物产品和其他检疫物名录》、《进境植物检疫禁止进境物名录》、《全国植物检疫对象和应施检疫的植物、植物产品名单》；国家质检总局发布了《进境植物检疫潜在危险性病、虫、杂草名录》(试行)；原林业部发布了《森林植物检疫对象和应施检疫的森林植物及其产品名单》等。
这些名录的建立为我国抵御外来物种入侵发挥了较大的作用，特别是在入境阶段，但也存在严重的不足。最大的问题在于没有统一的分类标准及其管理体系，环保、质检、农业、林业各部门都制定一套自己的名录体系，相互之间既有重叠，又有疏漏。因此需要建立统一的外来物种名录，这对分类管理制度的建立至关重要，为外来物种入侵防治法的制定打下坚实的基础。
将外来物种根据统一的标准进行分类之后，实行分类管理。分类管理的方式很多，可以借鉴日本的做法，将外来物种进行分类，采取不同的方式进行管理，我们很难做到像新西兰那样，禁止所有的外来物种进入。
因此，结合我国的实际情况，将外来物种可以分为以下三类：
第一类是入侵性外来物种，已有充分的科学依据证明该物种具有入侵性，例如：地中海实蝇、松材线虫、飞机草等。
第二类是非入侵性外来物种，已有充分的科学依据证明该物种不具有入侵性，或入侵性很小，依靠现代科学技术和方法，完全能够控制在允许的范围之内。但这个分类并不是不变的，一旦有科学依据证明该物种现在有入侵性，就要将其列为入侵性物种。
第三类是不确定性外来物种，根据目前所掌握的情况，尚不能确定其是否具有入侵性。如果要引进这一类物种，经过法定检验、检疫程序，确定其是否具有入侵性，确定是否允许进入。
以上分类是在信息收集、整理和科学研究的基础上进行的，随着实际情况的改变，物种所在的类别可能发生变动，分类的依据和标准应当相对稳定。
(二)检疫制度
1.动植物入境检疫
在入境阶段，主要是动植物入境检疫，目的是为了防止动物疫情和有害生物的侵入。相关的法律包括：《出入境检验检疫法》及其实施条例，国家质检总局颁布的《进境动物遗传物质检疫管理办法》；我国加入的国际条约：《国际植物保护公约》和《关于卫生和植物卫生措施协议》(SPS)等。
输入动植物及其产品，经检验不合格，由口岸动植物检疫机关签发《检疫处理通知单》，并通知货主或其代理人，在口岸检疫机关的监督和技术指导之下，进行除害处理，需要对外索赔的，口岸动植物检疫机关出具检疫证书。海关、边防等部门截获的非法进境的动植物及其产品和其他检疫物，应交就近的口岸动植物检疫机关检疫。
国内法和国际公约共同构成了我国动植物入境检疫法律制度，是防止外来物种入侵的一道屏障，将外来入侵物种阻挡在国门之外。
2.国境卫生检疫
国境卫生检疫是为了防止传染病的传入或传出，保护人的健康，卫生检疫机关对出入境的人员、交通工具、运输设备以及可能传播传染病的行李、货物、邮包等物品进行传染病检疫、监测和处理。国境口岸是指国际通航的港口、机场、车站、陆地边境和国界江河的关口。卫生检疫机关在国境口岸工作的范围包括为国境口岸服务的涉外宾馆、饭店、俱乐部，为入境、出境交通工具提供饮食、服务的单位和对入境、出境人员、交通工具、集装箱和货物。对外来物种入侵而言，《国境卫生检疫法》及其实施细则和《国际卫生条例》对防范与控制微生物及寄生虫等外来物种入侵发挥了巨大的作用。
3.其他入境控制
正常的口岸实施的动植物检疫和卫生检疫无法触及非法进入我国的物种，如动植物的走私。在我国，走私现象一直是十分猖獗的，不仅严重扰乱了正常的经济秩序，而且是造成外来物种入侵的隐患。例如原木走私就可能引入外来的病虫害，我国的海关和边防更多考虑的是对走私行为进行处罚，对走私物品予以没收，很少关注外来物种入侵的问题。这是外来物种入境控制的一个很大漏洞，现有的法律没有作出具体的规定，建议在今后的外来物种入侵防治基本法中予以明确。
(三)监测、监控与报告
目前我国有环境监测，主要是对影响人类和其他生物生存和发展的环境质量状况进行监视性测定活动。它主要运用于对某些代表环境质量的数值进行长期的监视与测定，以掌握环境污染的状况并判明环境质量的好坏，由各级环境保护部门负责。
对于外来物种入侵防治而言，可以分为自然传入、无意传入和有意传入三大类。对不同的途径传入的物种，监测存在着很大的不同。自然传入的监测通常比较困难，对于自然传入的物种，通常人们不太关注，除非引发了传染病等严重后果，例如，由于候鸟的迁徙引起的禽流感的传播。对于无意引入的外来物种，应加强调查，确定其是否存在于境内，是否有造成危害的可能。对于有意引入的外来物种，需要监测是否形成种群、是否有入侵的迹象。
在我国，外来物种的监测与环境监测有着很大的不同。对外来物种的监测有不同的部门来负责。农业部负责外来农业病虫害的监测，林业部门负责林业病虫害的监测，卫生部负责传染病的监测，出入境检疫部门负责口岸外来动植物病虫害的监测。这些部门各行其是，应当由一个部门进行协调。由于没有相关的法律规定明确各部门的监测职责，协调各部门的工作，环保部所进行的环境监测很难与上述监测相结合，这样的局面不利于外来物种入侵的防治工作。
因此，建议该项监测工作由环保部门总负责，合理划分农业、林业等相关部门的监测职责，减少各部门工作之间出现漏洞，并将监测结果汇总到环保部门，制定相应的防治措施，分工协作，将各项防治工作落到实处。
(四)法律责任
1.民事责任
民事责任是指民事主体违反合同义务或法定义务而应承担的法律后果，具有强制性、财产性和补偿性等特征。
根据我国2010年7月1日开始施行的《侵权责任法》第六条的规定，行为人因过错侵害他人民事权益，应当承担侵权责任。根据法律规定推定行为人有过错，行为人不能证明自己没有过错的，应当承担侵权责任。
在过错责任原则制度下，只要同时满足下面四个条件，行为人就应当承担侵权责任：第一，行为人实施了某一行为，包括作为和不作为；第二，行为人实施行为时有过错，包括故意和过失；第三，受害人的民事权益受到损害；第四，行为人的行为与受害人的所受的损害之间存在因果关系。
《侵权责任法》规定了过错推定的原则，是从侵害事实中推定行为人有过错，免除了受害人对过错的举证责任，加重行为人的证明责任。需要注意的是，法律对过错推定原则的适用有严格的限定。根据《侵权责任法》第六十六条的规定，因污染环境发生纠纷，污染者应当就法律规定的不承担责任或减轻责任的情形及其行为与损害之间不存在因果关系承担举证责任。可见，环境污染侵权认定实行举证责任倒置，由污染者就其行为与损害之间的因果关系承担举证责任。
外来物种入侵所引起的法律关系十分复杂，所造成的危害不仅会造成民事权益受损，而且还可造成生态和环境的破坏，造成的损失往往难以确定和量化，有的损害当时并不明显，而随着时间的推移，会逐渐显现出来。民法中的侵权责任难以适用。其次，《民法通则》第124条规定：违反国家保护环境防止污染的规定，污染环境造成他人损害的，应当依法承担民事责任。体现了造成环境污染应当承担的民事责任。但外来物种入侵可能造成其他的损害，例如还可能对工农业等方面造成损害，还可能危害到不特定人群的身体健康，引发公共健康的问题。现有的民事法律规范难以调整。再次，举证困难。外来物种入侵造成危害，有时需要经过潜伏期，人们对外来物种入侵的发生、发展的原因以及造成损失的多少都难以举证。最后，外来物种入侵所造成的损失往往是多方面的，数额也是巨大的，当事人难以支付损害赔偿的数额。
因此，对于外来物种入侵事实清楚，受害人明确，而且损失容易计算的案件，可以用民事诉讼的方法及时解决纠纷，用损害赔偿的办法弥补损失、平衡各方的利益，并要求停止侵害，避免损失进一步扩大。对于大多数外来物种入侵造成的纠纷，现行的法律是难以解决的。
2.刑事责任
刑事责任是指因违反刑事法律应承担的不利后果，是最为严厉的惩罚性的责任。对于违反卫生检疫规定，有相关的刑法规定。例如《刑法》第337条规定，违反有关动植物防疫、检疫的国家规定，引起重大动植物疫情的，或者有引起重大动植物疫情危险，情节严重的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照前款的规定处罚。该规定是为了防止植物病虫害和动物疫情的发生、传染性病原物的蔓延，但对于外来物种入侵的防范缺乏针对性，难以发挥应有的作用。目前，我国没有关于外来物种入侵刑事法律规定。可以考虑在今后的外来物种入侵防治法中规定相应的刑事责任，明确外来物种入侵防治的刑法措施。
3.行政责任