平定南中之后，诸葛亮仍坚持“和抚”政策，随后实行“即其渠帅而用之”的复员方针，也就是说，尽量利用当地有声望的领导人物为官方的行政领导者，甚至任用南中的重要人物为朝廷的高官，例如孟获日后便累官至御史中丞，对蜀汉的政治稳定贡献颇大。
这个想彻底改革数百年来汉人压榨少数民族恶习的策略，自然立刻遭到朝廷中保守分子的强烈反对。他们认为少数民族领袖绝不可靠，这种“放任”的人事政策将危及朝廷的统治权。但诸葛亮坚持反对，他并不奢谈理想，反而以实务的立场来分析利害。他表示，以汉人来管理战后的南中地区，将有三大不利：
第一，如果以汉人为行政长官，势必要在南中保持大量的军队。驻军人数太多，必耗费国家军粮，对蜀国抗拒曹魏的基本国策是相当不利的。
第二，此次平南战事，南方夷人死伤颇重，虽然已经和平了，但父兄被杀之仇恨，不是轻易忘得掉的。将汉人留于此地，日夜相见，反而相当危险。
第三，南中少数民族有他们自己的文化和价值体系。由汉人管理的话，即使秉公论断，也得不到信任，反而将加深彼此的误解，造成日后更多的困扰。
因此，他决定采取“不留兵，不运粮”的政策，让南中的少数民族自己管理自己，使这个地区成为一个“纲纪粗定，夷汉初安”的自治区。
虽说诸葛亮一生行事谨慎，但他绝非保守于特权的政策。只要对大局有利，策略上合理而行得通的，诸葛亮倒相当有魄力去改革。
不过，“即其渠帅而用之”，并不意味着完全放任不管，好不容易平定的叛乱，自然不能让其再度发生。为维持稳定的局面，诸葛亮采取了不少策略性措施，以加强蜀汉中央政府对南中地区的控制。
其一，将南中地区改行郡县制，以扩大及健全政治统一的局面。改益州为建宁郡，再分建宁及牂牁郡的一部分设置兴古郡，再分建宁及越隽郡的一部分设置云南郡。叛乱最严重的益州郡被缩小了，也就是原有的四个郡增改为越隽、建宁、云南、永昌、牂牁、兴古六个郡，加上没有参与叛乱的朱提郡、原庲降郡都督所辖的郡，共增为七个。并由参加南征有功的李恢以庲降都督加封安汉将军，兼领建宁太守，并将治府移往中心地区的味县（今云南曲靖）。
郡县制加强了朝廷对行政官员的监督，以免传统的不良政风再度引发少数民族的不满。郡区的缩小，也有利于解决地方势力过大、容易造成割据的弊端。
各郡太守几乎都是对当地颇为熟悉、具有影响力、而且能了解诸葛亮南中政策的官员。新任命的永昌太守王伉和越隽太守龚禄，原本便是南中地区的高级官员，建宁太守兼庲降都督的李恢、云南太守吕凯，都是忠于朝廷的少数民族领袖，他们日后成了朝廷和少数民族沟通取得共识的桥梁。
其二，有计划地削弱大姓、夷帅，并设法收罗有潜力的俊杰之士。他下令强行迁移“南中劲卒，青羌万余家于蜀北”。即使如此，南中地区大型的叛乱已不再出现，但小的、局部性的叛变事件仍层出不穷，尤其是以越隽郡最为严重。不久连新任的越隽郡太守龚禄都战死了，幸赖将军张嶷率军得以讨平。
更严重的事件，竟发生在庲降都督李恢所驻守的建宁郡。《三国志》上记载：“李恢亲身前往讨伐。锄尽叛乱余党，并迁徙其豪帅于成都。”可见，李恢这次一反以往的和抚政策，改采强硬手段，不但以武力杀尽叛党，而且加强了控制，使有影响力的豪强和夷帅全部迁移到成都，让他们永远脱离南中的统治。
其实，思虑谨慎的诸葛亮，绝不可能真正对那些少数民族豪强领袖放心。他在迁移南中劲卒青羌到蜀中后，特别将较羸弱的部曲留下，分给雍、焦、娄、爨、孟、量、毛、李等大姓为部曲，并设置五郡都尉加以管理，将他们纳入政府正式的地方军队。
这些地方军有如现在的“后备军人”，平时从事生产，战争征调服役，也就是诸葛亮在南中“不留兵”但仍有兵可用的策略。
当然也有不少部落拒绝被并入大姓或迁移蜀中，诸葛亮便下令大姓们用金帛收买他们。收买编组多的，可以世世代代承袭官爵。
这个策略不仅削弱了大姓们的经济实力，也以“金钱”攻势降伏了最不易控制的少数民族。把他们组成“夷汉”部曲，加强了他们之间的认同感，大幅度改善了汉人政权和少数民族之间的关系。
建兴十一年，南夷的耆老刘胄造反，庲降都督张翼率此夷汉军队将之讨平。越隽太守张嶷，因现有兵力不足以固守，便将这些“后备军人”编组成赤甲、北军两牙所，以强化军力。
又永昌郡常有寇害，太守霍弋征用“偏军”——即此种“后备军人”征讨之。
可见这些预伏的“后力”，对日后南中地区的安定的确发挥了不少的作用。
同时，为加强对南中的掌握，诸葛亮大量提拔南中有声望的豪族领袖出任蜀汉朝廷的高官。例如建宁郡耆老爨习是李恢的姑父，后来随诸葛亮北伐，官至领军；朱提郡的蛮族领袖孟琰，亦曾参加北伐，官至辅汉将军、虎步监；叛军的领袖孟获，更官至御史中丞，职掌监察大权。这些策略，对南中蛮族向心力的培养，有很大的帮助。
诸葛亮对少数民族的文化非常尊重，他一向重视庲降都督的人选。首任都督李恢，本身便是南中地区人氏。李恢于建兴九年去世，诸葛亮以蜀郡太守犍为人张翼继任。由于张翼执法严格，经常禁止南中民族的宗教习俗，因此惹起南中耆老刘胄等的反叛，影响到其他郡的不安。
诸葛亮立刻紧急召回张翼，改以对南中了解较多的益州治中马忠为庲降都督。马忠很快讨平了刘胄，使南中地区恢复治安。
马忠字德信，巴西阆中人。刘备在猇亭战败后，黄权投奔曹魏，刘备非常伤心。巴西太守阎芝振、马忠率军以强化刘备亲侍部队，刘备在与马忠详谈后，便转忧为喜地对他人表示，失掉黄权，复得马忠，可见世上真不乏贤人呢！从此以马忠为亲信。
诸葛亮开丞相府时，以马忠为门下督，南征时马忠更出任主要大军领袖而建立大功。战事平定后，马忠受命代遵诸葛亮在南中执行抚恤复员的工作，甚有威严。
建兴三年，召为丞相参军，曾为诸葛亮政权核心的成员，并领益州治中从事。由于长期和诸葛亮共事，彼此默契深厚，对诸葛亮的政风体会甚深。
马忠继任庲降都督后，处事果断，恩威并立，将诸葛亮的和抚政策精神发挥得淋漓尽致。《三国志》上记载：“蛮夷畏而爱之。”马忠去世后，南中各族人民流泪哀叹，并为他建庙立祀，可见其治绩的辉煌。
后来继任的霍弋，也能立法施教，轻重允当，使夷境安康。南中治理的成功，慎选人事可说是最主要的原因。
越隽太守张嶷，也是位颇能体认诸葛亮“和抚政策”的南中行政长官。越隽郡原任太守龚禄在夷人叛变中殉职，继任的代理太守根本不敢到越隽郡上任，而寄居于八百里外的安上郡。越隽郡徒有其名，完全陷入无政府状态。这个时候临危受命、整顿越隽郡的便是张嶷。
张嶷字伯岐，巴郡南充国人，年轻时以勇敢又富谋略而著称，拜为牙门将，和马忠共同讨伐汶山叛羌，以谋略筹划建立功劳。
张嶷在正式授任越隽太守后，率直属大军深入越隽境内，诱以恩信，使不少部落酋长皆来降服。张嶷主动缩小打击范围，把敌人仅限于杀死龚禄的荆都耆帅李求承，将其余部落一律视为友军，使李求承很快陷入孤立，没多久就被抓到并处以死刑。
张嶷一向反对用武力解决少数民族的叛变，他认为治理南中，应首重恩信，一定要尊重他们的宗教及文化，站在同一阵线上，才能使夷人心悦诚服。
这件任务他做得非常成功，据说当他在修复越隽郡旧城都时，夷人男女无不尽力而为，使工程在极短时间内便告完成。
除了精神生活外，张嶷也很重视物质上的富足。他在郡内的定筰、台登、卑水三县，有计划地开采盐、铁和漆，并设立专任官员进行管理，让少数民族的各部落都能参与，以改善他们的生活。
更重要的治绩是张嶷成功地打通了邛都经旄牛到成都的旧道，并修复古亭驿站，以利商旅往来，不但强化了蜀汉朝廷和南中地区的行政管理，也使南中经济有了突破性的发展。
张嶷在越隽做了十五年的太守，当他卸任取道旄牛回成都时，夷人男女老幼夹道欢送，无不伤心流泪、依依不舍，甚至有一百余人随张嶷直到成都。
后来张嶷跟随姜维北伐，战死于沙场上。越隽夷民接获消息，无不痛哭流涕，并为他建立祠庙。
诸葛亮非常重视南中地区的农业发展，他说：“朱提银、汉嘉金，采之不足以自食。”只有农业发展，才能解决人民的衣食问题，衣食不匮乏，政治才谈得上稳定。
冯苏的《滇考——诸葛武乡侯南征》记载，诸葛亮命令汉人教夷人用牛耕种代替人力，使耕种的效率及收成大量提升。直到今天，云南省德宏地区的傣族，还有诸葛亮引进耕牛、改善本地农耕技术的传说。
发展农耕最重要的是水利。诸葛亮在此地做了相当完整的水利工程，以灌溉农田，使耕地面积有计划地扩大。现在云南省保山县城南约十里的地方，还有三个能供灌溉的“诸葛堰”，传说是当年诸葛亮所规划的。
依史书记载，诸葛亮应该未曾到过保山，因此这些“诸葛堰”应是诸葛亮在南中地区兴修水利工程、重视农业政策下的产物。经过努力和宣导，这些原本生活在山林、靠打猎生活的少数民族，逐渐离开山村，迁徙到平地来，建立城邑村落，从事农业生产，社会组织结构日趋稳定，生活上得到大幅度的改善。
诸葛亮也非常重视南中地区的手工业及商业。他设置盐铁官，以公家立场管理盐井和矿山的生产；永昌郡的特产樟华布，大量地输向成都；铜、锡、黄金、栏杆细布等特产开始有计划地开发；尤其是张嶷大力改善南中地区的运输系统后，蜀中和南中的商旅来往大量增加，对南中的经济发展影响甚大。
在云南昭通孟孝琚碑附近的墓中，曾出土蜀国特有的货币“直百五铢”，可看出蜀汉内地与南中地区经济来往的密切关系。
云南地区直到今天，仍有不少民族亲切地尊称诸葛亮为“孔明老爹”；傣族人传说诸葛亮教他们的祖先盖房子、编竹箩，连种稻的技术也是诸葛亮带来的。
刘禹锡在《嘉话录》中，记载诸葛亮南征时曾在越隽郡种过蔓菁以为军队食物，后人称之为“诸葛菜”。
当然有些只是牵强附会的传说，但毋庸置疑的，诸葛亮在南中地区所进行的工作造成了很大的影响。
交通不方便，地势险恶，加上部落式的组合，对外资讯几乎完全控制在酋长和长老之手，这是南中地区叛乱不断、各部族容易据地为王最主要的原因。
平定南中后，诸葛亮努力将这些部落的“战士”，有计划地并入官方的行政体系，这便是所谓“部曲制度”的建立。
部曲原本是汉王朝的一种军制，到东汉后期，却成了地方豪族的“半私人部队”。平常耕种，战时则接受征调服役。
诸葛亮首先将南中地区最骁勇的战士编为军队，号为“飞军”，再连同其家人一万多户全部迁到蜀中，分别驻扎各地。这支由夷人组成的部队，日后成为蜀汉的精锐大军之一。
如前所述，其余较弱的战士，分派给焦、雍、娄、爨、孟、量、李等大姓做“部曲”，平时生产，战时当兵，并鼓励大户用钱收买“少数部落”的战士，将各部落重新组合，混合汉人部队，称为“夷汉部曲”。
这种制度，满足了南中地区大户的政治欲望和经济利益，使他们和蜀汉朝廷维持较好的关系，成为南中地区安定的支柱。如果再有部落发生叛变，庲降都督及各郡太守便可组织这些大户和其夷汉部曲的武力，进行平定叛乱的工作。
在云南昭通后海子东晋霍承嗣的古墓中，有一幅壁画。第一排的武士有十三人，皆为汉族装束，手持环形铁刀，第二、三排的武士，头上有挽髻，是所谓“天菩萨的发型”，身着披毡，为夷人装束，共有二十七人，这便是夷汉部曲的组织情况。虽是东晋时所留下的，但相信这仍和诸葛亮的“夷汉部曲”有关。
“夷汉部曲”不但融合了汉人和夷人的组织，改善了民族间的感情，同时对南中地区社会制度的组织强化，也有直接的关系。
诸葛亮的南中“和抚”政策，的确使夷人和汉人的关系有很大的改善，即使到近代，诸葛亮的故事仍在这些地区广泛流传着。除了前面提及的盖房子、编竹箩、种“孔明菜”及稻米等，傣族人也传说他们傣族佛寺大殿的屋顶是仿照诸葛亮帽子模样而建造的。南中地区的人们亦经常将铜鼓称为“诸葛鼓”，反映出他们祖先对诸葛亮的尊敬和怀念。
《华阳国志》记载，南中地区出产的金、银、丹漆、耕牛、战马等，不断运往蜀中，以为军国之用。因此，直接受到剥削的少数民族，不得不起来反抗，越隽郡太守龚禄被杀事件，便是因此而起。
其实，蜀汉的官员们对南中的夷人，一直都没有好印象。大学士谯周曾公然指出：
南方远夷之地，平常无所供为，犹数反叛，自丞相南征，兵势逼之，穷乃幸从，是后供出官赋，取以给兵，以为愁怨，此患国之人也。
可见蜀汉官员，即使在诸葛亮平服南中、大力进行和抚政策后，对南中的夷人仍抱有强烈的不满及鄙视。
正因为如此，诸葛亮对南夷民族之“爱心”，无法完全发挥心悦诚服的效果。诸葛亮回成都不久，南夷复叛，杀害守将。李恢等人亲自征讨，诱以利害，才使骚动事件缓和下来。
牂牁、兴古郡也时有反叛，庲降都督马忠亲往征讨。越隽郡的叛乱更为严重，最后不得不任命张嶷为越隽太守，才逐渐平抚下来。《三国志》上称“经亮之世，南方不敢复反”，指的应是大型的叛乱不再发生而已。
不过，诸葛亮的确彻底改革了汉民族刑威夷人的传统边疆策略，承认南中夷人的生存权，尊重他们的文化和习俗。数千年来，能够获得夷人永不停止的尊敬和怀念，诸葛亮应算是千古唯一的伟人。