作为民营企业，我们也面临着一场有史以来最严峻的挑战：那就是如何从边缘走向主流，也就是从被排挤、打压、躲避、逃生甚至反叛，转为阳光下经营，融入市场经济的主流，支持政府并且以建设性姿态推动经济社会发展。
——摘自冯仑文章《让你的公司更张艺谋》
冯仑认为，我国民营企业在发展过程中普遍存在着以下几个方面的问题。第一个问题是容易感染四大历史性障碍和四大顽疾。
四大历史性障碍包括：一、公司创业初期，在资本原始积累过程中所形成的原罪，以及由此带来的资本结构、投资结构、投资方式、治理结构和公司文化等方面的问题。二、组织进化过程所带来的冲突与裂变。三、由身份转变所带来的冲突和煎熬，相应的公司由社会政治文化为主导的企业文化向纯粹商业文化为主导的企业文化的转变过程中的文化冲突。四、公司要在社会性经济制度剧烈变革的同时，如何保证发展战略和策略的正确与有效。
四大顽疾包括：一、“青春期综合征”。因受资本结构所困，盲目冲动，一切以“大”为目的。二、“心肌梗塞”。长期资本不足，现金流量不畅，即使数十亿的资产，也容易暴毙而亡。三、“癌症”。缺乏管理经验，不懂得投资和日常经营管理，赚钱心切，容易走极端，短时间内盲目扩张，致使公司内管理漏洞百出，弊端丛生。四、“心病”。在突然到来的金钱和荣誉面前把握不住自己，把偶然成功当成必然的胜利，盲目自大，个人权力欲望无限膨胀。四大疾病与四大历史性障碍息息相关，民营企业一般很难逃脱它们的魔爪。
冯仑认为民营企业的第二个问题，是老总的出身会影响企业。
在中国大部分企业中，创业者对企业的影响力都普遍存在。王石曾经以自己为例讲过民营企业的“出身论”，他是军人出身，所以万科的管理很严格，在组织性、纪律性方面都很规范。冯仑曾经有在政府机关工作的经历，所以他对中国整个政治、经济体制的演变过程了解得非常清晰透彻，这直接影响到万通的战略方向。具体来说，冯仑的个人经历对万通的发展，至少有以下几个方面的重要影响。
首先是价值观。冯仑自幼品学兼优，20岁入党，22岁到中央党校进修，后来一直在机关里工作，这使得他始终以一个传统的好党员、好干部的标准来要求自己，无论做人还是做事都不会越雷池一步。所以他在做企业的时候心态比较端正，不该赚的钱坚决不赚，遇到困难也不畏惧。
其次是组织能力和宣传能力。冯仑受过正统教育的培养，还担任过学生会干部，这使得他拥有良好的组织和宣传能力。所以在创业初期没有《公司法》做参照的时候，他在团结人、鼓动员工干劲、制定企业发展方向等方面都做得非常出色。这两种能力对万通的发展起到了重要的作用。
最后是对政策的敏感性。在万通20年的发展过程中，这种敏感从来没有消失过。公司创始人直接决定了企业的发展。如果一个企业的领导者身上有很多问题，那么他的企业必然会受到严重的影响。
冯仑认为民营企业发展中经常遇到的第三个问题，是组织进化能力不足，这是一个致命的问题。
很多企业在创业初期主要是靠情感和伦理来维系企业规则。要解决组织进化问题，把组织的规则变成商人的规则，将领导权和收益权按实际出资以及其他方面来界定，那必然就会造成组织的分裂。
冯仑认为，民营企业组织裂变有两种可能性，高水平的做法是按程序、按法律进行重组；另一种是低水平上的恶斗与裂变，一人带一拨人走，重复以前的故事，过几年又掰一次。这样的低水平循环造成了中国民营企业组织进化始终无法完成。
冯仑在创业初期就经历了组织裂变的问题。1993年，万通完成产权改革，万通集团公司正式成立，冯仑担任董事会董事长、法人代表。万通成立常务董事会，常务董事由公司的六个领导人担任，决策时一人一票，公司大事必须经过全体投票决定，每个合伙人都有否决权。但是这样的董事会造成了组织效率低下，公司不能随着市场变化而灵活应变等很多问题。为了解决这个问题，冯仑把目光集中到了土匪的组织结构上面。他发现土匪组织长不大的原因就是在低水平不断重复。每次官军围剿，土匪就分裂，分裂之后又拉出一些人继续干。冯仑认为这种江湖式的组织形式行不通，于是又向家族式寻求突破。
四川希望集团就是一个家庭企业，创始人是刘永言、刘永行、刘永美（又名陈育新）、刘永好四兄弟。他们都是大学毕业生，靠饲养鹌鹑、生产家禽饲料起家，经过十年的发展，希望集团成为全国最大的民营企业。其法定代表人刘永行在1996年《福布斯》公布的世界500强中成为中国大陆地区唯一上榜的企业家。这样一个由兄弟四人经营的民营企业后来也走上了分家的道路。
在冯仑看来，家族抗分裂的能力比江湖式的组织形式要强一些，但这并不是万通最好的选择。后来万通有机会了解了商人规则，找到了合理改造组织、解决分歧的办法。
冯仑认为民营企业经常遇到的第四个问题，是民企资本容易受外国资本的制约。
我国民营资本由于自身的地位和局限性，所以经常会受到国有资本的挤压，在这种情况下，它们把外国资本当成了救命稻草，但结果却并不让人满意。对此，冯仑在《跨越历史的河流》的文章中说：
在民营资本自有资本不足和外部政策环境不安全的条件下，外国资本往往扮演着“天使”与“骑士”的角色……近几年在海外上市的网络公司和高技术公司（还包括很多传统行业的公司），几乎都是凭借外国风险投资的力量，快速聚集资金和高速成长起来的。
正如冯仑所说，前几年民营资本几乎每年都得到10亿美元以上的风险投资，尤其是以IT等新技术领域为代表的一些高新技术企业，在得到外国资本的支持后，实现了飞越式的发展，百度、新浪等大公司就是其中的代表。在房地产行业，绿城在迈向资本市场时，得到了摩根大通和STARK INVESTMENT组成的国际财团的援助，共募集资金1.5亿美元。可以说，摩根大通帮助绿城完成了 “从托儿所到大学”的全过程，使绿城在两三年时间里，由原来为债务负担所困的传统地产公司转变为市值超过200亿元人民币的成功企业。
在民营资本借助外国资本发展的同时，往往容易在角逐中被对方所掌控。冯仑认为，民营资本在同外国资本的合作与角逐中，又被它们巨大的资本规模和丰富的商业管理经验两面夹击，不得不弃守行业领先者的地位，沦为外国资本在中国市场的开拓者。这时，民营资本所能够扮演、也是外国资本最希望它扮演的只有三个角色，那就是代工（外国品牌、产品在中国的加工者）、营销伙伴和品牌延伸。上面提到的绿城，2006年年初通过配售可转换债券和私募股本成功引进外国资本，其中，1.3亿美元的可转换债券在新加坡证券交易所成功挂牌上市，另外2000万美元由绿城董事会主席宋卫平出让持有的2%的股权获得。1.3亿美元可转债背后的抵押资产，是绿城51%的股份以及另一家绿城全资子公司51%的股份。可以说，外国资本在投资过程中以自身的利益为主。为外国著名品牌加工衬衣的江苏某著名企业，它只能挣取这些海外品牌产品在当地销售价的1%的利润，而委托加工者所赚的利润在30%以上。即使这样，当国内人民币升值或劳动力价格上涨之后，海外订单很快就纷纷撤离中国，转向利润更高的国家。这会给国内企业带来很大的影响，很多民营企业面临着立即减产转行甚至破产的困难，而工人也将会有一大批人失业。
民营企业在外资包围下进退维谷，已经成为很多民营企业的共识。荣丰集团董事长王征认为，民营企业发展最大的问题就是外国资本的挑战，他在接受采访时说：
在国内市场，民营企业与外资竞争面临的最大的现实问题是资金。如果我们不能找到自己的融资渠道，或者不与这些外资联合发展的话，中国的民营企业就可能被市场边缘化。现在许多的跨国公司巨头涌进中国，到处攻城掠地。高盛、美林都是上千亿美元的大集团，这些大公司在国内是无可匹敌的，民企每年几十亿人民币的销售额在他们面前是小菜一碟。所以说民企最大问题是资金的问题，很多发展非常好的民营企业都是因为资金问题导致发展受阻。尽管现在很多领域都允许民企进入，但现在最大的问题是民企自身很弱，和跨国公司比，是九牛一毛，他们可以轻而易举让我们倾家荡产。
民营资本受外国资本制约的原因，主要是外国资本牢牢把握和控制产品价值链的上游——品牌、研发和海外市场，民营企业只是外国资本的加工厂，一点儿成长空间都没有。另外，在价值观上，民营资本也处于弱势地位。西方商业文明已有三百多年的历史，已经积累起一套完整的价值体系和商业伦理，而中国的民营资本还处于起步阶段，在技术层面、管理知识和商业伦理方面都在向西方学习。所以在与外国资本竞争与合作时，中国民企的价值观就会主动倒向对方，特别当国有资本不给空间或者政策环境让他们感觉不到安全的时候，多数人更是以价值认同作为寻求安全庇护的心理支持。