决策是国际组织各机构在其职权范围内，依据一定的程序规则，经过提议、起草、讨论、通过各种决定以及使决定生效、终止的过程。它是国际组织最重要的日常活动之一，是实现组织宗旨、履行组织职能的主要方式之一。在国际组织中一个决策过程的通常的程序是：动议（initiation）、文件的起草和讨论、表决、决定的生效、决定的终止。
动议是针对某个特定问题而作的可能导致产生某种决定的建议或提议。在国际组织中所有决策活动均始于动议，动议不一定能导致产生决议，但决议一定来自于动议。在国际组织中能进行动议的一般有：成员国政府、组织内的各个机构、其他国际组织以及一些利益集团甚至是个人。
在文件的起草与讨论阶段一般分为两个过程：一是提案的准备过程，二是提案的讨论过程。提案的提交权一般只有国际组织的正式成员才能享有，但有些国际组织中下属的机构也能提交议案。这样，有时提案国不一定就是动议者，如台湾想加入联合国，提案者是一些中南美洲的小国，但由于它不是正式成员，只是这一问题的动议者，提案的准备过程中草案的拟定是关键，因为它关系到提案最终能否被接受。所以，要与有关国家进行多次磋商，并经过多次修改。提案的讨论是指提交到国际组织各机构的决议草案在表决前经过该机构的讨论和评议的过程。一般是提案在会议前提交到秘书处，经过秘书处的翻译再散发给各成员以供讨论、审议的过程；一项提案在讨论前或讨论中到由有关利益国家组成的“压力集团”的反对或修正后，提案国一般被允许甚至被鼓励撤回其提案或对别的提案的修正案，但一项修正案在被撤回后在国际组织一般允许仍可重新提出。
对提案的讨论通常是到达成一项普遍协议或经过协商一致才算终止，一般把采用多数否决少数的表决方式视为一种粗鲁的方式。因为采用这一方式通过的决议，在有关国家不配合的情况下，决议的精神也不可能得到执行。
表决是在讨论后所进行的一个程序，它与各个国际组织中的投票机制有密切的联系，所以，这一问题见下面的投票机制。
在一个提案经过表决后，要么遭否决，要么被生效；被否决意味着这个决策过程就被终止；生效意味着将进入执行阶段。
但国际组织不同于国内组织的决策过程，它的决定生效一般分为这样几种形式：立即生效和有条件生效。国际组织的大多数决定一旦为议事规则所规定的多数通过后，即告生效。至于那些按决议规定在某一特定时间内生效的约束性决定通常需要在一定的时期后才能产生法律效力，但这不妨碍决定的效力，因为通过表决后的决定已经具有法律效力而且是不能更改的。有条件生效是指那些需要其他机构事先协议或批准，或者需要成员国事先同意的生效。在国际组织中，即使是生效的决定对某些国家来说也不是全部有效的决定，有的只是部分有效或有条件的有效，如该国对此决定部分内容有保留，则保留的部分对这一国家无效，如该国对这一决议设立了有约束力的前提条件，这一决议对该国来说则是一个有条件的有效的文件。
国际组织的许多决定是为某一特定时期或特定的目的而通过的，当它们的使命完成后就归于终结。除了这种正常的决定终止程序外，由于下列情况国际组织的决定也能被终止：决定被修正与废除，因成员国资格终止而失效，因组织解散而决定失效，决定因政治上或司法上的取消而失效。废除一项决定可以经过对它进行彻底修改，或另一项决定来取代之，或明令废除之，都是属于修正与废除。一个国家从某个国际组织中退出，失去了成员国资格后，一般来讲是不受该组织决定的约束，特别是针对该成员国的决定，但这不妨碍国际法的基本义务仍对这一国家有效。有些国际组织由于解散，它过去对其成员的一切有约束力的决定自然就失去效力，如过去的华沙条件组织、经互会。在有些国际组织中，存在着上级组织对下属机构的决定拥有批准权的情况，如经合组织可以修正或取消欧洲支付联盟和欧洲货币协定组织委员会的决定；一些国际组织内的司法机构可受理某些机构或成员国的申诉，对某一决定的合法性做出裁定，如欧盟内部的欧洲法院就有对成员国国内法院提出的关于共同体法的有效性或解释做出先行裁决（p Relimina Ry Ruling）权。
2.投票机制
国际组织的投票机制也是国际组织运作中的一个十分重要的问题。它影响着国际组织的效能和成员国的参与度以及权利与义务。目前在各种政府间国际组织中投票机制主要分为三种：多数表决制（majo Rita Rianism）、加权表决制（weighted voting）和一票否决制（unilate Ral Negative voting）。
（1）多数表决制
多数表决制是在政府间国际组织中最常见的一种表决制。
这种表决制度包含两个成分：第一是每个成员国拥有平等的一票，第二是在每个表决的问题上或以简单多数（至少51%票数）或以三分之二的票数决定。这种投票制度表明主权平等的概念和民主的原则（多数的意志占主导），如联合国除安理会外的其他机构和其他许多国际组织都采用这一制度。
但目前有一些人士对此有一定的异议，认为这种投票制度体现了现实上的不平等。理由如下：（1）认为在国际事务中各国的能力与责任不同，大国与小国承担国际义务的能力有着很大差异，一国一票不能体现权利与义务相等，如美国在世界事务中远比哥斯达黎加起更大的作用，承担大得多的义务，批评多数表决制可能产生“多数独裁”，这种观点带有很强的强权主义色彩。
（2）认为一国一票不具有人口的代表性。有人测算在联合国中占世界人口不到15%的国家却拥有三分之二的票数，而占世界人口600-/0的十个国家（斯里兰卡、巴西、中国、印度、印度尼西亚、日本、尼日利亚、巴基斯坦、俄罗斯和美国）却只占联合国大会票数的不到6%。这种观点带有很强的理想主义色彩，混淆了国家间政治与世界性政治基本区别o（3）有人认为一国一票不能体现区域与集团之间的平等。如有人对联合国大会在1945年的票数进行统计，发现欧洲和具有欧洲传统的国家（如美国、加拿大、澳大利亚和新西兰）在联合国占37%的票数，而非洲国家当时只占8%的票数；有一些国际机构中发达国家占主要地位，而发展中国家所占票数较小。多数表决制有时不能体现区域与集团间的平等。
多数表决制中还分为简单多数和特定多数表决制两种。前者主要适用于国际组织大会中有关的程序事项或其他一些不太重要问题的表决；特定多数表决往往用于比较重要问题的表决上，它在实践中往往比简单多数灵活，但又比简单多数具有权威性。
（2）加权表决制
国际组织中的“加权表决制”表现为：不是以一个国家一票来平等分配投票权，而以国家的人口或财富为标准来分配投票权。欧洲议会就是部分以人口来确定议员名额的分配。世界银行和国际货币基金组织是以财富来分配投票权，美国在国际货币基金组织中一国就拥有17.8%的投票权。在国际组织中的这种投票机制经常被一些弱少国家视为工业化国家对国际组织和国际政治经济的帝国主义支配。
（3）一票否决制
国际组织中的“一票否决制”是指组织中的任何一国都可以封住任何决议的通过。它有两种情况，第一种也是最常见的一种就是奉行“一致通过”的原则。经济合作与发展组织（O Rgani-zation For Economic Coope Ration And Development OECD）、阿拉伯联盟（the A Rab League）和一些国际组织都是实行的这种制度。“一致通过”强调了主权原则但有时也导致了效率的十分低下。“一票否决制”的第二种情况就是所谓的“大国否决制”。这最典型就是联合国安理会中的五大国（美、中、俄、英、法）在涉及国际安全问题上具有否决权。
除以上三种投票机制外，还有一些把上述投票机制混合起来的投票机制，这其中以目前欧盟的投票机制最为独特。欧盟中的两个最重要的机构——执行委员会（Commission of the Eu Ro-pean Union）和部长理事会（Council of Ministe Rs）——是以人口和财富双重标准来决定投票权的，但似乎财富的比重更大一些。
在欧盟执行委员会中，大国如德法英意有2名成员。小国有1名成员；在部长理事会总共90张决定票中，欧盟成员所占票数从10票（主要是德国、法国、英国与意大利大国）到2票（卢森堡）不等。根据1986年通过的“单一欧洲法案”的规定，重大问题必须一致通过，一般性议题可以是简单多数通过，但特定多数的决议必须有62票同意，27票可以阻止议案的通过或构成少数否决，但23票可以延迟决议的通过。这种特殊的投票制度既有“多数表决制”成分，又有“加权投票制”的因素，还有“一票否决制”的影子，欧洲人把这种混合性复杂的投票制度称之为“有效或特定多数投票制”（qualified majo Rity voting）。
国际组织的投票机制一直是颇受争议的问题。可以说国际组织现有的投票机制都存在着一定的不足。由于国际组织的投票机制关系到谁的利益受维护，成员国之间的能力分配状况，因此对现有的投票机制产生种种的批评和维护也就不奇怪了。