执行机构目前在国际组织中不仅根据立法机构的授权处理主管业务，而且还积极参与到最高权力机构的决策过程之中，许多国际组织最高机构的决议都是由执行机构经过磋商后提出框架或起草的，再由最高权力机构正式通过。从执行机构的活动方式上看，它们有的是本组织主管某一专门领域的机构，根据权力处理本组织面临的某一类问题；在工作中根据需要定期或不定期地召开会议，有权做出本机构职权范围内的决议和决定，如联合国安理会和经社理事会等主要机构；它们有的是最高权力机构休会时的常设机构，负责履行本组织的职能，每年定期或不定期地召开会议，联合国各专门机构所属的理事会、执行局、委员会等属于这一类；有的则以年会的方式在最高权力机构召开会议之前举行活动，处理并总结所承担的业务工作并向立法机构提出报告。
3.日常行政管理机构
国际组织的行政管理机构一般是负责国际组织正常工作运转所需要的后勤服务，向该国际组织提供各项活动的管理服务，并执行各机构制定的方针与政策，落实各业务机构制定的各项活动计划与方案的机构。在这些机构工作的成员是国际文官。
国际组织的行政首脑往往被称之为“秘书长”、“总干事”、“执行秘书”等，是本组织的对外代表。秘书长一般有一定的任期，它的任命一般是由立法机构决定，并由执行机构参与确定，还与该国际组织的议事程序与投票机制有一定的联系。在某种议事程序和投票制度后面常常有各国特别是大国围绕着最高行政首脑任命的政治斗争。行政首脑的产生一般有两种情况：一是各大国政治力量妥协的产物，像联合国、世界贸易组织等；二是在实力最大的国家中产生，像世界银行、国际货币基金组织等。前者产生的行政首脑往往是中立国或小国的外交官，他或她能为各大国接受；后者是实力对比的产物，主要是该领域实力最大的国家的代表或代理人出任，如世界银行与国际基金组织的首脑主要由美国人和欧洲人决定，由美国人担任世界银行行长，西欧人担任国际货币基金组织的总裁。
秘书长以下的主要行政官员一般由秘书长任命。但这往往也受政治因素影响。像联合国的重要的行政职位往往是为一些大国保留的或由一些大国提名的。
政府间国际组织领导人的作用问题也是一个重要的问题。
国际组织的领导人及其工作人员和一般国内的行政机构一样往往倾向于人数的扩大和权力的增加。这样，行政机构内在扩张本能使得国际组织的官员往往忘记了自己的本职工作只是行政管理而经常担负起决策的角色。这必然招致某些成员国甚至一些国家的公众感到他们好像失去了对他们所创建的国际组织的控制，是成员国服务于国际组织而不是国际组织服务于成员国。
这种抱怨不仅存在于成员国中的中央和地方的官员中，甚至在国际组织的一些官员中也有类似的越权的抱怨。比如在欧盟中这样的倾向就较大，在欧盟的未来和性质的辩论中欧盟领导人和一些机构官员的意见有时成了中心议题。
关于国际组织领导人的作用问题历来有两种倾向。一种是约束性（Rest Raint）作用，另一种是积极性（activism）作用。约束性的作用是指国际组织的领导人把自己与自己所管理的国际组织的作用较严格地限制在章程所规定的范围内，一般不采取主动的行为在有关领域突出国际组织的作用或积极扩大该国际组织的作用，以避免有关国家的不满。像联合国第三任秘书长吴丹（U Thant）、第四任秘书长瓦尔德海姆（Ku Rt Waldheim）和第五任秘书长德奎利亚尔（Javie R Pe Rez De Cuea R）较接近于这种倾向。
积极性的作用是指国际组织的领导人较积极地看待自己和自己的组织的作用，强调国际组织应主动引导该国际组织在国际有关事务中发挥新的作用。像联合国第一任秘书长赖依（T RygveLie）、第二任秘书长哈马舍尔德（DagHamme Rskjod）、第六、七任秘书长加利（Bout Ros Bout Ros- Ghali）、安南（Kofi Annan）较倾向于这种作用。人们也许还记得加利出任联合国秘书长不久所说的联合国的作用不仅是要维持和平，更重要的是创造和平，这也许最能体现这位国际组织领导人的积极性倾向的国际组织观。尽管在国际组织的领导人作用问题（也包括国际组织作用）上存在着约束性和积极性两种倾向之分，但事实上任何一位国际组织的领导人在国际有关领域的作用都只在这两者之间徘徊，有的较多一点约束性作用色彩，有的较多一点积极性作用的成分，而都不可能走得太远。这既是国际政治的特点决定的，也是国际组织的特点决定的。如赖依在朝鲜问题上和哈马舍尔德在刚果问题上主张联合国的干预就招致苏联等国的不满。加利坚持联合国在国际事务上的独立性结果引起了美国对他的严重不满，成为第一个只任一届就离任的联合国秘书长（赖依是在第二任中自己辞职）。
（四）国际组织的议事规则和投票机制
1.议事规则
国际组织的议事规则是指国际组织内的各机构在行使其职能，举行各种会议过程中所遵循的程序性的规则、制度与规定，它主要包括会议制度、决策程序和表决制度。它们一般在国际组织的基本文件中都有原则性的规定，具体的议事规则往往由各机构自行制订。因此，议事规则是国际组织内部法或内部法律秩序的重要内容。其中决策程序和表决制度是国际组织议事规则的核心。
（1）会议制度
国际组织在一定意义上可以说一种常设性、制度化的国际会议形式，召开会议是国际组织履行其职能的重要活动之一。
会议制度也就成为国际组织日常活动中最常用的一种会议规则。国际组织的会议一般分为两种：定期会议（Regula R Session o Ro Rdina Ry Session）与不定期会议（i R Regula R session o R special Session）。定期会议不论是立法性机构还是执行机构都要在一定的时间内召开若干次，如立法性机构，像联合国大会是在每年9月第三个星期二开始召开年会，会期一般三个月。国际货币基金组织、世界银行都是每年举行所有国家代表参加的一次年会，世界贸易组织是每年召开一到两次全体大会，有些组织如联合国教科文组织、粮农组织、工业发展组织和国际海事组织是二年举行一次年会，有的组织如国际民航组织是三年开一次年会，世界气象组织是每四年召开一次年会，甚至像万国邮政联盟和国际电信组织是每五年召开一次年会。执行机构尽管由于负责日常的组织事务，保障组织的决议实施。经常随时地不定期地召开会议是其特点，但是在此之外，有时还要在一定的时间内召开若干次定期。
会议。如联合国安理会每年要举行两次由各国高级代表参加的定期会议，国际货币基金组织和世界银行的执行董事会是每年召开一次会议，国际民航组织理事会是每年举行3次定期会议。
不定期会议在执行机构中是经常举行的，但立法性机构在一定的情况下也召开不定期的特别会议。这种会议是针对某一特定问题而召开的。如在联合国，凡经大会本身决议，或安理会请求或过半数成员国请求，或任一成员国请求而被多数成员国认可，均可以召开特别会议。联合国各专门机构也有召开特别会议的做法，通常应是各机构的执行机构、行政首脑或一定数目成员国的要求而召开的，如世界妇女大会，环境大会、粮食大会、人口大会等等。
会议的主席的产生办法通常有四种：一是任命，如欧盟执委会主席和副主席；二是选举，如联合国大会主席；三是成员国轮流担任，如联合国安理会，欧盟理事会，美洲国家组织常设理事会等，四是由国际组织的行政首脑担任，这种情况一般是在一些专门性或功能性的国际组织中，但这种条件下会议主席一般没有表决权。
国际组织的各种机构的会议一般都有具体的议题和讨论次序——统称为会议的议程，会议的议程一般都是在会议之前就事先预定的，像联合国大会一般由秘书长在至迟于会前60天送交各成员国，各成员国、各主要机构或秘书长可以在会前30天对议程提出补充，30天内如有重要或紧急事项还可以增列议程，但这必须要有过半数的有表决权的成员国同意为前提条件。
而在会议中，包括具体的议题以及讨论次序都是按一定的程序进行的。这种程序在各种国际组织中各不相同，就联合国大会而言，它的会议程序是：拟订会议临时议程、确定正式议程（即J临时议程经过过半数成员同意后成为正式议程）、议程项目的分派与讨论、一般性辩论、议题审议、通过议案和宣告会议结束。
（2）决策程序