战神打仗，当然不是冲上去迎面一拳，这样多打几拳手受不了。朱棣先佯攻辽东，到了通州（今属河北）突然转向沧州。燕军昼夜兼程，到沧州时徐凯正好进城，但又没来得及筑防，被轻松击破，徐凯被擒。朱棣能在地图上精确计算好时间衔接，做好规划，其军队亦能有力执行，不愧为军事史上从古典时代向近现代转变的一代战神。
但打仗毕竟是靠实力，而非某一两个人的能力。接下来燕军南侵，盛庸集兵迎战，双方在东昌（今山东聊城）接阵。这一战，没有阵前卖萌的李草包，没有自动崩裂的河冰，更没有诡异的旋风来吹折帅旗，纯实力对抗。朱棣先以轻骑掠阵，盛庸不为所动。朱棣又亲率精兵冲击盛庸中军。盛庸变换阵型，放朱棣冲入，然后合拢，将其围困。朱棣眼看就要送命，他应该庆幸前年不怕麻烦地取了宁王的蒙古骑兵，此刻正是靠朱能率这3000锐骑冲入阵中，拼死将朱棣救出。不过朝廷军毕竟实力占优，而且正确发挥了火药武器的作用，杀伤燕军无数，连朱棣的左右手张玉都死于枪炮。最终，朱棣亲率百骑殿后，撤退至馆陶（今属河北）。盛庸又令吴杰、平安袭击朱棣后路，不过战神不是蒙着脑袋向前冲的愣头青，后路保护得很牢，没有被一举全歼。
此战燕军死伤数万，大伤元气。盛庸军声大振，建文帝告捷于太庙。事实上，现在形势已明，朱老四已经没有什么获胜的希望了。但他还要撑。盛庸的优势是兵力强，尤其是火器，朱棣虽暗储军备多年，但当时属世界级前沿科技的火药武器毕竟是他的短板，这方面他无法和盛庸抗衡。为此，他用了一个近乎于耍赖的办法。
史载建文帝为了显示仁厚，下令“勿伤吾叔”，诫令朝廷军只能活捉，不许阵前打死朱棣。枪炮无眼，朝廷军自然就不能用火器招呼他四叔。于是四叔常带着轻骑从盛庸的火器面前掠过，诸将眼睁睁地看着他大摇大摆走过，就是不敢开枪。朱棣常用这招看清对方的阵型兼打击士气，有时甚至借此掩护燕军推进。明太宗不仅精通军事科学，还善于不拘一格地利用这些小技巧，这种风格深受后世某些人推崇。但这种记载并不可信，建文帝就算下了这样的命令也只是一种心理战，绝非诚意。如果谁在战场上请他四叔吃了花生米，那可以先假意责罚，然后说：“枪炮无眼，也怪不得某某将军。本来该官升五级，赏钱10万，但功罪相抵便只能官升三级，赏钱万贯……”我想这个道理成年人应该都懂。
建文三年（1401）春，两军再次对垒，本来朝廷军占据上风，阵斩燕军大将谭渊。然而，奇事三后续一又发生了——战场上又刮起了强劲的东北风。尽管这次没有吹折盛庸的帅旗，但燕军顺风鼓噪，大胜一阵，盛庸败走德州。吴杰、平安率军来援，朱棣在藁城（石家庄以东）迎战。那这一次他又靠什么以弱敌强呢？您懂的——奇事三后续二又发生了，东北大风又起，燕军又顺风鼓噪，吴杰、平安又败走真定。
朱棣老是靠突如其来的大风取胜，不过这也不是个办法，双方一旦陷入僵持，每多拖一天对造反一方都多增一份危险，再这样拖下去就算风之子最终也无法破解困局。
5、孤注一掷
建文三年（1401），靖难之役已经拖了3年了，燕逆快扛不住了。尤其是他的小舅子徐辉祖，总是在正确的时间、正确的地点戳穿他的花招。现在有些方言中，舅子是骂人的话，不知是否由朱老四兴起。不过另一位小舅子也就是徐达次子徐增寿和他大哥风格就完全不同，他坚定地站在姐夫一边，一直偷偷给燕军递送情报。更由于实力明显占优的朝廷军3年都没捏死燕逆，信心指数开始下滑，很多遭到贬黜的官员尤其是宫中宦官都偷偷给燕军递送情报。
经过大量情报分析，朱棣和僧道衍得出结论：现在朝廷军主力集中在前线，南京空虚。如果始终跟前线主力耗下去，先耗死的只能是自己，绕开这些主力，直扑南京，或有一线生机。
建文三年（1401）11月，朱棣发文祭奠阵亡的两军将士，称自己被迫起兵3年，常亲冒矢石，打赢不少仗。但每攻克一地，燕军一走又被朝廷军占领，最后我也只占有北平、保定、永平三府而已，真是有点不好意思。最后，朱棣说：“年年这么打，什么时候能平定？我直接冲到长江边去决一死战，不复返顾！”
12月，燕军开拔。就算长驱直入，朱棣也丝毫没有放松后路。千万别以为他是不顾一切地向前猛冲，他始终是在保障后勤供给和撤退通道的基础上保持合理的作战半径。铁铉部下一位姓宋的参军曾提议袭击北平，但朱棣在北平留的防守应该不弱，铁铉分疲兵袭击燕军总基地也没多大意义。铁铉、盛庸、徐辉祖、平安在前路拼命地围追堵截，倒也不止一次让朱棣陷入险境，史载平安的长槊几次差点击中朱棣。有一次朱棣又陷入重围，眼看已经绝望，一位汉名王骐的番族骑士匹马入阵，把朱棣夹在腋下，逃离陷阱。这可是在火器时代单手掖一个精壮的成年男子，比赵云怀里揣一个婴儿难度大多了。这位番骑估计也出自朵颜三卫，朱棣这笔投资简直不亏。
朱棣总是有惊无险地向南推进，而铁铉他们就越来越慌，除了徐辉祖一直冷静迎敌外，其余人都像疯了一样追着燕军猛打。那你们就上当了，朱棣头疼的就是这些人站好防守位，无破绽可寻，现在他们率军冲出，高速运动中破绽就多了。些许破绽又岂能瞒过战神之眼，朱棣精准地找到破绽，将他们一一击败。灵璧（今安徽东北部）一战，朱棣亲率主力吸引朝廷军推进，朱高煦率伏兵大破之，陈晖、平安等老对手均被生擒。
建文四年（1402）5月，燕军打到扬州，过了长江就是南京。这时建文帝慌了，派宗室中为数不多比朱棣年长的庆成郡主去燕军中求和，甚至提出可以割地。这位庆成郡主是明太祖之兄蒙城王朱五五之女，初封庆阳公主，后来有人提出皇侄女封郡主即可，不用封公主。明太祖说我就两个侄女，已经封了公主，不好降。连明太祖这种最惜封的人都不吝给她一个公主，结果建文帝登基后还是把人家降成郡主，现在你还想靠人家？尽管建文帝坚持的或许是正理，但那么多人背叛他投效朱棣也是可以理解的了。
朱棣没有允和，不久，江防都督佥事陈瑄率水军降燕，朱棣拿下长江。建文帝又连续派出诸王求和，现在南京城里的诸王是些什么人？不就是被他削藩之后逮到南京控制起来那些人吗？没准儿还有周王朱橚，朱允炆小子已是病急乱投医了。
朱棣当然一概不理。建文四年（1402）6月3日，朱棣祭江出征。很快镇江守将投降，只有铁铉率军力敌，但战败被擒。13日，燕军抵达南京城下。现在攻城？不必了，驻守金川门的十九皇叔谷王朱橞和被怀疑是卧底的大草包李景隆打开城门，迎燕军入城。朱棣果断放弃在北方和朝廷军周旋，孤注一掷直扑南京，奇迹般的获得了“靖难之役”的胜利。
总结这场浩大的战役，主要有两点：
第一，朱棣以明显弱势的藩王击败了强势的朝廷，显示了极高的军事政治才华。有人说什么明太祖杀光开国功臣、朱棣运气太好、敢于冒险之类，其实都是在抹杀他的才华。这一连串的好运其实早已不能用运气来解释，这些连续发生的偶然已经构成了必然，是指挥官在充分研究客观条件的基础上作出的相对最佳方案选择，得出相对最优的资源配置方式，以相对最大的概率捕捉一切可能出现的机会，而绝非头脑发热的冒险。这其实是现代军事科学中的线性运筹思想，明太宗正是将军事科学从中古世纪带入近现代的代表性人物。所以，铁铉、盛庸都绝非庸才，只是遇到朱老四，确实叫生不逢时。
第二，这不是一场正义的战争，而是一场宗室内部的权力争夺战。唐太宗“玄武门之变”已经足够血腥，但毕竟没有影响到百姓。明太宗“靖难之役”却将全天下拖入浩大战争，致使生灵涂炭，性质恶劣得多。而战后明太宗对战败者的处理也颇失风度。
三、成王不等于败寇
成王败寇，是许多历史实用主义者挂在嘴边的一句话。但这种说法并不对，千秋功罪自有公论。
燕军围攻南京时，建文帝急得像热锅上的蚂蚁，但齐泰这帮书生又拿不出半点办法。城内还有不少人在给朱棣递送情报，建文帝急得大吼：“朱老四！我砍你个舅子！”于是就真把他舅子徐增寿给砍了。但这已经不能挽回败局，燕军入城时，建文帝和皇后自焚身亡。有人说建文帝其实没死，而是逃了出去，甚至编了不少明太宗四海寻找他的传说逸闻。但很显然，朱老四攻入南京，死个舅子都要抓住的就是建文帝，怎么可能真的死了个舅子，齐泰、黄子澄、方孝孺一个都没跑掉，唯独让老大漏网？关键是当时天下愿意听命于建文帝的地方官还很多，他一旦能逃脱，马上就应该在某地重新组织战斗，岂有躲起来还躲到死的道理。所以建文帝当时已死无疑，最多有可能是朱棣为了推脱弑君的恶名，编了个自焚死的说辞，留下了一个其实并不大的疑团。
进城后，朱棣出榜安民，祭高皇帝陵，准备登基，准备工作主要就是处理建文旧臣。前面已讲，隋唐五代就已进入职业公务员时代，你们朱家两叔侄抢天下，大家只不过拿了工资各为其主。现在叔叔抢赢了，那么两拨人的工资就都该你一个人开了。盛庸、平安这些人几天前还拼着命想把朱棣弄死，但下个月你还得往我账上打钱。尤其是李大草包，堪称靖难第一功臣，后来确实混成了首相。地方官更绝少反对新皇帝，反正他们只听朝廷的命令，至于朝廷是谁在操控，那就不该他们操心了。
当然，也有极小一撮建文帝的心腹。朱棣宣布了齐泰、黄子澄、方孝孺等50余“奸党”，这些人大多已自杀殉君，其余也多被诛族。例外的是让朱棣吃尽苦头的徐辉祖，他没有喜迎姐夫进城，而是跑去徐达的祠堂。姐夫很生气，派人把他抓起来，他写了一份供词，说明其父的功勋以及明太祖所赐免死铁券。朱棣气得哇哇大叫，但也不能违背铁券，最后削除他魏国公爵位，软禁至死。当然，也有一些阴谋论者认为徐家两兄弟是在两边下注。后来徐辉祖、徐增寿两支后裔均世袭公爵，成为明朝最显赫的一个世家。
进城前，僧道衍曾向朱棣提出，建文帝的心腹都得杀，但不能杀方孝孺，否则“天下读书种子绝矣”。方孝孺是当时最负盛名的儒士，朝廷讨燕的诏檄均出自他的手笔。僧道衍不杀他，既是为了保留读书种子，更重要的是想让他草拟即位诏书，带头示范，让原本反对燕逆的士人归心。
燕逆召来方先生，据说人还没到，悲恸之声已充塞殿陛。燕逆等他哭够了，亲自下阶说：“先生不要自苦，我只不过是想效法周公辅成王罢了。”这人也不知是文化太低还是脸皮太厚，居然把铁铉教训他的材料拿来当说辞。
方先生说：“那成王何在？”
朱棣说：“他自焚死了。”
方先生又说：“那为何不立成王之子？”
朱棣连忙摆手：“国赖长君，他才几岁，怎么行！”
方先生又说：“那为何不立成王的弟弟？”
方孝孺虽学富五车，但辩论水平也不怎么高，说到这里其实已经说错了——既然可以立建文帝的弟弟，那又为何不能立朱标的弟弟？如果朱棣这样接过来，方先生就吃瘪了。可惜朱棣的辩论水平更差，气急败坏地说：“这是我家事，不要你管！”（那你把人家架来干嘛）朱棣把纸笔塞给方先生：“诏天下，非先生不可！”方孝孺投笔于地，哭骂道：“死即死耳，诏不可草！”朱棣终于忍不住了，下令磔杀方孝孺。方孝孺慷慨就义，留《绝命诗》一首：
天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤
兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？鸣呼哀哉兮庶不我尤！
方孝孺一介书生，不畏强权，坚持忠诚与正义，广受后世赞扬。明太宗恨死了他，甚至死后还禁传他的文章，但明太宗驾崩当年，明仁宗（朱高炽，年号洪熙）继位，尚未改元，便立即做了一件忤逆先皇的大事：为方孝孺昭雪，不但允许他的文集出版，还释放了许多被流放的方孝孺亲属。百余年后，明神宗（朱翊钧，年号万历）在南京为建文忠臣立表忠祠，以徐辉祖居首，方孝孺次之。
明太宗登基后又把铁铉抓来，铁铉不愿北面见他（以臣见君），于是背对着他，坐在廷中谩骂燕逆。燕逆很生气，要他转过身来，但铁铉就是不给他这点基本的尊重。最后，燕逆将其磔杀，年仅36岁。明代中叶济南府便在济南立七忠祠，纪念铁铉等七位反抗燕逆的忠臣。故乡邓州（今属河南）更为铁铉和唐朝在“安史之乱”中英勇献身的另一位邓州忠臣张巡（也可能是河东人）合立双忠祠。清代更在大明湖畔建立著名的铁公祠，成为济南一景。
尽管职业公务员不干涉皇室私事，但皇室无私事，篡位甚至打仗早已上升到公共利益层面。公务员有义务维持正当的公共秩序，忠孝观念便是维系社会正常运转的基础。尽管盛庸、平安在力战后降燕无可厚非，但徐辉祖、方孝孺、铁铉为现任皇帝尽忠更值得赞颂。不要说什么愚忠于封建君主之类的话，他们跟年轻的建文帝并无私交，也不是他的私有附庸，只是因为建文帝已经当上皇帝，那么作为大臣就有义务维护这种既有的体系而不是任由野心家挑起战争的秩序。皇帝是公共秩序的总代表，忠孝观念要求国家公务员竭忠尽死，维护在位皇帝，绝非维护他个人，而是维护关系天下苍生的公共秩序。徐辉祖、方孝孺虽是败者，但毫无疑问他们并不成寇，而是连明太宗嫡传子孙也承认的王道，胜者明太宗反而扮演了不甚光彩的角色。
当然，既然说到明太宗的历史名声，就也不得不再多说点。以上几段采自《明史》，塑造了方孝孺、铁铉这样光辉正义的儒士形象，但按某些资料以及现代主流说法，这几段都还光辉得不够。
先说铁铉，更著名的说法是明太宗将他鼻子、耳朵割下来塞进他嘴里，还问他好不好吃。铁铉怒目道：“忠臣孝子之肉，怎么不好吃！”明太宗又说你活着不拜我，我把你用油锅炸了你也得拜我。但燕军炸死铁铉后发现其骨架仍然背对着太宗，他们想把骨架翻过来，油锅竟然爆炸了！明太宗仍不得铁铉的骨架一拜！
再说方孝孺，据清人赵翼的《廿二史札记》，朱棣强塞纸笔给方孝孺拟诏，方孝孺写了几个字（据析是“燕贼篡逆”），投笔于地。燕逆气急败坏，怒吼道：“你就不怕诛九族！”方孝孺瞪眼道：“便诛我十族又如何？”这本是一句顶牛的话，凶残的朱棣却接过来：“那我便诛你十族！”于是在传统的九族上再加了一族——学生，将方孝孺的十族抓来，一个个在他面前斩首。但方孝孺不为所动，最终自己也慷慨就义。