日军在受到新四军的不断打击之后，从8月底、9月初起调整兵力部署，采取了防御性的攻势进行反扑。日军不惜放弃宣城、广德、郎溪和溧阳4座县城，将宣（城）长（兴）公路一线兵力后撤，集结到溧武公路两侧及其以北地区。随后又将驻防京镇芜地区的兵力由不足3个联队猛增到两个多师团，在镇江地区也驻扎了1个旅团。敌人在集镇和交通要道广增据点。茅山地区的据点也由原来的20多个猛增到156个，并将许多原来由绥靖队警戒的据点改由日军防守，密布“梅花桩”式的据点，加强了对交通线的封锁。然后敌人采取分进合击、多路围攻的战术，首先对当（涂）芜（湖）地区的小丹阳发动大规模“扫荡”。9月10日，日军又集结镇江、句容、丹阳、金坛4县城和天王寺等据点共2000余兵力，分5路合围新四军第一支队司令部驻地前隍村。日军首先攻击宝堰镇，陈毅亲自指挥支队特务连和第一团第二营反击，掩护支队直属机关和青训班向前隍西南的墓东村（句容春城境内）东小华山转移；后又率部与第二团第三营会合，扼守华山制高点，毙伤敌30余人，粉碎了日军的进攻。第一支队司令部旋即经句容磨盘山区南移至溧阳竹箦桥附近宋巷里。华山阻击战是新四军挺进苏南在初创茅山抗日根据地过程中，由陈毅亲自指挥的第一次大获全胜的反扫荡战斗。
华山战斗后，敌人在茅山地区又增设了宝堰、上党、白兔、陈武庄、南镇街、东湾、薛埠、延陵等据点。同时，日军又接连扫荡蒋墅桥、王庄、北镇街和句（容）北等地区。新四军依靠群众，在“梅花桩”式据点之间穿插迂回，机动灵活地不断打击敌人。9月14日，第二团第一营袭击陵口火车站日军据点，毙日军10余名。接着该营又在吕城附近击溃一股日军，毙30余人。新四军还多次掩护镇江敌后地方自卫团和群众破坏丹金、丹句、镇句、镇澄等公路，阻敌交通，并迫使交通线上据点撤并收缩。9月20日至10月3日，第二团一部在茅山脚下薛埠、天王寺一带，对日军第十五师团一部进行袭击战，共毙伤日军大尉中郎启和等官兵126人，俘日军1人，新四军伤亡20余人。10月1日，第一团奉命调回皖南，第六团（团长叶飞、副团长吴焜）调来苏南，归第一支队指挥。11月6日，第六团在镇宝公路元庄伏击日军，毙伤日军20余人，缴获轻机抢2挺、步枪数支：在镇丹公路上夜袭日军，毙伤敌5名。破坏桥梁4座。11月12日。第二团第二营袭击镇江城郊四摆渡日军据点，毙日军10人，俘士兵香河政男。12月上旬，在句容县白兔镇，第六团遭敌4路包围，激战6小时，毙、伤敌50余人，冲出重围。新四军还在地方抗日武装和人民群众的配合下。先后破坏了镇江至句容、丹阳至句容、金坛至丹阳、镇江至常州、句容至天王寺等公路，破坏和中断了日军的交通运输。
在1938年9月至年底的4个月间，新四军在茅山敌后各部队共粉碎敌人大小扫荡二三十次，并主动出击，进攻日伪据点10余次，大部获得成功。新四军不仅战胜了敌人，而且收复、解放了部分集镇和农村，安定了人心，逐步把日军占领控制的部分地区变成了新四军控制的地区，先后在镇江敌后的丹北、镇丹、丹句、江句、江溧句地区和横山、小丹阳及宣城、高淳边境地区建立起10余处小块游击基地，拥有人口近40万，为建立茅山抗日根据地打下了基础。
三、从东湾战斗到延陵大捷
1939年是苏南新四军实施战略展开的一年。在新四军胜利开展敌后游击战争，不断开辟抗日基地的情况下，日军实施了分割封锁和分区扫荡的策略，妄图聚歼新四军和民众抗日武装。对此，新四军采取避实击虚的方针，相应减少在京沪铁路沿线的攻势，逐渐将战线转移到溧武公路两侧地区和芜湖附近一带，选择敌人薄弱环节或孤立据点予以打击，消耗敌人，牵制敌人。仅1至5月，新四军第一、第二支队即避实击虚，发动攻势作战，先后进行了博望、水阳、官陡门、东湾、延陵、横山、陶吴、朱门、小丹阳、横溪、云台山、索墅、上下会、北山、郭庄庙和孟河等一系列战斗，大部获胜。其中在镇江敌后境内的主要战斗有：
1939年2月8日，第二团在团长王必成率领下夜袭京杭公路上的句容县东湾日军据点，第二营及第三营第七连实施主攻，第三营第八、第九两个连担任阻击天王寺、薛埠两据点150余增援之敌，激战4小时，拔除敌据点，毙敌79人（内大尉中队长太田等军官4人），伤32人，缴获轻机枪1挺、长短枪27支。新四军阵亡23人，伤46人。此战创新四军“围点打援”战术之最早范例。
2月12日，第六团第二营在句容高庙泥鳅岗伏击由句容去宝堰的日军100余人，毙伤日军20余人，新四军伤亡10余人。
2月17日（农历除夕），第二团第一营和团部特务连从白兔以东的谭家巷出发，在丹阳县二区延陵常备大队配合下，长途夜袭延陵日军据点，经一夜激战全歼日军1个小队，毙留木队长等日伪军90余人，伤8人，俘日军滨中政志等3人，缴获小钢炮两门、轻机枪1挺、长短枪10余支及无线电台、望远镜、指挥刀、皮包等。新四军阵亡7人，伤16人。
同日夜，第六团第一营突袭丹句公路上的白兔日伪军据点，激战6小时，毙伤日伪军50余人，因主碉堡未能攻克，拂晓撤出战斗。第一营营长沈冠国等英勇牺牲。
敌人在接连遭到重创后为进行报复，调集南京等地步骑兵2000人和伪军3000人，于3月7日分8路合围驻于镇江县上下会及丰城的新四军第二团团部和第一、第二营及第三营第8连。王必成团长率部英勇抗击，于丰城集中部队突围，经过8小时苦战，往返冲击，顽强拼杀，毙敌56人，伤敌43人，终于冲出重围，机动转移。第二团伤亡较大，团政治处主任肖国生、营教导员李文魁等58名指战员阵亡，伤82人。年仅23岁的全军政工模范肖国生是新四军第一个在作战中牺牲的团级领导干部。正在新四军视察的周恩来在《抗战报》上发表了悼念肖国生的文章。
3月18日，驻南京、句容、溧水之日伪军大举扫荡以句容县郭庄庙为中心的江（宁）溧（水）句（容）游击基地，第二支队第四团集中力量打击敌军，毙、伤敌50余人。
4月，第六团在句容县北山战斗中，粉碎了日伪军数千人的扫荡。
5月4日，第二团和新四军挺进纵队各一部夜袭丹阳、武进交界处的孟河日伪据点，毙敌6人，破坏孟河及其附近桥梁3座。
在新四军对敌作战不断胜利的威慑下，日军与伪军之间的矛盾日益加深，伪军内部开始分化。3月18日，经新四军争取，镇江韦岗绥靖队姜希安部100余人，携长短枪80余支反正。此前3天，位于镇江、丹阳、金坛3县交界处的直溪桥据点伪军王德成部60余人也携枪向新四军投诚反正。
敌人在新四军不断的沉重打击下，被迫改变布防，放弃小据点，加强大据点。敌人逐步放弃了延陵、茅麓、丁庄、导墅桥、上党诸据点，一切守备兵力集结到公路、铁路线上，并且又增加新的兵力，计划进行更大规模的扫荡。为了牵制敌人，新四军在镇江敌后积极主动地选择时机，继续不断地打击敌人。
8月10日，第二团第一营第一连两个哨兵在扬中县老郎街用步枪击落日军飞机1架，坠落于丰裕江边的两名飞行员负隅顽抗，被击毙。
9月25日，第二团夜袭镇江南门附近渣泽火车站据点，并成功伏击镇江出动的两批援敌500余日军，毙伤敌百余名，击毁敌军车1辆。
10月4日，第四团一部伏击京沪铁路龙潭至仓头间日军，先后歼灭敌警戒班和护路队，并以地雷炸毁敌军用火车1列，共毙日军约50人，伤70余人，致铁路3天未通车。
10月8日，第二团第三营及特务连，由团长王必成率领，从访仙桥出发，采取“攻点打援”战术，在镇澄公路西夏墅附近发起陈巷桥战斗，同时伏击来自常州的援敌，经3小时激战，击毁敌军车7辆，毙伤敌大队长以下官兵180余人，缴获九九式重机枪1挺等大批武器弹药及军用物资。新四军伤亡30余人。
驻丹（阳）南地区的新四军部队也加紧捕捉战机，狠狠打击敌人。仅9、10月间，仅新六团第一营在珥陵、延陵和麦溪等地即作战7次，毙日伪军100多人，受到第一支队司令部的通报表扬。
11月8日，新六团和第二团在新四军丹阳独立支队等地方武装配合下，在丹阳县延陵地区进行了贺甲战斗。此前，驻镇江县宝堰日军200余人到毗连的延陵地区扫荡，企图寻机袭击新四军和地方抗日武装。8日凌晨4时许，敌返回经过延陵九里镇时遭丹阳独立支队伏击，敌军退至塔路头村负隅顽抗。正在附近的新六团第一、第三营在团长段焕竞率领下，从九里镇向敌背后猛攻。
敌军且战且退，龟缩到九里附近的贺甲村孤守待援。不久，先后两批日军共100余人从宝堰赶来增援，潜入贺甲村。段焕竞将紧急情况通报给第二团，请求支援。下午1时，王必成率第二团第一、第三营从茅山以西赶来参战，包围了贺甲村内外之敌。新四军发起总攻，以点燃稻草堆而生的浓烟作掩护，攻人贺甲村。日军一面施放毒气，一面退守，疯狂顽抗。9日拂晓，王团长又急调第二营参战。第二团连续发动两次总攻，奋力冲杀，白刃格斗，于当日下午1时终于全歼贺甲村守敌。此时，从丹阳、金坛赶来300余敌人增援，新四军为保存有生力量，主动撤离战场。战斗过程中，丹阳独立支队设伏于九里、宝堰间的于桥，断敌后路：樊玉琳、巫恒通、孔庆哲所部地方武装也分别担任对丹阳县城、白兔、珥陵方向的警戒。整个战斗历时近30小时，强攻全歼日军，毙日军武村大尉中队长以下官兵168人，俘3人，缴获轻机枪6挺、步枪70余支。
新六团政治处主任刘震英和第三营营长刘玉林等94名指战员阵亡，126人负伤。
新四军在贺甲战斗中虽然付出了较大代价，但予敌以重创，开创了苏南敌后战场歼敌的新纪录，也是对新四军江南指挥部正式宣告成立的祝贺与献礼，极大地鼓舞了广大抗日军民，江南人民广为传颂，称之为“延陵大捷”，受到了延安总部的通电表扬，国民党第三战区司令长顾祝同也电呈蒋介石核准，予以传令嘉奖。
当时上海和江南等地报纸纷纷以《伟大胜利在江南》等标题作了报道。11月11日，王必成在第二团、新六团联合召开的排以上干部会上总结时说：“这次战斗的胜利，不仅打破了敌人的扫荡计划，而且在全军有着新的重大意义。这次战斗的胜利，提高了本军在全国的地位，主要是这次战斗和以往的战斗性质不同，以前是游击战，而且时间是短的，这次是运动战、而且是一个长时间的战斗。这就是说我们不但会打游击战，而且会打运动战，白刃战。”当年，新四军著名词作家罗漠、作曲家何士德又将“延陵大捷”写进《反扫荡》歌，在新四军中和敌后根据地广为传唱。自此，王必成指挥的第二团被江南民众誉为攻打日军战无不胜的“老虎团”，令敌人闻风丧胆。
新四军及地方抗日武装广泛开展游击战争，积极有效地打击敌人，不仅巩固了原有阵地，而且进一步扩大了活动范围，开辟了许多新的抗日基地，使茅山抗日根据地逐渐连成一体。到1939年下半年，茅山抗日根据地控制的人口增加到140余万。
（第二节建立广泛的抗日民族统一战线
一、扶助发展地方抗日武装
毛泽东在1938年5月发给新四军的两次电报指示中，要求新四军到苏南敌后去“创建根据地，发动民众的抗日斗争，组织民众武装，发展新的游击队”，指明新四军发展的道路，是到敌后地区与当地人民群众相结合，通过发动与组织群众、武装群众，才能求得根据地抗日武装的发展。
新四军到达苏南后，坚决执行党中央的指示，积极扶持发展地方抗日武装。新四军对于地方武装的方针，正如1938年6月23日项英致陈毅的指示信指出的：是“帮助和扶持一切民众武装，使它发展壮大。中心是争取同新四军一块抗日，达到统一指挥，建立纪律，洗刷坏分子，学习和开展游击战。”“最基本的是在他们中间发展党，建立党，以树立党的领导。”
陈毅率部一到茅山，即与管文蔚领导的丹阳抗日自卫总团取得了联系。7月上旬，陈毅在延陵附近约见管文蔚，对管部工作作了指示；下旬，陈毅派第一支队政治部主任刘炎到管部视察，并授予管部“丹阳抗日游击纵队”番号，委管为纵队司令，下辖3个大队脱产武装，成为纵队基干力量。9月，刘炎带领郭猛、张福前（张震东）等20余名干部到游击纵队帮助整顿部队，将其整编为新四军挺进纵队（对外称江南抗日义勇军挺进纵队，简称挺纵），编人新四军第一支队序列，原3个大队扩编为3个支队。尔后，新四军军部和第一支队不仅先后派魏天禄、贺敏学、龙树林、惠浴宇、陈时夫、吉洛（姬鹏飞）、刘文学等到挺纵工作，加强党对该部的领导，而且还抽调挺纵各级干部分批到军部和第一支队学习培训。
11月，挺纵成立党委，陈时夫为书记，管文蔚为副书记。至年底，挺纵扩编为4个支队。陈毅多次亲临管部调研、指导工作，先后对管部党的建设、纪律整顿和今后发展方向、行动方针等重要问题作了一系列指示。部队经过整训、建党和积极开展抗日斗争，大大提高了军政素质，逐步开辟了以访仙桥为中心，包括丹阳北乡、镇江东乡、武进北乡、扬中全县和江北扬（州）泰（州）沿江地区的丹北抗日游击基地。
新四军对镇江敌后一般的零散武装、地方民团、帮会武装和一些自发组织的抗日武装，采取的办法是：第一，扶助其发展；第二，领导其从战斗中锻炼；第三，整顿纪律，清除坏分子；第四，配合主力部队行动，如带徒弟一样将其带大带强；第五，着重教育训练干部，但不撤换其原来干部。陈毅针对国民党在苏南敌后并吞地方游击队的错误做法，采取了“号房子”政策，给予一系列扶持帮助，促使其不断发展壮大，最后收编上升为新四军主力部队。