在莱布尼茨看来，知觉是单子的一种自主的活动，它不是由于被知觉的外部事物对知觉者的作用引起的。他否认外部事物对知觉者有任何作用。在这一点上，他正好和康德相反。康德认为物自体是表象的原因或根据，但不能通过表象来认识它，而莱布尼茨则否认外在事物与表象之间有因果联系，而承认有对事物的知识。在他看来，事物的联系只是观念的，而不是实在的，事物之间没有真正的因果关系。他的这种看法是与认为单子是封闭的思想相一致的。由于单子是封闭的、自足的，因而单子之间没有真正的相互作用。他说：“我不相信任何单子在其中相互作用的系统是可能的，因为似乎没有任何说明这种相互作用的可能途径。而且这种作用会是多余的，因为一个单子为什么要给另一单子它已有的东西呢？因为这一点是单子的真正本性，即它的现在包孕着它的未来。”他的这种实体相互独立的思想早在1686年就已经有了尝试性的表达，并且提供了相当清楚的论证。他说：“我可以以某种方式并出于良知地说，一个特殊的实体决不能作用另一特殊的实体。如果我们考虑到对每一实体发生的东西只是它的那完全孤独的观念或完全的概念的结果，那么一个特殊的实体也不会受到另一特殊的实体的损害。因为这种观念已经包含在它的所有谓词和事件中，并且表达了整个宇宙。”
他接着解释说，除了思想和知觉之外，没有什么东西能对我们发生，而这种思想和知觉将是现在的思想和知觉的结果。“如果我能分明地看到现在对我发生的一切，我就会看到将总会对我发生的一切，即使除了上帝和我之外一切都被破坏，这也会发生。”既然单子或实体不能相互作用，他所说的知觉就不是像人的那种感官知觉，不是外部事物或物质作用感官的结果。他在谈到含混的概念时曾经指出：“我不承认事物的映象是通过感觉器官进入灵魂的。因为这些映象能通过什么孔眼或通过什么运输工具从器官进入灵魂，是不可设想的”。至于为什么物质不能作用灵魂，他像笛卡尔一样认为这是不可理解的。他说：“非物质的实体怎么会不受物质的影响，这是不能得到解释的。”事实上，莱布尼茨在这里似乎没有把他的思想贯彻到底，因为他认为宇宙中只存在单子，如果知觉是由外部引起的，那也不过是相同的事物对相同事物的作用，而不像他所说的纯粹的物质对心灵的作用。在他那里，心灵与形体的关系是许多单子之间的关系，而不是两种极端不同的实体心灵与物质的关系。既然单子没有量的规定性，单子之间就不可能有实在的相互作用，而只可能有观念的相互作用。
所有单子的知觉都是对宇宙繁多性的表象，但各个单子都以自己的方式知觉，因而知觉具有不同的种类、方式或等级。那么，以什么为标准来划分无限多样的知觉的等级呢？在这个问题上，莱布尼茨采取了笛卡尔划分观念的标准，即清楚、分明。笛卡尔根据这种标准把观念划分为模糊的观念、清楚的观念和既清楚又分明的观念。他说：“我称那明白地呈现在专注的心灵中的东西为清楚的，正如当一个对象出现在正在观看的眼睛并对我的视觉产生了一种足够强烈和确定的印象时，我们说我们清楚地看到了一个对象一样；但是，我称这种东西是分明的，即它是清楚的，同时又如此确定地与其他每一种东西区别开，以致于它的本质对于恰当考虑它的人来说是明白的。”莱布尼茨基本上像笛卡尔一样把清楚性和分明性看作是观念和知觉完善性的标志。
只是笛卡尔强调一个观念同所有其他观念的区别，而莱布尼茨则重视观念的内在的区别性，它的要素的区别性。莱布尼茨与笛卡尔的分歧主要不在于对清楚分明的标准的理解上，而在于这种标准运用的范围上。莱布尼茨不像笛卡尔那样把分明的观念与混乱的观念的区别限定在我们有意识地具有的观念上，也不像他那样在完全清楚分明的观念与所有其他混乱和模糊的观念之间作出严格的区别。在他看来，混乱的知觉并非笛卡尔所认为的那样是完全错误和虚幻的，而是属于实在的事物系列，是这个系列所不可缺少的。根据清楚分明的标准，莱布尼茨认为，尽管所有知觉对对象的表象都或多或少地具有完善性，但它们在分明性和混乱性的程度上存在着无限的差异。混乱性只是最低程度的分明性。知觉或表象越完善，它就越分明，而它越不完善，它就越混乱。
根据清楚分明的标准，莱布尼茨把单子的知觉或表象分为三大类：（1）微知觉，这是一种极不清楚的知觉，它是一种无意识，他有时借用亚里士多德的名辞称之为原始的“隐德来希”，这是最低级的知觉。（2）知觉，这是一种比较清楚的知觉，它具有意识，具有注意和记忆，这是较高级的知觉。（3）察觉或统觉，这是既清楚又分明的知觉，它具有自我意识、理性或严格意义的思想，这是最高级的知觉。关于这三者的关系，莱布尼茨说：“感觉是包含某种分明的东西并且是与注意和记忆结合在一起的知觉，……除了那也出现在昏迷状态的人中的最低程度的知觉，以及我们称之为感觉的中间程度的知觉之外，……还有某种我们称之为思想的更高程度的知觉。思想是与理性结合在一起的知觉。”莱布尼茨认为，知觉只能来自知觉，因而从人的昏厥或酣睡的无意识到完全清醒的意识，必定有在程度上从最微小的知觉逐渐上升的无限的知觉系列。
据此，他断定有无意识的知觉存在。这些微小的知觉，他亦称之为微知觉、混乱的知觉或潜意识的思想或精神活动，它们表达了所有灵魂的连续性：从鹅卵石的灵魂直到天使的灵魂。这种微知觉的特性是它们的细小性，它们的数量及其个体的难辨认性。他说：“灵魂本身之中，有种种变化，是我们察觉不到的，因为这些印象或者是太小而数目太多，或者过于千篇一律，以致没有什么足以使彼此区别开来”。他举例说，譬如我们在磨坊或瀑布附近住过一些时候，由于习惯就不注意磨子或瀑布的运动，情形就是如此。“并不是这种运动不再继续不断地刺激我们的感觉器官，也不是不再有什么东西进入灵魂之中，……而是这些在灵魂和在身体中的印象已经失去了新奇的吸引力，不足吸引我们的注意和记忆了”。虽然微知觉不过是混乱的、难以意识的知觉，但无论它们多么混乱、无论对它们的意识多么微弱，它们仍然是知觉，与最高级的、最分明的察觉只有程度上的差异。
莱布尼茨特别重视知觉与察觉之间的区别，如他说，“我们应当仔细地把知觉与察觉或意识仔细分开”，“最好在知觉与察觉之间作一区别”，“我毋宁更喜欢对知觉和察觉加以区别”。在他看来，两者之间的区别在于：“知觉是单子表象外界事物的内部状态；察觉则是对这种内部状态的意识或反省的认识，它不是赋予一切灵魂的，也不是永远赋予同一灵魂的。”莱布尼茨虽然强调知觉与察觉之间的区别，但并不像笛卡尔和洛克那样认为它们是彼此完全不同的东西。笛卡尔的内在观念理论就是以绝对的确定性只属于自我意识的观点为根据的，而排除了所有其他微知觉和知觉，认为它们是心灵的自我意识的对立物。洛克则以儿童、原始人、白痴没有有意识地具有内在观念而否认它们的存在。这个论证隐含了这样的思想，即当我们充分意识到观念时它才存在，也就是说，观念只存在于自我意识或察觉之中。这样，察觉被笛卡尔看作是包含了绝对的、内在的第一原则，特殊的真理都是由之推演的；而洛克则认为，不是第一原则，而是简单观念，才是构成我们知识的要素。在这两种情形下，所诉诸的都是察觉，纯粹的知觉被排除在外。在莱布尼茨看来，察觉、知觉或感觉和微知觉并不是种类上的不同，而只是程度上的差异。它们并不是彼此分离的。自我意识并不是唯一的确定性或实在性，而是相对于已经具有实在性的较低形式的知觉而言，具有最高程度的清楚性和分明性。在他看来，具有自我意识的自我也许是独特的、自我限制的个体，但它只是与其他每一单子在本性上相同才如此。没有单子不潜在地是自我，没有单子完全不具有自我意识。对于笛卡尔和洛克来说，一个事物、一个心灵、一个观念、一个原则不可变化地是其所是。他们所忽视的是内在运动、变易、生长和发展，而这一切是每一单子的本质。