话说左宗棠自“樊燮”一案发生后，抱了必死无疑之心。
他清楚尽管官文所奏，虽是子虚乌有的无稽之谈，但以官文的地位以及与朝廷的关系，是很少有人能为之洗清冤情的。当年胡林翼苦心搜罗了官文一大罪状，想以此扳倒官文，其结果怎样？所以当他听到官文愿意放他一马的消息时，他感到有些莫名其妙，而不敢相信。匆匆忙忙地离开骆秉章的幕府，回到了湘阴，此刻他确是心灰意冷，无意仕途，他只是一介幕僚，本来他根本没有必要卷入“督抚之争”的啊，然而，却差一点点做了个无头之鬼。回到故里，蜗居乡间，种二三亩薄地，养一埘土鸡，栽三四十竿翠竹，闲时捧书就读于竹阴之下，十分的静谧，十分的洒脱。但他左宗棠却是个不安分之人，夜深人静，独卧床榻，那官场上明争暗斗、尔虞我诈的一幕一幕，又历历在目，使他心有余悸。然而一阵心惊肉跳之后，他竟很是奇怪地有一种说不出的快感。此刻他又感到十分的茫然了。“天啦，难道就这样了此余生么？”“左宗棠啊左宗棠，是时不我待抑或我不与时耶？”
左宗棠离开了骆秉章而保住了一条性命，却让胡林翼绞尽脑汁，想尽了主意。对左宗棠的为人，胡林翼是十分清楚的，尽管他左宗棠做了骆秉章的幕僚，将湖南的政治、军事打点调理得清清楚楚，以至于有“中国不能一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”之誉。但对左宗棠而言，其才干的发挥，尚不及十分之一。“左宗棠是个旷世奇才！”这一点，胡林翼是坚信不疑的，所以他在官文面前保住了左宗棠的性命以后，作书给曾国藩，对左宗棠进行推介。“季高谋人忠，用情挚而专一，其性情偏激处，如朝有诤臣，室有烈妇，平时当小拂意，危难乃知其可靠也。”对于左宗棠的为人，曾国藩虽然不十分清楚，亦有八九分明白。他承认，左宗棠有济世救国之才，但他对左宗棠的自恃清高，傲物尤人，以及待人接物的锋芒毕露，却是十分反感。在曾国藩看来，这左宗棠为人过于直率，少有心机，终究难于谋事，只是胡林翼三番四次推介，曾国藩不好推辞而己。
胡林翼作书向曾国藩作了推介，又致书左宗棠，力劝左宗棠：“善为保全。注意小节，特别是对曾国藩不要苛求责备。”
因为曾国藩的为人，总是约束在儒学的礼仪框架之内，为人十分迂腐拘谨，暮气十足，一副官场老手模样，如此为人，又怎能与直率、刚毅的左宗棠相合？因此，在左宗棠的心目中，尽管曾国藩已位居侍郎，且为湘军呼为“涤帅”，就也不过如此了。因为胡林翼的着力周旋，使得曾、左的关系有了一些改善。官文草草了结樊燮一案之后，咸丰帝并没有追查之意。此刻曾国藩、郭嵩焘、胡林翼联名保举左宗棠的折子呈到了咸丰帝的龙案之上，奏日：“左公学识渊博，经济闳远，秉性廉正，莅事忠，尽心民事，裨益地方……”
咸丰帝龙颜大悦，十分乐意做了顺水人情，授左宗棠做太常寺卿而襄办曾国藩军务。左宗棠因祸得福，终于跳出了张亮基、骆秉章的幕府圈子。从此出入曾国藩的军营，帮办曾国藩军务的后勤。因为胡林翼、郭嵩焘的左右逢源，从中周全，曾、左的关系也就日趋融洽。虽然曾、左之间，各自保留了自己的个性，抑或常有摩擦。“意见常常相左”，但这仅仅是一些小小的细节方面，或是一些生活小节的问题，对湘军大是大非的关键，却总是左宗棠力挽狂澜，因此很是得到曾国藩的信任与重用。如此不久，左宗棠在曾国藩的授意下，回籍自募了团练兵勇，和曾国藩一样，终于拥有了自己独立的军队，从此改变了以前寄人篱下的窝囊人生。由于左宗棠知人善用，熟稔行伍兵革之事，所以他所率的湘军，英勇善战。在剿灭太平天国的战场上驰骋自若，战功累累。左宗棠终于因为湘军的战功，受到清廷的器重，先后授职巡抚，继而又做闽浙总督，封一等恪靖伯赐同进士出身，授协办大学士。
太平天国十多年的基业，终于因为自己内部的矛盾和湘军的残酷镇压而灰飞烟灭，十数年的打打杀杀，却让咸丰帝惊恐不已，然而这位短命的皇帝，受尽了惊吓，想尽了主意，却终于没有看到这太平天国的瓦解与崩溃。咸丰死了，传位给了同治。这同治皇帝虽然靠了湘军的力量，剿灭了太平军，以后又剿灭了捻军，出现了清朝历史上的一个短暂的中兴。
搅得大清江山沸沸扬扬的太平天国终于灰飞烟灭了，然而同治的天下却并没有太平。远在新疆的维吾尔族和回族的贫民，却因不堪重负，举行了大规模的起义，并且迅速占领了天山南北的广大地区。这些武装起义的成果，成了他们头领的资本，这些头领，各自为政占山为王而称孤道寡起来。为了扩展自己的势力，这些割据的政权又相互厮杀，你吞我并，大有战国末期中国内地的风采。同治四年夏季割据喀什噶尔的柯尔孜族司迪克，率兵攻打了疏勒，由于疏勒城池坚固，守敌以死相拼，因此攻打了很久，司迪克却丝毫得不到半点便宜，不得不改变方略，便派了回族领主一个唤做金相印的赴中亚细亚浩罕汗国，以求救兵。向浩罕汗国的阿力木库里汗乞求，把正逃亡在浩罕汗国的原中国人张格尔之子布素鲁克和卓遣回西那而作新疆的汗王。听了金相印的乞求，阿力木库里非常高兴，阿力木库里清楚，沙俄大帝的意图，是早就把目光H丁住了新疆这块肥肉。英吉利的维多利亚女王，发兵占领了印度以后，也开始打起这新疆的主意来了。因此阿力木库里并没有向沙俄皇帝请示就答应了金相印的请求，派遣了布素鲁克和卓回到新疆，并且委派了大将阿古柏带兵侵入了南疆。这阿古柏乃阿力木库里的亲信，却确实是一个野心勃勃的家伙，他带兵侵入南疆以后，表面上对布素鲁克和卓毕恭毕敬，然而暗地里却拉帮派结，营结私党，把自己的亲信心腹安排担任军政要职，挟天子以令诸侯。阿古柏在朝内排除异己，对自己的敌对势力，或者进行暗杀，要么进行贿买；对外则实行军事镇压，不久他攻开了疏勒，占领了英吉沙尔、熏叶尔羌，把布素鲁克和卓驱逐去了麦加，自己野心十足地宣布成立哲德沙尔国，自称毕条勒特汗。这阿古柏本来系中亚细亚浩罕国的部将，其主子乃沙俄皇帝，然而，他占了南疆称孤道寡自封“毕条勒特汗”后，却背叛了沙俄，把乞讨之手伸向了英国佬。沙皇见阿古柏如此，又岂能忍受这一口窝囊之气，又怎么会让英国的女王在自己的“碗内”掏食呢？于是“冲冠一怒”发兵新疆，大清的“红顶子”们，见了这些高鼻子的洋鬼子，早就两股颤抖，纷纷倒戈弃城，只恐爹娘少生了两条腿，一溜烟跑了，却把新疆的大片土地留给了沙俄，沙俄打败大清的官兵，却没有收服阿古柏，于是改变策略想收买阿古柏，但终究没有英国的势力，收买阿古柏没有达到预期的效果，但一举攻占了伊犁地区九城。沙俄看到了大清的腐败与无能了。本来在发兵攻打伊犁之时，尚有些畏惧，他们担心异国作战会遇到强敌，没有想到堂堂大清却是如此不堪一击，也就根本不把大清放在眼里了，并宣布伊犁永远归俄国管辖。
新疆如此遭到蚕食瓜分，引起了同治皇帝的惊恐，连日来，他几乎每天都收到八百里加急的边报。
“报——伊犁失守！”“报……”把同治烦得要死。
“近旬来，朕每天接到边报，叛贼阿古柏依了英吉利的支持，自立了哲德沙尔国，沙俄占领了伊犁九城，其势如狼虎，让朕坐立不安，众卿以为此事如何处置为好？”
一日早朝同治通报边塞的情况。其实，关于新疆的边塞情况，这些大臣们早有所闻。他们清楚，此刻的大清，早就失去了康、乾的辉煌了。就是清楚，又有何法？大清的那些绿营的战斗力，又会是沙俄的敌手么？同治发问以后，抬头见脚下那一片血红的顶子，个个噤若寒蝉，他的心痛了，难道大清真是如此无才了么？沉默了一会，同治点起名来：“李爱卿，你意下如何？”
听到点名，把李鸿章惊了一跳。其时李鸿章做直隶总督、大学士，正在主办北洋水师，新疆的情况他清清楚楚，只是他不愿去想。因为他更清楚自从恩师“涤帅”离世作古以后，朝中就少有将才，打仗收复失地，这可是兵对兵将对将的真家伙，不是小儿的游戏。再说，新疆虽是土地辽阔，却实是贫瘠，就算收复了，也没有太大的实际意义，是讨个包袱背到身上，因为每年仅支付新疆驻守的军费开支就达三百万两。李鸿章想过：“现在的大清，早已失去了往日的风采，财政的虚空，实在是一块压在同治帝心头的巨石，这三百万两白银一旦拔往新疆，他李鸿章的北洋水师吃什么？喝什么？”见同治点名，也就把自己的看法一股脑地端了出来。
“臣以为，海防紧系京师，一旦有事，京师动摇；新疆不守，亦难危及京师。所以臣以为，倒不如依英吉利之于印度一般，承认那阿古柏所占之九城，任他与俄订约，封为外藩，一来拖住了沙俄，二则可每年减三百万两军费。”
李鸿章所奏，自然影响了一大批的朝臣，然而却遭到了湖南巡抚王文韶、山东巡抚丁宝桢的反对。
“李中堂所言差矣。领土乃主权问题，能以金钱衡量么？
当年圣祖皇帝，不惜以数千人之性命，血战新疆不就是为了收回这主权么？臣以为圣上可垂询左中堂，左中堂身居陕甘，熟悉新疆。”王文韶、丁宝桢作了如此上奏。在对新疆的问题i，同治终于没有讨到一个主意，没有几个朝臣敢讲几旬硬扎的话。于是派了特使，持了同治的手谕，速召了左宗棠入京见驾。见了特使，拜读了同治手谕，左宗棠不敢怠慢，即起程，同特使一起日夜兼程来到京师，同治于养心殿单独召见。
同治向左宗棠转述了李鸿章的意见，也转述了王文韶、丁宝桢的看法，却把目光紧紧地盯住左宗棠。左宗棠清楚，此刻同治的内心是多么复杂啊，他承认李鸿章言之有理，海防确实十分重要，英法等国的坚船利炮游弋海域，每每犯边，然而新疆之域，又确实不忍割舍。他清楚新疆是圣祖皇帝用血换来的，如果如此让沙俄占去，让英吉利占去，他同治又有何脸面去见列祖列宗呢？然而，要收复，以谁为帅？怎样个收复法？他同治却实在无辙。见左宗棠沉思不语，同治有些失望：“左爱卿，意下如何？”
“启禀万岁，臣以为李中堂所奏谬矣。”
“何以见得？”
“李中堂所奏实乃为一己之私，鼠目之见也，弃新疆而单保海防，乃下策。陛下试想，失新疆，蒙古有保么？失蒙古京师如何？重新疆者，所以保蒙古也，保蒙古者所以保京师也，确保京师，东则海防，西则塞防，两者不可偏废也，废一而全废矣，陛下以为如何。”
“左爱卿所言极是！然则朕遍观满朝督抚大员，却是难觅将帅之才，且传言逆贼阿古柏英勇善战，骁勇无比，朕只怕……”
同治听了左宗棠的上奏，内心暗暗高兴，却是故意装出一副无可奈何之态，“唉，可惜曾文正啊，雄才大略，却是英年早逝矣！”
见同治如此感叹，左宗棠急了：“启禀陛下，其实阿古柏并非传言一样可怕，只不过鼠辈尔。”
“左爱卿实乃雄才大略，将帅奇才，然则已届古稀，朕只怕……”
“昔者姜尚八十遇文5E，汾阳八十尚征回纥，臣才六十有余呢。”
如此君臣际会，左宗棠分析了阿古柏的势力，分析了新疆攻略的强弱之势，却把同治说得心花怒放，旋即降旨，命左宗棠为钦差，节制新疆兵马。
李鸿章听到左宗棠受命收复新疆的消息，十分惊恐，竟是匆匆忙忙地跑到慈禧太后的跟前，大唱起反调来。
“启禀老佛爷，左季高一班书生腐官，大言高论，不顾国家之安危。即其西路调度，不过尔尔，把握何在呀？”