1941年1月7日，由教育部长陈立夫亲笔签发的教育部（高字）第00722号指令，对国立戏剧专科学校呈送的校务行政计划经审核，除提出个别地方稍加修改外，"其余尚无不合，仰照预定进度办理"。
初春，一些剧专学生发起迁回重庆办学的活动。迁校主要理由是，江安太偏僻，一些有名望的教师要走，有声望的名家又不愿来，再加上无法从观摩各文艺团体的演出中获得借鉴和提高；另一些学生以疏散、躲避轰炸为理由反对迁校。双方僵持了近两个月。
4月，中共剧专地下支部遭受国民党地方顽固势力的破坏，暂时解散。（1941年1月，皖南事变后，中共江安县委的上级沪州中心县委出了叛徒，国立剧专不少地下党员的身份明显暴露，4月，沪州的宪兵和特务到江安实施大逮捕，剧专地下党组织被破坏）。
5月9日-11日，国立剧专师生以"凭物看戏"方式在江安公演《日出》，演出阵容强大，焦菊隐、马彦祥、洪深、陈治策、刘静沅、温锡莹、王家齐、冀淑平等戏剧名家都在剧中扮演了角色，给观众留下了深刻的印象，不少重庆观众，乘坐小轮船来江安观看演出。据剧专师生评论，这以后所能看到的《日出》演出中，几乎无一次能与此相媲美，这确是一次经典性的示范演出。7月，余上沅、何治安在《文艺月刊》上发表《抗战四年来的剧本创作》，文章指出，即使是抗战时期的创作，也必须加强作品的艺术性，反对把文学作品变成单纯的"宣传工具"，强调戏剧是艺术的一部门，它是不能离开艺术而独立。艺术成功的作品，反而会更加强发挥宣传的效能。
7月底，吴祖光受原剧专同事张骏祥之邀，离开剧专到重庆中央青年剧社当编剧。
夏，一个下午，江安宪兵队突然闯入曹禺家中，检查了他的书籍和杂物，搜走了他的所有信件。过了几天，他的几个学生也莫名其妙地被捕了。后来才知道，江安宪兵队截获了延安鲁迅艺术文学院给他发来的一份电报，祝贺《日出》在延安公演成功。
1942年年初，曹禺辞去国立剧专职务，到重庆北碚应聘到复旦大学教英语和外国戏剧。
6月，第五届毕业生在江安公演莎士比亚的《哈姆雷特》。
因为这是该剧在我国的第一次排演，因而学校非常重视。自1941年决定排演时，特由教《剧本选读》的曹禺向学生剖析剧本的主题、情节、人物性格等等。导演焦菊隐采用梁实秋译本，同时参照田汉译本，将两者综合成适合当时舞台条件的演出本。经过反复修改演出方案和精心排练，最终如期举行毕业公演。
在江安演出场场火爆，连背着篓筐打着赤脚的农民也被《哈》剧吸引入场观看。高雅的外国经典剧目，高雅的话剧艺术，使中国的山乡农民和下层市民看得如痴如醉，导演焦菊隐深情地说："在贫穷的中国，在落后闭塞的江安小城，能演出莎翁的四大悲剧之一《哈姆雷特》，并得到观众的承认与喜爱，难道这不是一件大事吗！"当年12月，剧专剧团又将《哈姆雷特》搬到重庆国泰大戏院演出，观众争相购票，演出时万人空巷，出现了《哈姆雷特》热。
1943年5月15日-6月，学校不少师生再次要求迁往重庆办学，并以公演方式为迁校筹募经费，首先在江安进行了6次大的公演。演出剧目有《柳暗花明》（王进珊着，余师龙导演），《天作之合》（[俄]果戈理着，郭蓝田改编并导演），《聪明误》（石灵着，王家齐导演），《少奶奶的扇子》（［英］王尔德着，洪深改译，刘静玩导演），《情书》（莫根着，余师龙导演），《塑像》（余上沅着，王家齐导演），接着，又于6月派出《北京人》剧组，前往沪县为筹募迁校经费进行公演。
6月，第六届毕业生毕业公演曹禺名作《北京人》，洪深导演。
1944年秋，开学不久，学校不少师生继续要求将学校迁移到重庆北碚的大学区，迁校理由一是可以聘请艺术名家和社会名流来校上课，有利提高教学质量；二是紧靠大学区，以便进行学术交流；三是方便观摩名文艺团体演出，可扩大视野并借鉴名家之长。学生同时提出，成立学生自治会，以便帮助学校做迁校工作。
学生经过秘密串联后，抛出了告全校师生倡议书，在师生中征集签名，最后，签名者约占全校师生的一半以上。
学校同意成立学生自治会，经过无记名投票选举，第八届（1942年人学）高职科学生吴俊生任学生自治会理事会主席，第九届话剧专科学生陆明达（陆彦林）为副主席，第八届高职科学生杨德仁为监事会主席。这是剧专在白色恐怕中成立的第一个学生自治会。
10月28日教育部转发军事委员会关于征集知识青年从军的训令，并附发《全国知识青年志愿从军征集办法》、《专科以上学校知识青年从军征集委员会组织办法》。此后，剧专开始动员青年学生从军。
12月，剧专从军学生举行留别母校公演，并同时欢送江安县从军青年。演出海报记载，"将所得收人捐赠义民"。演出剧目有《为了祖国》、《天国春秋》、《两面人》、《凤凰城》。
1945年4月，从本月起，至8月日本投降前，剧专先后有丹敏（吴国珍）、田庄（王开时）、李累（李怀志）、燕霞、李煜生等30余人投奔中原解放区，在部队从事文艺工作。
7月，国立剧专正式迁到重庆北碚。
8月15日，剧专师生与北暗的市民一道参加大游行，庆祝中国人民赢得了抗日战争的伟大胜利。
9月，学校开学。专科改为二年制。分设"理论编剧组"（又称理论编剧专业），剧场艺术组（又称表演专业），及高级职业科，专科专招高中毕业以上程度的学生，也可由高职科直升。
不再设乐剧科，原乐剧科师生并入音乐（学）院。
剧专在北碚期间，聘请洪深、梁实秋、杨显益、郑君里、卢冀野等名家来校上课。
在北碚期间，剧专学生公演了《蜕变》、《家》、《水乡吟》、《白雪公主》等几个大型剧目，在社会上产生了极大的影响。1946年5月3日，国民政府正式迁都南京。剧专也在政府复员计划照顾之列。
7月，剧专正式迁回南京。新校址坐落在南京大光路大阳沟大光东村。学制仍为两年制专科，设剧场艺术、理论编剧及高职科。
返宁后，中共剧专支部重新建立。
12月31日晚，剧专师生在小礼堂召开"声讨美军暴行大会"。开会缘由是：12月24日晚，两名美军士兵在北平东单广场残暴地强奸了女大学生沈崇，国民政府为犯罪美军开脱，更加激怒了群众。12月30日，北平学生发动了抗议美军暴行的大示威，运动迅速扩大到全国。
1947年1月1日，剧专由"文艺研究会"牵头，产生了"国立剧专全体学生为抗议美军在华暴行行动大会"的领导机构。公推黄德恩、萧宗环为大会正副总干事。
1月2日，剧专学生上街游行，并与南京各大学一道向国民政府和美国驻华使馆进发，并分别递交了《上国府书》和《致司徒雷登书》。
4月，余上沅收到联合国文教组织戏剧组柯尔兹先生函件，邀请他出席1948年6月在布拉格召开的国际戏剧协会第一届大会。
5月1日，余上沅在《新思潮》杂志发表《为戏剧运动向社会人士呼吁》一文。该文系一些从事戏剧工作的同仁，在中央文化运动委员会上的发言整理稿。文章指出，自还都南京以来，戏剧运动存在种种困难，向政府发出解决困难的呼吁和提出戏剧工作者的主张。5月20日，剧专学生参加"五二0"反饥饿、反内战、反迫害的学生运动，向国民政府请愿，遭到大批军警的残暴镇压。
7月18日，国民政府公布《立即实施动员戡乱完成宪政大纲》。同时，国民党有关部门还下发一些有"戡乱"内容的剧本，要求各剧团演出。
余上沅在此关键时刻，态度十分明确，坚决抵制政治干扰，不演"戡乱"戏。一切仍按原教学计划进行，演出了不少中外名家剧作。
1948年4月，国际戏剧协会中国分会在南京成立，余上沅当选为该会主席。该会确定宗旨为："结合戏剧人才，昌明戏剧学术，促进国际戏剧事业，实现世界永久和平"。
6月28日，余上沅作为中国戏剧家代表出席在捷克斯洛伐克首都布拉格举行的国际戏剧协会第一届大会。会后，余上沅应英国对外协会邀请，赴该国讲学。
秋，余上沅回国。为避免被迫去台，辞去了剧专校长职务，到上海闲居。
▲许伯璞代理国立剧专校长职务。许曾任教育部科长、代司长，着有《戏剧教育行政》一书。
▲国民党在大陆败亡虽成定局，但不甘心退出历史舞台，布置军警大规模镇压工人、学生的爱国民主运动。他们陆续在报上公布要逮捕的工人、学生名单，剧专有部分学生名列其中，因而少数学生和老师暂时离校"隐蔽"。
▲学校仍按原计划招生，维持正常教学秩序。1948年秋季招生为第14届，是剧专招的最后一届学生，共65名。（其中，专科表演专业14名，理论编剧专业15名，舞台美术设计专业7名，高职科29名）。
▲剧专成立了"应变委员会"，保护学校财产，准备迎接解放。
1949年2月，国民党中央党部南迁广州，同时要求大专院校也随同南迁。剧专师生联合起来坚决反对南迁，学生代表李谟炯和教师代表何治安代表剧专师生员工去总统府请愿，表示不愿迁广州，同时要求总统府对剧专师生给予经济上的支持。
4月1日，剧专学生参加南京市大专院校师生发起的为"争生存与真和平"的"四一"大游行。剧专学生负责游行中的宣传工作。
在"四一"大游行中，南京学生惨遭国民党军警镇压，学生和工人被打死2人，受伤200多人。其中，国立剧专受轻重伤学生共62人，造成了震惊中外的"四一惨案"。
4月23日，南京解放，宣告南京国民党政府在大陆从此覆灭。
10月1日，中华人民共和国成立。
11月，原国立戏剧专科学校经整顿后，与在北京筹备中的中央戏剧学院合并。