曾国藩与沈葆桢的矛盾再次爆发并闹到不可开交的程度是由争夺江西漕折、厘税与九江关关税引起的。据曾国藩说：咸丰十一年（1861），在江西巡抚毓科任内，奏定江西漕折拨解曾国藩部湘军粮台每月五万两。同治元年（1862）夏，改为四万两归曾国藩湘军粮台。江西全省厘金、茶叶落地税等，亦归湘军粮台，由曾国藩派员在江西各城镇设卡征收。中英、中法《北京条约》订立后，同年春，九江被迫开辟为通商口岸，中国方面设立了九江关，起初，每月收入约四五万两，九江关归九江道蔡锦青管辖。同年夏，曾国藩奏准九江关月拨关税三万两归湘军粮台。此外，还要抽收茶叶落地税等。江西的利源绝大部分都被曾国藩囊括而去。而其派到江西管理厘卡的人员更是狐假虎威，飞扬跋扈，仗势欺人，因而激起众怒，群起殴打，以至打死厘卡官员的事层见迭出。凡遇闹事，均须地方官出面料理，曾国藩也承认“江西厘务，近于苛虐之行”。
曾国藩素来惯于揽权争利，而江西巡抚沈葆桢也是一个会打算盘、善于争权夺利的人物。沈葆桢认为，两江总督辖有江西、安徽、江苏三省及江宁布政司所属的苏北地区，奏定江西漕折拨解湘军粮台，是咸丰十一年夏天以前的事，当时安庆尚在太平军手中，江苏巡抚薛焕把持着江海关的收入，两江总督实际上仅仅辖有江西一省，奏拨江西漕折，尚在情理之中。但到了同治元年夏，上海江海关月入达六十余万两，曾国藩许将其收入，先尽其门生江苏巡抚李鸿章使用，有余再接济曾国藩部、冯子材部。而九江关收入微薄，远不能与江海关相比拟，竟大部为曾国藩提走，是厚此而薄彼。这是沈葆桢不满曾国藩的原因之一。
同治元年（1862）年五月二十四日，杨岳斌等部湘军水师攻陷南京江面的九伏洲后，从扬州到汉口，千里长江通航无阻，帆樯如织，淮盐运销两湖，道路畅通，两江总督新辟利源极大，但曾国藩仍然要江西按月解拨漕折，坐视江西财政窘困于不顾。这是沈葆桢不满曾国藩的原因之二。
为了屏藩湖南，防止太平军从浙江、皖南楔入江西，席宝田等部湘军长期驻守江西，归江西巡抚沈葆桢节制调遣；此外，尚有刘于浔等组织的省军，江西军费支出甚巨。但江西的漕折、关税、厘金等大多为曾国藩囊括而去，因而沈葆桢在江西，经济上左绌右支，入不敷出。这是曾、沈之间发生矛盾的原因之三。
有此三者，沈葆桢忍无可忍，遂于九月向朝廷上了停解湘军粮台漕折。他奏陈说：江西省进款三宗即厘金、漕折、地丁等项，“厘金收数较赢，尽输皖、浙军饷，漕折提京饷四十万，又提皖饷每月四万，”通省漕折六七十万，去掉京饷、皖浙之饷，所余无几，而江西军饷尽出其中，安得不穷？为救江西燃眉之急，“请饬部将江西应提京饷，暂由他省匀拨，同时停解皖、浙漕折”。清政府批准了沈葆桢的请求。但沈葆桢此举却未向曾国藩请示，对此曾国藩耿耿于怀。同治二年三月十七日，沈葆桢又上奏将九江关税拨解浙江巡抚左宗棠军四万两，其余关税收入归江西本省使用。他在奏折中说：过境之兵，每需济饷，在本省作战之湘军，自当为之筹粮供饷，以致江西财殚力竭。所幸闽浙总督左宗棠派兵前来江省作战，左宗棠极谅江省苦情，派来刘典援师，血战于江，转饷于浙。现在军晌缺乏，万难支出，不得已，只得将九江关税尽数提本省军营之用。同年五月二十八日，奏准九江关税先尽江西省驻军充作军饷。曾国藩眼见他在江西的财源不断丧失，极为气恼，便于同治二年（1863）五月在《近日军情并陈饷绌情形片》中指责沈葆桢违反定章，拒拨漕折等。
为了抵制曾国藩的指责与控制，八月二十日，沈葆桢上奏“吁请开缺”。十一月二十八日，清政府发出“上谕”说：“沈葆桢与曾国藩意见不合，朝廷早有所闻，此奏不为无因。曾国藩办理东南军务，需饷孔亟，而沈葆桢地方凋敝之余，心存抚字，或致蠲缓多而益协未能如数。用人一项，沈葆桢为地方大吏，甄刻不得不严，而曾国藩因军营需材，葑菲无弃，亦恐耳目难周之蔽。”曾国藩、沈葆桢皆贤能卓著之臣，望能“共济时艰”。这道“上谕”，明显地袒沈而非曾。为此，沈葆桢大为得意，立即到任销假视事。
曾、沈之间矛盾激化时，左宗棠也卷了进去，他曾去信指责曾国藩直接指挥的湘军将领唐义训、朱品隆等部人数不足，仅止半数，畏惠避战，你却反以“浪战申儆”朱、唐二将。又去信责备曾国藩说：淮盐之利甲天下，湖北是淮盐销引之地，你竟提出销盐“论辖境，不论引地之说，先资话柄何也”？徽州、广信，本为浙盐引地，际此军饷拮据之际，我亟欲在该两地广销浙江盐引，又泥于论辖境不论引地之说，是否向广信、徽州销售浙盐，使我犹豫不决。“公与弟均尚气好辩，彼此争论，更涉形迹，于大体多所窒碍”，我也只好沉默。以后讲话，总须依理而说。办理盐务，贵在得人，而你“惟知变置督办之员，责其不能有所裨益而詈之斥之，不特无益，而且有损”。景德镇、河口厘务较旺，是因敝处“委办之员认真综核所致……现在由尊处接办，虚实自明，无须置辩……用人不宜独断”。现在郭嵩焘出任广东巡抚，沈葆桢又吁请开缺，“一益一损，且幸且惧”。左宗棠笔下夹雨夹雪，或明或暗地批评曾国藩，支持沈葆桢，沈葆桢遂与左宗棠成莫逆之交，自立宗派。
同治三年三月，沈葆桢上《将江西税厘仍归本省经收折》，奏陈说：自从咸丰十年（1860）两江总督曾国藩奏请将江西通省牙厘归他所设立的东征局征收，已经历时三年。现今时异势迁，安徽已经收复，江苏已经收复苏、松、太二府一州之地，上海尤为税收重地。江西连年战争不断，今春以来，入境太平军有增无减，“殆将十万”，是以江西不得不募勇成军七千余名，而移调前来江省各军，总兵数在二万以外，外加各府添募守勇五百名左右，各军待饱孔殷。“如为将不得其人，兵勇亦同虚设。理财不得其道，厘税适以病民，是则抚臣失职，督臣当劾之而去，不当遥为之谋，令其安坐伴食也，方今各营枕戈杀贼，悬釜待炊……深虞哗溃。”请准予将茶税、牙厘等款仍归江西省支用，“其督臣征饷，酌量江省力能所及者，钦派每月协济数万金，俾征防两无贻误”。
曾国藩也不相让。江西厘税收入，每年百余万两，利源所在，岂肯甘心丧失？于是上疏驳复说：沈葆桢到江西巡抚任后，先于同治元年（1862）秋奏明截留漕折。同年夏，又奏留九江关税。对以上二事，我都宽容忍受下来了。此次截留牙厘，不能不据陈力争。因我统兵太多，月饷需五十余万，“饷需奇绌，朝不保夕，安得不以江西之厘，以慰军士之心”？接着，他又摆出总督的面孔说：我细读《会典事例》，大致吏事应由巡抚主政，兵事应由督臣掌管。就江西饷项论之，丁漕应归沈葆桢主政，因其与吏事相关；厘金应归总督主政，因其与兵事相关。“臣忝督两江，又管兵符，凡江西土地所出之财，臣皆得奏明提用，即丁漕洋税三者，一一分提济用，亦不为过，何况厘金？奏定之款，尤为份内应筹之饷，不得目为协饷，更不得称为隔省代谋。”他又说：同僚交际，不外分、情两字。沈葆桢受我节制，“分也”；同寅之患难相恤，有无相济，“情也”。沈于我处军饷，论分、论情，皆应和衷熟商，不宜不顾情理。接着，他又以威胁、挟制朝廷的口吻说：“臣处自闻截去江西厘金之信，各军人心惶惶，转向告语，大局实虞决裂。合无仰恳天恩，饬谕江西厘金，仍全归臣处经收。”曾国藩最后以去相争。
这次矛盾公开了，而且很尖锐，但清朝中央已经定了案，曾国藩要推翻，也很不成事体。而沈葆桢也上疏请求开缺养亲，寸步不让。这使清朝政府左右为难，只好做和事老，命令江西的厘金曾、沈两家平均分配，由总理衙门拨归曾军五十万两，作为对曾国藩损失的抵偿。这次斗争的结果，还是以沈葆桢的胜利而告终。
在湘军集团中，沈葆桢和胡林翼一样，属于包揽把持、蛮横霸道的一类人物，他不但和曾国藩争饷，而且还和清政府争饷。同治二年（1863），户部议准各海关监督将征收洋税及洋药税等银，除呈还英、法两国各二成及奏提军饷应用经费外，余款令按季全数解京充饷，不准借词留拨。可是，沈葆桢却将九江关应解的京饷截下不解，视朝廷的命令为具文。曾国藩为了报复沈葆桢，故意不守文德州（广德县）和宁国县（宣城县），为苏浙一带的太平军就食江西留了一条去路，把战祸引向江西，使江西连兵不已。此后，曾、沈断绝了来往。咸丰六年（1867），曾国藩在和赵烈文谈起沈葆桢时说：“沈幼丹自三年以前争饷后，至今未通信，其人大抵窄狭”。在曾国藩眼里，沈葆桢由“器识才略”“罕见其匹”，变成了“大抵窄狭”，这就是曾沈交恶的生动写照。江西，是两江总督的辖区，并且奉特旨归曾国藩节制，上下级的关系竟是如此僵冷。曾、沈闹翻后，曾有人责怪沈葆桢负恩，但沈葆桢却不以为然，怒道：“我有今天，是命中固有，国有大难，假乎曾国藩，曾贪天之功归己有。况且，我只知有国，不知有曾，我为国家计，即使有恩也不顾。”