沈的快速升迁，确与曾国藩的荐举分不开。自太平天国以来，道员直接升任巡抚的，只有李鸿章、曾壁光与沈葆桢三人。沈葆桢“功绩”不如李鸿章，但颇负清望，为时人所推许。清廷的谕旨对沈葆桢也眷怀周详，考虑到他有养亲的要求，便特意任职离家乡不远的江西。谕旨说：
前任江西吉南赣宁道沈葆桢，朕久闻其德望冠时，才堪应变。虽系回籍养亲之员，第贼匪一日未平，则臣子一日不得自安，况移孝作忠，古有明训。朕以该抚家有老亲，因择江西毗连省分，授以疆寄。风土不殊，迎养亦近。且系该抚曾经仕宦之区，将来懋建殊勋，尤足光荣门户，以承亲欢。该抚读书明理，经朕如此体恤，如此委任，谅不至再有渎请。现在江西办理善后，正需才德兼备之员，著即赴任。
沈葆桢奉诏十分感激，并上疏说前在广信，以有饶廷选，七战皆捷，他才转危为安。后在广饶九南道任，以两江督臣曾国藩密筹援应，度过危机。凡此因人成事，才免错误。“乃蒙温谕有加无已，且以鸟鸟之私，上劳眷注，臣何人斯，恩遇至此！臣今许国以身，义无旁顾，又何敢因晨昏之恋，负高厚之恩？”遂准备到江西任职。
同治元年（1862）二月，应曾国藩奏请，命沈葆桢兼办广信粮台。但曾、沈的矛盾也很快公开化。原来，曾国藩举荐沈葆桢的目的，是要沈在江西搞好筹饷察吏的工作，把江西变成湘军的后方据点，但依沈葆桢的志向，他决不愿作曾国藩的附庸。因此，沈葆桢走马上任之初，就“率千人赴广信阅边防，国藩内书止之，且以吏事饷事相属。葆桢已遄发，遽返南昌，颇惭懑”，沈葆桢并没有听曾国藩的话。他一反江西前几任巡抚的作法，“始自养兵，重用湘将。道员王德榜、段起以偏师积阀阅为大将，葆桢倚任之。其后江忠义、席宝田留防江西，始称劲旅，而席宝田尤重于他将”。除上面几支部队外，当时在江西作战的还有刘典的克勇，王文瑞的老湘营。既然有了军队，就必须筹办军饷，而“曾国藩恃江西为饷源，月拨漕折五万给徽宁防军，关税二万偿逋饷，而厘金岁输百余万，皆给东征。九月，沈葆桢以本省防军需饷，截留漕折四万两，时江西疾疫大作，李秀成率数十万众援金陵，军势阽危，逋欠日积，曾国藩以此颇怨葆桢”。曾国藩说沈“既不函商，又不咨商，实属不近人情”。但沈葆桢是他自己保荐的，曾国藩只好吞下这个苦果。
派内有派，各树门墙，自古已然。湘系的内部矛盾由来已久。曾国藩筹组湘军时，即发生了王鑫与曾国藩之间的控制与反控制的斗争。后来，又发生了李元度企图挣脱湘系羁绊的斗争，在湘系内部引起轩然大波。曾国藩曾感慨地说：“昔麻衣道者论《易》云：‘学者当于义王心地上驰骋，无于周、孔脚下盘旋。’”意指如罗罗山、王璞山、李希庵、杨厚庵辈（指罗泽南、王鑫、李续宜、杨岳斌），皆思自立门户，不肯寄人篱下，不愿在他及胡、骆脚下盘旋。在太平天国晚期，湘军内部的控制与反控制斗争，最突出的是江西巡抚沈葆桢与曾国藩之间的矛盾与斗争，以至发展到了上奏互讦的地步。而督抚专擅地方政治局面的形成，是矛盾发展的前提。
“命将必畀封疆”，督抚专权的情况，差不多是同中国近代史同时开始的，其形成和固定，则是在湘军集团兴起以后。薛福成叙述其发展过程时说：
国家承平二百年，凡有大寇患，兴大兵役，必特简经略大臣及参赞大臣驰往督办。继乃有佩钦差大臣关防及会办帮办者，呼应素灵，吏部助之用人，户部为拨巨饷，萃天下全力以经营之，总督巡抚不过承号令，备策应而已。其去一督抚犹拉枯朽也。故督抚皆奉命维谨，罔敢违异。道光季年，海疆事起，经略大臣才望稍不如前，权力亦稍减焉，已与各行省大吏互为胜负之势。咸丰之世，粤寇势张，首相赛尚阿与总督徐广缙相继奉命督师剿贼，皆无远略以偾厥事，自是厥后，或用尚书侍郎及将军提督为钦差大臣，或用各行省督抚兼任兵事，而能成功者，则在督抚为多。曾文正公以侍郎剿贼不能大行其志，及总督两江而大功告成，以其有土地人民之柄无所需于人也。是故督抚建树之基在得一行省为之用，而其绩效所就之大小，尤视所凭之地以为准焉。
造成这种情况的原因，主要有三个方面，第一，督抚控制了财政权。咸丰元年（1851），赛尚阿督师，二、三年间，“奏拨军饷，及各省截留筹解，已至二千九百六十三万余两。各省地丁盐提课，以及关税捐输，无不日形支绌”，以至银库正项待支银，仅存二十二万七千余两，调动各省绿营兵，数目至八，九万人，但都是望风溃败，不到三年，南京被太平军攻破，“大局”遂糜烂不可收拾。江南历来为清朝财赋之区，江南的残破，使中央财政陷于困竭无可筹拨的困境。这样，地方政权为了对付农民革命，督抚便控制了饷权。“承平时，筹饷之权固在户部。疆事糜烂，关税而外，户部提拨之檄不常至，中央下令，地方也坚不应。因事情紧急，并皆关系安危，等待户部授饷，势所不能，而疆臣竭蹶经营于艰难之中，则部臣亦不能以承平时文法掣之。故疆臣之负才略者，转得从容发杼，以成夷艰济变之功焉”。曾国藩也说：“我朝之制，一省所入之款，报明听候部拨，疆吏亦不得擅。自军兴以来，各督丁漕等款，纷纷奏留，供本省军需，于是户部之权日轻，疆臣之权日重”。
第二，督抚直接控制了用人权。本来，奏请升调黜免道府以下文官，副将以下武职，是督抚的职责。但他们只有监督权，任免的名单要由布政司提出，然后由吏部批准。特别是委任官员，必须严格遵循一定的资格，大权操在中央。这是清朝承平时的旧制。但军兴以来，这种规定便被打破了。曾国藩举安徽的例子说：
安徽用兵十载，蹂躏不堪，人人视为畏途，通省实缺人员，仅有知府二人，州县二人，即候补者亦属寥寥……然使拘泥旧章，强以格例，不稍示变通之法，则目前无可委之员，不广开登进之途，则将来难收得人之效。湖北自三次克复后，地方凋敝，与今日之安庆相同。前任抚臣胡林翼罗致贤才，多方培养，不数年间，吏治渐振，抚字摧科，绰有条理。咸丰九年（1859），胡林翼奏补府州县各缺，大半与例不符，均经通融议准在案。此后安徽即比照湖北章程办理。闻有才品稍优，誉望渐著者，随时札调来营试用，如其有裨吏治，专案奏请录用。
这也就是说，任命官吏不按什么大挑、候补等资格，只要“才品稍优，誉望渐著”即可。其方法是由军营保举，“专案奏请录用”。任命的名单，也不再由布政使提出，而是由总督、巡抚直接委任。如湖南巡抚骆秉章任命湘乡知县黄淳熙时，就没有经过布政使文格署名，文格又惊异，又恼火，但也无可奈何。再如胡林翼，他不但管湖北官员的任免，还把手伸到了安徽。他计划委署皖北州县官，便写信和曾国藩商量，得到了曾的支持。
咸丰十一年（1861），李元度奉命为皖南道时，曾国藩写信指示他，说皖南的军事由左宗棠主持，政事由李元度主持，但官吏的升迁举动却要请湖北巡抚胡林翼参酌。这些情况说明，清朝中央政府任免官吏的大权，至少说是有一部分已经掌握在督抚手里了。
第三，督抚控制了军队。清朝的正规部队绿营兵，有一套完整的制度，严格地防止了把军队变成个人的工具。但随着绿营的崩溃，这些制度便不复存在了。代替绿营的勇营，是私人性质的部队。总督巡抚既然控制了财权，他们当然就可以募勇，谁的部队严整强悍，能打败太平军，谁的地位就稳固，故地方督抚都把军队当作命根子。胡林翼在湖北之所以能为所欲为，官文不过首尸其位，就是因为胡募练了六万湘军，兵精饷足，不但能保固湖北，而且还能出兵援赣、援皖、援浙江，俨然成为了清政府的支柱。骆秉章在湖南依靠湘军，不但镇压了湖南的农民起义，抵抗了两广天地会起义军和石达开部太平军进入湖南，而且分兵四出，到处镇压起义军，把湖南变成了清王朝最顽固的堡垒。骆秉章本人在湖南当了七年巡抚，后来升迁四川总督，官拜协办大学士，一直老死任所，成为朝廷倚重的“中兴名臣”。相反，“江西巡抚，自陈启迈、文俊、耆龄、恽光宸、毓和，皆守承平制，委权司道。其御大寇，皆倚客军。”其结局，不是被参革，就是被调离，其调换之频繁，就像走马灯一样。即使是湘军集团人物，如果不亲自掌握军队，也不能久居于位。如刘岳昭，他在任云南巡抚时，就因自己没有直接掌握军队，很快就被控制军队的岑毓英排挤走了。事实是，当时的督抚大员，人人都在募勇，不过有的由于不懂军事，有的则因所募冗杂，一战即溃，所以很少有什么成就。湘军集团的将领则久在行间，懂得军事，加之湖南从军已经成为风气，振臂一呼，万人立就，所以湘军集团中担任督抚的人都能掌握一部分部队，而督抚专权的政治局面，也最终形成于湘军集团。
曾国藩和沈葆桢的矛盾斗争，就是在上述政治背景下发生的。