自咸丰六年（1856）裁粮台，七年归江西省局办理以前，曾国藩一军的饷糈，军需自行委员处理，而始终其事的是李瀚章。
在湘军组建的全过程中，李瀚章确是个很特殊的人物，他跟随曾国藩时间最长，一直总理粮饷，曾国藩说他“精细圆适，其从国藩也极久，其为国藩谋也极忠”，可见李瀚章这个管家是很称职的。
李瀚章，本名章锐，字敏旃，号筱荃，亦写作小泉、筱泉，晚年自号钝叟。
他生于道光元年（1821），比二弟李鸿章大两岁。父亲李文安在京任职，李瀚章作为长子，挑起了家庭重担，侍奉祖父，照顾弟妹，又秉持家训，专攻举业，但科场不顺，乡试屡受挫折。清制每12年，凡逢酉年，学政选拔在学文生文艺优秀者，贡之京师，朝考后，分等任职，谓“拔贡”。道光二十九年（1849）为己酉年，李瀚章被选为拔贡。朝考一等，拜曾国藩为师，以知县签分湖南。咸丰元年（1851），署永定知县，二年，署益阳知县，未及上任，太平军进攻长沙，湖南巡抚骆秉章命其守南门天心阁，解长沙之围后，李瀚章奖六品衔，赴益阳县任。曾国藩在回籍办团练，组建湘军之前，以“安定地方”为己任，曾大开杀戒，有“曾剃头”之称。作为学生兼一县父母官的李瀚章，对老师的作法颇不赞成，曾上书劝曾国藩缓刑，施“仁政”。但曾国藩不以为然，仍然杀人如麻。这是两人在湖南相遇的第一件事。三年（1853），调署善化知县。曾国藩因与他有师生之谊，又见他忠实可靠，办事踏实，便派他办理捐输，第二年，曾国藩率湘军东下，设立粮台八所，李瀚章随营差遣，可以说是经理粮饷的元老。
湘军攻下湖北崇阳后，又进攻新滩口，李瀚章率水师配合作战，叙功以直隶州知州留湖南补用。咸丰五年（1855）四月，曾国藩在南昌设立湘军后路粮台，以李瀚章总理其事。五月，其父李文安病死，李瀚章本应回籍守制，曾国藩却以其办理粮台，“三旬为得力熟手”，奏请“夺情”，仍留办粮台。湘军攻下义宁州后，曾国藩奏称李“处理粮台权衡缓急”，李由此升知府，并赏戴花翎。李瀚章与曾国藩关系非同一般，曾国藩赞扬他“精细圆适，其从国藩也极久，其为国藩谋也极忠”，因而时常想着要对他专折奏保。六年（1856），曾国藩奔丧回籍，湘军粮台归并于江西省局，李瀚章也回籍守制。七年（1857）十二月，曾国藩在家守制期间，以治军五载，粮台无定所，经涉三省，头绪繁多，酌拟军需报销大概规模，上奏清廷。奏折中对李瀚章仍加赞扬，说：八年（1858）五月，我重新出山，在前往江西途中，在武昌与胡林翼筹划饷银、粮台报销等事。到达江西湖口后，以湖北、安徽江面在湘军水师控制下，我遂率营由水上转入陆地，治兵转饷，比以前也有了规模。并设立报销总局于湖口，由李瀚章总理其事，清理东征水陆各军饷糈收发之数，分项核销。又设陆路随营粮台，并派人护卫。武昌、九江、贵溪设转运局，南昌设支应局，由李元度综理管务处。又委派陆营管理银钱所、军械所、发审所，公牍案卷各员十余人。但李瀚章时正在家守制，使曾国藩十分着急，故八月又上奏清廷，称李“在臣军粮台经手最久，该员现回庐洲原籍，应令迅来湖口水营办理报销。”咸丰帝允准后，李瀚章携其母及李鸿章、李鹤章、李昭庆等全家迁至江西，先住奉新，后住南昌，设报销局于吴城。李鸿章、李鹤章、李昭庆也曾先后进入曾国藩幕府。
曾国藩所建湘军虽兵饷自筹，粮台自办，而按照清政府的规定，仍须将每年军费收支造册详报，由户部核准方可报销。曾国藩第一次带兵作战，从未办理报销。故于咸丰七年（1857）十二月在籍守制时特向清廷声明，一俟江西军务将竣，即令原粮台人员办理报销。八年六月再出领兵，他想到的第一件事就是如何报销的问题。是年八月，曾国藩上奏清廷，决定在江西湖口设立报销局，由李瀚章负责，办理三年九月至六年十二月军费报销事宜。九年正月正式开局办事，地点从湖口移至吴城。七月又吴城移至湖口，十年五月事竣撤销。因其曾先后驻扎两地，吴城报销局与湖口报销局两个并存，而实际上又只一局。
曾国藩非常重视李瀚章，甚至连密友胡林翼要求借用李瀚章到他主管的湖北省从政，曾国藩也没有同意。九年七月十五日，李瀚章、李鸿章随曾国藩自南昌北上，至黄州会晤胡林翼，至武昌会晤湖广总督官文，决定曾国藩缓赴四川，改援安徽。九月初三日，离开武昌回黄州。湘军攻下景德镇及浮梁县城时，李瀚章免补本班，以道员仍留湖南尽先补用。由于湘军兵数日增，饷需尤迫，江西入款，在钱漕之外只有厘税。因此，曾国藩与江西巡抚毓科商定，由李瀚章与李桓专办江西牙厘，仿照湖南章程设局经收，专充湘军之饷，奏明全省钱漕仍归巡抚经收。
十年，太平军大破清军江南大营，李瀚章、李鸿章在宿松参加曾国藩、胡林翼、左宗棠等人的重要决策会议，共商东南大局的补救办法。曾国藩奏称李瀚章廉正朴诚，吏事精核，请准改归江西以道员遇缺请简。接着，李瀚章即被任命为江西吉南赣宁道道员，襄办江西团练。曾国藩对李瀚章非常关切，曾写信对他说：江西全省，只有你管辖的南赣四属尚少劲旅，已经咨商湖南巡抚骆秉章，请调陈士杰之桂勇专防南路，你到任后，要与桂勇朝夕相处，认真操练。同时，也要仿照我办理湖南团练的办法办好江西的团练。李瀚章也念念不忘报答曾国藩，为此，不惜侵犯江西布政使的职权，不经过布政使就将一笔款项发放给曾国藩的部将吴坤修，使江西布政使张集馨深为不满。
李瀚章在赣南道任职期间，丁日昌先是担任他属下的万安县知县，又调任他属下的庐陵县知县。丁日昌的优良政绩给他留下了深刻的印象，为其后来参加淮系集团，并被李鸿章选拔为江苏巡抚接班人准备了条件。
同治元年（1862）三月，曾国藩奏准抽收广东韶关、肇庆、佛山等地之厘金，接济南京之曾国荃军、苏南之李鸿章军、浙江之左宗棠军。清政府派晏端书督办广东厘金。曾国藩把这份奏折寄给李瀚章，请他到广东去办理此事，想借他内正外和之度经纬一切，可以条理井然，同时，也能与当地士绅处好关系。并特别指出两广总督劳崇光、广东巡抚耆龄与曾国藩不无龃龉，请他加意预筹善处。同年五月初三日，正式奏派李瀚章、丁日昌、吴赞诚等九人赴广东，称他们皆才识宏远，条理精详。七月至八月，李瀚章由赣南到达安庆，九月初六日，李瀚章经上海赴广东。李瀚章到广东后，共兴办厘卡八处，每月可得厘金数万两。十二月，李瀚章调补广东督粮道，曾国藩认为此举是为广东厘务设想的，故十分高兴。二年，李瀚章又升广东按察使。李瀚章虽然一再升迁，但心情并不舒畅。他曾写信给罗椒生尚书，说广东吏治民风，挽回不易，李瀚章素性拘谨，即将隐退。并致书曾国藩，也说广东督抚要求分留广东厘饷的四成，李瀚章郁郁不乐，打算到年底即称病告退。但是，李瀚章并未离开广东，三年，又升任广东布政使。
李瀚章为曾国藩管理饷项多年，但从总体上说却是一笔糊涂账，按照清政府的规定，将历年军费收支款目逐笔造册报销，实在是一件相当繁难的事。故李瀚章等人所办报销收支不过300万两内外，竟至忙碌一年半之久。曾国藩出任两江总督之后，统兵多至10万，军费收支超过千万两，如此细细核算，报销事项何年才能完成？不仅办理报销的人员历尽艰辛，即复核这些帐目的户部司员亦不胜其苦。故曾国藩在奏过报销第一案之后，虽声明此前军费将续作两案报销，而实际上却迟迟不动，直到同治三年六月再没有报销过一次。户部亦深知此种报销办法脱离实际，即使发现收支不符之处，也无法向这些“功臣”追赔。因而在对太平军的战争基本结束之后，上奏清廷，请求变通报销办法：同治三年六月后军费报销仍照例办理，同治三年六月前军费收支免其造册，只须汇集总数，分年分起开具简明清单，奏明存案即可。这就使曾国藩如释重负，并立即将此项部文告知李瀚章，共同庆幸清廷此举，认为皇恩浩荡，使他直如罪人遇赦，大病将愈，感激涕零。