长期浮沉宦海的曾国藩，鉴于“自古握兵柄而兼窃利权者无一不凶于国而害于家”的惨痛教训，认识到“远权避谤”的重要性和迫切性。他对曾国荃说：“处大位大权而兼享大名，自古曾有几人能善其末路者？总须设法将权位二字推让少许，减去几成，则晚节则渐渐可以收场耳。”裁湘留淮就是他“以退让二字保全晚节”的主要措施之一。他认为裁湘留淮既可消除清廷疑忌，又能借助淮军“以济湘勇之穷”，稳操兵权，从而保住自己在清朝统治集团中的地位。他致书李鸿章说：“惟湘勇强弩之末，锐气全消，力不足以制捻，将来戡定两淮，必须贵部淮勇任之。国藩早持此议，幸阁下为证成此言。兵端未息，自须培养朝气，涤除暮气。淮勇气方强盛，必不宜裁，而湘勇则宜多裁速裁。”曾国藩书中之意极深，只有李鸿章才能理解他的苦衷：朝廷疑忌握兵权的湘淮将领，舆论推波助澜，欲杀之而后快，如湘淮并裁，毫无还手之力，留淮裁湘，对清廷可能采取的功高震主者却有一强大的牵制作用。李鸿章既窥见到清廷的用心，又理解了曾国藩的真实意图，因而决定投双方之所好，坐收渔人之利。他深知在专制制度下“兵制尤关天下大计”，淮军兴衰关乎个人宦海浮沉。他致函曾国藩表示支持裁湘留淮的决策，说“吾师暨鸿章当与兵事相终始”，淮军“改隶别部，难收速效”，“惟师门若有征调，威信足以依恃，敬俟卓裁。”由于曾、李达成默契，所以裁湘留淮便成定局。当时曾国藩直接指挥的12万湘军中，已有4万掌握在闽浙总督左宗棠手中，3万多先后拨归江西巡抚沈葆桢管辖，尚有5万是由曾国荃统带的嫡系部队。曾国藩深知清廷最为疑惧的武装力量，正是曾国荃部湘军。为了消除清廷疑惧，他一面陈请曾国荃因病开缺，回籍调养；一面陆续遣撤曾国荃所部湘军。而拥有7万水陆之众的淮军则在曾国藩的支持下，仅仅裁撤数千了事。当然，淮军得以保留，还同所谓“粤匪残焰犹张，中土边疆传烽正盛”的国内形势有关。长驱河洛的捻军，于同治四年（1865）四月在山东曹州击毙被清廷倚为长城的科尔沁亲王僧格林沁。皇帝控制的嫡系精锐武装僧军的覆灭，迫使清廷把绞杀捻军的希望寄托在湘淮军身上。鉴于湘军业已大量裁撤，清廷只得借助淮军以济急，这就给淮军的保存并向北方扩展势力以可乘之机。
四月二十九日，清廷命曾国藩为钦差大臣，赴山东督军“剿捻”，以江苏巡抚李鸿章署理两江总督，江苏布政使刘郇膏暂护巡抚。曾国藩接到命令后，“为之咤叹忧愤！”李鸿章却为曾国藩被推上剿捻前线，两江军政实权落到自己手中而暗自称快。他一面致函曾国藩劝慰说：“上意专倚吾师，保障北方，收拾残烬。事机紧迫，物望丛积，自属义无可辞。”一面冠冕堂皇地向清廷表示“臣籍隶安徽，该省系总督兼辖，例须回避”，惟时势危迫，“何敢拘泥常例，引嫌避位，致误事机，拟即料理交卸，驰赴金陵，暂行接任。”
李鸿章署理江督之后，奉清廷之命，在调兵、集饷两个方面支持曾国藩“剿捻”活动。
李鸿章深知湘军“已成强弩之末”，曾国藩“剿捻”必须借助淮军，因而主动提出调拨铭（刘铭传）、树（张树声）、盛（周盛波）3军共33营近1.7万人，归曾氏指挥。同时还调其弟李鹤章随侍旌麾，“联络诸将”。当时清廷命令李鸿章派得力镇将统带劲旅北援，以防范捻军威逼京畿。据悉清廷“盼开花炮及洋枪队甚急”，李鸿章遂奏派潘鼎新率鼎军10营（包括开花炮队一营）航海赴津，准备转进景州、德州，护卫畿辅。可李鸿章又担心这支“精整可靠”的劲旅落入满洲亲贵之手，因而恳请曾国藩将其调赴前敌，“不令久留直境，致有为难。”曾国藩环顾左右，发现“金陵楚勇裁撤殆尽，仅存三千人，作为护卫亲兵，此外惟调刘松山宁国一军”，只得借助淮军远征。于是，他一面函告李鸿章，表示将把铭、盛、树、鼎等军“资为干城腹心”；一面上奏清廷，说这4军“皆系淮勇，经李鸿章兄弟苦心训练而成者，已调甘凉道李鹤章办理行营营务处，请旨准开甘凉道缺，并令李鸿章之季弟李昭庆赴营差遣。”曾国藩还设法招致淮将刘秉璋以为己用。李鸿章虽不情愿，但因无正当理由，只得同意刘秉璋率10营移剿中原。曾国藩“剿捻”，先后调集8万湘淮军，其中湘军2万人，是大量裁撤以后留下的精锐；淮军6万人，装备洋枪洋炮，并有独立的炮兵队伍，粗具近代陆军规模。然而湘淮门户甚深。淮军虽由湘出，但却只尊其长李鸿章，而不听曾国藩调度，6万淮军形式上拨归曾国藩指挥，而实权仍操诸李鸿章之手。
李鸿章在调兵的同时，还以后路筹饷自任。自同治四年（1865）五月起至六年初止，督军“剿捻”的曾国藩实收饷银一千一百万。这笔巨款主要是由李鸿章负责在江苏筹集的。
李鸿章署理江督，虽然励精图治，但因地位不稳，时间较短，成效甚微。他受命刚满5个月，就突然奉命赴河洛防剿，兼顾山陕门户，以漕运总督吴棠署理两江总督，李宗羲、丁日昌递署漕督、苏抚。清廷此举，用心险恶。从军事上说，时值捻军主力从安徽转进河南，向西运动，而曾国藩则侧重东路，无力西顾，清廷拟调李鸿章督带号称洋枪精整为淮军之冠的杨鼎勋等部驰往河南、山西、陕西三省边境，“备回剿捻”，以防止捻军和西北回民义军联合抗清。从政治上说，“江督天下大缺，枢廷部臣衣食所（系）”，岂能让曾、李久居？清廷阴谋一石二鸟：通过独立于湘淮集团的吴棠夺取李鸿章手中的两江地方实权，利用淮系李鸿章牵制湘系曾国藩，以防“内轻外重”。曾国藩、李鸿章看穿清廷用心，采取坚决抵制的态度。曾国藩接奉廷寄，认为“措置太骤，竟日为之不怡”。他未经与李鸿章协商，就上疏抗争，声言“目下贼势趋重东路”，清军“自当以全力专顾东路”，“谕旨饬李鸿章视师河洛，该处现无可剿之贼，淮勇亦别无可调之师”，“臣今所倚以办贼者，全赖淮勇诸军，供其指麾，李鸿章若果入洛，亦岂肯撤臣布置已定之兵，挟以西行，坐视山东、江苏之糜烂而不顾”。认为李宗羲“廉正有余，才略稍短，权领封圻，未免嫌其过骤”。丁日昌“虽称熟习夷务，而资格太浅，物望未浮”，难胜其职。李鸿章接奉廷寄，“反复筹思，似难尽妥”。
李鸿章之所以拒绝视师河洛，是因为捻军主力业已挥师东指，同时担心“一军两帅，牵制殊多”，而且也害怕失去对饷源重地两江实权的控制。他致函曾国藩，先后提出两种应付方法。九月十四日，即在接到清廷命令的第三天，他恳请曾国藩对于两江的人事安排“熟筹密陈”。他认为倘若自己视师河洛，吴棠必争江督一席，而吴棠“满腹牢骚，用人行政必多变局”。吴棠（字仲宣）是安徽盱眙（今属江苏）人，曾任南河、桃源、清河知县，署邳州知州，咸丰十一年（1861）升江宁布政使，兼署漕运总督。他早年曾有德于贫穷未达的叶赫那拉氏家庭，因而慈禧垂帘听政后，“圣眷颇隆”。李鸿章虽然恭维吴棠为“天子知名淮海吏”，是自己的“金石至交”，但考虑到吴棠既是慈禧亲信，又被曾国藩贬抑，因而从派系利益出发，反对吴棠署理江督。他借助别人之口，道出自己的心声，建议调李瀚章为苏抚兼通商，而以丁日昌任苏藩，或调李瀚章署江督，而仍以丁日昌兼苏抚通商。李瀚章是他的胞兄，丁日昌“洋务既熟”，又与淮军“息息相关”。在他看来，只有他们才能稳定东南大局。他劝告曾国藩在择人问题上，“不可一味隐忍，此尤关系至要者。”十六日他再次致函曾国藩，表示最好是维持现状，否则就彼此对调。所谓对调之说，是李宗羲提出的。李宗羲（字雨亭）深得曾国藩信赖，咸丰八年（1858）调充营务处，同治七年（1868）荐擢江宁布政使。他从湘系利益出发，提议曾、李对调。
曾国藩既然早有“决不回任”的表示，至今就只好主张维持现状了。因而，李鸿章便于十月初复奏，婉转要挟清廷，说视师河洛，有“兵难远分，饷难专恃，军火难常接济三端”。清廷鉴于曾、李的这种态度，不敢强制，只得下谕允准。
但是，这场政治风波平息刚满一年，曾国藩就因被捻军打得狼狈不堪，而愧惧交加，称病请求开缺。清廷深知只有换马，才能消灭捻军，因而于同治五年（1866）年十一月命曾国藩仍回两江总督本任，授李鸿章为钦差大臣，专办“剿捻”事宜。翌年初，清廷任命李鸿章为湖广总督，仍在军营督办“剿捻”事宜，调湖南巡抚李瀚章为江苏巡抚，命署理湖广总督，以李鸿章的僚属郭柏荫、丁日昌分别署理江苏巡抚和出任江苏布政使，又以曾国藩的至友刘昆为湖南巡抚。这种人事安排，目的在于安抚湘淮两系，使三江、两湖连为一体，便于筹措“剿捻”军饷和稳定后方基地的政治军事局面。著名学者俞木越致函李鸿章表示祝贺：“历观载籍，无此遭适，洵竹帛之美谈，衣冠之盛事。”而这也正是李鸿章努力筹谋的战略大计。他早就指出，欲图中原，东路以江苏为根本，西路以湘鄂为根本，“庶可大可久之计。”现在由于三江、两湖的地方实权落入湘淮之手，李鸿章终于如愿以偿了。
同治七年七月，捻军失败。清廷论“剿捻”功，李鸿章赫然居首，赏加太子太保衔，并荣升协办大学士。曾国藩闻讯，颇感自豪和欣慰，特地致函李鸿章，表示热烈祝贺，并大肆吹捧李鸿章的所谓忍性和德力，说“自去秋以来，波澜迭起，疑谤不摇，宠辱不惊，卒能艰难百折，了此一段奇功，固自可喜，德力尤为可敬！”