左宗棠协助曾国藩襄理军务时，从战略上提出了剿杀太平天国的方针。当时，太平军正在安徽、江西、浙江三省边境一带迂回。清朝顾此失彼，处处被动挨打。即使湘军出战，仍无一定之规。左宗棠见此，上书曾国藩，从远略、近急及用兵步骤等方面阐述说：
贼不北窜而南趋，与贼为难者独有楚军，其诡谋必将乘湘、鄂之仓皇而逞其毒。是制此贼，必取远势，而不能图速效。苏州既失，为公计者，宜先以偏师保越为图吴之计，庶将来山内山外两路进兵，可免旁趋歧出之虑。否则，贼势蔓延于越，而贼巢踞金陵，大军直指苏台，如击长蛇之腰，妨其首尾俱应。且吴中封疆大吏和殉或逃，枝郡旁县多已沦覆，如越中有一军为公宣布威德，则三吴人士有所系属，而箪壶之奉，尚有可图。否则，形势中阻，不但饷源易断，音耗难通，亦孤吴中士民望岁之心矣。公督两江，江西乃其兼辖，此邦于军事素无条理。先将江西兵事饷事逐为经画，亦当务之急也。
在此期间，左宗棠因军功得到清政府多次嘉奖，先是以三品京堂候补；不到一年，于咸丰十一年（1861年）六月，又授予太常寺卿的官职，命令他率军去支援浙江。后来，曾国藩因徽州（今歙县）方收，为了稳住阵脚，奏请将左宗棠暂留未去浙江，只是移师临近浙江省边境的婺源。但浙江却急报频频。为此，清政府再次诏令左宗棠督办浙江军务。曾国藩便趁机密奏推荐左宗棠巡抚浙江。当年十二月，知天命之年的左宗棠被任为浙江巡抚，成为独当一面的封疆大吏。其后办船政、创海军、收新疆，成为鼎鼎有名的“中兴之臣”。
左宗棠在曾国藩幕中，实际时间不长。如果连同“襄办”、“帮办”、“督办”统算，也只有一年多。但这一期间，曾国藩多次上奏保荐，使左宗棠从五品升至二品，很快开府一方，大权在握了。
自从任浙江巡抚始，曾、左之争就时隐时显，但这些争论多属于国事、兵略的“君子之争”。曾国藩处理“天津教案”时，左宗棠正在平凉大营，虽远隔千里，仍对曾提出了尖锐的批评。对曾、李明知“曲在洋人”，却采取“弹压市民，以慰各国之意”，滥杀无辜，向侵略者屈膝的行为，左宗棠毅然疾书总理衙门：“中国有萧墙之忧，各国岂独无池鱼之类！且津民哄然然而起，事出有因，义愤所形，非乱民可比。正宜养其锋锐，修我戈矛，隐示以凛然不可犯之形，徐去其逼。”
另外，在一些涉外“洋务”中，曾国藩多采取妥协办法，“坚持一心，曲全邻好”；而左宗棠却多采取强硬态度，反对一味迁就，“欲存国体，必难尽协夷情，计惟有勉图自强之方”。两人政见不同，自然有所争执。
除此之外，曾、左之间的友谊还是相当深厚的。如：左宗棠在西北军营中时，一日饭后与幕宾聊天，有一少年狂士批评左宗棠有点对不起曾国藩，说：“曾国藩心中时刻有左宗棠，而左宗棠心目中从来没有曾国藩！”左宗棠曰：“先生之言是也，曾公生前，我常轻之，曾公死后，我极重之。”
曾生前，“左常轻之”，有一曾、左合作之对联说：
季子敢言高，仕不在朝，隐不在山，与吾意见常相左！
（巧嵌左季高）
藩臣当卫国，进不能战，退不能守，问君经济有何曾？
（巧嵌曾国藩）
至于曾国藩死后“左极重之”，则有左赠曾之挽联和一封家书。其联曰：
谋国之忠，知人之明，自愧不如元辅；
同心若金，攻错若石，相期无负平生。
同治十一年四月十四日，左宗棠在给其长子家书中，有二段说：“曾侯之丧，吾甚悲之。不但时局可虑，且交游情谊亦难恝然也。已致赙四百金，挽联所云，盖亦道实语。”“君臣朋友之间，居心宜直，用情宜厚。从前彼此争论，每拜疏后即录稿咨送，可谓锄去陵谷，绝无城府，至兹感伤不暇之时，乃复负气耶？‘知人之明，谋国之忠’两语亦久见章奏，非始毁今誉，儿当知吾心也。”又曰：“吾与侯所争者国事兵略，非争权竞势比，同时纤儒妄生揣拟之词，何直一哂耶？”
曾、左两人都位高名重，实力相当，共事一主，为诸多矛盾因素所制约，在当时的历史条件下，“合则两利，离则两伤”，因而内心中虽有介蒂，但行动上却只能彼此周旋，而不能公开决裂。尤其是大敌当前，曾国藩仍倚重左宗棠的才干，例如当左宗棠将去西征之前，曾国藩曾问侍读吕庭芷（常州人）：“你对左宗棠怎么看？平心论之。”吕答：“他处事之精详，律身之艰苦，体国之公忠，窃谓左公之所为，今日朝廷无两矣。”于是曾国藩击案曰：“诚然！此时西陲之任，倘左君一旦舍去，无论我不能为之继，即起胡文忠于九原恐亦不能为之继之。君谓为朝端无两，我以为天下第一耳。”这也是“曾心目中时刻有左宗棠”之实情。