左宗棠在骆秉章幕府，前后将近六年之久。开始，骆秉章还没有全信于他。一年之后，左宗棠初显身手，湖南军事大有转机，骆秉章便全权交付，自己只是画诺签字而已。僚属有事上白，骆总是说：“去问季高先生。”有一次，巡抚衙门外发炮，骆秉章忙问何事，旁边的人回答：“是左师爷在发军报折子”。他也只是点点头说：“拿来看看。”因此，当时就有人议论说：“巡抚专听左宗棠，宗棠以此权重，司、道、州、县承风如不及矣。”
左宗棠治军、理才的才干很快便名噪一时，世人有“天下不可无湖南，湖南不可无左宗棠”之语。一些高官显贵也在皇帝面前竞相举荐，希望他为挽救摇摇欲坠的清朝发挥更大的作用。
咸丰五年（1855），御史宗稷辰向皇帝推荐左宗棠，宗稷辰与左宗棠素不相识，无亲无故，只是世路人情。有一次，他到两湖考察政绩，回京后，便向皇帝推荐人才，并将左宗棠名列榜首，称左不求名利，任职轻微而功绩不小，如果让其独当一面，才干和成就决不在胡林翼等人之下。同时对听到的有关对左宗棠的毁誉之辞也有所分辩，为他鸣不平。这就引起了咸丰对左宗棠的注意，因而下令湖南巡抚出具切实考察结果上奏，以凭引见。
骆秉章立刻复奏说：“该员有志观光，俟湖南军务告竣，遇会试之年，再行给咨送部引见。”同年，曾国藩也以左宗棠接济军饷有功上奏，得旨以兵部郎中任用。胡林翼为了挽留左宗棠，也另上一奏折说，由于自己和左宗棠同是贺熙龄的门生，所以知道他的才学高人一等。他对兵政机宜的研究尤有心得。在湖南张亮基和骆秉章幕下襄办军事，力能兼顾江西、湖北，代为出谋划策，已经由御史宗稷辰奏明在案。他秉性忠良，讲求气节，有时近于偏激，指责他人过失，全然不顾情面，致遭人怨恨，所以他不想居官任职，但一想到他现在的情景，不得不将实情陈奏，作为两湖储选将才的参考。
以上这些奏折都给清廷留下了深刻的印象。当时，湖南省境虽暂得安宁，但邻省太平军出没无常，而江西境内形势更加紧急。咸丰七年（1857）二月，原来驻防在江西南昌高安一带的曾国藩部，也因曾之父亲去世丁忧返里，前线不稳。清政府在急需人才的时刻又想起左宗棠这个人了。故于五月下了一道谕旨说：“湖南举人左宗棠，前经曾国藩奏保，以郎中分发兵部行走。复经骆秉章奏……。现当军务需才，该员素有谋略，能否帮同曾国藩办理军务，抑或无意仕进，与人寡合，难以位置，着骆秉章据实陈奏。”但骆却以湖南军事在紧急关头，奏请将左宗棠留下。虽然这是发生在“樊燮事件”以前，但可证明，清廷早已对左宗棠其人耳有所闻，也在考虑怎么用他。从此以后，凡是熟悉左宗棠情况的两湖官员进京觐见时，咸丰帝总免不了要询问一番。据咸丰八年（1858）末咸丰帝召见郭嵩焘时的一段对话载：
上问曰：‘汝可识左宗棠？’曰：‘自小相识。’上曰：‘自然有书信来往？’曰：‘有信来往。’曰：‘汝寄左宗棠书可以吾意谕知，当出为我办事。左宗棠所以不肯出，系何原故？想系功名心淡。’曰：‘左宗棠亦自度赋性刚直，不能与世合。在湖南办事，与抚臣骆秉章性情契合，彼此亦不肯相离。’上曰：‘左宗棠才干怎样？’曰：‘左宗棠才极大，料事明白，无不了之事，人品尤极端正。’曰：‘左宗棠多少岁？’曰：‘四十七岁。’上曰：‘再过两年五十岁，精力衰矣。趁此年力尚强，可以一出任事也。莫自己糟踏，须得劝一劝他。’曰：‘臣也曾劝过。他只因性刚不能随同，故不敢出。数年来却日日在省办事，现在湖南四路征剿，贵州、广西筹兵筹饷，多系左宗棠之力。’上曰：‘闻渠意想会试。’曰：‘有此语。’曰：‘左宗棠何必以进士为荣！文章报国与建功立业所得孰多？他有如许才，也须一出办事方好。’曰：‘左宗棠为人是豪杰，每言及天下事，感激奋发。皇上天恩如能用他，他亦万无不出之理。’
郭嵩焘说他“谨抄录传谕，圣言尚多，略记大概如此。字句之间，未必能十分吻合，然非圣人所语及者，未敢稍附会一语。”
郭嵩焘在此是“真传圣旨”，也说明他荐才之诚。左宗棠受到皇上的垂青和赏识，亦可谓“因祸得福”，自然使他更加兢兢业业于军事策划，一有机遇也就更加效忠朝廷，他在《家书》“壬戌与孝威书”中回忆这段往事云：“吾以狷狭之性不合时宜，自分长为农夫以没世。遭际乱世，始应当事之聘，出深山而入围城。初意亦只保卫桑梓，未敢侈谈大局也。文宗显皇帝以中外文章论荐，始有意乎其为人。凡两湖之人及官于两湖者，入见无不垂询及之。以未著朝籍之人，辱荷恩知如此，亦希世之奇遇。骆、曾、胡之保，则已在圣明洞察之后矣。”后来，左宗棠因效忠清廷，政绩卓著，在战场上又屡建奇功，咸丰帝特许他不再参加会试，加封“大学士”头衔，“赐同进士出身”，与此不无缘由。
左宗棠因得到骆秉章的极大信任，宾主相处非常融洽，故骆秉章的一举一动，往往要牵涉到左的头上来。咸丰八年（1858），骆去京陛见时对永州（今零陵县）镇总兵樊燮进行了参奏。樊燮这个人的名声很坏，同城员弁兵丁对他莫不怨声载道。骆秉章先参他违例私役兵弁，乘坐肩舆，并言将访闻的各种劣迹查实以后再行参奏。经后来派员到永州调查，该镇署中零用钱都从营中支取，计挪用公款银960余两，钱3300余串。此外还动用了米折银两无数。骆秉章因此据实参奏，要求从严办理。不久奉谕，将樊燮拿问审办。
咸丰九年（1859）四月，樊燮被革职，但他不服，竟向上级衙门控诉，攻击左宗棠。事情的经过大体是：永州知府黄文琛因公事去岳州，恰巧骆秉章正在那里巡视。黄知府就在旅行中拜见了骆巡抚，一是出于礼节，二是汇报情况，将地方上的穷困，兵勇杂乱，政务繁难等情节一一禀报。但这事却被樊燮知道了。他做贼心虚，认为黄文琛必定在巡抚面前告了他的状。他也自知酗酒狎猖，贪污有据，军纪败坏，将断送他的事业前程，于是便和他的文案师爷魏龙怀商量对策。魏替樊出主意称，在骆巡抚幕府的左宗棠只是一个举人，曾和同乡的曾涤帅、胡润帅、郭嵩焘等都是好朋友，后来人家都中了进士，升官发财，只有他仍是一位老举人。但他曾在张亮基衙门里参赞军机，现在又任骆府幕宾，听说两位巡抚都很信任他，尤其是骆巡抚对他言听计从，都说他是二巡抚，何不先去见他。只要他肯帮忙，一个黄知府算得了什么！樊燮一听有理，便依计而行，前往长沙谒见左宗棠。
左宗棠这时正管理湖南全省军务，常有官吏前来商量公事，听说永州府的镇总兵来到，自得接见。左宗棠为人一向心直口快，不会和人家虚与委蛇，有些恃才傲物。何况对这位樊总兵的坏名声早有所闻，心中不免有几分成见，自然不会表现什么“热情欢迎”。而樊燮则是个刚愎自用的人，对左宗棠也有所不敬。一见面他只是不在意地拱手作揖，而没有按礼屈体请安。左宗棠就毫不掩饰地说：武官来见我，无论官职大小，照例都要先行请安，你不请安，何必来见。樊一时起性，反唇相讥道：朝廷体制，并没有武官会见师爷要行请安礼的。我这武官已经是四品大员戴上了红顶子，而你不过是一个小小的举人，又有什么了不起的！为此，两人便吵起来。左宗棠负气之下，不顾一切地把樊骂了出去。
当时湖广总督官文有一门丁叫李锦棠的正以军功保知县。樊受人唆使，通过这李门丁向官文打点，向总督衙门进禀贴，控告左宗棠为劣幕。同时，樊又在都察院告了永州知府黄文琛商同左宗棠一起陷害他。这种恶人先告状的把戏，却被不能明察的官文接受。据《湘军志》载：“（湖南）布政使文格亦忌宗棠，阴助燮，总督（指官文）疏闻，召宗棠对簿武昌。”
据薛福成记载，咸丰皇帝已下令官文就此事密查，“如左宗棠果有不法情事，可即就地正法。”官文得旨后，查出骆秉章奏章是出自左宗棠之手，便要把他押往武昌对簿公庭，定为重辟（杀头罪），而事前又并未和湖南、湖北的巡抚商量，使左宗棠险些被捕入狱。
由于此案来头很大，咸丰皇帝已下令将此案交由湖广总督官文、湖北正考官钱宝青审办，因而两湖官员，除胡林翼为之斡旋外，都不敢贸然表态。左宗棠在《家书》中说：“官相（指官文）因樊燮事欲行构陷之计，其时诸公无一敢言诵其冤者”。骆秉章苦争不得，就给在京的翰林郭嵩焘去信，嘱郭向军机大臣肃顺求情。郭闻讯后立即通过王门岂运向肃顺求援，并请侍读学士潘祖荫出面营救。郭对潘曰：“左君去，湖南无与支持，必至倾覆，东南大局不复可问。”潘乃入奏曰：
骆秉章调度有方，实由左宗棠运筹决胜，此天下所共见。而久在我圣明洞鉴中也……是国家不可一日无湖南，而湖南不可一日无宗棠也。宗棠为人，负性刚直，嫉恶如仇。湖南不肖之员，不遂其私，思有以中伤之，久矣。湖广总督官文惑于浮言，未免有引绳批根之处。宗棠一在籍举人，去留无足轻重。而楚南事势关系尤大，不得不为国家惜此才。
同时，骆秉章也一再上奏，呈明樊燮控诉不实，只是诬陷，并将所查明的帐簿和樊亲供文件送缴军机处进行辩驳。胡林翼在奏疏中亦以左“精熟方舆，晓畅兵略”、“名满天下，谛亦随之”为其剖白。军机大臣肃顺深得咸丰帝的信任，他深知大局危殆，不重用汉人，不能纾大难，因而也表示说：必俟内外功臣有疏保荐，余方能启齿。这时咸丰皇帝特旨询问曾国藩，曾回奏曰：“左宗棠熟习湖南形势，战胜攻取，调度有方……应否令左宗棠仍在湖南襄办团练事，抑或调赴该侍郎军营，俾得尽其所长，以收得人之效？”数日后，曾国藩再次上陈：“左宗棠刚明耐苦，晓畅兵机。当此需才孔亟之时，无论何项差使，惟求明降谕旨，俾得安心任事，必能感激图报，有裨时局。”而肃顺在与咸丰皇帝的对答中也称赞左宗棠“赞画军谋，迭著成效”，“人才难得，自当爱惜”。官文见咸丰帝有意起用左宗棠，才见风使舵，“与僚属别商，具奏结案”。如此内外相维，才算了此冤案。
另据载，清廷得官文密奏后，派满大员某入湘查办。某领命出都，沿运河而南。入鲁境，从者请换乘大舟，某允应。既登，则陈设华丽，肴馔精美，复有歌女多人，调弦理丝，曼歌佐餐。某本是一个少年，且不学无术，平时惟声色是好。至是悦目赏心，乐不思蜀。船手更能领会意旨，荡漾至缓，今日进五十里，明日则退二十里，惟恐其速达。某舟居久，乃与歌女有染。迨抵鄂境，询其仆曰：“此行沿途办差者是谁？”仆以鄂抚胡林翼对。某引为怪事，曰：“吾查办湖南之案，而鄂抚办差，果真是胡林翼所为？”既抵武昌，鄂督官文与鄂抚胡林翼迎入官廨，设宴洗尘，酒过三巡，胡曰：“钦差此次为查办左宗棠而来，林翼于宗棠固不相识，第湘、鄂接壤，夙知其能。值此宇内乱扰，三湘稍能安枕者，骆中丞镇抚之功，抑亦宗棠赞襄之力。宗棠耿介成性，开罪小人，致酿成弹劾案，捕风捉影，可以断定。为保全人才计，希望钦差有以成全之。”某曰：“余奉命查办，总期水落石出，案情大白，不得有毫末私意存乎其间，公事公办可也。”胡曰：“宗棠之才，出类拔萃。天下纷纷，养成一人才非易，宁忍加以摧残。中国不可一日无湖南，湖南即不可一日无宗棠。故宗棠之去就关系湘政良坏，又系于全局安危。林翼之为是请，是为公言而非私言。公如见信，请中止湘行。今已代公拟复奏稿为之辩诬，公若同意，可拜发而回京也。”某曰：“是何言也？君之谀左，殆阿私所好。余奉使命而不赴湘查办，是欺罔朝廷。岂能凭君一语，而陷余于不忠乎？”言次，十分愤慨。胡也怒甚，乃于靴统中出一奏折掷某前曰：“钦差不发代拟之折，余即拜发此折矣！”某翻阅完毕，面如死灰。原是胡林翼劾某之十大罪状。其中叙述自出都至鄂，沿途如何骚扰民间，舟中如何强占民女，种种不法，罪浮于死，皆事实。某亟揖林翼曰：“润翁曷开玩笑至此，衡以官官相护之义，万勿拜发。至君之谀宗棠者，自信而有征，固无俟鄙人之彻查。”胡曰：“代拟之折拜发乎？仍赴长沙乎？”某立允拜发，且曰：“决罢湘行，诘朝当回京复命也。”于是左宗棠得免于罪。