王懿荣在这封信里，虽然也发了几句牢骚，但他总结了甲午战争失败的原因，就军事而言，王懿荣提出了许多中肯可贵的建议。例如，恢复明制沿海军事行政的设立，兵源的设置，如何才能迅速驰援沿海重镇卫的建议，如若朝廷采纳，不失为以后抗击入侵之敌的好举措。然而，腐败的朝廷，被以慈禧太后为首的保守派把持，对外是媚卖路线，就连翁同龢也主张多赔钱，不割地。而李鸿章为首的洋务派，不但葬送了北洋水师，也葬送了人民抗日的可贵精神。还有一些封疆大吏，如张之洞等，他们把希望寄托在帝国主义身上，主张利用其他列强来制约日本等。这种“以夷制夷”的策略和投降派没有什么本质上的区别。这一切，王懿荣都看在眼里，痛在心上。但他是一个忠臣，忠臣就要忠于皇帝的一切，当然也包括皇帝的缺点，他建议的一些用兵方法，不但没有被朝廷采纳，就连一些对海防的防务建议，也被统治阶级束之高阁。他只能望而兴叹，用诗句“五夜犹闻匣剑鸣”来抒发自己未酬的壮志。
王懿荣致翁同龢信札少，是因为两人同在京城，见面机会多，故致信就自然少。从《翁同龢日记》上看，翁同龢与王懿荣见面、议事、咏诗、鉴定以及金石文物等记载多达百余处。可见二人关系非同一般。
翁同龢当年61岁，身为军机，主考官，而王懿荣时年47岁，两人可谓忘年之交。尽管他们二人从政道路迥然不同，但他们研究学问的兴趣和政见是相同的。从他俩身上，我们能够看到许许多多共同之处。例如，在对待中日甲午战争的态度上，二人相跟相随，坚决要求主战。王懿荣回籍办团练抵抗日寇侵犯，得到翁同龢大力支持，翁同龢亲批团练银饷给他。《翁同龢日记》还记载，王懿荣动身返里时，翁同龢还亲送出京城，为王懿荣赠诗壮行。可见翁、王两人的交往，远远超出一般的师生关系了。
在王懿荣回籍办团练时，还交识了乡人宋庆。宋庆（1820-1902），字祝三，山东蓬莱人。咸丰十年（1860）晋升总兵，敕号“毅勇巴图鲁”。光绪二十年（1894）中日甲午战争爆发后，宋庆受命帮办北洋军务，率部赴九连城，节制各军。王懿荣与他相识后，宋十分崇仰王懿荣，多次致信问候。后宋庆在天津多次照顾王崇烈，王懿荣也写信致谢他。
腊月二十三日，光绪帝蒙恩颁赏，御笔“福寿”字、“荣庆”字各一幅，王懿荣谢恩领赏。第一次团练使命就这样结束了。
据传，王懿荣返京在天津对李鸿章属下有一次“冒犯”。事情是这样的：王懿荣接到和议已定、停办团练的上谕，他将团练事宜善后工作处理完毕后，由烟台乘坐小火轮到天津。
这一天，他下船后，派仆人朱寿去驿站雇马车，自己却微服来到天津卫天后宫周围古董街面上搜求文物。当他来到北城根时，看见一个人在大声吆喝着“买呀！买呀！二两银子一个，李中堂老娘的泥像啊！”
顿时，围上来许多人，来看李中堂老娘的像。王懿荣信步向前看个究竟。当他拿起泥像端详时，不由心头一乐。原来，泥像捏得鲜活生动，栩栩如生。刚要上前搭话，猛地来了几个兵丁，不分青红皂白，就上前抓住卖泥像的老人。王懿荣一看，顿时大怒，喝道：“青天白日，朗朗乾坤，凭什么乱抓人？”
为首一个官样的人上下打量着王懿荣，阴阳怪气地说：“什么人呀，敢管中堂衙门的闲事！”
王懿荣一听，明白了，冷冷一笑道：“原来是李中堂的人，敢问这位老艺人犯了什么法呀？”
那官儿一看王懿荣不卑不亢，脸色语言透着硬气，不免迟疑了一下，道：“吾乃总督衙门总管，中堂大人叫这个泥人张给中堂大人老娘捏个泥像，他漫天要价，非索要二十两银子。中堂大人嫌贵，这个刁民竟将原像带回去，公开在市集上叫卖。有辱中堂大人脸面，所以我们要拿他回去，交给中堂大人发落。”
王懿荣一听，本想怒斥这群狗仗人势的东西，转念一想又改变了主意，道：“这是我的名刺，请回去交给你家中堂大人，就说我说的，泥像上并没有刻着中堂大人老娘的名讳，怎能说是李中堂老娘！再者说啦，人像是供奉崇祀用的，中堂大人老娘的人像若是能和观世音一样，人人得以供着，岂不是中堂大人前世修下的恩德，岂有拿人之理！”
那管家一看名刺便忙打个千道：“原来是王祭酒大人，小人有眼不识泰山，得罪，得罪！我回去一定禀告中堂大人。”说着向兵丁们瞪眼道：“还不快退下！”说完率众人狼狈而去。
王懿荣这才对泥人张作揖道：“原来是张明山先生，失敬，失敬！”
泥人张忙跪下道：“小人泥人张，今日幸得大人相救，感谢王大人大恩大德。大人怎知小人名字？”
王懿荣笑道：“次子崇烈常向我提起先生，今日得以幸会。先生不必言谢，继续做你的买卖吧！”说罢便离去。
第二天一早，家人来报，说有个泥人张来找大人。王懿荣忙吩咐家人快请。不一会，泥人张来了，先是感谢王懿荣昨天相救之恩，然后，从怀里拿出一尊大泥像，道：“大人，小的昨天回去，思前想后觉得没有什么可报答大人的，给大人捏了一个像留个念想，请大人笑纳！”
王懿荣接过一看，心中大喜，道：“你们艺人生活不易，我一定要付银子的。”
泥人张说什么也不收，两人推辞了一番，泥人张看见桌子上正放着王懿荣昨日才写好的一幅对联，上联曰：“举世尽从忙里过”，下联是：“一心须向静中求”。
王懿荣道：“也好，这幅拙书就留给你做个纪念吧！”说完哈哈一笑。
王懿荣送走泥人张后，昨日那个总督府管家又来了，他拿着李鸿章的请帖，来请王懿荣去中堂府赴宴。
王懿荣听罢冷冷一笑，道：“回禀你家大人，懿荣王命在身，不便打扰。”说完吩咐家人备车拿着泥像行驶在京津官道上。据王懿荣重孙王宪铨讲，此泥像现存北京清华大学图书馆内。
光绪二十四年（1869）四月，王懿荣为母亲守孝服阕期满，率长媳张允淑及长孙王福坤自家乡福山回京后，奉旨仍在南书房担任行走一职，“恩纶独深倚任鉴别书画，恭写御笔甚多”。这一年因是戊戌年，以康有为为首的在京举人1000余人，联合上书，要求进行效仿日本维新变法，史称“康梁维新”和“公车上书”。
据康有为在悼念王懿荣殉国一诗中记载，康有为曾去拜访过王懿荣，王懿荣也回访过康有为，康有为曾拿出“公车上书”一稿请王懿荣指点，王懿荣曾为他修改过数处。王懿荣还赠送过康有为一把扇子作纪念。后来“戊戌变法”失败，康有为仓皇逃走而遗失。为此，康有为一提起这把扇子就惋惜不已。
五年以后，王懿荣再次担任团练大臣，已是光绪二十六年（1900）了。
义和团是以农民为主体的中国人民自发的反帝爱国运动。中日甲午战争后，帝国主义加紧侵夺中国沿海港湾，深入内地掠夺路矿资源和权益，并不断策划瓜分中国。清王朝无力阻止和抵御帝国主义的侵略，反而镇压了救亡图存的资产阶级维新变法运动。在民族危机不断加深的情况下，爆发了义和团运动。义和团源自义和拳，以设坛练拳并以“保卫身家，防御盗贼”为号召，吸纳群众参加。大刀会原属白莲教系统的八卦教之分支。这些不同源的秘密结社经过较长时期的互相对立或互相渗透的演变，到了十九世纪末，在反对外来侵略势力的基础上，逐渐汇成一支反帝爱国的洪流。嘉庆十八年（1813）山东八卦教起义中，义和拳亦被列为官府禁止的“拳会”之一，但它与八卦教又往往势同水火，后被清政府利用来镇压八卦教。十九世纪中叶以后，与属于八卦教系统的大刀会互相渗透，其他民间秘密结社如梅花拳等也相继改称义和拳，后出现了由“拳”改“团”的义和团运动。义和团参加者主要是农民、手工业者和其他劳动群众、无业游民。光绪二十二年（1896）以后，山东曹州（今菏泽）等地大刀会，德州一带以朱红灯为首领的义和拳，都进行过反对外国教会侵略势力的斗争。义和团缺乏统一的组织，其基本单位是坛口、坛场和拳厂，以某一城镇或自然村为基点，各自形成独立的拳团单位。每坛设老师、大师兄、二师兄等名目，主持练拳、指挥战斗及管理日常事务。女则组织红灯照、青灯照等组织。各坛之间，互不统属，有时临时相商，以传帖等方式，联合行动。光绪二十五年（1899）下半年，义和拳等组织逐渐改称义和团。山东义和团提出“扶清灭洋”口号，为各地义和团所接受，它吸引更多群众参加反侵略的斗争。次年春，在华北、东北各省获得迅速发展，京、津一带声势尤其浩大，仅北京城内设坛即达800余所。义和团的反帝斗争，引起了帝国主义的恐惧。三月，英、德、美、法等国公使联合照会清政府，限令在短时期内将义和团“剿除净尽”。四月，各国政府进而以“保护使馆”为名，陆续派军队进入京津。局势顿时紧张起来。
义和团战士手持长矛、大刀，到处焚烧教堂，破坏铁路和电线，攻击为外国侵略军提供情报的洋教士，给帝国主义以沉重打击。清政府迫于形势，为了利用义和团，同时也为了借洋人之手消灭义和团，承认了义和团的合法地位，并发布了对外宣战的诏书。这虽然是个骗局，但在全国也产生了一些推动义和团运动发展的影响。
义和团运动的发展，严重地威胁了帝国主义在华侵略利益。五月，义和团在京、津一带发展迅速，许多清军官兵也开始同情并参加义和团队伍。同时，以端王载漪为首的顽固旧排外势力在清廷上层占据上风，他们力主招抚义和团。各国公使看到清政府已无法控制形势的发展，总理衙门也无力说服朝廷采取严厉的镇压措施。各国开始策划直接出兵干涉。五月十四日（6月10日），俄、英、日、德、法、意、奥等八个国家拼凑了2000多人，在英国海军中将西摩尔的带领下，乘火车由天津向北京进犯，开始了八国联军的侵华战争。
五月二十一日（6月17日），朝廷上谕：著兵部侍郎李端遇（字小研，山东安丘人）、王懿荣为京师团练大臣，办理京师团练事宜。会同五城御史，督率弁勇，严密稽查，加意巡逻，城门出入，要按时开闭，以靖阎闾。
接到圣旨，王懿荣仰天长啸曰：“此天与我以死所也！”王懿荣明白为国殉难的时候到了。保卫京城责任十分重大，但时局则难以收拾，只有以死来表明自己的心迹了。他在《谢授京师团练大臣疏》中说：
奏为恭谢天恩，仰祈圣鉴事：本月二十一日，内阁奉上谕“五城御史文等奏，京城地面情形日极，请安民心而弭祸变一折，著派李端遇、王懿荣为京师团练大臣，会同五城御史督率弁勇，严密稽查，加意巡逻，城门出入，亦按时启闭，以靖闾阎。钦此。”仰见庙谟周至，轸念时艰，跪聆之下，钦悚莫名。时值臣李端遇偶患感疾，适在假期，臣恭奉简命，叩谢天恩，面聆慈诲，自顾驽愚，惶恐无地。臣惟从来团练之设，原与大兵相表里，度事机之缓急，量办法为变通。况京城重地，安辑巡防，均关紧要。臣虽少侍先臣，曾卫海疆，中东多事，亲防倭乱，不敢以稍有知解，遂致大意疏虞。遵即往见李端遇，并会晤五城御史臣等，妥速筹商，即日开办。所有近日京师地面情形及参酌从前团防成规，客当随时随事次第奏闻。总以严奸细弹压土匪为第一要务，以冀上慰宸廑，仰答高厚鸿慈于万一。所有臣感悚下忱谨先缮折，恭谢天恩，伏乞皇太后、皇上圣鉴。
跟随王懿荣办理团练的还有陈壁（字雨苍，福建侯官人，举人，官至邮传部尚书）、郎中铁良（字宝臣，满州人，官至江宁将军）、宴安澜（字海臣，甘肃人，举人，官至度支部左丞员外郎）、工部主事于宗潼（字梓生，山东福山县人，进士，官至四川劝业道）、潘江（字问楼，直隶盐山县人，举人，官至刑部郎中）、卢德复（字来庭，山东福山县人，进士，官度支部主事）、道员刘祖桂（字仲木，直隶吴桥县人，官湖北候补道）等。
以上人等皆由王懿荣精心挑选，每日大家在一起筹划团练事宜，轮流值日巡逻城防，严阵以待，随时迎击来犯之敌。
夜不能寐时，王懿荣烦心写下辛弃疾《破阵子》明志：醉里挑灯看剑，梦回吹角连营。八百里分麾下炙，五十弦翻塞外声，沙场秋点兵……