清末翰林虽身居清要，但俸禄薄微，生活清苦，若能得到一任主考，油水便会滚滚而来，生活就会大大改观。俗话说：“一任主考，十年吃不了”，这已是清末官场上不宣自明的事实。王懿荣深知，他第一次放任主考，若是贪财受贿，定会给朝廷选拔人才造成重大失误。于是他抱定把人都得罪光的心态，出任河南。王懿荣一到开封，果然，各种条子、金银财宝便通过各种渠道递了上来。对此，王懿荣一概拒绝。据传，王懿荣提前一天来到开封，这天傍晚，王懿荣青衣小帽来到街巷考查文物，当他来到开封第一楼，猛抬头见楼上有不少学子汇集在一起高谈阔论，他便匆匆上了楼，凑到近前坐下，众人见来了一个不速之客，招呼也不打就毫不客气地坐下来，甚觉稀罕。其中一个秀才对王懿荣不客气地说：“明日就要应考，我等会聚一堂，以文会友，入座者不可无诗，请先生献章。”
原来这秀才心想：你作不成诗，不撵你，你自己就知趣走吧。王懿荣干咳了一声，低声道：“作诗？俺也略懂一二，不访就试试吧？”
众学子也想看看他的笑话，便取来文房四宝。王懿荣也不推辞，提笔就写：“一来来到楼上头”。众人一瞧，都哂笑起来，这也太土了，哪里像诗呀？不知是谁怪声怪气地喊了一声：“好！”“好什么？我还没写完呢！”众人心里想，这不知是哪里来的疯魔，班门弄斧，都起哄催他快写。王懿荣抬起头，环视一下众人脸色，继续写道：“第一楼上接斗牛”。嗯，多少有点诗味了，于是众人又催着他快写。这时，王懿荣故意做戏，恳求说：“不才生来胆小，临阵胆怯，请诸位暂且回避一下，不知可否？”众考生齐道：“当然可以”。遂到另一个房间去了。王懿荣见众人离开，挥笔疾书，写完放下笔扭头下楼消逝在人流中。
众考生回到屋里，一看诗句，大吃一惊：“啊呀，咱们有眼不识泰山，他是咱本科主考大人……”大家面对诗文呆若木鸡，只见上面写的是：“廉生不愿留诗句，恐压中原十三州。”
封院后，王懿荣旰食宵衣，敬业认真地履行自己的职责。乡试中所有的卷子他都一一查阅过，他的选拔标准是“专看根柢情性才识，不拘于文字格式，一时，其不合场规文律而被录取者极多，惟义理悖谬者，虽一两语必黜”。这样一来，王懿荣博得河南士子的交口称赞，认为“今年王廉生以名士来豫主试，可谓乡邦之大幸也”。
王懿荣在河南任主考官时曾留诗一首曰：
两行官烛夜垂，
世业家风子细思。
体格尚知攻轧茁，
声情岂可误连雌？
伤心病妇蓬头日，
触目亡儿咯血时。
有无私堪报国，
精神差处万人知。
王懿荣在诗中除了怀念他的亡妻亡儿外，以诗明志，他将全力以赴报效国家，大公无私。
河南秋闱考试完毕，王懿荣回想起他于光绪四年（1878）戊寅三月，乞假，携女崇煐、次子崇烈（字汉辅）由京官道赴四川省亲时，曾路过河南，他在给陈介祺一信中这样写道：“侄在部乞假，以三月廿九日携一男一女仆从三人，出都沿途所经河陕之间，连年饥旱，十室九空，率五六村，绝无人烟，道馑相望，鸢吞狗噬，及人相食无复人境。稍见一二妇孺，率皆鲜衣整履，而鹄面鹑形元复生色，其衣履盖无处售计耳。佛家所言，善劫更惨于兵火矣。岂人力耶然？追究数十年来，太平疆吏抑谁之咎耶？以五月朔日抵陕，麦饼每个直钱百五六十文……”感慨之余，王懿荣没有忘记一生的嗜好——收藏及鉴赏文物，苍天不负有心人，河南士子向他提供了一块南朝碑刻《刘怀民墓志》，此石原出土于山东青州，是后被人辗转运至开封。王懿荣从这块墓志的书写格式上看，先铭后序，另具一格，与著名的《爨龙颜》碑书写时间相去仅六年，书法风格极其相似。楷中尚多隶意，隶楷的嬗变，一目了然。清季方若《校碑随笔》，记载了王懿荣发现该碑之经过。
光绪二十年（1894）是王懿荣官场事务最繁忙的一年。先是要忙于应付“京察”。京察是朝廷对在京任职官员的考核制度。明朝是每六年一次，清沿明制，更加规范，改为每三年一次。按一定标准考核之后，按优劣分别给予奖惩。翰林院所属的官员京察被列为一等的，可以任知府和道员记名。王懿荣在这一年的京察被评为一等，以道员（正四品）记名。
同年四月，王懿荣又参加了翰林大考。考核翰林的目的，一般有两个方面：一是检查翰林学问，作为升迁或降黜的依据；二是为各省乡试选拔考官，考核优秀者可以充任。这次大考试卷经校阅大臣批阅后，进呈皇帝御览。初八日上谕下达曰：“此次考试朝詹各员，经校阅大臣等校阅进呈，朕复加披览，亲定等级”。在应考官员中，钦定为一等的六名，他们分别是文廷式、秦绶章、陆宝忠、戴鸿慈、陈兆文、王懿荣。他们原来都是翰林院的编修，经过这次考核后全部擢升一级。文廷式升为翰林院侍读学士，秦绶章、陆宝忠升为翰林院侍讲学士，戴鸿慈、秦兆文升为庶子（原为太子府属官。唐代时分左右春坊，以左右庶子分隶之，以比侍中、中书令。历代相沿，至清代犹用它以备翰林官的升转官阶），王懿荣则升为侍读。另外尚有考试二等的七十七名，考试三等的一百三十二名。
过了一个月，即五月初七日（6月10日）奉上谕：翰林院侍读王懿荣著在南书房行走。钦此。
第二天王懿荣奏上南书房行走谢恩疏。
他在疏中说道：
奏为恭谢天恩，仰祈圣鉴事：
本月初七日内阁奉上谕：“翰林院侍读王懿荣著在南书房行走。钦此。”
窃臣世受国恩，列翰林者后先五代，身叨馆职，跻清华者迢递十年，未报涓埃，祗食名氏。加以谏垣预选，察典滥膺；今年东观抡才，既荷纶褒于异数，曩岁北门召试，重蒙简在以真除。闻命自天，抱愧无地。
伏念臣隶籍东土，空号齐鲁。经生入直南斋，愧无燕许手笔，而且事对亏九，史长歉三，敏速何能？侍从恐负。祗以受恩愈重，报称弥艰。惟有箴厉多言，思不出位，戒深素食，业在于勤。从兹勉竭愚诚，懔夙夜敬公之义，庶几渐臻通晓，负朝廷特达之知。所有微臣感激下忱，谨缮折叩谢天恩，伏祈皇上圣鉴。
王懿荣的谢恩奏折，不能看成是按惯例写成的官样文章，他从心里是忠于朝廷和光绪帝的。但正值国家多事之秋，内忧外患，百事不能尽如人意，这也是他经常流露出的烦闷愁苦的思绪，厌恶官场的一种情绪。
南书房位于北京故宫乾清宫西南，本来是康熙帝读书的地方，称南斋。康熙十六年（1677），康熙帝命翰林院侍讲学士入内当值，称南书房行走。其职责除写应撰文字，并掌票拟谕旨，极受优宠，被称为内廷翰林或南书房翰林，分割了内阁大学士之权。雍正十年（1732），军机处设立后，南书房各官不再参与机要，专为皇帝管理文词书画顾问之职，虽是一个闲职，其地位因在紫禁城宫廷之中，享有很高荣誉，因是皇帝身边的机要近臣。
十七天后（五月二十四日），朝廷要从翰林院选一补署汉，日讲起居注官。起居注官是宫内侍从皇帝并掌记录皇帝言行的官员。顺治十二年（1655）置日讲官。康熙九年（1670）置起居注官，满、汉记注官皆以日讲官兼任，但仍分为二官。康熙二十五年（1686）停日讲官，起居注官仍系衔“日讲”二字。康熙五十七年（1718），裁起居注官并归内阁。雍正元年（1723），复置日讲起居注官，此后，日讲与起居注合二为一，与翰林院、詹事府官以原衔充任。凡皇帝御门听证、朝会宴享、大祭祀、大典礼、每年勾决重囚及常朝，皆以日讲起居注官侍班。凡皇帝每年谒陵、校猎、巡狩皆随侍从扈从。按年编次起居注，送内阁庋藏。为此，日讲起居注官，地位特殊，属皇帝身边文职侍从，也是皇帝身旁机要官员。
南书房行走、日讲起居注官，文墨方面要求很高。要精通经史，能释疑辨难；更要书法高明，堪恭代御笔，还要博学多识，善鉴定书画珍玩，这几个方面王懿荣都所兼擅。当时，翰林院选出了三人供光绪帝挑选，并带领引见。光绪帝单单圈定了王懿荣。从此，光绪帝对他很看重，非常赏识他的学问。王懿荣在给母亲的一封家信中写到皇帝召见他时的情景：“天颜有喜，跪辙二刻之久，无话不说。近来上一意笃好书籍，惟见男时问对最多也。”王懿荣担任内廷要职还要经常提供经、史、子、集的新刊本和异本，以备皇帝观览。而对于要恭进的书，往往要写出奏折，申明其价值。如他在《恭进<；捃古录金文>；》奏折中，论定吴式芬此书的重要性时谓：“盖自宋明以来，诸家谱录集摹古文字之优，无逾于此者”，“治古文《尚书》者，非得此无以为。”此种文字，非淹贯经史、博古通今的大学问者不易写出。
王懿荣忠于光绪帝是多方面的：《王文敏公年谱》里记载：“两宫奖励时有传宣，和奉敕书于私第，或一日再入宫廷”。还不时“恭写御屏风，恭代御笔，日极其多。”天下之大，善书者比比皆是，皇庭之尊，阶下多公卿硕儒，而光绪帝独看重王懿荣书法，这与明代永乐皇帝唯独喜欢沈度书法相映成趣。至今在北京故宫博物院养心殿内还悬挂着王懿荣为光绪帝书写的《起居行箴言》等三幅大中堂书法条幅，可见光绪帝对他亲近信任的程度。
王懿荣还在光绪十九年（1893）恭进《起居注》后跋中写道：
钦惟皇上贞明启运，则大陈，树神宰而制八方，坐圭台而调六气。紫庭粹合，铜浑将斗极齐悬；丹神凝，玉共风循相应。颂砥平于禹甸，十九年道被寰区；环海军于尧襟，亿万里尘清亭塞。臣荣叨石馆，职任银编，翘北拱而倾葵，依光云日；竭南山之猗竹，未测津涯。
伏见皇上体天之仁，躬帝之孝，创经纶于宝思，括风雨于棂扉。紫幄光灿，涓日洁泰坛之荐；黄琮色灿，祥云护坎泽之灵。翠瓒朱，礼东门而朝日；星岳动，重右社而答阴。九庙遗弓，动羹墙之积慕；四时应节，奉祠而申虔。隆仙乐于韶英，宫悬礼备；眷珠邱之柞，草树恩周，金户巳承欢，备一人之孝养；闱介祉，合万国之欣愉。熊驼峰，问竖视太任之膳；宗彝粉米，披衣得莱子之裳。固已凝庥于爱景慈云，合撰于天心祖武。
而乃修和庶政，亭毒群生，彤廷多曰接之僚，丹牍有宵批之诺。月卿分职，三铨棘序之风；天秩调邦，六府燮槐之典。飞鹤书而赴陇，鸣凤于是栖梧；诏鲸铺而搜珍，潜麟由兹擢秀。乃者祝添筹于慈，开恩榜以征贤。皇华驰稽古之英，使车结辙；白屋撷通经之彦，考艺登庸。棘琐风清，申定制于焚香撤席；枫宸日永，昭旧章于糊名易书。职重干城，校鹰扬之武选；禁严任子，酬鹄发之殊勋。举鱼目珠淆，庸流铤险，靡不惕以茅门之法，科之玉律之条。劝东作之农桑，躬扶黛耜；悯西郊之雨雪，将事丹楹。板屋祁寒，时萦禹思；鳞塍水旱，即动尧吁。盖北溯陪京，南逾江介，西临唐魏，东逮青齐，虽属下邑之偏灾，罔不湛恩之立沛。启白藏而议赈，漕转；命掌庾而蠲租，欢胪屋。弥复怀首善，轸念皇都。间有流庸，设厂则人人食足；培成富庶，发仓则粒粒云腴。近甸扬波，偶溢狂澜之障；疆臣衔命，爰遵瓠子之河。石楗下而白壁沉，鸿堤永固；亥既呈而庚辰，马尐箭安流。良由指授机宜，百灵感而阳候慑服；从此民趋耕凿，九陌连而在巷欢颜。至于钟遗念于老臣，饰以易名之典；笃隆情于循吏，崇之肖貌之祠。五法平情，独严惩夫墨吏；三年考绩，特申谕乎大僚。水衡节如阜之财，聿昭俭德；土木重原估之值，坐烛冥情。睿略防微，肃千庐之禁卫；材官挟纩，恩七萃之公徒。风举云摇，合虎贲而校射；春省秋膳，矜狴犴而简孚。南车来蕃服之臣，地图拜献；北阙遣轩之使，天节遥驰。巍巍乎神功不穷，荡荡乎圣人无外。
唐哉，皇哉！美矣，备矣！然我皇上犹复万机敕学，勤诵习于丹滕；五夜求衣，设觚棱于警枕。功成旰食，泰阶忘七起之劳；负重春冰，离象揭重轮之照。斋宫信宿，犹藻焕乎天章；御壁辉煌，备笙簧夫古训。此则帝寰已治，犹珍惜于分阴；神化无方，英形容于洪笔者也。
臣等晨趋玉，夕候院铃，敬述皇仪，藏之金匮。翘钦天步，允哉道契乎金绳；胪举纶音，长此铺于翠琬。
王懿荣虽然跻身殿堂，伴君左右，但他没有丝毫的得意，相反，在他多首的诗歌里却毫不掩饰地流露出他对官场的厌倦情绪及惆怅心境。
回想起他自18岁参加乡试之年，也正是他与元配夫人黄兰结婚的那一年。多年来，黄夫人一直伴他苦读寒窗十几年，和他一起分担科场落第的酸楚。如今他身居显位，而黄夫人却离他而去，可以使她欣慰之事，她却没有看到，王懿荣感到无比惆怅。王懿荣在《诰封宜人元配蓬莱黄宜人行状》中写道：
宜人一生托身阀阅，两姓皆累世仕宦。吾家适中厄，自入吾门，食贫力贱，无异窭人子，然不知有愁，安之若素，积十五年如一日也。自殁后之二年，懿荣乃举顺天乡试，旋成进士，先公调大郡，两子九经成诵，不出三年，宜人都未之见，其数奇如此。唐元相诗云：诚知此恨人人有，
贫贱夫妻百事哀。
此之谓矣，伤哉！
王懿荣在另一首《不寐》诗中写道：
百不如人意转骄，
卅年京国旧箪瓢。
晚来但盼成新梦，
暂可无愁度一宵。