光绪十五年（1889），王懿荣任乙丑恩科顺天府乡试的磨勘试卷官。磨勘试卷官是乡试、会试对诸考生的考卷进行复核的官员。清代自康熙四十一年（1702）壬午科乡试开始，对考生的墨卷、朱卷（墨卷即应试者的原卷称墨卷，朱卷是应试者的原卷（墨卷）须由誊录人用朱笔重新誊写后交给考官评阅，目的是防止阅卷官认出考生笔迹而作弊的一种制度）进行复核，以便进呈无误。第二年，王懿荣还担任过壬辰科会试的磨勘试卷官。
同年，王懿荣还参加御史考核，钦取第一名，为记名御史。御史一职，历史悠久。早在战国时国君的侍从史官称御史。别国使臣献国书，常由御史接受。两君相会，常由御史在旁记录，据《史记·蔺相如列传》，国君宴会群臣，常是“执法在傍，御史在后”。后御史成为监察之官，约从秦始。《汉书·百官公卿表》载：“监御史，秦官，掌监郡，汉省。”汉御史因职务有侍御史、治书侍御史。曹魏增殿中侍御史。晋又有督运御史、符节御史、检校御史。北朝魏、齐沿设。隋改殿中侍御史为殿内侍御史。唐有侍御史、殿中侍御史、监察御史。宋同。元代有治书御史，而无殿中。明、清以监察御史分道纠察，员额甚多。此外尚有分任各种任务之御史，如巡按御史、巡漕御史等。王懿荣为记名御史，为资格，并无实际。旋晋升为翰林院侍讲。翰林侍讲，唐代始设，原称侍讲学士，职在讲论文史，备皇帝顾问。明清翰林院的额定官中侍讲学士，地位较高，下设侍读、侍讲。明制侍读、侍讲各二人，秩正六品；清升为从五品，员额为满三人，汉四人。不实任讲书之职，其实任讲书者，须加以经筵官之衔。
清末，身处清要的翰林名士们不再满足于整日吟诗评画，开始积极参与朝政。他们虽然多无实权，但议论广泛，“上自朝政之阙，下及官员之邪，微及闾阎之困，无不朝闻事目，夕达封章”。他们的口舌锋芒虽然也常让慈禧太后心烦，但慈禧有时还要借重他们，一方面以之对付首席军机大臣奕为首的中央势力，一方面以之压制封疆大吏李鸿章等地方实力派。也正因为此，名士们得以活跃在朝野之间，并形成一股很有影响的政治势力，被称为清流派。王懿荣还在未中进士之前，以户部五品外员郎衔额外主事的身份和誉满京都金石盛名资格早就加入清流中。当时参加清流的有李鸿藻、张之洞、张佩纶、黄体芳、陈宝琛、宝廷、王懿荣、邓承修等人。这些人自视清高，大胆敢言，内外唱和，专事出击，有“四谏”、“十朋”之称。京师士人还称李鸿藻为牛头，张之洞、张佩纶为青牛角，用以触人；陈宝琛为青牛尾，宝廷为青牛鞭，王懿荣为青牛肚，出谋划策，运筹帷幄；其余牛皮、牛毛甚多。他们之中一人言事，众口相帮，声势浩大，形成一股颇能左右朝中舆论的力量。
李鸿藻（1820-1897），字季云，号兰孙、石孙。嘉庆二十五年（1820），生于直隶（今河北）高阳县。咸丰二年（1852），中进士，身入翰苑，选庶吉士，授编修。一生致力教育事宜，出任一省学政，成绩斐然。以信守程朱理学而闻名，并以持重而著称。
他在翰林院时，曾在宫内“上书房”任老师，醇亲王奕、钟王奕诒、孚王奕譓都是他的学生，宫里称他为“李师傅”。
咸丰帝大阿哥载淳到了6岁，皇帝要给他请一位老师，大学士彭蕴章力荐李鸿藻。从此李鸿藻便任太子师傅。
咸丰十年（1860），英法联军进攻北京，火烧了圆明园。咸丰皇帝病死于承德。载淳继位，即同治帝。李鸿藻从此官运亨通，不断升迁。同治三年（1864），任内阁大学士，署户部左侍郎。第二年，入军机处任军机大臣。
光绪元年（1875），同治帝载淳病死，慈禧太后立醇亲王奕的儿子载湉继位。载湉年仅4岁，慈禧再一次垂帘听政，李鸿藻兼任总理各国事务衙门大臣，又以兵部尚书协办大学士执掌朝政。随着李鸿藻地位巩固，朝廷以他为首与大学士倭仁等过从甚密，他们议论朝政，以抨击显贵标榜，号称“清流派”。慈禧也暗中放任清流派，借助他们的言论力量来牵制洋务派。李鸿藻以清流议政，名重京师。
光绪六年（1880），李鸿藻策动清流派大臣弹骇洋务派李鸿章，并反对赴沙俄谈判代表崇厚擅签中俄《里瓦几亚条约》。此年，历任兵部尚书，协办大学士。中法战争爆发后，他力主抗法。后因清兵在北宁大败，慈禧以“办事竭蹶”开罪与他，降职，迁出军机处。内迁内阁学士，授礼部尚书。中日甲午战争时，李鸿藻主战，坚决反对求和。又复任军机大臣，总理衙门大臣和礼部尚书、吏部尚书。甲午战争失败后，因李鸿藻倾心于光绪，而一再得罪慈禧。只担任会试、殿试阅卷大臣。光绪三十三年（1897），李鸿藻病故。享年78岁。光绪帝十分悲痛，认为他“秉性忠诚”，体貌清腴似先帝，先帝对他的眷顾之隆为廷臣之最。谥“文正”，赠太子太保，照大学士例赐恤，入祀贤良祠。
李鸿藻因两度担任军机大臣，执掌重权。为人耿介，不计利害，有时候也敢于跟慈禧太后较真，他的这些作风颇得文士们的称誉。李鸿藻门生故旧众多，他也汲汲于引荐端士，将大批新晋的御史翰林聚结在自己的周围，壮大清流声势。王懿荣才识品行早已为李鸿藻所赏识和推重，他把王懿荣视为清流健将中的智囊人物，而王懿荣更敬佩李鸿藻这位座师和清流派首领人物。当时王懿荣还没有上奏疏的权利和资格，只是为张之洞、张佩纶等人策划、润色奏疏而已。
北京宣武门外的松筠庵以清雅幽静著称，是清代文人集合聚会之所。此时，它成为清流党人经常聚会的场所。松筠庵原是明朝忠臣杨继盛故居，杨继盛因弹骇奸臣严嵩，被捕入狱，受尽酷刑，不屈而死。清道光年间，人们为追念先贤，将他当年书写弹骇严嵩奏折的书房，改建修葺，刻奏章于四壁，成为“谏草堂”，一直保护完好。这里因此成了一个高风亮节的象征。清流党人之所以常聚于此，正是希望追忆前人，砥砺志气。他们这些“清流雅望”，除抨击朝政外，还在一起答诗唱和、吟对对弈。他们常常结伴出游，或踏青登高，或寻访古迹奇景。总之，历代文人所喜好的，也正是他们乐于为之的。
这样的清流聚会，《春冰室野乘》、《新世说》、《世载堂杂记》等笔记中都有过类似记载。如《春冰室野乘》中就这样载道：
同光闻某科会试后，潘文勤（祖荫）、张文襄（之洞）两公大集公车名士宴与江亭。先旬日发柬，经学者、史学者、小学者、金石学者、舆地学者、历算学者、骈散文者、诗词者各为一单。卅分部居，不相杂厕。至期，来者百余人，两公一一纡尊延接。是日，天朗气晴，游人个个兴高采烈，飞辨元黄，雕龙炙，联吟对弈，余兴未谍。俄而日之夕矣，诸人皆有饥色。文勤问文襄：“今日肴馔，令何家承办？”文襄愕然曰：“忘之矣，今当奈何？”不得已，饬从者赴近市酒楼，唤十余席至，皆急就章也。沽酒市脯，重以馁败，饭尤粗粝。众已惫莫能兴，则勉强下咽，狼狈而归，有患腹疾者。都人至今以为笑谈。
当时与王懿荣过往甚密，经常在一起讨论金石学问、抨击朝政的除张之洞、潘祖荫，还有吴大澂。
吴大澂（1835-1902），江苏吴县人，字清卿，号恒轩，又号愙斋。同治进士，授编修。历官陕甘学政、左都御史、河道总督、湖南巡抚。中日甲午战争爆发，奏请从军，任东征军务帮办，率湘军3000赴辽抗日。后为日军所败，被革职留用。擅书法，精于金石学和古文字学。著有《古籀补》、《古玉图考》、《愙斋诗文考》等著作。
同治十一年（1872）七月五日（8月8日），潘祖荫邀请京师名流（清流派居多）聚会，纪念东汉大学者郑玄的生辰。参加集会的有胡澎、陈彝、谢维藩、许赓杨、陈乔森、张之洞、吴大澂、顾缉廷、严玉森、李慈铭、王懿荣等十几人。张之洞有诗记下这一盛事：
潘少司农嗜郑学，名其读书之室曰“郑庵”。属张掖张君据高密汉人石刻画像，摹写为图。以同治十一年七月五日康成生日，置酒展拜，会者十一人，因题小诗二首：
戎马周旋刘使君，
幅巾长揖大将军。
后生不会雄奇意，
但道研精注典坟。
赵碑亡失史碑荒，
潍水绕礼堂。
尚有典型在图画，
高斋亲炷汉香宫。
（洪驹文《香谱》有郑康成注汉宫香方，又见《墨庄漫录》）。
王懿荣则写有《题张菊如为潘侍郎师摹写郑康成像》诗四首：
曾徙掖塾瞻遗像，
名笔盛传罗两峰。
也似化身千万亿，
无南无北一儒宗。
罗拜能教异族训，
于今后学见经神。
庑筵犬酒官家事，
况更初秋属诞辰。
游学家贫父母容，
传多不字忆凡庸。
范书宋椠仍无误，
岂独金摹唐石从。
许王异说纷纷息，
曲阜温经亦押衙。
独有礼堂真嗣响，
三千年后出栖霞。
王懿荣还有一些诗作，记载了他和张之洞等人聚会、友善的活动情况。如《九日慈仁寺毗庐阁登高同周杏农、谢麐伯、何铁生、陈六舟、朱肯甫、张之洞、董风樵、陈逸山》：
九日秋将老，
慈仁试一攀。
同游半华发，
到处数寒山。
饮何妨醉，
愁心不可删。
今朝樽酒美，
东海碧如环。
郎潜今十载，
佳节每登高。
犹有秋花晚，
能令野兴豪。
井栏寻古刻，
像轴辨新毫。
明日看诗处，
奚奴漫惜劳。
张之洞也记下了这次活动：
吾欲反悲秋，
秋气实快哉。
木落天两霜，
万里无氛埃。
志士如黄鹄，
人海厌沉埋。
且登三藏阁，
何异九成台。
磴道既多剥，
步又已摧。
秋花亦疏薄，
辛苦残僧栽。
纷然俦侣集，
解带倾尊。
晴空拥太行，
万马脱衔来。
芦沟浊似汤，
蓟丘低如坏。
决云一雕起，
拂宵群雁排。
逸气降廖廓，
顿使襟袍开。
诸公皆能赋，
一一大夫才。
下视九陌人，
营扰徒喧逐。
年年有重阳，
望古令人哀。
此寺盛名季，
法筵哄如雷。
国初犹庄严，
庙市奇书堆。
亭林赁庑住，
渔洋游春回。
近日寿阳相，
重复辟蒿莱。
坐客皆龙虎，
张陈朱曾梅。
嘉会已陈迹，
行径生荒苔。
各自有千古，
恨不相追陪。
抚此白露零，
感我元鬓衰。
靡靡枝上叶，
常被商声摧。
请看双虬松，
铁干无摧颓。
牛山景下泣，
秋井杜衔杯。
二子孰为贤，
悠悠非我怀。
以上诗中可见这些清流士大夫阶层京师生活情趣之一斑。如此一同类型诗还有《立秋后二日同谢麐伯、朱肯夫、吴清卿、王廉生至石闸海上游，泛舟，坐渔家秦氏园，日暮方归》等。
在清流派中有两个是王懿荣过从甚密的人物，即后来成为他的妹夫的张之洞，另一个则是张佩纶。
张佩纶（1848-1903），直隶丰润人。字幼樵，一字绳庵，又字篑斋。同治进士。光绪元年（1875），擢侍讲，充日讲起居注官。后入李鸿章幕，光绪八年（1882）署部都察院左副都御史。曾针对法国侵略越南和觊觎中国边疆事，上奏章十数篇，主张抗法。与宝廷、吴大澂、陈宝琛、张之洞、王懿荣等人，号称“清流健将”。光绪十年（1884）被外放福建，会办海疆事务。七月法国舰队闯入马尾港后，他毫无戒备，听任法舰和福建水师舰只同泊港内达一月之久。八月，法舰发起进攻，福建水师覆灭，马尾船厂被毁。他躲在鼓山彭田乡，朝廷震怒，被革职充军。期满回京，复入李鸿章衙门，成为李的乘龙快婿。光绪二十六年（1900）奉命北上与八国联军各国代表谈判“和约”，因在对俄态度上与李鸿章不合，旋回南京，遂称病不出。著有《涧于集》和《涧于日记》，书中有众多关于与王懿荣通信及交往记载。王懿荣的长儿媳张允淑，即他的亲侄孙女，他的侄子张人骏之女也。
张佩纶在当时清流阵容中被称为青牛角，一贯敢于仗言纠弹权贵大臣，“一时如侍郎贺寿慈、尚书万青黎、董恂，皆被劾去”。光绪八年（1882）时，他又连续两疏弹劾户部尚书王文韶受贿状，结果王文韶被罢官，而张佩纶则被擢署左都副都御史，晋侍讲学士。此时，张佩纶可谓出尽了风头。京都人士钦仰之情难以言表，见张佩纶喜穿竹布衫，众人争相效仿，竟出现竹布衫脱销的现象。后来由于他个人书生意气，受到了沉重打击，王懿荣仍与他过往甚厚，由此可见王懿荣的为人厚道。张佩纶在其著作《涧于集》中对王懿荣评价甚高。他曾说道：“张孝达甚会作官，而王廉生一生只会作人……”而张之洞在江南任封疆大吏时，张佩纶去投，他却借故躲避没有接见，从此，清流两角分道扬镳。
光绪十九年（1893）秋，王懿荣奉旨任河南省乡试正考官。