臣愚见拟请皇太后收回成命。现在皇上尚未亲政，遇有紧要事件，醇亲王体国忠诚，自可随时奏上皇太后，以资采择，发交枢臣审量万全，众谋佥同，事事都归实际，以免诸臣会同商办，终涉嫌疑之迹。是皇太后之于醇亲王既隆恩礼之加，而醇亲王有收坐论之功，并无亵尊之虞，益以厚我皇上天性之德。社稷君父之义，轻重两全，纲常有此而正，论纪由此而敦。我高宗纯皇帝隐全大议之论，概括今古，实见于斯，正不徒异日之秉承有方，美善无弊己也。
《中庸》所载，非天子不议礼，至于皇上亲政以后，现已奉有再降懿旨之命，将来一切典礼，自归皇太后、皇上天心圣裁，酌理准情，折中有当。宋、明往事，议说纷纭，君子小人杂出其际，邪正各判，史册堪征。今日既事理之不同，臣亦不敢妄为援据，致有难行，益增罪戾。惟臣束发受书，稍知大义，十年以来，思之烂熟，谨遵高宗纯皇帝御论隐全大义一，为纲常伦纪起见，不揣愚妄，昧死上闻。是否有当，伏乞皇太后、皇上圣鉴。
王懿荣在奏疏中虽说讲得头头是道。但他并没有真正明白慈禧太后的实际用心。这实际上是慈禧在用人方面所使用的一个权术。在咸丰皇帝死后，慈禧为了除掉辅政八大臣，曾与恭亲王奕共同发动政变而获成功。从此慈禧掌握了朝政，而恭亲王也因此当上了议政王，把持了总理各国事务衙门。奕一贯崇洋媚外，借助洋人力量，镇压太平天国革命运动，支持曾国藩、李鸿章、左宗棠等创办洋务，成为洋务运动的首领，权势日重，因而遭到慈禧太后的猜忌。慈禧借故罢去奕议政王的头衔，但仍在军机大臣上行走。就在慈禧下旨令奕参与军机的前一天，她还有一道懿旨，那就是免去奕的一切职务。“谕：钦奉懿旨，恭亲王奕，大学士宝入值最久，责备亦严。姑念一系多病，一系年老，兹特录其前劳，全其未路，奕著加恩仍留其世袭罔替亲王，赏食亲王双俸，开去一切差使，并撤去恩加双俸，家居养病……”很明显，她是利用老七奕，来抑制老六奕。另外是慈禧看到奕处处谨慎而无政治野心。其一，光绪刚即位之时，奕就秘密地递上一道奏折，讲明光绪亲政后，不能对他过分尊崇，大意说：臣见历代继承大统之君推崇本生父母者备载史书。其中有适得至当者，有大乱之道焉。盖非常之事出，立论者势必纶沓扰攘，虽乃心为王室不无其人，而以此为梯荣之具，迫其主不得不视为庄论者，正复不少。仰恳皇太后将臣此折留于宫内，俟皇帝亲政时，如有以治平、嘉靖之说进者，务目之为奸邪小人，立加屏斥。是不但微臣名节得以保全，而关乎君子小人消长之机者，实为至大且要。
其二，在光绪入学读书时，奕特别写了两首诗给他，以示劝勉。甚合慈禧之意，命人贴在光绪帝书房的西墙上，作为皇帝的“座右铭”，这在清代是绝无仅有的。
其三，奕每接到优待的懿旨，总是再三推辞，甚至会痛哭流涕地坚辞不受。他将自己的西园新室名之为“退省斋”，在书房里放着特别叫人仿制的“欹器”，以戒骄戒盈。在木框里镶着他的治家格言：
财也大，产也大，后来儿孙祸也大。借问此理是若何？子孙钱多胆也大，天样大事都不怕，不丧身家不肯罢。财也小，产也小，后来儿孙祸也小。借问此理是若何？子孙钱少胆也小，些微产业知自保，俭使俭用也过了。
而且还让儿孙们都熟背于心。
慈禧太后了解奕，所以放心，即使给他特权也不会出现大权旁落的情况，所以她对王懿荣等人的奏疏，于三月十八日（4月13日）批示：“自垂帘以来，揆度时势，不能不用亲藩进参机务。醇亲王与军机会商事件，本为军机处办紧要事件而言，并非寻常诸事概令与闻，亦断不致令派差事。所奏勿庸议。”
慈禧根本不理会大臣们对这件事的看法，一意孤行，并于光绪十二年（1886）特赐奕及其福晋乘坐杏花轿。奕固辞而不准。关于奕在军机享有特权这件事，就这样不了了之。
在上奏醇亲王一折的同时，王懿荣还奏上了《请速开马颊分减黄流以弭东患而卫畿辅疏》。他在书中奏道：
奏为河势日北，请速开马颊，分减黄流，以弭东患，而卫畿辅，仰祈圣鉴事：
窃以畿辅之有天津、河间二府，在夏周之会为九河入海故道。河之由今山东入海者，汉、宋始开其端。我朝咸丰五年，河南兰仪铜瓦厢决口，复宋故道，河从大清河入海者，迄今三十余年。大清河窄，日淤日高。武定与天津属县毗连，地势东高北下，若不设法分减黄流，将来水性就下，积渐之势在天津，甚可虑也。
去年山东巡抚张曜以筹办山东黄河各工屡次条奏，奉旨以疏通下游，挑中中腹为紧要关键。圣谟深远，已括尽从来治河家言第一要旨。
臣愚伏见河自北下，已渐有欲复九河故道之势。近来山东连年决口，其为水大地高，自不待言，而畿南静海、沧州以及文安、霸州一带，为历年霖涝积水不涸之区，本年卫河漫溢吴桥，北方水气日盛，诚不可不思患而预防之也。铜瓦厢决口，河面宽至十里有余，及灌入东省大清河，河面仅止里许，淤垫日久，稍遇盛涨，无不冲决。山东巡抚近日开通徒骇，分设水门，引河入海，自是长策。然徒骇河上游面宽不过三四十丈，且多淤浅，实不如兼用马颊以分其势，为益尤大。马颊河身宽有百数十丈，两岸屹立，大段深通，但使培残补缺，挑深增高，即可畅流入海。两河并用，黄水自然分减。往岁侍郎游白川曾有开河减水，徒骇、马颊兼用之奏。当时以开河减水恐碍畿辅，格于吏议，此未深悉直、东两省河道之情形也。黄河夺卫入海，始能侵及畿疆。马颊一河首尾皆在山东地面，其中虽经庆云县界，约不过二十里，以下仍由海丰县月河口入海，去直隶五河尚有百余里或数百余里之遥。即使横冲旁溢，所距尚远，且与徒骇均在下游，岂有遽入直沾之理？况今之所谓徒骇、马颊两河，土名沿称冒为古河，而皆非禹河故处。一曰土河，一为笃马河，实则年年沥水泄路。沥水者，伏秋霖涝之所汇也。沥水既入，而伏秋两汛，黄水适来，泥沙一淤，并沥水亦消纳无所。明周用有言，河所以有徙决之变者，以霖涝无所容也。今既疏通徒骇，趁此兼挑马颊，以分河流，不惟沥水有所容纳，并河溜亦于焉蓄泄，尚能使卫河为运道所关，自临清而北，东去黄河有近至四五十里者，寻常秋冬水落，河水倒灌，尚能使卫河数百里皆作黄色，偿不急从下流广为疏，万一大溜西掣夺卫北来，则畿辅东南势必一片汪洋。而天津为众水所归，形如釜底，水无不下，不迳入直沽以复九河故道不止。河运之道既坏，即海运入口亦恐多阻。此非河之经流自复故道也，东高北下，积渐之势之为之也。不察其势，而狃于马颊之稍涉庆云，便谓有碍畿辅，不知兼开马颊之为泄沥水，而一旦引黄北灌，直趋卫河，始悔谋之不早，此臣之所以请兼开马颊者，非仅为泄东省之霖涝，而实隐以防黄河之徙也。且治河之道贵在相时制宜，后世昧于河不两行之说，不知此为经流大势之常理，而非一隅治河之通论。宋臣苏辙谓黄河之性急则流通，缓则淤，既无东西皆急之势，安有两河并行之理？我朝胡渭驳之：言古河未有不两行者，禹酾二渠，为万世法。自参以上，则宋之二股即唐之马颊以此为支渠，受河水十之一二亦自无害，但不可令指大如股。其说笃至。
惟入海之通塞，尤视治法之短长。九河入海，神禹功用全在逆河，播为九河，又合为逆河，盖借其冲激之势以捍海潮。今九河既不可复，则当师逆河之意而不泥其文。宋之锯牙，明之矶嘴，最得逆河用意。明平江伯陈治河于淮安府山阳县满浦坊，仿宋史锯牙遗制，累石为山，蜿蜒千尺，水得翻腾踊跃以入海，俗谓之矶嘴。矶嘴之制：下布七星椿，椿上以石；石有笋，笋相入；缝有锭，锭三层，灌以糯汁，砌以油灰，长千尺。当时流不入运河，河不劳挑者，矶嘴之力也，是矶嘴为激河海要诀。盖河之宣泄以海为尾闾，海逆而上，河逼而下，河之力不敌海，泥沙喷壅，而河患遂生。海水潮汐日二至，其出入皆以二时，海水遏河水不得畅流者，每日有八时。黄河一石水而六斗泥，海受河之水不受河之泥，又能遏阻河溜使其不能迅速入海，积而不得泄。则海口壅蔽，河身停淤，乃势之不得不然。此河海相接处之情形，亦即全河之泛滥冲掘之情形也。今于徒骇、马颊二水入海之处，仿矶嘴之制，量为变通，借其势以御海潮，相冲相激，海不能以汹涌之势遏阻黄流，则内沙不停，外沙不入，隐然一逆河之意，又安见有河不两行、分流力弱之可虑哉？
以臣愚见，可否仰祈天恩，饬下直隶、山东两省疆臣会同勘验，相度形势，如属可行，使徒骇与马颊同时并挑，庶年年伏秋两汛，沥水有消灾之区，河流泯填之患，东流既畅，北徒无虞，岂不甚善？
臣籍隶登州，去河甚远，于武定府属行水各州县无所用其偏护，又非故以保卫畿辅一言为危词耸听之举，惟察河势日北，积渐勘忧，民命所关，国帑所击，运道所在，既有所见，不敢自安缄默，伏祈皇上圣鉴训示。
河工，即黄河水利与漕运、盐政、兵饷并称为清代四大政事，是关系国计民生的大事，向为忧国忧民之士所关注。
王懿荣认为，黄河下游水患，由来已久。畿辅有天津、河间二府，在夏、周之际曾是九河入海故道。近年来山东境内黄河连年决口，而京畿这一带的地势是东高北低，黄河之水可能北下，大有欲复九河故道之势。而畿南的天津附近之静海、沧州、文安、霸州一带“为历年霖涝积水不涸之区，本年卫河漫溢吴桥，北方水气日盛，诚不可不思患而预防之也。”“若不设法分减黄流，将来水性就下积渐之势在天津，实可虑也。”
去年山东巡抚张曜以筹办黄河各工程，屡次条奏，“奉旨以疏通下游，挑浚中腹为紧要关键。”张曜则开通徒骇河，分设水门，引黄河水入海。王懿荣还认为这“自是长策，然徒骇河上游面宽不过三、四十丈，且多淤浅，势不如兼用马颊以分其势，为益尤大。马颊河身宽有百数十丈，两岸屹立，大段深通，但使培残补缺，挑深增高，即可畅流入海，两河并用，黄水自然分减。”
卫河是大运河运输通道中十分关键的一条河。自临清往北，东距黄河很近，只有四、五十里。平日秋冬水落时，黄河水倒灌，尚能使卫河数百里皆作黄色。倘若不从黄河下游广为疏浚，万一大水西来，北夺卫河，则京畿东南势必是一片汪洋。而天津为众水所归，“形如釜底，水无不下，不迳入直沽以复九河故道不止。河运之道既坏，即海运入口亦恐多阻。此非河之经流自复故道也，”乃是“东高北下积渐之势之为之也”。徒骇河与马颊河皆在黄河与卫河之间，所以王懿荣曰：“此臣之所以请开马颊者，非仅为泄东省之霖涝，而实隐以防黄河之北徙也。且治河之道，贵在相时制宜。后世昧于河不两行之说，不知此为经流大势之常理，而非一隅治河之通论。宋臣苏辙谓黄河之性急则流通，缓则淤澱，既无东西皆急之势，安有两河并行之理。我朝胡渭驳之：言古河未有不两行者，禹酾二渠，为万世法。”
王懿荣是一员文官，家乡在胶东沿海，距离黄河甚远，根本不受黄河水患之害，但能以国家之高度，从民生之角度，既不偏护黄河所流经武定府的各州县，也用不着以保卫京畿作危言耸听，一心为国计民生着想，并对河流之熟悉，对水利治河之专业，高屋建瓴，这在清末官场上孤标傲世。
光绪十一年（1885），朝廷举行了试官的选拔，王懿荣因病未能参加考试。
王懿荣病重的消息传到了翁同龢、潘祖荫耳中，翁、潘二人前去探视，并还请了一位封疆良医来为他诊治。他就是江西巡抚潘霨，字伟如，江苏吴县人，监生出身，官至湖北巡抚、江西巡抚。光绪十年（1884）九月十七日奉旨由江西召至北京述职。他与翁同龢关系甚厚，又与潘祖荫是同乡本家，甚精医道。王懿荣服了潘伟如的药后，疗效甚好，病情有了转机。在这以前王懿荣曾得过此病，他在光绪四年（1878）之前给陈介祺信中多次提到，他得伤寒、疟疾，头眩耳晕……云云，此后，此病一直没有根除，身体也一直没有完全康复，所以还作了一个吟病诗，其中一首《船中静坐有感》写道：
百不如人两鬓华，
长安久居若为家。
可怜一病成秋境，
满耳蝉声两眼花。
潘抚台的医术果然名不虚传，此后十四五年，王懿荣此病再也没复发过。至到光绪二十五年（1899），王懿荣旧病复发，才引起他病中吃药，确认出一片甲骨惊天下的大事来。