光绪九年（1883），39岁的王懿荣在翰林院庶吉士教习馆肄业期满，散馆考试，取得第一等第三名的成绩，被任命为翰林院编修、庶吉士官名。明初采《尚书·立政》“庶常吉士”之义，置六科庶吉士，以安排新进之士使之历练职事，永乐二年（1404）始专设于翰林院。在新进士中选文学书法均优长者入翰林院学习，以学士、侍郎等官充任教习，称为翰林院庶吉士。是储备于翰林院的预官。清沿其制于翰林院置庶常馆，每届会试之年，殿试唱名后，再在保和殿举行朝考，然后综合会试、殿试、朝考三项名次等第，选名次较前、年龄较轻者不授他职而改为翰林院庶吉士。名义上令其肄习学问，特派大臣为庶常馆教习，以侍读、侍讲为小教习，三年期满（若遇恩科，则不待三年）举行考试。成绩优良者分别授以翰林院编修、检讨（二甲进士授编修，三甲进士授检讨）等官，其余分发各部任主事等职，或以知县优先委用，称散馆。进士中一甲三人则已授修撰、编修，不须经过庶吉士阶段，但亦须参加散馆考试。因庶吉士学习深造之馆为庶常馆，故简称庶吉士为庶常。
这一年冬月廿六日（12月27日），王懿荣移居到东安门外王府井锡拉胡同11号新的住宅，最初为租赁，后来就把宅买了下来。此宅原是宗室长白敏恪公广寿旧居，王懿荣之所以选择这里居住，其目的很明显，他说：“为翰林必当供奉内廷，得地如此之在两掖，方足以待滴漏候鸡鸣也。”（《王文敏公年谱》台湾广文书局）。此后，他直至殉国一直就居住于此。
这年末，王懿荣又参加了应召南书房行走一职的考试，结果未被录取，按常例被任命为国史馆协修官。清置，为修纂当代历史的机构，康熙二十九年（1690）为修天命、天聪、顺治三朝历史，置三朝国史馆。乾隆元年（1736）重开国史馆，复修康熙、雍正朝历史，十四年（1749）十二月，修成五朝历史、本纪，史馆停。至三十年（1765）十月，为重修国史列传，又重开国史馆，此时才成为常设机构。设总裁满汉各一人，由皇帝在大学士、尚书、侍郎内简派，掌修国史，以下有提调、总纂、纂修等官职。协修地位在纂修之下，为分掌编纂之事职官。第二年，他又被擢升为会典馆纂修总纂官。
清朝的修史虽然承袭明制，但比明朝更加充实完备，是当时为加强对思想文化的控制政策，所采取的“刚柔相济、宽猛并用”策略之一。清代历朝皇帝一方面为钳制学术思想而大兴文字狱，一方面又高举“稽古古文”的旗号，用各种手段怀柔和拉拢知识分子。对史学的纂修更为重视，设立许多修史机构。如翰林院掌国史，同时又有国史馆、实录馆与之并存。另外，还有起居注馆、明史馆、明鉴纲目馆、三通馆、四库馆、会要馆等等。各馆均设置监修、总裁、总纂、纂修诸职，皆是著名学者领衔和参预。会典馆是专修会典的机构，纂修清代有关典章制度的史书。王懿荣到职后，事必躬亲，恪尽职守，撰修会典花费他不少精力。后来在会典纂修过半时，由总裁奏请，曾得到光绪帝褒扬。
光绪十年（1884）二月八日（3月5日），王懿荣以翰林院编修身份上了第一道奏疏，《更定京员津贴银两名目疏》，他在疏中讲道：
奏为部议京员津贴银两，吁请天恩，准饬各督抚妥筹，闲款更名定目，作正开销，以维士风，以端政体，恭折仰祈圣鉴事：
窃臣伏见去年部臣以议给京员津贴银两入奏，得旨允准各省督抚通筹外销闲款，相继登复，或有不择名目及未作正开销者。以朝廷宽厚正大之举，而臣下拟议乃为苟且敷衍一时之计，言之无文，行之不远，政体何存？士风何在？是以詹事府右春坊右庶子宗室盛昱、山西巡抚张之洞难安，先后上言，属词微至。然臣犹惜其或激或谅，陈义不古。臣惟君臣之伦，以道相合，见知闻知，昔为一体。三代而下，臣节日卑。自汉以来，以文学得官始于叔孙通，请太常试士首成于公孙宏。寝及后世，士风儒气荡然无存。史册深文，自然流露，始曰尊贤，渐曰用人；始曰重道，渐曰察廉。下士承流，昧其本谊，目不见书，冥然罔觉，万钟礼义不辨久矣。岂知讲学修业，所甚尊，一命初膺，讵便稍亵？夫自视太薄者，予人亦将不厚。臣节日卑，则臣道不立；臣道不立，则至治难期，窃维我朝大化涵濡二百余年，上之待士与士之自立，当不出此。
臣家累世受国厚恩，八代生计皆资官禄，臣之值此，岂敢重有所矫？盖有所重矫者，必有所甚贪，有所甚贪，遂不可问，臣固耻之。伏请皇太后、皇上宸衷独断，饬下部臣及省督抚将此银两妥筹，闲款更定名目，作正开销，既维士风，亦端政体。正名之义自昔所重，取与之际，始节必严。臣职为京员，此项银两固在受之之列，不得不先事请命。以臣愚贱，何足尚论？明知臣此疏一出，望者嫌怨，议者违驳，至于讥弹，亦所不避。诚以一介虽微，所关者大，欲洁先乱，《鲁论》有诛。若臣当此忍隐弗言，同乎流俗，窃恐一世士风江河日下，讵复有所底止？傥臣此言幸存，即令格于吏议，俾不得行，至执礼经少贱之说以相纠绳，臣固无所逃命，然使天下后世知当时朝廷崇儒重道之意，与一时士夫抱道自重之心，亦即所以上答天恩，下立臣极，臣万死何辞？臣为政体士风起见，谨具疏奏闻，不胜惶悚待罪之至，伏祈皇太后、皇上圣鉴。
谨奏。
王懿荣的这个奏折，当天就批转下来：
“奉上谕，翰林院代递编修王懿荣奏京员津贴银两请饬各省妥筹闲款更定名目作正开销一折，着户部议奏。钦此。”
这个奏折所奏之事，看似不大。王懿荣认为这是关系廉政的大事。因为朝廷允准各省督抚通筹外销闲款为京官津贴，或不择名目，或不作正开销，有滥筹、滥发之嫌，故而它关系到维护士风、端正政体的大事。王懿荣要求名正言顺，理顺“正名之义，自昔所重”，要求要严格控制，“取与之际，始节必严”。
王懿荣在这个奏折里所体现的思想，与殿试策对中所提出的吏治要洁廉的思想，是一致的。他不仅是口头说说而已，而是在他做官期间，一直清廉自守，过着清苦的生活。他是个穷京官，也可以拿到这笔津贴，但他却不贪。这在当时是一般官员做不到的。所以在王懿荣奏折中讲到：“此疏一出，望者嫌怨，议者违驳，至所讥弹”。他预料到他的意见会遭人的怨恨、反驳，甚至讥讽，但他自己“亦所不避”，这道鞭辟入里的奏折，这道鞭辟入里的奏折，确是难能可贵的。
不到一个月的时间，刚进三月，王懿荣又奏上《醇亲王位分尊崇请恪尊御论收回成命疏》。
醇亲王奕，字朴庵，是道光皇帝第七子。道光皇帝第四子奕继位后，即咸丰皇帝，他还不甚得意，他的四兄咸丰帝只是按照清廷宗室的惯例封他为二等爵位醇郡王。后来咸丰帝死，慈禧为了拉拢奕，作自己的帮手，就把自己的亲妹妹许配给奕，从此奕在这种裙带关系中平步青云。北京政变后，慈禧控制了清王朝的大权，奕因在政变中帮过西太后，出过力，从此便官运亨通，青云直上。同治三年（1864），慈禧赐于奕，“加亲王衔”，同治十一年（1872），奕又被正式封为清王朝宗室的一等爵位“醇亲王”。
同治十三年（1874）十二月五日，同治帝病死，在清廷中引起巨大震动，当然最为强烈的是同治母亲慈禧了。虽然慈禧有失子之痛，但更重要的是，儿子一去给她带来了难题，因为同治帝早死，没有儿子，按照清王朝的家法，在同治帝死后就应从晚辈近亲中选出一个人，为同治帝立嗣，继承皇位。当时，同治帝之下是溥字辈，按惯例，应从溥字辈中选出一人，继嗣给同治帝并称帝。如果这样做，那么慈禧将会因孙子辈为帝而晋尊为太皇太后，太皇太后固然很尊贵，但无法继续控制朝廷大权。这对慈禧来说，实是一件难以接受的大事。经过苦思冥想，慈禧终于想出了一个办法，那就是让醇亲王的儿子载湉继位。载湉年幼，又与同治帝载淳同辈，自己仍可保持皇太后的身份，执掌朝政。再说，就亲属关系而言，载湉既是自己的亲侄子，又是自己的亲外甥，血统亲近，关系密切，利于控制。于是经过了密谋后，慈禧召开了御前会议，突然宣布同治帝已死，立奕的儿子继承皇位。就在当天，刚刚4岁的载湉被迎进宫中，正式继为皇帝，改明年为光绪元年（1875），在正月二十日，在太和殿为载湉举行了盛大的登基典礼，并颁布上谕，布告天下。同年慈禧又特下优诏赐奕，享受亲王“世袭罔替”的殊荣。十二月又命他“照顾毓庆宫皇帝读书事务”。光绪五年（1879）二月，赐食亲王双俸。光绪十年（1884）三月，特下懿旨：“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕商办，俟皇帝亲政后再降懿旨。钦此。”
当时满朝王公大臣之中，有许多人对醇亲王参预军机有不同看法。鉴于历史的教训，如北宋英宗治平年间的“濮议”，明朝世宗嘉靖年间的“大礼仪”，都是因为皇帝是藩王之子，为了尊崇其父而引起了统治阶级的内部矛盾。故而当时詹事府右春坊右庶子宗室盛昱、左都御史锡珍、御史赵尔巽等人都有奏疏上呈，表示“醇亲王不宜参预军务”。王懿荣以职小位卑的身份也上了同样的奏疏，他奏道：
奏为醇亲王分位尊崇，恭请懿旨收回成命，宜恪尊高宗纯皇帝御论，隐全大义，为皇上曲尽恩礼，以维纲常，而重伦纪，恭折仰祈慈鉴事：
窃臣于本月十四日恭读邸钞，钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚皇太后懿旨：“军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王奕商办，俟皇帝亲政后，再降懿旨。钦此。”仰见我皇太后轸念时艰，深恨庸臣辗转，宸衷万不得已迫而出此。薄海臣民，稍具天良，同深感激。
臣维政事之本，以纲常伦纪为先。皇上御极之妆，我皇太后特申懿旨，醇亲王赏食双俸，加恩世袭罔替，并令开去一切差使。圣谟渊深，义尽仁至，纲常伦纪之正已端于此。臣尝伏读高宗纯皇帝御批《通辑览》，于宋治平间昭议崇奉濮王事，御论取欧阳修援引礼经为得；于明正德间诏议崇奉兴献王事，御论尤以隐全大义为宗，深恨有明诸臣不能于天理人情斟酌至当。圣训煌煌，万世人极！今醇亲王颐养闲居，长承天眷，揆诸今昔，事理不同，然而社稷君父之义，千古如一。臣综观往代，上绎礼经，以社稷之义论君父，则社稷重而君父轻；以君父之义论社稷，则君父重而社稷轻。皇上入承大统，为文宗显皇帝之子，社稷之事也。义不顾私，宋臣司马光言之。我皇太后天聪明，是以有开去醇亲王一切差使之旨，诚以君臣之礼，皇上之于醇亲王所不能施，倘预国是，即类共臣，遂多滞。大《易》有云：“有父子然后有君臣，有君臣然后有上下，有上下然后有礼义，则纲常伦纪之地，固宜恪尊高宗纯皇帝隐全大义之论为至极也。臣敢敬绎御论，以今日事理推阐而直陈之。恭读懿旨有云：军机处遇有紧要事件，著会同醇亲王商办。臣惟今日事件，惟交涉夷务、筹兵、用人最为紧要。自同治以来，外夷放恣，民心久愤，特以圣慈布，遐迩一体，爱惜生灵，不忍黩武穷边，寡开自我，曲示包容。而盈廷诸臣，不求根本，一意畏葸，遇事敷衍，诚如圣谕，知其决离振作。然天人震怒，积弱生强，自然之理，用夏变夷，料诸来日。醇亲王为先帝王亲藩，久典禁兵，公忠为天下所共知，谋略为夙昔所素裕。惟边事用兵自与当年剿办发捻有异，外洋各国情形之强弱，水陆之要害，兵食之缓急，种种机宜千变万化，讵同往辙？内须切实讲求，而外则一军之胜负，一计之短长，难可预料。夫以发捻诸顽，同产中土，有胡林翼、曾国藩之长策，尚须上烦宸虑，指授方略，迟之十余年而后奏效。使自今以往，若有边防兵事，简任人才，筹办粮糈，军机大臣谨奉懿旨，会同醇亲王商办，就第接见，无论体制若何，礼节若何，傥事前有论断不合，事后或得失之互见，直臣当此进退难安，诤臣当此言则不敬，而奸邪乘间，昧于“善则归亲、恶则归己”之义，偶遇失算，暗图诿卸。设醇亲王稍有含隐难言之衷，我皇上锡类推心，又将何以自慰？臣之所谓宜为皇上曲尽恩礼者正在于此。