1984年4月，哈萨克族音乐条目又作过一次改写。
维吾尔族的音乐条目涉及的问题比较多，修补的工程比较大。
万桐书从1982年到1985年用3年的时间，多次往返于北京与乌鲁木齐之间进行慎重的修补，使其日臻完善。
1984年5月下旬，他把打印好的维吾尔与哈萨克的音乐修补初稿寄往北京，才感到轻松了许多。
从1984年初到5月，写了两次木卡姆条目，达到要求后，才算完成了这次编写条目与编审的艰难任务。
1988年5月，万桐书受聘担任了“从1985年到1987年民族乐器改良评奖会”的评委。
参加评奖的有五个民族的35件乐器，包括有弓弦、拔弦、打击、电声，可以说是民族乐器改革与研制的成果盛会。
在此次盛会中，万桐书对民族乐器的改革与探索给予大力的支持和肯定，并认为有必要探索一下在新疆现代民族乐队的建设中，乐队如何编组？乐器如何编组？并提醒应值得注意的几个问题。
为此，万桐书写出了题为《新疆现代民族乐队建设问题的探索》，发表在1988年6月份的《新疆艺术》上。
这篇文章和出版的《维吾尔族乐器》一书，对新疆各民族的艺术教学和民族管弦乐团的建立，起到了应有的参考作用。
特别是《维吾尔族乐器》一书为音乐创作和器乐演奏工作者以及乐器改革者提供了了难得的宝贵资料，专家们称赞这是全国第一本民族乐器专著，开创了乐器学的先河。
此书在香港首次参加收展时，受到广泛的欢迎，第一天就销售一空，简直是供不应求。
40多年来，万桐书潜心研究民族音乐，撰写了《漫谈十二木卡姆》、《维吾尔族古典音乐“十二木卡姆”》、《色彩缤纷的小宝石——谈部分新疆几童民歌有感》、《振兴民族音乐漫谈》、《整理出版“十二木卡姆”始末》、《新疆现代民族乐队建设问题的探讨》、《东方音乐宝库中的明珠——“十二木卡姆”》（载香港新晚报）、《维吾尔族木卡姆的几种类型和比较》（在香港举办木卡姆学术研讨会上发表的论言语）、《在香港参加木卡姆研讨会的几点感受》（《新疆艺术》转载）、《1990年为图像音乐学会在布拉格举行的学术会上的书面论文》、《木卡姆概念》（在莎车十二木卡姆研究会上宣读的论文，后经修改，于1993年发表在《中国音乐学》第四期上。）
此文1999年被收入《世界学术文库》、并获“世界学术贡献奖论文金奖”。
《搜集整理“十二木卡姆”纪实》是在1992年11月在北京举办的“中国维吾尔木卡姆系列活动”研论会上宣读的论文。
在这次研讨会上，万桐书被授予“木卡姆艺术家”的荣誉称号。
《关于十二木卡姆早期整理的工作》在1994年发表在《音乐研究》第三期。
2006年9月参加了第六届木卡姆国际研讨会。在会上发表了《维吾尔族传统音乐“十二木卡姆”调查资讯汇编》等论文30多篇。
万桐书采集各民族民间歌曲和乐曲有2000首，其中有200多首作为优秀民歌发表了。
创作及改编的歌曲有30多首，分别发表于《歌曲》、《中国民歌》、《中国民歌集成新疆卷》、《中国民间乐曲集成》（新疆卷）、《群众音乐》、《新疆创作歌曲集》等刊物上。
其中介绍新歌《光辉的北京》、《歌唱毛泽东》、《爱苏露》等记谱，编配汉译文歌词发表、演唱、交流。
其中《歌唱毛泽东》获文化部与中国文联联合举办的《1949年10月1日至1952年10月1日群众歌曲评奖》的一等奖。
创编了《手挽手》、《小羊羔》、《牧马人的歌》等歌曲和歌舞音乐。
其中改编的歌曲《手挽手》曾在国内和东南亚地区广为传唱。
他的传略被收入《中国当代音乐界名人大辞典》（一卷）、《中国当代艺术家名人录》、《世界文化名人辞海》（华人）、《世界优秀专家人才名典》、《中国专家大辞典》、《中国纪录年鉴》、《历史的回眸》、《中国专家名人辞典》、《时代潮头——开拓者》等辞书。
万桐书并未满足于已经取得的成就，他仍然戒骄戒躁，潜心研究木卡姆的学术问题。
他至今认为还有大量的工作要做，要分析与研究。他认为中亚、西亚和北非以及各加盟共和国都有自己民族的木卡姆，应该将他们的木卡姆和中国新疆维吾尔木卡姆作进一步的比较，作到心中有数。
这样我们就可以从一个侧面看到我国木卡姆音乐的特点及其在世界音乐之林中的地位。他说没有比较就看不出优劣。没有比较就发现不了差距。
所以，他表示一定深入仔细地研究对比，让中国的维吾尔木卡姆音乐艺术成为全世界的领军。
1988年4月25日他被评为研究员职称。
2006年8月29日他被新疆维吾尔自治区党委宣传部授予新疆第二届天山文艺奖贡献奖。
他并不以此为满足而沾沾自喜，仍然笔耕不辍，为保护与发展木卡姆呕心沥血，作出更大的贡献。
1987年万桐书离休了。这时候正是改革开改掀起大潮的时候，全国特别是东西沿海一带的经济发展突飞猛时，出现了前所未有的繁荣景象。
沿海一带改革开放的可喜局面吸引了不少勇于弄潮，敢于创业的健儿奔向沿海一带的城镇为繁荣经济而大显身手。
一时间潮头波及新疆，不少人，特别是胸怀大志的年轻人纷纷奔向东南沿海城市，形成了人才外流的局面，人们把这种情况形容为“孔雀东南飞”。
新疆地区各级领导部门也出台各种优惠政策，积极想办法留住原有的人才，心想将局面扭转为“孔雀西北飞”，为大力发展新疆的经济而招揽人才。
在这种经济大潮的驱动和人才外流的影响下，万桐书的两个年轻有为的孩子也无法阻挡地前往东南鹭岛厦门，进行创业。
这两个孩子是万桐书的老二和老三，一男一女，当他们在哪里站住脚而取得可观的经济收入后，又引起了万桐书大女儿的兴趣，在一番优劣的对比之下，她认为在厦门施展才干更有奔头更有前程。
于是她也被吸引而去，成为“孔雀东南飞”的一员。
三个孩子都有创业的精神，也有锐意进取的劲头，更有自己各奔前程的主见。
改革开放的年代使他们开阔了视野，提升了思想围绕经济发展的境界，改变了经济工作的观念，激活了敢闯新路与大胆创业的热情，增强了为发展经济而努力奋斗的活力。
为此，他们走自己的路是谁也无法阻止的，作为父母亲的万桐书和连晓梅是干涉不了他们的，代替不了他们的，更无法把自己的意志强加在他们的身上。
这正应了他们在心中默念的一句话：长大了，翅膀硬了，可以飞走了。
当他们的三个孩子先后飞走之后，万桐书和连晓梅没有了子女的依靠，一切家务活和出外购物的事都由他们自己承担。
长时间的劳动活他们无法承受，他们毕竟是离休的老人了，毕竟是年老体弱力不从心的病魔缠身的老人了。
然而，万桐书并不服老，依然伏案疾书，为木卡姆在全世界取得更辉煌的成绩而日以继夜的工作着。
他的三个孩子多次劝告他跟随他们到厦门定居，以便照顾年老而有病的他。
但他婉言拒绝了。
他说他没有病，不需要的他们的照顾，不想跟他们一起生活，不愿去厦门。
再劝就会招致他的斥责。所以，他的子女们也就缄口不谈了。
他们只好在心里怨他太固执。
子女们无法说动他，只好把希望寄托在连晓梅的身上，希望母亲说服他们的父亲。
他们远在厦门，无法照顾父母亲，心中很有愧，只好动员父母跟他们一道走。
他们心想：自己的父母亲老来得不到他们的照顾，是他们的不孝。
他们不愿自己的父母常常麻烦工作单位的领导和同事，大家都很忙，没有时间为两个老人的看病，买煤气等事而操劳而耽误工作时间。
知情人会谅解，不知情的人会说作为子女的三个孩子远离父母，没有一点关爱之心，何谈孝心呢？！
所以，子女们都很着急，都想劝他们的父母改变主意，跟他们走。
连晓梅把子女们的意思转告了万桐书，依然得到拒绝与斥责，连晓梅只得闭嘴了。
万桐书明白他们不死心，通过他们的母亲逼他走，心中很恼火。
为了摆脱子女们的纠缠，万桐书把他们召集在家里，说明他不走的道理，也好让他们受受教育。
他很认真很坦诚地说出了久积心头的话。
他说他小的时候就受到画眉的暗示和引导，告诉他，他的归宿在西北新疆，他由此而爱上了引路般的画眉。
他说他忘不了周恩来总理亲口对他说的话：新疆的维吾尔木卡姆是国宝，你一定要想尽一切办法抢救，不能失传。我相信你会完成这个光荣而艰难的任务。
他说他忘不了吕骥对他的寄托和期望，对他们全家人的关怀与照顾。
他说他忘不了赛福鼎·艾则孜对木卡姆的关怀和领导，支持和帮助。更忘不了对他抢救木卡姆的关心和支持。
他说他忘不了司马义·艾买提对木卡姆的支持和关心，忘不了对他工作的帮助。
他说他忘不了铁木尔·达瓦买提对木卡姆的关怀和支持，对他抢救木卡姆的支持和肯定，忘不了对他抢救工作的大力赞赏。
他说他忘不了司马义·铁力瓦尔地对木卡姆时时关心和过问的热情态度，忘不了对他工作成就的大力赞扬。
他说他忘不了新疆的故乡情，忘不了新疆维吾尔族的许多朋友和同事，忘不了木卡姆的传承和保护工作还没有全面落实，心中不踏实。
他说木卡姆的“申遗”工作还没有开始，他心里不安，他要不遗余力地工作，出主意，想办法，作出应有的贡献。
他说还有许多有关木卡姆的学术问题还没有深入研究，必须抓紧时间解决，写出学术论文，公诸于世。
他说“丝绸之路”木卡姆和“丝路腹地”的民族音乐的有关专题需要探讨，需要研究，不能耽误了。
他说离休了，摆脱了协会的会务工作，可以充分的利用时间，专心致志地进行业务研究和专题探讨，写出高水平的学术论文，以飨读者。
……
总之，万桐书对他们说了许多离不开新疆的理由和原因。
他再三强调新疆乌鲁木齐是他的第二故乡，他留恋故乡，不愿离去。
他说他不愿干涉他们的工作，也希望他们不要干涉他的事情。
听了万桐书的表白，他的子女们理解了他的心情，暗中佩服老人推已及人的高尚品质和献身木卡姆的工作精神。
他们心中明白逼迫无用，劝说无效，只好作罢，在依依不舍中离开父母，远去厦门。
随着时间的流逝，万桐书夫妇越来越老了，身体的健康状况也越来越不好了，生活方面出现了许多问题。
到了1999年，万桐书夫妇离休后又在新疆乌鲁木齐默默地工作了十二年，无偿地为木卡姆作出了许多有益的贡献。
他们还想继续努力工作，但心有余而力不足了。
万桐书年老体弱而豪情依然不减当年，但由于他不注意很好的休息，长期伏案工作，又引发了左臂左手掌的老病，也引发了腰腿的老病，不能干重活，不能行走，需要到医院诊治。
连晓梅看到万桐书老病复发了，心里着急，血压又升高了，觉得头晕眼花，不知服药休息，硬着头皮要到外面去租车，准备拉上万桐书去医院。
不料还未走出房门，被门槛一挡扭伤了脚，当即疼地坐在房门口不能动了。
夫妇二人都有老年病，加上新病，那惨景很不好看。
怎么办？
出现出这种特殊情况，到底谁救谁？
呼儿唤女，都不在身边。远在厦门即使打通了电话，也来不及，远水解不了近渴。
连晓梅只好爬到电话机旁，准备给单位打电话呼救。
正在这时，突然听到敲门声。
连晓梅心想有救了，很可能是领导路过门口听到她呻吟的声音，不明白发生了什么事，敲门想进来看出了什么事。
于是她放下电话，又爬到房门口，跪在地上拉开了插销——
门开了，进来的却不是邻居，她不禁惊异地瞪大了眼睛。