以万桐书为首的调查组沿塔克拉玛干大沙漠的北缘到阿克苏和库车进行普查。
一路上他们被卡车颠簸得前仰后合，腰酸腿疼，几乎要呕吐了。
但他们并没有被行路的艰难所吓倒，依然咬紧牙关，以最大的耐心和坚韧坚持到底，终于到达了目的地。
他们在这两个地方将那些知名的十二木卡姆的演唱家的姓名记录下来，并与他们进行了交谈，对他们的年龄，职业，艺龄，能唱多少部木卡姆，以及他们的师徒关系等都作了比较详细的记载。
对他们在演唱中所伴奏的乐器的名称和伴奏的方法等也作了详尽的记录，并作了拍照。
通过实际的演唱，了解了他们所唱的木卡姆种类，掌握了他们的共鸣弦调和弦音高的名称和特点。
特别是库车的十二木卡姆除了共性之外，它的个性也十分明显，演唱的歌声非常悠扬动听，尤其是麦西莱甫的歌舞更是轻灵美妙，充满了奇妙鲜活的韵味。
在普查之余他们游览了神秘的大峡谷，感受了大自然的鬼斧神工的玄妙工作，活跃了他们的想象力。
万桐书通过当地的向导的介绍，知道了大峡谷位于库车县城以北的天山南麓，海拔一千六百米，最高处海拔两千多米，是经受了亿万年的风雨剥蚀与山洪冲刷而形成的奇特景观，被称为库车神秘大峡谷。
几公里长的大峡谷的岩石出现红里透黑的色彩，在阳光照射到的地方以火红的艳丽色彩映入游人的眼帘，十分悦目。
当万桐书等人在这里唱起十二木卡姆的歌曲时，那声音被峡谷传送到狭窄的蓝天之中，形成波浪式的共鸣音，一浪高过一浪似的越传越远，直至余音缭绕而去。
万桐书从音乐的传播中感觉到“库车神秘大峡谷”简直就像一个天然的巨大音箱，把声音过滤成透明的主体的水浪，让人陶醉在玄思妙想中流连忘返。
万桐书从这里又体验到歌声因景而产生出来的巨大乐趣该是何等的诱人啊！
经过八年的采集，录音，记谱，整理，调查，和初步的研究与探讨，万桐书深深感受到十二木卡姆是中国维吾尔族宝贵的传统音乐文化遗产，是中华民族宝贵的音乐文化遗产，也是世界人类珍贵的音乐文化遗产。
生活在喀什地区的音乐大师吐尔地阿訇所演唱的十二木卡姆是一套结构庞大，气势宏伟，形式严谨，涵容丰富的大型歌舞音乐。
含有古典叙咏歌曲，叙事歌乐套曲，歌舞组曲和间奏乐曲等是融歌、舞、乐、诗歌，历史与民俗为一体的大型综合性的歌舞音乐。
这些不同形式与题裁的音乐，按一定的调式系列和旋律发展程序构成“大曲”的曲体结构。
它全套共有十二部，另加终结性的一部，共有是十三部。
具体的部序如下：
一、热阿克木卡姆；
二、且比亚特木卡姆
三、木夏乌热木卡姆
四、恰尔尕木卡姆
五、潘吉尕木卡姆
六、乌扎勒木卡姆
七、埃介姆木卡姆
八、乌夏克木卡姆
九、巴雅特木卡姆
十、纳瓦木卡姆
十一、西尕木卡姆
十二、依拉克木卡姆
十三、阿赫倩西曼
每一部木卡姆都分三部分：
第一部分称为琼乃额曼。即大曲。
第二部分称为达斯坦。即叙事歌乐套曲。
第三部分称为麦西莱甫。即歌舞组曲。
每一部分又细分为数首歌段和乐段。
十二木卡姆大部与大部之间，大多数是一种横向的派生关系。每一部的调式和曲调各异，而曲段和节拍基本相同。
歌舞曲组和阿赫倩西曼中是没有乐段的。有75首乐曲或乐段。
从始至终演唱一遍长达19个小时。
为了广泛的宣传十二木卡姆，让广大关爱它的人了解其内容和特点，万桐书从1958年2月7日至12日不分昼夜地赶写出论文——《一部优秀的民族古典音乐十二木卡姆》，详细而又重点地介绍并概述了《十二木卡姆》的流布情况，歌词的内容及几个音乐问题等。
对题裁与曲式，调式与调关系，拍节演唱风格和形式以及伴奏的乐器等都作了全面而深入的说明。
该论文发表在1959年1月号的《音乐研究》上，引起广泛的影响。
中央和新疆有关的领导看过论文都认为写的中肯，写出了十二木卡姆的至关重要的特点，产生了出版十二木卡姆乐谱的急切想法，为早日出版十二木卡姆乐谱作出了安排和计划。
1959年音协新疆分会成立了，万桐书担任常务副主席。
1959年9月17日至25日为迎接国庆节的到来，新疆音协组织师范学校师生一千多人排练了大合唱，万桐书指导并担任了指挥。
演出后博得广大听众的赞扬，认为是多年来最好的音乐大合唱，获得了最高奖赏。
1959年4月新疆音协经研究决定十二木卡姆两卷集正式由北京音乐出版和民族出版社联合出版。
得到上级有关领导部门的同意和支持。特别是赛福鼎·艾则孜主席给予了大力的支持和帮助，对十二木卡姆的正式出版起到了推动作用。
经过近十年的艰苦工作和不断的努力，由新疆维吾尔自治区文化厅和十二木卡姆整理工作组记谱整理完成的《十二木卡姆》乐谱上下两卷集，在1960年2月由北京音乐出版社和民族出版社联合出版了。
请赛福鼎·艾则孜主席为《十二木卡姆》乐谱两卷集写了序。序是1959年7月21日写的。
序的具体内容如下：
[序]
优秀的维吾尔族古典音乐《十二木卡姆》的挖掘整理以及有史以来第一次完整的出版，是发展维吾尔族古典文学事业上的一件大事，这是党的民族政策在文化战线上又一显著的成就。
《十二木卡姆》是我们的祖先——维吾尔族劳动人民根据自己世世代代艰苦生活的斗争经验创造出来的巨大财富，其所以是财富，是因为它内容深广，几乎概括了维吾尔族所有的民族艺术形式，是一部完整的十二套音乐。《十二木卡姆》沉痛地诉出了劳动人民当时的辛酸的生活，愤懑地诅咒了黑暗的时代和残暴的压迫者，热情地歌颂了人民强烈的斗争和宏伟的理想以及勇敢乐观的生活。因此，我们应当把《十二木卡姆》看作维吾尔族劳动人民概括过去生活经验的艺术珍品。
《十二木卡姆》问世了，这是值得庆贺的一件好事。但这并不是说我们在《十二木卡姆》方面的整理研究工作可以结束了，应该看作这仅仅是一个开始。我们还必须进一步整理充实《十二木卡姆》，并且深入学习和不断发展它的内容和形式。
我们要继续努力发展现代的新的文学艺术，充分反映各族人民的社会主义新生活和人与人之间的社会主义的新关系，这是我们在文艺工作上的坚定不移的方针。各族劳动人民在伟大的中国共产党的领导下，胜利地发展着的社会主义新的生活实践，就是我们发展文学艺术的最丰富的源泉。发展各族人民现代的文学艺术要有社会主义和共产主义内容，同时也要有与此内容相适应的民族形式。各族人民表现在文学艺术上的优良的民族传统必须发扬，为此，深入发掘和正确地继承各族人民的古典文学艺术就具有重大的意义。《十二木卡姆》是维吾尔族民族音乐传统中的巨大财富，所以深入学习和正确地继承《十二木卡姆》的艺术成就，对发展维吾尔族的现代音乐也就具有重大意义。
值此《十二木卡姆》出版之际，特向文艺工作者表示热烈祝贺，并希望文艺工作者在整理研究古典文学艺术遗产方面取得更大的成就。
万桐书在《十二木卡姆》乐谱两卷集中写了《十二木卡姆》简介的概述，《十二木卡姆》的流布情况，吐尔地阿訇的小传，总目录，后记，乐谱以及符号用法的说明等。
1954年音乐工作组的成员邓威先生也参加了“第四木卡姆”的记谱工作。
万桐书写的《十二木卡姆》简介的概述如下：
十二木卡姆简介
概述
在天山南北广阔的地区，到处都可以听见人们歌唱着《十二木卡姆》中一些动听的曲调。遇到盛大的节日，在人山人海的巴扎上，常常可以看到人们随着沙塔尔、弹拨尔、独他、手鼓等乐器所奏出的木卡姆中的曲调，载歌载舞。农民们庆祝丰收时，或是在举行婚礼的麦西热普中，“木卡姆”的演唱更能增加他们的欢乐。《十二木卡姆》紧密地与人民的生活联系在一起，历来它在维吾尔人民的音乐生活中占着重要位置，大家喜爱它，称誉它是“维吾尔音乐之母”。
《十二木卡姆》是维吾尔劳动人民长时期以来，根据自己艰苦的斗争生活经历，以天才的音乐智慧创作出来的一部巨大的音乐财富。它以生动的音乐形象和音乐语言，鲜明地反映了劳动人民对历史上黑暗封建统治势力的愤慨情绪，和热烈追求光明幸福的愿望。由于它产生在民族民间传统音乐艺术形式的基础上，因此它又具有明快的民间音调和浓厚的民族风格色彩。
《十二木卡姆》音乐的题裁多样，曲调丰富，它既包罗有古典叙诵歌调，也包罗有民间热烈的舞蹈音乐和流畅优美的叙事歌曲。这些曲调按“深沉——缓慢——展开——热烈兴奋——轻快”情绪的发展程序，有机地结合在一起，形成一部系统的，结构严谨的大组曲。它共分12套，每套木卡姆具有不同的音调特点，每套木卡姆中又分大拉克曼、达斯坦和麦西热普三部分。全部《十二木卡姆》共包括170多首曲牌和72首乐曲，如果从始至终演唱一遍要长达二十多小时。
这部大曲无论是从它的思想内容或是从它的完整的结构形式上来看，都显示了维吾尔劳动人民天才音乐创作的才能，它是祖国一部珍贵的民族遗产。
书中吐尔地阿訇的肖像是油画，是著名的画家列阳先生所画。
列阳先生长的中等个头，较胖，是文化厅的专业画家，画了许多有深意的画，赢得了画界的好评。
除了画画他还对古诗词，如《春江花月夜》等古诗词他都能背诵得滚瓜烂熟。
此人于80年代离开新疆去香港，现已逝世于香港。
书的封面设计充满了维吾尔族古典绘画的韵味，极富民族特色，让人一看就知道是维吾尔族古典歌曲的内容。
封面设计是著名画家马维先生设计的，看来他对维吾尔族的绘画颇有研究，否则是很难设计得如此到位，如此恰如其分。
此人中下等身材，较瘦。为人很朴实也很谦虚，是个平易近人的画家。
书上没有署个人的名字，万桐书也没有在书上署名，他认为这是集体智慧的结晶，是各级领导部门关心与支持的成果，所以他拒绝署个人的名字。
万桐书没有领取分文稿酬。
一部分稿酬支付给了吐尔地阿訇父子，另外一部分稿酬支付给了李米谢衣提诗人，其余的稿费全部上交归公了。
《十二木卡姆》乐谱两卷集出版后，中央民族音乐研究所少数民族音乐研究室负责人何芸和简其华在1961年5月的《人民音乐》上以书评的形式介绍了《十二木卡姆》乐谱集。
文章写道：“这部书整理工作上有很多优点，特别是曲谱听写细致，基本上保留了木卡姆音乐的原貌。”
又写道：“通过如此复杂的木卡姆音乐听写工作，根据实际情况，一方面引用了已有的记谱符号，另一方面又创造了一些新的记谱符号，整理了一套维吾尔音乐的记谱法，在符号说明和曲牌名称、拍节、速度及基本鼓点节奏一览表中，都有详细的说明和科学的分类，这是富有创造性的工作，它丰富了我们整理民族音乐的方法。”
同时，在评介中也指出了不足之处：“让人感到不足的是没有把原词和译意附在每首乐曲的下面。”
评述文章对今后的工作提出了一些希望和宝贵的建议。
这篇文章基本表达了中央民族音乐研究所审听《十二木卡姆》乐谱两卷集的看法和意见，肯定了两卷集。
从1954年开始，人民日报、中央人民广播电台、人民画报、民族画报、中国建设（英文版）、新疆广播电台、新疆日报、新疆画报等许多媒体，都先后报导了《十二木卡姆》的收集、整理、录音和记谱的工作情况及其意义。
在1958年11月的《人民音乐》的封底报导了万桐书全部整理完成《十二木卡姆》的情况，报导了万桐书在南疆进行普查的一组现场所拍的照片。
1959年的《人民日报》发表了万桐书写的文章—《枯木逢春》，《新疆日报》进行了转载。
万桐书写的名为《一部优秀的民族古典音乐—“十二木卡姆》发表在1959年1月号的《音乐研究》上，后被全国音乐家协会收入《中国音乐建设文集》中。
1960年2月《十二木卡姆》乐谱两卷集出版，此文又成为两卷集的代前言。
1963年万桐书在《中国建设》（英文版）杂志第二期发表了《十二木卡姆与维吾尔族人民的关系》。
1986年，万桐书写的《一部优秀的民族古典音乐“十二木卡姆”》的第二部分由中央音乐学院摘收入《民族音乐结构研究论文集》中。
《十二木卡姆》乐谱两卷集出版后，在国内外引起了极大的关注和重视，多次在全国文代会和音代会的报告中提起这一工作成就取得的重大意义。
第三届全国文代会上，周扬部长将《十二木卡姆》誉为“东方音乐宝库中的巨大财富”。
在第二届音代会上，吕骥在报告中将《十二木卡姆》的搜集、整理工作列为全国收集整理民间音乐遗产的重要成绩之一。
1979年全国音协会副主席贺绿汀院长将《十二木卡姆》乐谱两卷集带去到墨尔本国际音乐理事会上展出。