（三）服务机构不健全
农村土地流转服务机构不健全主要表现在：（1）管理机构缺失。目前，重庆市部分区县和乡镇尚没有建立完善的农村土地流转管理机构，缺乏对农村土地流转的有效管理、引导和服务，农户自发土地流转还占相当比例，农村土地流转纠纷时有发生，农民在土地流转中的主体地位尚没有充分体现，农民的土地承包权和流转收益权受侵害的事情屡见不鲜，这在一定程度上制约了农村土地流转的有序进行。
（2）市场化程度不高。农村土地流转属于市场经济行为，其根本目的在于提高土地利用率和产出效益，必须按市场规律办，形成统一规范的土地流转市场。目前，重庆大部分地区尚未形成统一规范的土地流转市场，农村土地流转中介组织较少，流转信息传播渠道不畅，土地供求双方对接难，导致土地流转的成本高，土地资源配置的效率低，影响农村土地在更大的范围和更高的层次上进行流转，部分区县的个别村社甚至因此而出现土地撂荒现象。一些区县尽管建立了土地流转的中介组织，但真正按市场经济法则对土地流转进行运作的并不多（重庆农村土地流转存在的主要问题及其根源分析）。流转市场发育不良，中介组织匮乏，信息不灵，往往出现农户有转出土地意向却找不到合适的受让方，而需要农村土地从事农业规模经营的业主和企业又找不到中意的出让者，影响了土地等生产要素的合理流动和优化配置。
（四）流转机制不完善
总体上，重庆农村土地流转尚处于摸索阶段，土地流转合同缺少统一的标准尺度，流转的程序不规范、不固定，土地流转风险保障金、调解仲裁、合同档案管理等一系列流转制度尚未真正建立。尚没有形成地方性相对完善的农村土地流转条例或文件，来规范农村土地流转程序和土地流转双方的约束机制，转包费、租赁费缺乏科学依据，尽管法律法规赋予农业主管部分对农村土地流转的管理职能，但缺乏统一规定，职责不明确，依据不充分，政府在实际操作中无法可依，管理和服务不到位（黄翠微，2008）。
（五）耕地保护不到位
部分地区在农村土地流转过程中对耕地数量和质量保护政策认识不足，未能落实好耕地保护措施，主要表现在以下两个方面：其一是部分业主或企业由于土地流转期限较短，在经济利益与耕地质量保护发生矛盾时，业主或企业往往选择经济利益，对耕地实行掠夺性经营，导致耕地质量的逐年下降。其二是部分地方与业主或企业签订流转合同时，没有遵循不改变土地的农业用途政策，严格限制耕地用途和临时生活工作用房的建设比例，并对少量临时转用的耕地也没有落实相应的复耕保障政策，导致部分业主或企业随意改变土地用途，导致耕地数量的事实减少。
（六）土地流转风险大
农业生产投资存在自然和市场的“双重风险”，自然风险包括自然条件（地形，气候，水源，道路等）的限制和自然灾害（干旱，洪水，疫情等）的影响；市场风险包括市场供求关系，劳动力成本和销售渠道的变化，这些风险阻碍了土地资源的合理配置，影响了农业产业化龙头企业和农业大户追求经济效益最大化，降低了他们将土地集中起来规模经营的积性，在一定程度上制约了农村土地的流转（潘承凡，2007）。以璧山县重庆市绿宇园林发展有限公司为例，该公司为一家县级农业产业化龙头企业，公司在正兴镇曙光村承租了500多亩土地发展直杆蓝杆种植业。由于去年的旱灾和今年的洪灾等自然灾害，良种死亡了40%—50%，国家没有补贴，只能是自主经营，自负盈亏，给公司造成了十几万元的经济损失；与此同时，现在市场上香油价格上涨，对直杆蓝杆的需求不旺，随着劳动力价格和成本的提高，公司的压力越来越大，利润变小，现在每生产一吨要损失1000—2000元，因此公司已转产，将其全部承包给木材承包商搞木材建设。
（七）土地流转中规模经营劳动力匮乏
随着经济社会的发展，大量的农村剩余劳动力背井离乡外出务工，从而从一定程度上为土地流转的快速发展提供了机遇。龙头企业、农业大户等相继出现，大大加快了农业产业化的发展。但农村劳动力的匮乏、技术落后等成为当前土地流转中凸显的新问题。以重庆市璧山县为例，该县截至2006年底累计转移农村劳动力17.2万人，占农村劳动力的57.7%，2004年至2006年三年共新增转移劳动力25385人，其中44.9%转移到了第二产业，53.1%转移到了第三产业。大量的年轻力壮的农村劳动力转移到城镇，农村仅仅剩下老年人和儿童，由于农业生产的比较效益低下，多数人不愿回乡从事农业生产，所以尽管土地集中流转到了专业大户和龙头企业手中，但他们却面临请不到人做工，劳动力工资成本高，利润下降的困难，使得农村土地闲置，制约了土地的集约化利用。该县的凯普农业技术开发有限公司为一家县级龙头企业，在青杠街道中心村，凉山村等地承包了2000多亩土地发展葡萄，杏李等水果种植业，由于有技术的支持，其葡萄和李子每亩最好产量能达到6000—7000斤，复种指数为3.5，年纯利润为500多万元，而目前公司面临的最大问题就是劳动力缺乏，现在每天做工100多人大多为60—70岁的老年人，40岁以下的年轻劳动力基本没有，这些劳动力都不具备技术只是从事简单的体力劳动。公司平均每年的劳动力工资为130多万元，每亩工钱约为300元，随着今后劳动力的进一步短缺，工资成本将逐渐提高，公司所得利润会减少，影响了其扩大规模发展的积极性。
第五节重庆市农村土地流转障碍因素分析
（一）土地产权模糊
家庭联产承包责任制促进了农村经济的发展，大大盘活了土地存量，提高了广大农民的种地积极性。但平分地权的这种方式，一定程度上限制了土地的流动和集中。为此，首先产权要清晰，土地要按照市场的方式来配置，按照市场经济规律运行，而在目前这种产权制度下产权主体不明确。农村土地的所有权属于集体所有，集体权利的主体是没有完整组织形式和内涵的农村集体经济组织，集体经济组织究竟由谁管理，由谁运行都没有统一的界定。因此，现在农村土地集体所有权这个集体所有的“集体”本身就是一个模糊的概念，而不是一个实体，这使得所有权主体虚置。据调查，当今农民对于集体土地属于谁所有仍然处于无知的状态，且经济发达地区的农民对于集体所有权的认识比经济落后地区的农民要深，但总体来看，认为集体所有权属于国家的仍然有较大的比例。由此可见，集体所有权主体虚置导致了产权关系模糊（刁孝堂，2007）。
农村集体所有权产权还表现出内容残缺，我国推行土地用途管制制度，农村集体虽然对集体土地享有所有权，但对于土地却不享有终极处置权，不能在国家规定的范围之外转让或者利用。这样残缺的产权对于农村集体的管理热情和管理力度都有较大程度的限制。但是现在我国没有相关的法规可督促产权完整的农村集体土地的高效可持续利用。同时，我国政府行为能力与农民力量对比关系不平衡也导致了我国集体土地产权的虚置。政府是一系列政策法规的制订者，农民处于被动接受相关法律法规的地位。虽然现在逐步在利用听证会等形式改善农民这一被动弱势地位，但其力度仍然较小，对于集体土地的处置权仍然掌握在国家手中，政府作为国家机器的机构，在很大程度上消弱了集体对于土地的所有权。
（二）权属管理落后
农村地籍资料落后，造成农村土地权属管理落后。在我国农村地籍的比例为1：2000，而城市地籍的比例多为1：500，对于土地流转特别是集体建设用地使用权流转需要高精度的地籍资料。而土地要实现有序的规范流转，在办理相应的登记手续等时候，离不开地籍资料的辅佐，地籍图件是权属管理的重要依据，文字说明是对图件资料的补充说明。由于地籍资料的落后，造成农村土地权属管理跟不上土地流转有法可依，有序流转的要求。
（三）农村土地流转的法律法规滞后
近年来，中央和地方相继出台诸多土地流转的法律法规，如广东省的《集体建设用地使用权流转管理办法》和全国人代会通过的《物权法》等，但对于土地流转中涉及的敏感问题并未明确给出具体的实施意见和规定。农村土地流转是我国发展农村经济，解决“三农”问题的重要途径，尚处于摸索阶段，法律法规却相对滞后，使得土地流转不同程度上收到约束，阻碍了农村经济的快速发展。因此，建立相关的法律法规，是保证农村土地流转合法运行的重要基础。
（四）农村社会保障体系不健全
户籍制度二元化使得我国农村居民和城镇居民享有两个不同的生活保障体系，对于农村居民来说，土地就是他们生活的保障。农村社会保障体系尚不健全，使得农民不敢放开胆子搞土地流转，特别是农民对于农村土地产权理解偏差的时候，他们害怕会因此而失去土地这个唯一的生活保障。同时二元化的户籍制度还限制了农村剩余劳动力向城市的转移，尤其是子女受教育的限制导致了许多农村居民弃耕却不离地，阻碍了农地和宅基地的合理流转。
（五）城镇化水平落后
土地流转的最终推动力是利益，而土地流转的利益受当地城镇化水平和二、三产业发展水平的制约。在实地调研中，城镇化和二三产业化发展较好、水平高的地区，经济比较发达，土地作为稀缺资源，流转收益高，这也是经济发达地区的城乡结合部土地私下流转的现象严重的原因之一。目前，我国总体上来说城镇化水平和二三产业化水平仍然低于世界的平均水平，导致了土地流转的利益总体水平不高，影响农民的土地流转热情，阻碍了土地流转的高速高效进行。
（六）土地流转市场发育滞后
我国农村土地市场基础设施建设少，场所、机构等都相当缺乏，市场信息无稳定的传递渠道，土地金融信用未能发展，市场资金紧缺（姚洋，1999）。土地流转市场发育的滞后，使农户之间私下流转土地使用权的交易行为，既没有任何权威性的法规可遵循，又缺乏相应的市场规则、监督机构保证规范运作，交易缺乏透明度与公平性，且交易只能局限在本村、本小组狭小范围内，无法在更大范围内实现土地资源的合理流动和优化配置，无法实现规模化、农业化经营。