此时的中国公学，在舒新城等一批年轻教员的操持下，处处激荡着新文化、新思想的热潮。每个身在其中的人，无不被学校的教育新主张所感染，努力而精心地实践着新改革措施。
舒新城与梁启超、张东荪等人因文字而结缘，平时接触较多的是教育上的事情，并无太密私交。但有一点很清楚，研究系接掌中国公学的目的，并非仅是为了办好教育，还想借此阵地，“左右中国文化”。如此一来，舒新城重点所系的中学则已不在他们的视线之中。梁启超、蒋百里、张东荪等人更希望能办好商科，进而改办大学。
由于这一根本立场不同，对于舒新城在中国公学大胆践行的道尔顿制和男女同校等各种尝试，其实校方当局并不完全赞同。道尔顿制毕竟不是“灵丹妙药”，也无法包治百病，在施行过程中又出现了一些意想不到的情况，比如有些学生滥用自由原则，惰性大生，对功课没有兴趣，也很少去作业室，导致道尔顿制的初衷无法得到完美呈现等，新教育试验的效果自然大打折扣。
1922年秋，陈筑山由美国归来，接任中国公学中学部训育主任，不久后接替张东荪任代理校长，对公学事务颇为上心。陈筑山年龄较长，经验较多，且办事力主稳健，因而对引发较多争议的道尔顿制和男女同校颇有取消之意。只不过当时已经开学，很多措施已由校务会议决定，不便立即废止。
等到新学期即将开学之际，舒新城根据之前的校务会议商议结果，决定在中国公学各科中全面试行道尔顿制。1923年1月10日，舒新城将写好的招生章程送陈筑山审阅，内有“本校明年起，各科教授均采用道尔顿制”的表述。陈筑山看后，并未直接表示反对，而是暗中通过已经退居校董之位的张东荪出面协调，请舒新城和时任教务主任的常乃德取消这一决定。
舒新城认为，这是经校务会议决议的，个人不便随意取消，但又考虑到自己与张东荪的私谊，不愿意让对方为难，遂决定辞职。1月19日下午，舒新城召集校务会议，邀请全体同事出席，当场宣布辞职的决定，并宣布从今往后不再担任任何学校行政职务。常乃德、陶斯咏、孙俍工亦表示愿意与舒新城共进退，同时宣布辞职。
很多年后，舒新城心绪逐渐归于平静，回首往事，他这样写道：
我在吴淞一年半，因为年少而浮薄，处事无方，不独平静的中国公学被激成了许多风潮，且最激动全国的教育界。不过这一年半中，在个人生活却得着很多的益处。概括的讲来，第一是海阔天空的海滨：那水天一色的大自然，常使我感觉个己的渺小而无形将胸怀扩大。第二是东荪的信任，使我有磨练学校行政及实行教育主张的机会。第三是一群“浮薄少年”的友谊：使我尝着“志同道合”的生活滋味。第四是一群纯洁青年的信仰，使我感到教育力量的伟大。第五是同事们的学术气氛和上海出版物的便利，使我在学问上有多方面的接触，眼界扩大，努力而加强。第六是北方一行，使我于多明白些当时实际的教育情形，致见解渐趋实际而外，在环境方面，使我能见南、北两京历史的伟迹，与地面之寥廓；在人物方面，使我得见久所仰慕的梁任公先生并结识了教育界的许多人——张伯苓、张敬虞、凌冰、胡石青、傅种孙、张耀翔、朱经农、瞿世英、徐六几、郭梦良、胡善恒、罗敦伟、耿济之、王克仁、邰爽秋、陶知行、廖世承、王衍康、陆殿扬、俞子夷、杨文伟等二十余人，均于那次初晤。第七是使我有机会结识了陆费伯鸿先生，使我以后之著述生活，因他的助力而获实现。20
这一番肺腑之言，或许可以看作是舒新城对于自己在中国公学中学部任职的一个小结。显然，尽管结局并不完美，但这一年半的吴淞生活却已深深印刻在了舒新城的记忆里。
1922年9月1日，舒新城喜获爱女，他特意为之取名“泽淞”。
何鲁临危受命任校长
舒新城走后，中国公学校方的办学重点逐渐向大学部转移。
1923年秋，江苏省督军齐燮元与浙江省督军卢永祥因争夺地盘而发动江浙战争，吴淞炮台湾被列入战区。在陈筑山的操持下，中国公学大学部迁往上海公共租界，租用民房上课。1925年春，战事结束，学校迁回吴淞。
频繁的动乱、战事，严重影响到了中国公学的正常教学秩序。1927年2月，国民革命军北伐部队东路军总司令率部进发杭州，向上海推进，吴淞炮台湾再成战区，只得停课。学生均放假回家，等待复课。
不久后，国民革命军光复上海，重掌政局，却因中国公学教务长张东荪属于研究系核心力量，是与国民党政见不合的势力，因而被列入通缉范围。张东荪好汉不吃眼前亏，只得丢下中国公学，避难于上海公共租界。
学校群龙无首，可急坏了学生，尤其是毕业班的学生。于是，几个毕业班的同学聚集一起，做了一番商量，“有人提出最好能请出一位与中国国民党有渊源而又是本校前期毕业的校友来担任校长”，这样既可以为学校提供一个宽松的环境，又能保证学校迅速恢复开学。几经考虑，他们想到了何鲁。
何鲁，字奎垣，1894年生于四川省广安县城南何家山，是最早将近代数学引入中国的先驱之一。10岁时以第一名考取成都机器学堂，四年成绩一直名列前茅。1907年毕业保送上海中国公学读书，成绩优异。1909年入清华留美预备学校，因不满外籍教师侮辱中国学生人格，仗义执言，竟被认定为“闹学潮”。开除大会上，矮个子何鲁怒斥校方：“经此次学潮，清华能改革进步，何鲁一人纵牺牲学籍也无关系。若不改弦更张，而使最高学府萎靡腐败如故，就请我来读，我也不得来的！”21
随后，何鲁入北京留法俭学会预备学校，于1912年入里昂大学，1919年获得数学硕士学位，成为第一个获得科学硕士学位的中国人。学成后，何鲁拒绝法国多所大学的高薪聘请，毅然回国任教，不少著名学者都受业于他，比如物理学家严济慈、钱三强、吴有训、赵忠尧，数学家吴文俊、余介石，化学家柳大纲等。1927年前后，他正在上海，因而成为中国公学校长的最佳人选之一。
据阮毅成回忆，当时毕业班同学推选五人为代表，查得何鲁家的住址，径自上门邀请。何鲁听完学生的陈述后，没有立即答应，说：“第一，不知道学校的经济状况；第二，校长应该由校董会聘任，我不能自行到校。”
看到何鲁顾虑重重，学生们再三恳切地解释道：“先生所担心的第一点，可以访问张东荪先生，他会将实际情形告知；第二点，中国公学的校董会，一时必然无法召集，您可以应学生的请求到校。”应学生请求担任校长，在中国公学是有先例的，最初创办时即为如此。学生们并没有当场说服何鲁，怏怏而回。22
本以为邀请何鲁担任校长无望，学生们正在另想办法，突然何鲁派人前来告知：他已决定接受中国公学学生的邀请，定期到校主持大局，希望大家立即通知全体同学，按期到校注册，定时上课。
1927年6月24日，在何鲁的努力下，邀请中国公学在南京、上海等地的董事重开董事会，出席者有叶景葵、夏敬观、熊克武（但懋辛代）、但懋辛、杨杏佛、胡适、丁
鸟
音、刘秉麟、周烈忠、余际唐、何鲁等人。经过决议，推举赞助学校最多者如熊克武、杨杏佛等十余人为新董事，又确定旧董事蔡元培、叶景葵、夏敬观及新董事熊克武、杨杏佛、刘秉麟、何鲁等七人为常务董事，熊克武为董事长，何鲁为校长。23