正是基于这个考虑，袁世凯去世之后，冯国璋才仍然和原来的反袁势力保持着良好的交往关系。而段祺瑞方面，在恢复国会之后，则只是与进步党的梁启超等人关系密切，而与国民党议员之间的矛盾则日渐突出。
在这样的情况下，冯国璋可以说是如鱼得水、左右逢源：一方面，冯国璋本来就跟梁启超等进步党人关系很好；另一方面，国民党人因为受到段祺瑞的排挤，此时也在积极推行“联冯制段”的策略，与冯国璋保持着友好的关系。
很快，新的国会召开了。在上述政治背景下，很自然地，国会中的各派政治势力之间展开了针锋相对的斗争。而斗争的焦点之一就是宪法问题。在这个问题上，国会基本上分成了两个派别。
其中，一派叫做国民系，他们认为应该在宪法之中写进省制这种政治制度。他们的目的则是通过此强调地方政权的重要性，实际就是对抗段祺瑞的中央政府，以实现地方分权。另外一派叫做研究系，他们则坚决反对在宪法中写入省制。在他们看来，这样做无疑会削弱中央政府的权力，而面对当时那个混乱的政局，应该加强和维护中央政府的集权。很显然，这一派其实就是段祺瑞的支持者。
就这样，国民系和研究系几乎从国会一召开，就吵得个不可开交。但是，在有一个问题上，他们却看似意外实则在情理之中地意见一致。这个问题，就是副总统的人选，也就是应该由谁来当副总统。非常的有意思的是，无论是国民系还是研究系的议员们，全都赞成应该由冯国璋出任副总统一职。
那么，这两派政治势力为什么会在这个问题上达成一致意见呢？我们先来看看研究系这一边。在研究系的议员们看来，他们肯定是要支持段祺瑞的，段祺瑞当时正在担任政府总理，在制度安排上唯一有权力与之抗衡的，只有总统黎元洪。因此，选举冯国璋为副总统，并不会对段祺瑞造成什么损害，反而可以借机拉拢冯国璋。
不仅如此，让冯国璋来当副总统，甚至还有利于段祺瑞。这是因为段祺瑞实际上内心是很想要冯国璋来当副总统的。一旦冯国璋当上副总统，他就得来北京担任这个闲职，这样一来就会削弱冯国璋的实力，而段祺瑞则依旧在总理位置上坐得稳稳的。
而国民系这一边，除了有一个小派别的政学会之外，全都赞成和支持冯国璋当副总统。在他们看来，冯国璋出任副总统，就多了一个可以制衡段祺瑞的力量。因此，就连孙中山和黄兴都予以了极大的支持。
就这样，在1916年10月30日举行的国会副总统选举之中，冯国璋以520票的高票当选。当时，出席会议的议员总共有741人。从这些数字看得出来，冯国璋就任副总统，根本就是大势所趋、人心所向！
虽然与内心最终的政治目标还有些距离，但是能当选为副总统，冯国璋心里还是十分高兴的。在冯国璋看来，自己虽然手握重兵、坐镇东南，但是在名分上却只是一个地方大员而已。即便冯国璋此时的政治威望很高，但是他依旧不是中华民国中央政府的官员。
其实，这还不仅仅是一个名声问题，事实上这还涉及了很多现实问题。
比如，作为当时能够影响全国政局的少数几个政治家，冯国璋对国事的各种言论、意见自然是相当重要的。但是，冯国璋不是中央大员的话，他的这些言论、意见就显得有些没有合法性，也就是不具有正式的效力。而现在冯国璋当上了副总统，情况就很不同了。
尽管副总统只是国家一个副的元首，但好歹也是国家元首，不仅名声好听、地位尊隆，而且还具有真正的合法性。这样一来，以后冯国璋要发表什么政治意见就更加具有影响力了。除此之外，让冯国璋高兴的就是自己当上了副总统，将来就有了在总统缺位时继任为总统的好机会，而这个机会并不是那么容易得来的。
尽管冯国璋当上了副总统，但是深具政治智慧的他，并没有因此就一心扑在这个有位而无权的虚位上面，而是依旧稳稳地坐在江苏督军位置上。实际上，除了掌握实权的考虑之外，冯国璋还觉得，此时的北京并不是什么太平无事的地方。
与之相反，此时的北京正处于政治斗争极其剧烈的时候。而最大的政治斗争，自然就是总统黎元洪和国民系议员与段祺瑞和研究系议员之间的斗争。
很显然，这个时候冯国璋假如来到北京就任副总统，很有可能就无辜地卷人一场场的勾心斗角之中无法自拔。与其这样，还不如坐山观虎斗，坐收渔翁之利呢！
正是基于这样的考虑，在当选为副总统之后，冯国璋并没有离开南京，而是像当年袁世凯一样，选择了在外地就任。只不过，当年袁世凯是不愿意南下到南京就任，而冯国璋这次却是不愿意北上到北京就任。一南一北，让人不禁觉得政治有时是非常有趣的一件事情！
1916年11月8日，冯国璋在南京宣布就任中华民国的副总统。同时，他的副总统办事机构也设在了南京。此时的冯国璋已经拿定了主意，自己虽然就任副总统，但却绝不加入任何政治派别，也绝不参与各种政治斗争，只是安心地做好自己的事情。
在随后召开的记者会上，冯国璋以副总统身份回答了中外记者的提问。
在冯国璋的讲话之中，着重强调了政治建设问题。在他看来，国家的政治建设是一个长远而广泛的问题，不能一蹴而就，必须立足当前、面向未来，循序渐进地进行改革建设。
对于冯国璋的这些政治主张，当时的评论认为，冯国璋似乎深受政治改良主义的影响。这种评论有一定的道理，毕竟冯国璋自从辛亥革命以来，即便是思想上偏向传统，但是民主宪政的思想还是对他有所影响的。除此之外，长期与梁启超等人的接触，也让冯国璋认识到政治上改良主义的长处。
正是由于这个原因，冯国璋才在这次记者见面会上，大谈起循序渐进的政治建设道路来。而他的这个政治主张，在当时政界争权夺势的背景下，一经提出，就受到了舆论界的一致好评。
1917年1月，冯国璋迎来了自己58岁的生日。此时的冯国璋，可以说是如日中天、德高望重！因此，这一天来给冯国璋做寿的各路人马是络绎不绝。
当然，在这些来祝寿的人之中，最多的就是南方各个政治势力的老大，整个南京督军府放眼看去，几乎都是督军、督抚。甚至就连冯国璋此时的对手段祺瑞也派了好几员爱将前来祝寿，他们是靳云鹏、徐树铮、吴光新、曾毓隽和丁士源等人。
很显然，段祺瑞派来祝寿的人，更多的只是进行一个礼节性的祝寿。他们这次来南京还有一个重要的目的，就是把冯国璋寿宴上的那些督军邀请到徐州，参加张勋主持的第三次督军团会议。而负责邀请这些督军的又是倪嗣冲。看到这里，大家会觉得奇怪，倪嗣冲和张勋等人上一次召开徐州会议，就已经被舆论界骂得体无完肤了，怎么现在还敢召开徐州会议呢？
实际上，倪嗣冲、张勋等人也知道舆论界的一片谴责声，但是他们这一次召开会议，却不仅仅是为了对付国民党人，而是有了新的政治任务。而派给他们这个任务的人，就是段祺瑞。那么，段祺瑞指示倪嗣冲等人召开徐州会议，究竟目的何在呢？
这一次，段祺瑞、倪嗣冲等人，把政治斗争的矛头指向了时任大总统黎元洪。同样的，为了对付段祺瑞，黎元洪方面也做出了一系列的反击。这就是民国史上著名的“府院之争”。
黎、段的‘和事佬”
所谓的“府院之争”，“府”是总统府，指的是黎元洪及其党羽，而“院”则是中华民国国务院，自然指的就是段祺瑞及其手下。自从袁世凯去世之后，副总统黎元洪继任为总统，段祺瑞便掌握了政府的大权。这两人无论在政治立场上，还是在私人交情上，都不是一条路上的。因此，两人上任以来，就因为一系列问题发生了激烈的争执，彼此矛盾意见相当大。
现在我们回头去看就会发觉，其实在段祺瑞和黎元洪之间，不仅仅存在着国民党（以黎元洪为代表）与皖系军阀（以段祺瑞为代表）及其党羽的矛盾，而且还存在着他们个人之间的政治矛盾，甚至背后还有着美国和日本这两大帝国主义之间的在华利益矛盾。这些矛盾相互纠缠，共同导致了段祺瑞和黎元洪之间的“府院之争”。而争斗的一个体现，就是上文说到的第三次徐州会议。
由倪嗣冲召集、张勋主持召开的第三次徐州会议，提出了一系列所谓解决时局的主张。其中，最主要的内容有四项，它们分别是解散国会、修改约法、改组内阁以及改组总统府。
很明显，这些主张都是在针对黎元洪为代表的国民党人。而在他们背后的政治势力，就是段祺瑞以及以梁启超为首的研究系政客们。段祺瑞和梁启超等人虽然在表面上不支持倪嗣冲、张勋，甚至还对他们的四处活动表达过不满，乃至谴责。但是，他们暗中却是支持倪嗣冲等人反对国民党和黎元洪的。
对于这些细微的政治现象，冯国璋同样了如指掌。他早就知道，此时的梁启超虽然政治立场上与段祺瑞还有差异，但是实际上已经与段祺瑞因为政治利益的重合而走到了一起。
正是因为这个原因，早在1916年9月底的时候，梁启超就来到南京，力劝冯国璋搁置与段祺瑞的矛盾，两人携手一起压制所谓的激进分子在国会中的活动。而梁启超口中的激进分子，就是指的国民党人。
对于梁启超的劝告，冯国璋并没有予以否定，也没有给出肯定的意见。
在他看来，梁启超此时已经不再是那个与自己一起合作反对袁世凯称帝的梁启超了。不过，彼此的交情还是有的，因此冯国璋才没有做出积极的响应，而是想要在黎元洪的国民系和段祺瑞的研究系之间的矛盾斗争中站在中立者的立场上。
1916年的下半年，府院之争进入到了一个十分激烈的时期。当时，不仅仅是段祺瑞和梁启超不断地派人来游说冯国璋，而且黎元洪也做出了一样的举动。后来，黎元洪与段祺瑞本人甚至不断地给冯国璋打来电报，内容都是与他商议如何调解“府院之争”的办法。
到了1917年1月，也就是冯国璋过生日之前，张君劢作为梁启超的私人代表，来到南京拜访冯国璋。他带来了梁启超的一个意见，就是想让冯国璋推荐研究系的著名大将籍忠寅出任江西省的省长。
很明显，这又是梁启超想出来的一个旨在增强研究系政治力量的办法。
对于这一点，冯国璋当然很清楚，但是他依旧没有表示正面的支持，只是说这件事情很难办得到。至于原因，则是国民党人其实也在极力谋取这个职位。
最后，冯国璋对张君劢说，这个职务无论是国民党的国民系，还是段祺瑞的研究系，都很难争取得到。言下之意，就是让他们双方各自罢兵。
正是在冯国璋的消极退避下，国民系和研究系之间的“府院之争”逐渐有了缓和的气象。然而，过了没多久，大概在1917年2月初的时候，“府院之争”又开始变得尖锐起来，而这一次的原因则是中华民国与德国的外交问题。这是怎么一回事呢？
原来，当时的欧洲已经深陷一战的血腥泥潭。为了争取到更多的政治和军事支持，1917年2月初，美国政府积极地鼓励中华民国政府与德国断交。
一边是新兴工业大国美国，一边是实力雄厚的德国，北洋政府谁都惹不起。
因此，一时之间，北洋政府还拿不定主意。可是，很快美国人鼓励北洋政府与德国断交的消息传到了日本人耳朵里。
于是，为了进一步控制中国的外交，当时由寺内正毅执掌的日本政府也积极支持北洋政府与德国断交，甚至还鼓励它参加一战。巧的是，也就在这个时候，段祺瑞也想借着参加一战的名义来解决北洋军扩张军队的财源问题。
可以说，日本人提出的建议，恰逢其时。
但是，此时的美国政府见日本人想要钻空子，却突然改变了立场，不再支持主战的段祺瑞政府，反而开始支持起反对中国参战的黎元洪和其他国民党议员了。实际上，美国人的转变，跟他们与日本人之间在华利益上的矛盾有关。换句话说，美国人的转变，也就是为了在政治立场上与日本人划清界限。
然而，这样一来，就形成了一个美国人支持黎元洪反对中国参战，而日本人却支持段祺瑞积极参战的矛盾局面。两个帝国主义列强之间的利益争夺，却借着中国人自己的内斗而展开，这不能不说是那个苦难深重的中国最可悲的一幕！
也就是在这样的局面之下，“府院之争”的双方一时难以达成和解，矛盾也越来越深。为了能尽快解决问题，冯国璋再次被推到了历史的风口浪尖上。也就在府院之争因为对德外交问题而越发激烈的时候，很多政治势力都把希望的目光投向了冯国璋。
据说，就连一些实力弱小的政治派别，也觉得只有冯国璋才能解决眼前的困难。据说，当时益友社的首领吴景濂就曾专门到南京去面见冯国璋，向他讲明了对德外交问题的方方面面，并且请求冯国璋出来说句话。
这次会面之后，冯国璋确实是出来了，不过他只是于2月11日致电北京政府，表明了自己的中立立场。冯国璋的表态，让很多人都感到失望。在这些人之中，最失望的自然要数段祺瑞。
原来，段祺瑞为了达到通过向德国宣战扩充军队财源的目的，就必须获得多数北洋督军们的支持和赞同。在这些督军之中，政治地位最高、威望最盛的就是冯国璋。换句话说，只要冯国璋出来表态，说自己支持对德宣战，那么其他督军肯定会随后表示赞同。这样的话，段祺瑞的目的就可以实现了。
然而，冯国璋却表示自己站在中立立场，这自然让段祺瑞十分失望。