一个人被尊为神，尊为佛，那他的故事就多了。六祖是名闻天下的“圣僧”、“佛祖”，自然不例外。
六祖避难石
六祖避难石载于《法宝坛经？机缘品第七》。见上文。不赘述。
六祖避难石在今南华寺西南方约3公里处的大旺山的半山腰山脊上，藏在一片青绿灌木草丛中，当地百姓称为“仙人石”，不是一块，而是三块巨石，其中一块中间有一洞穴，刚好能容一身。相传惠能当年就是藏身于此而避过火焚之劫。奇的是，此石至今历1300多年，仍留有背脊痕、膝痕、衣纹痕，且长年为淡红色，与石块的其他部位明显不同，令人惊叹。现为韶关市文物保护单位。
六祖坠腰石
相传惠能在湖北黄梅东禅寺内碓房舂米时，因身材瘦小，为了加重碓力，便在腰间捆了块石头，借助石头的重量多舂米，舂好米。这在《法宝坛经？行由品第一》有记载：弘忍悄悄来到碓坊，见惠能腰间绑着块石头在舂米，便说：“为法忘躯，当如是乎？”此石被后人视为六祖苦修求佛并最终得授衣钵的物证。
现在存世的六祖坠腰石有两块。
一块在湖北黄梅县四祖寺。石为四方形，长0.4米，宽0.35米，厚0.1米，重约28斤，石中刻有“六祖坠腰石”五个大字和清朝著名诗人僧晦山所题诗偈：“块石绳穿祖迹留，曹溪血汗此中收；应如一片东山月，长照支那四百州。”还有“龙朔元年，邑默斋居士蒋文勒石”等字。
据说当年五祖就将此石秘藏起来，并镌刻上字。因为当时东禅寺众僧对惠能取得真传衣钵愤愤不平，所以五祖临终时才将此石交出，并吩咐弟子们一定要将此石保存下去。
一块在韶关曲江南华寺。相传明嘉靖年间，韶州有一贤人在黄梅做官，到东山寺迎请此石回南华寺珍藏。坠腰石上刻有楷式书：龙朔元年镌，师坠腰石，卢居士志。落款为：桂林龙云邦柱书。该石为长方形，凹面呈腰状，长0．38米，宽0．12米，厚0．16米。后来查实此石乃明代复制品。
还有一说，六祖“坠腰石”与日本妇女所穿的传统民族服装“和服”有关。这说的是：南派禅宗后来传入日本并广泛传播，中国人插花献佛、孟兰会、坐禅及惠能“坠腰石”的形状等趣事亦一时风行，日本妇女别出心裁，把“坠腰石”的形状改成“和服”装饰，成为其民族服装的象征。这个说法，反映出禅宗文化在日本的深远影响。
六祖足印石
在南华寺后山，与“六祖避难石”所在的大旺山相对。传说六祖当年常到这后山拜佛祖。那时山林稠密，野兽出入。一天，六祖步行到半山腰，忽见一只猛虎钻出来，对着他虎视眈眈。六祖也盯着它，右脚用力一蹬，大喝一声：“善者速退！”那只老虎果然调头而去。那块石头被六祖蹬出一个深深的足印，历1300年，至今尚在。
六祖放钵石
在广东南雄梅岭镇梅关古道旁，北距梅关关楼约200米，有长方形青砖庙宇六祖庙。庙内左侧有放钵石，约一平方米，高60厘米。放钵石前面有一眼泉水井．直径约一平方米，深约30厘米，水清澈鉴人，自古不绝。据《南雄直隶州志》记载：“放钵石在大庾岭云封寺侧．相传六祖得衣钵南来，慧明追至，六祖掷衣钵石上。明举之不动。”后来人们就在其放钵之处建这六祖庙作纪念。庙朝东，靠山坡而筑，高3米，宽4米，进深2．8米。始建于唐，明、清历经修建。庙内设六祖神龛．所供六祖像为高60厘米的泥塑金身。
仙人石室
在韶关乐昌县乐城镇西北2公里，俗称西石岩，昔有古刹，名“泐溪庙”，始建于南朝。相传六祖得衣钵从黄梅归，避难岭南，曾憩于洞内，故又称“仙人石室”、“石室仙踪”。石室有门墙，清代建。洞门朝西，进内洞厅方圆约150平方米，东北入25米的左上角有一小石穴，相传为六祖憩息的石床。清初屈大均《广东新语？山语？泐溪石室》载：“右有石床，长二丈，平整可卧，其东四里，又有岩，纵横十字，平广若大衢，名十字岩。横者甚深，有地道可通泐溪石室。”今尚存自唐宋以来的部分题壁，洞厅之《玄帝赞》碑刻更是书法艺术上的一件珍品。1987年公布为乐昌县文物保护单位。
六祖岩
位于广东怀集县城西北面冷坑镇海拔500米的上爱岭峰顶，隐藏在万重峰峦之中。从山脚爬到山顶，约需一个钟头。
六祖自黄梅东山寺得法后南归，为躲避追杀，曾隐居此石岩。《怀集县志》载：“五祖传衣钵与惠能，密嘱能速去，恐人害之。乃潜至上爱岭石室栖迟。”这“石室”高约6米，宽约10米，面积大约20平方米。由3块巨型的花岗岩天然组成，上面一块自西向东伸突3米多，形成一个坦荡如砥的天然遮盖。洞内有石柱、石凳、石桌和石香炉，今尚存。
相传六祖岩里有一“出米洞”，乃上苍怜惜栖身于此的惠能，令石裂缝以资惠能日食。这当然是神话。
这岩洞因其形状似一个突出的龟嘴，原称“龟嘴岩”，自六祖成名后，当地百姓改称“六祖岩”。现岩上正壁刻有“六祖岩”三个楷体大字，每个一尺见方。岩口侧壁有一幅长140厘米、高62厘米的诗刻，为县令蒋航于清光绪三十三年（1907）登六祖岩所题：“峭壁悬崖叩上宫，慈悲救世释儒同，如何十载修真地，一任嚣尘历劫红。”山上林茂岩幽，立岩前俯视平野，远近景物尽收眼底。
龙龛寺
在今广宁县宾亨镇榕村。六祖曾在此结草搭庐隐居。
六祖自黄梅东山寺回到岭南，为躲避追杀，遵五祖嘱咐，“逢怀则止，遇会则藏”。当时没有广宁县，今天的广宁县是明嘉靖三十五年（1556）划四会县西北地置县的，位于怀集与四会之间，此地当年竹林茂密。
《广东通志？古迹略？广宁县》载：“龙龛寺在橄榄都榕村，六祖尝避难构庵于此。庵废。明万历初获以古碑，有‘龙龛藏锡杖，衣钵在南华’之语，因而建寺焉。”
这块“龙龛寺文碑”今保存在广宁县博物馆。
龙龛寺在清道光年间重修。后毁圯。今尚存断壁残垣。
2007年9月，怀集成立了六祖禅宗文化研究会。
初祖庵古柏
初祖庵在嵩山少林寺西北的五乳峰下。大殿建于北宋宣和七年（1125），具典型宋代风格。大殿东南有古柏一株，相传为唐初禅宗六祖惠能所植。附近保存有书法家黄庭坚、蔡卞等人书写的赞颂初祖达摩的碑石四十余品。
民间还有不少有关六祖的传说，诸如“六祖治妖”、“六祖施法造化狮子岩”、“六祖斗法陈亚仙”等等，这类故事往往把这位圣僧变成了中国道教中的神仙术士。在《六祖坛经》里，既不讲因果报应论、神不灭论及转世投胎之类的事，更没有涉及这类神仙道术的事。故不述。