2006年8月，中共北京市海淀区委、区政府关于印发《海淀区关于落实北京市委市政府〈关于建设和谐社区、和谐村镇的若干意见〉折子工程加强和谐社区海淀特色创建推进社区服务工作的实施意见》的通知中明确规定，社区民间组织的参与被纳入“北京市海淀区和谐社区特色标准评估体系”，并分为三个指标内容：一是社区组织化程度较高，社区民间组织发展较好，发挥作用比较明显；二是对社区民间组织进行有效的备案管理，各类社区民间组织都在社区居委会建有组织档案和活动档案；三是按民间组织管理规范，建有经民政部门法人登记的社区民间组织，在社区服务事业中发挥品牌和示范作用。这表明北京市的基层政府机构开始将促进社区基层民间组织的发展列入政府工作的范围内，并制定了一些配套的政策措施来进行扶持。同时，他们将发展社区服务作为工作的切入点，在为广大人民群众提供更多的社会服务的过程中，也对社区民间组织的发展起到重要的推动作用。
2006年9月，北京市西城区建立五种扶持机制来加快社区民间组织建设；其一，规范运行机制。比如对于服务实体类和有捐赠职能的民间组织，按照《社会团体登记管理条例》、《民办非企业单位登记管理暂行条例》有关管理规定依法进行注册登记、审批，通过政策扶持与公开招标、购买服务、签订协议等手段，在民间组织之间形成有序的竞争局面，促进其健康发展。其二，深化动力机制。如逐步形成一套适用民间组织发展与管理需要的模式，在资金筹集、税收、社会保障等方面提供帮助。其三，建立监督评估机制。如在依法保护民间组织的合法权益的同时，保障非营利性社区民间组织的正当收费和正常的经济来源，同时建立监督评估机制，组织社区居民定期对民间组织进行评议和监督，促进其健康有序地发展。其四，强化典型引路机制。通过典型带动更多的民间组织发挥积极的社会作用，促进民间组织与政府、社区居委会、驻社区单位建立起互相依赖与合作的良好关系。其五，扩大参与机制。深入开展“民间组织参与社区建设、协助政府转变职能、服务公共领域、促进城市管理”的主题活动，鼓励和引导民间组织的业务主管单位与社区建设，树立民间组织“工作重心在基层、活动核心在基层、价值体现在基层”的理念，不断增强影响力和凝聚力。
2008年出台的《中共北京市委、北京市人民政府关于加快推进社会组织改革与发展的意见》提出，要加快政社分开的步伐，提高社会组织的社会化和专业化程度，重点构建“枢纽型”社会组织工作体系，并从人民群众的需求和社会发展的需要出发，发展有利于改善民生、提高社会公共服务水平和有助于缓解社会矛盾、促进社会和谐的社会组织。《意见》还提出，要结合社区建设的需要，大力培育社区志愿服务类、慈善公益类、生活服务类、社区事务类、文体活动类社会组织，并对那些难以在民政部门正式注册的草根社会组织考虑实行备案制来帮助其发展。
2012年中国社会科学院的黄晓勇主编的《中国民间组织报告2011—2012》指出，北京市为了促进社会组织的健康成长，专门成立了高规格的领导机构，形成了综合性政策配套体系，同步推进民间组织领域的多项改革。为了扶持培育社会组织，北京加大政府购买社会组织公益服务和社会资源配置的力度，建立了社会建设专项资金用于购买社会组织服务，并探索建立政府购买公共服务机制，实施政府购买服务等多项扶持措施。这些措施的实施不仅促进了正式的社会组织的成长，也为草根组织的生根发芽创造了良好的社会环境。
（三）广东省草根组织的治理结构与政策动向
广东省在进行社会组织治理模式改革的过程中，将城乡草根社会组织的管理体制改革视为一个重要的工作突破口。一方面，广东省大胆取消了社会组织注册必须有上级业务主管单位的要求，率先全面突破双重管理体制束缚，在登记管理、培育扶持、综合监管等方面，已经形成了一套相对比较完善的制度体系；另一方面，还积极推动政府职能转变和政府购买社会服务的试点，加大对基层社会组织的扶持力度，从整体上和制度上为广东省草根社会组织的治理模式的转变创造了和谐宽松的环境。
2006年1月5日，广东省民政厅颁布的《广东省民政厅关于印发〈关于加强社区民间组织培育发展和登记管理工作的指导意见〉的通知》（粤民发〔2006〕3号），对社区民间组织的定义和特征，社区民间组织培育发展的主要类型、基本原则和指导思想，社区民间组织的登记程序等事项及主要措施等方面做了详尽规定，如对社区民间组织登记，要从社区实际出发，既要坚持依法办事、规范行为，又要坚持热情服务、降低门槛、简化程序，而且对于社区组织着重强调了自愿、不强迫、不限制、不放任的理念。
2006年2月22日，《广东省民政厅关于在全省范围内进一步深入开展民间组织自律与诚信建设活动的通知》（粤民发〔2006〕16号）对民间组织自律与诚信建设起到了积极的促进作用，使得民间组织在社会上的良好形象和社会公信力得到提升。
2009年5月1日广东省人民政府令第133号《广东省民办社会福利机构管理规定》颁布施行，文件对民办社会福利机构的管理作出了详尽规定，主要涉及对民办社会福利机构的设立、变更和终止、服务和管理、扶持和优惠等规定，如对民办社会福利机构的登记机关应当依法公开民办社会福利机构的设立、变更和终止信息。这一规定旨在规范民办社会福利机构的管理，维护民办社会福利机构及其服务对象的合法权益，促进社会福利事业的发展。
深圳作为经济特区以及全国改革试点城市，是民间社会组织发展与管理模式的典范，已经走在了全省乃至全国改革的最前列。深圳市在“十五”期间就开始了对社区基层社会组织的管理改革工作。深圳市先后出台了《深圳市民间组织领购使用票据管理规定》、《关于规范我市民间组织代码、税务和银行账户管理有关问题的通知》、《深圳市资助社区民间组织从事社区服务暂行办法》等多项鼓励和规范民间组织发展的指导性文件，对民间组织的税收征管、票据使用进行了规范；查处了一批非法民间组织和民间组织的违法违规行为，促进了深圳市草根社会组织的健康成长。此外，深圳市政府对民间组织的扶持力度逐步加大，主要包括加大政府职能转移力度，用制度化的形式确立对民间组织的资金支持，积极推动民间组织孵化基地建设和公共信息平台建设。（黄晓勇，2009）
2006年出台的《深圳市资助社区民间组织从事社区服务暂行办法》为社区基层社会组织承担社区居家养老服务提供了制度上和资金上的保障，激发了社区民间组织发展的积极性，并且开始通过“深圳市福利彩票公益金”实施政府购买的模式，为解决社区基层社会组织的资金来源进行了有益的探索。2010年8月，深圳市又进一步修订了《深圳市社区居家养老服务实施方案》，为社区民间组织在养老服务中发挥更大的作用提供了有力的制度保障。深圳市在实践过程中初步建立的社区基层社会组织绩效评估方式也为社区基层社会组织的外部治理模式改革提供了一定的借鉴经验。
2008年9月深圳市出台的《关于进一步发展和规范我市社会组织的意见》，对社会组织登记管理体制进行了突破性创新，规定“工商经济类、社会福利类、公益慈善类的社会组织申请人均可直接向社会组织登记管理机关申请登记”，对于主要在社区范围内开展活动的社区社会组织，则明确实行登记备案双轨制，将其纳入监督管理。这次改革对于深圳市的社区基层社会组织的治理模式转变来说有着标志性的意义，成为打破我国社会组织外部治理双轨制的开拓者和示范者。
2011年5月深圳市出台了《深圳市2011年改革计划》，启动了包括推进社会组织改革在内的32项改革计划，其中包括进行“社会组织改革，完善社会建设体制机制”，力争“十二五”期间深圳市的社会组织数量翻番，实现每万人拥有8个社会组织的目标。深圳市的民间组织改革，已经不单纯是针对民间组织的改革，而是把民间组织改革与经济社会发展的战略布局紧密地结合在一起，使得深圳市的草根社会组织呈现一种繁荣的局面，比如加快社区组织机构体系建设，理顺街道、社区居委会、社区服务中心、社区事务中心与民间组织的关系，为草根社会组织的发展创造了良好的外部条件。参见“深圳市民间组织发展‘十一五’规划”，链接：http：∥www.sz.gov.cn/mzj/ghjh/zxgh/200810/t20081024_139528.htm。
黄晓勇主编的《中国民间组织报告2011—2012》指出，深圳市从创新思想理念、创新登记体制、创新服务机制、创新沟通机制、创新扶持措施、创新监督方式等六个方面取得了阶段性的成果，初步建立了一种民间参与的高效率的公共服务供给新体制。在改革社会组织治理模式的过程中，紧密结合经济社会发展的战略布局，在制度上具有突破性，在理念上具有一定的超前性，走在了全国的前列，在中国民间组织改革发展史上具有独特的地位和重要作用。
（四）上海市草根组织的治理结构与政策动向
上海市同样为民政部确立的民间组织改革创新的综合观察点，在推动民间组织从单项改革走向整体突破中发挥着比较重要的作用。在搭建新型政社合作平台，实现政府与民间组织的及时沟通、良性互动方面，上海市进行了积极探索，走在了全国前列。早在2002年，上海市普陀区长寿路街道就创建了全国第一家社区民间组织服务中心实施民间组织的枢纽式管理。上海通过市民中心、民间组织服务中心和街道社会组织联合会等政府与民间组织合作的新型工作平台，实现了政府与民间组织的良好沟通。
2006年，上海市浦东非营利组织发展中心将企业孵化器概念引入公益领域，首创“社会公益组织孵化器”概念，专门培育有创新性的民间组织和致力于公益领域创业的优秀人才。“公益孵化器”采取“政府支持、民间力量兴办、专业团队管理、政府和公众监督、民间公益组织受益”的模式，为初创阶段的公益组织提供场地设备、能力建设、注册协助和小额补贴等资源，扶助这些公益组织逐渐成长。2009年，上海市开始社会公益服务招投标（创投）工作。2010年7月，上海市社会创新孵化园正式开园。这是全国首家政府、社会组织、企业合作互动，以培育社会组织、解决社会问题、促进社会进步为目标的社会创新园区。社会创新孵化园最大的特点是跨界合作，通过这种方式扶持培养了一批草根性的社会公益组织，一定程度上满足了社区居民对社会服务多样化、个性化的需求，也取得了良好的经济效益和社会效益。
2006年12月25日，上海市《关于大力培育和规范发展涉农民间组织的意见》颁行，文件对涉农民间组织在建设新农村中的重要作用、积极推动涉农民间组织发展、切实加强对涉农民间组织的领导等方面做出了规定，如按照“分级管理、差别政策”原则，对涉农民间组织实行支持鼓励政策，重点扶持农村新经济组织联合会和特色专业经济协会；要逐步改变农村服务的投入方式，通过奖励、委托、补贴和购买涉农民间组织服务的方式，予以资助和扶持，这都给予了涉农民间组织以发展的动力。
2007年4月20日，上海市浦府〔2007〕88号《浦东新区人民政府印发〈关于促进浦东新区民间组织发展的若干意见〉的通知》，对政府职能的转变、积极发展行业协会、重点发展社区公益性民间组织、培育扶持涉农民间组织以及其他相关扶持政策等做了规定。如对于涉农民间组织的登记门槛有所降低，并且经过有关部门认定，由区和功能区域财政分别给予一次性开办费补贴2万元；设立了民间组织发展专项资金，用于促进、扶持本区民间组织发展。
2007年6月23日，上海沪府发〔2007〕19号《上海市人民政府关于完善社区服务促进社区建设实施意见》，其目标在于：
（1）建立面向社区群众、内容覆盖公共服务和多样化生活服务、主体多元、便捷高效的社区服务体系，创新服务方式，强化服务功能，实现群众得实惠；
（2）完善街道办事处、镇政府的统筹协调、部门间工作协同和信息互通机制，有效解决社区管理和群众生活中的突出问题，促进群众安居乐业，实现管理出实效；
（3）加强社区协同和公众参与，促进社区成员各得其所、各尽所能、各展所长，形成和谐共处的社区氛围，实现基层有活力；
（4）健全社区体制机制，强化街道办事处、镇政府社会管理和公共服务职能，落实社区设施、财力、信息化等支撑，实现社区工作有保障。