党和政府还对社会团体进行了其他有关方面的规定，从中可以看出，党和政府在具体法规的制定上很好地坚持了具体问题具体分析的原则，能够很好地结合社会主义市场经济的要求，符合市场经济发展规律，也符合社会组织自身的发展规律。为了保障台湾同胞投资企业协会的合法权益，促进海峡两岸经济交流与合作，更好地促进台企协会社会团体的管理与完善，2003年3月20日，国台发〔2003〕第1号《台湾同胞投资企业协会管理暂行办法》颁布，对台企协会的成立条件与业务范围、协会会长等人事任职条件进行了规定与限制。2003年10月29日，民发〔2003〕148号民政部关于印发《关于加强农村专业经济协会培育发展和登记管理工作的指导意见》的通知，旨在对农村专业经济协会培育发展和登记管理工作进行规定，从其重要意义、简化农村专业经济协会登记的条件和程序、加强对农村专业经济协会的培育等方面进行了明示与说明，这有助于促进我国农村专业经济协会健康有序地发展；2005年12月29日，劳社部发〔2005〕36号，劳动和社会保障部、人事部、民政部《关于事业单位、民间非营利组织工作人员工伤有关问题的通知》，对事业单位、民间非营利组织因工作遭受事故伤害或者患职业病的工作人员依法享受工伤保险待遇进行了规定，并且明确指出民间非营利组织包括社会团体、基金会和民办非企业等单位。2007年1月9日，民函〔2007〕1号《民政部关于做好社团组织评比达标表彰活动清理工作的通知》，对于不切实际、劳民伤财的评比达标表彰活动，规定要进行清理，从其重要性、加强自身建设、各社团业务主管单位落实工作职责、各级民政部门履行职责密切配合等方面对该活动进行了分析和说明，以期能够促进社团组织的发展，改进其工作作风。2007年5月13日，国办发〔2007〕36号《国务院办公厅关于加快推进行业协会商会改革和发展的若干意见》，针对行业协会机构不合理、作用不突出、行为不规范等问题，提出了对行业协会的改革与发展问题，主要包括改革发展的指导思想和总体要求，积极拓展行业协会的职能，大力推进行业协会的体制机制改革，加强行业协会的自身建设和规范管理，完善促进行业协会发展的政策措施等方面的内容。2007年5月16日，民发〔2007〕68号《民政部、中国科协关于推进科技类学术团体创新发展试点工作的通知》，对于中国科协所属全国协会中开展全国学会创新发展试点工作进行了规定，对于创新试点工作的重要意义、指导思想和工作目标、探索创新发展的方向（如围绕完善内部治理机构、强化会员主体地位、创新组织机构建设、规范各类服务活动、增强社会服务功能等方面）、加大扶持力度的保证工作作了细致规定。2008年3月18日，劳动社会保障部发布了〔2008〕11号《劳动和社会保障部、民政部关于社会组织专职工作人员参加养老保险有关问题的通知》，对于在各级民政部门登记的社会团体、基金会、民办非企业单位、境外非政府组织驻华代表机构及其签订聘用合同或劳动合同的专职工作人员，应当按照属地管理的原则，参加当地企业职工基本养老保险，并对其登记参保的手续与流程作出了规定，以此扩大养老保险覆盖面，促进社会组织的健康发展，进而维护劳动者的合法权益。
（二）民办非企业单位相关法规政策的演变
针对民办非企业单位的法律规制与政策规定较为完善，不仅从总的方面对民办非企业单位的宗旨、指导思想、社会定位等进行了规制，而且还详细规定了民办非企业单位的登记管理工作、财务制度、信息披露制度以及民办非企业单位的年度检查制度，这对于促进民办非企业单位的良好运行具有重要作用。1998年10月，国务院发布《民办非企业单位登记管理暂行条例》，附有民办非企业单位（法人）章程示范文本，为民办非企业单位的成立与登记管理提供了范本，与此同时，《社会团体登记管理条例》也得到修订，社会团体的登记工作有了详尽的规定，社团的管理与登记工作得到完善。1999年10月9日，民发〔1999〕65号民政部、中国人民银行关于《民办非企业单位开立银行账户有关问题的通知》，对民办非企业单位银行账户的开立、使用和撤销等有关事项进行了规定。1999年12月28日，民政部令第18号《民办非企业单位登记暂行办法》对民办非企业单位的不同类型进行了法定分类，并对民办非企业单位的登记机关与手续进行了规定，依法规范了民办非企业单位的登记与管理。如第三条规定，“审核登记的程序是受理、审查、核准、发证、公告”；第四条规定，“民办非企业单位所涉的行业包括教育、卫生、文化、科技、体育、劳动、民政、社会中介服务业、法律服务业以及其他行业”。2000年12月5日，民发〔2000〕253号《民政部、卫生部关于城镇非营利性医疗机构进行民办非企业单位登记有关问题的通知》，对登记对象、登记程序和方法都做了详尽规定，从而规范和完善了城镇非营利性医疗机构的登记管理工作。2005年2月4日，民函〔2005〕27号《民政部关于开展民办非企业单位自律与诚信建设活动的通知》指出，为了提升民办非企业单位的社会形象，加强民办非企业单位自律与诚信建设，提高民办非企业单位的社会公信力，扩大民办非企业单位的社会影响，在全国范围内开展民办非企业单位自律与诚信建设活动，全文包括指导思想、主要内容（包括规范民办非企业单位章程；建立公开、透明的信息披露制度；开展提供优质服务、真情回报社会等多种形式的主题公益活动，全面推行服务承诺制；建立健全民办非企业单位财务制度；坚决查处民办非企业单位的违法行为，打击非法民办非企业单位，为民办非企业单位的发展提供一个良好的社会环境）、基本要求几个方面的内容，对于管理的法律法规和有关政策的不完善起到很好的补充与促进作用。2005年4月7日，民政部令第27号《民办非企业单位年度检查办法》详尽规定了年度检查的程序和内容，旨在对民办非企业单位年度检查进行规定，加强了对民办非企业单位的规范管理，并保障了民办非企业单位的合法权益。2007年9月30日，民发〔2007〕145号《民政部关于深入开展民办非企业单位信息公开和承诺服务活动工作的意见》，就深入开展民办非企业单位信息公开承诺服务活动提出了指导原则、主要内容、具体要求，活动目的在于提高民办非企业单位的社会公信力，发挥其在构建社会主义和谐社会中的积极作用。2009年10月12日，民发〔2009〕145号《民政部关于促进民办社会工作服务机构发展的通知》指出，要充分认识促进民办社工机构发展的重要性和紧迫性，进一步加强民办社工机构登记管理工作，进一步完善支持民办社工机构发展的政策措施，切实加强对促进民办社工机构发展工作的组织领导，逐步使民办社工机构数量、结构、规模、服务和管理水平适应社会需要，并加强对其管理与登记工作，以此促进民办社工机构的发展，促进社会主义和谐社会的建设。
同时也对个别类型的民办非企业单位进行了单独的政策规定，如对职业培训类民办非企业单位的登记管理方法、对科技类民办非企业单位登记审查与管理方法、对体育类民办非企业单位登记审查与管理办法、对文化类民办非企业单位的登记审查与管理办法等类型的规定，都体现了民办非企业单位本身发展的充分性与潜力性。2000年5月24日，国科发政字〔2000〕209号科技部、民政部关于印发《科技类民办非企业单位登记审查与管理暂行办法》的通知，该通知对科技类民办非企业单位的登记审查和管理工作做了详细规定，从而规范了科技类民办非企业单位的管理。2000年11月10日，国家体育总局、民政部令第5号《体育类民办非企业单位登记审查与管理暂行办法》，对体育类民办非企业单位的登记与管理工作做了规定，规范了该类组织的管理与登记。如第五条规定了申请设立体育类民办非企业单位应当具备的条件，都为设立该类组织、对其进行登记、管理奠定了基础，同时也促进了该类组织的发展与设立。2000年12月4日，文人发〔2000〕60号文化部、民政部关于印发《文化类民办非企业单位登记审查管理暂行办法》的通知，规定结合了文化类民办非企业单位发展的特点，对该类组织的分类、业务主管单位、该类组织的业务范围及其类型、设立的条件与程序、变更登记、注销等手续、年检等制度都做了详细规定，完善和规范了文化类民办非企业单位登记审查管理的工作，更好地引导了该类组织的发展。2003年12月12日，民函〔2003〕263号《民政部关于对中外合作办学机构登记有关问题的通知》，通知对中外合作办学机构的登记管理进行了规定，规范了此类机构的登记管理工作。2001年9月29日，民发〔2001〕297号民政部、劳动和社会保障部关于印发《职业培训类民办非企业单位登记办法（试行）的通知》，对职业培训类民办非企业单位登记管理工作进行了规范与界定。2001年10月19日，民发〔2001〕306号民政部、教育部关于印发《教育类民办非企业单位登记办法（试行）的通知》，对教育类民办非企业单位登记管理工作进行了规范与界定。2006年4月25日，民管函〔2006〕25号《关于对“教育集团”登记有关问题的答复》，明确了对教育集团可以进行民办非企业单位的登记。2007年11月26日，民函〔2007〕328号《民政部关于进一步做好民办高校登记管理工作的通知》，对民办高校的登记管理工作、规范民办高校的日常管理工作、加强民办高校的年度检查工作、加大监督查处工作的力度、加强工作协调和指导等做了详尽的规定，以引导民办高等教育的健康发展。2009年6月5日，民函〔2009〕147号《民政部关于辽宁财贸学院等三所教育类民办非企业单位登记管理机关的复函》，明确辽宁省民政厅可以作为辽宁财贸学院、大连东软信息学院、大连美国国际学校等教育类民办非企业单位的登记管理机关，并形成通例。
党和政府还对民办非企业单位的单位名称、印章等做了具体规定，从而进一步规范了民办非企业单位名称的管理与登记工作。1999年12月28日，民发〔1999〕129号民政部关于印发《民办非企业单位名称管理暂行规定》的通知，规范了民办非企业单位名称管理，保护了民办非企业单位的合法权益。该规定共十三条，对民办非企业单位名称的具体构成与限制进行了规定，如第三条规定，“民办非企业单位名称应当冠以民办非企业单位所在地省（自治区、直辖市）、市（地、州）、县（县级市、市辖区）行政区划名称或地名”。2000年1月19日，民政部、公安部令第20号《民办非企业单位印章管理规定》颁布，对印章的规格、式样，印章的名称、文字、文体，印章的刻制审批程序及印章的管理和缴销等方面都做了详细的规定，统一并规范了民办非企业单位的印章的管理。2003年7月30日，民函〔2003〕152号民政部关于《民办非企业单位名称管理暂行规定》有关问题的通知，对登记管理过程中出现的问题进行了辨明，如指出民办非企业单位名称可以使用自然人举办人姓名作字号；所用姓名与党和国家领导人或老一辈革命家的姓名相同的，应另起字号。
综上所述，在这一阶段，我国社会组织发展中的最大“亮点”是在社会团体继续增加的同时，出现和产生了一类新的社会组织，即“民办非企业单位”。20世纪90年代初，随着城市单位体制改革的深入，部分原先由国家兴办的事业单位转为由私人或社会出资兴办，在政府与市场机制之外开始出现一种有别于“社会团体”的“民办事业单位”。1996年，中共中央办公厅、国务院办公厅发出《关于加强社会团体和民办非企业单位管理工作的通知》，正式将这一组织类型称为“民办非企业单位”，与“社会团体”相并列。截至1999年底，在民政部门登记的民间组织达到142665个，其中社会团体136764个，民办非企业单位5901个。（毕天云，2008）事实上，民办非企业单位的大量出现与建立也得益于政治经济体制的改革，因为诸多事业单位开始进行体制改革，使得其开始脱离国家与政府机构，呈现出一种社会化性质，成为一种独立于政府之外的社团组织。具体而言，这些民办非企业单位主要涉足于公益事业层面，不可进行营利性活动。政府对民办非企业单位的立法规制与政策规定更加规范化、专业化、具体化（精细化），对民办非企业单位的发展进行了有益的规范和引导，这对民办非企业单位的发展而言是很有利的，值得肯定。
（三）基金会的相关法规政策的演变