2003年基金会正式从社会团体中独立出来而成为社会组织的一个独立类型，关于基金会管理的法律政策规定主要包括以下内容：
2004年3月，国务院公布《基金会管理条例》，于2004年6月正式施行。该条例共七章四十八条，对基金会的性质、类型和原则，设立、变更和注销，组织机构，财产管理和使用，监督管理和法律责任等方面作了明确规定。条例对基金会做了较为全面详细的规定，为基金会的建立与管理提供了最为直接的法律与政策依据，并且公布了基金会章程示范文本。截至2006年底，在民政部门登记的社会组织总数达354393个，其中社会团体191946个，占总数的54.16%；民办非企业单位161303个，占总数的45.52%；基金会1144个，占总数的0.32%。
党和政府严格规定了基金会负责人的人选问题，有利于促进基金会的自我管理。2004年10月28日，民政部发布〔2004〕270号令《关于现职国家工作人员不得兼任基金会负责人有关问题的通知》，对《基金会管理条例》中“基金会理事长、副理事长和秘书长不得由现职国家工作人员兼任”的现职国家工作人员的范围做出了明确的界定。2005年7月23日，民政部〔2005〕178号令对河北省民政厅《基金会管理条例》第二十三条有关问题请示的答复中，再次对现职国家工作人员的范围进行了明确答复，如对于基金会登记管理工作中，工、青、妇等人民团体的领导同志不在现职国家工作人员范围之内；对于已从领导岗位退下来尚未办理离退休手续的工作人员也不属于现职国家工作人员。实际上，上述两个政令都是对《基金会管理条例》的具体问题进行解释与明确的界定。2005年11月4日，民政部〔2005〕638号令《民政部关于基金会业务主管单位职能委托有关问题的通知》，规定指出基金会的业务主管单位，可由省、自治区、直辖市人民政府有关部门委托给对口的下级地（市）、县（市）政府对口部门承担，但规定省、自治区、直辖市人民政府民政部门不得将登记管理机关的职能向下级委托。
同时还对基金会的名称、年度检查、信息公布等方面做出了规定。2004年6月21日，民政部发布〔2004〕26号令《基金会名称管理规定》。该政令对基金会成立时的名称做了详尽的规定，如第五条规定，“基金会的字号应当由2个以上的字组成；基金会不得使用姓氏、县或县以上行政区域名称作为字号”。因此，诸如南京市基金会（市级）或者上海市基金会（省级）的字号都不符合该规定，以此来规范基金会名称的管理。2006年1月12日，民政部颁布第30条政令《基金会年度检查办法》，加强对基金会和境外基金会代表机构的管理，对基金会实行年度检查，如第三条规定，“基金会、境外基金会代表机构应当于每年3月31日前向登记管理机关报送经业务主管单位审查同意的上一年度的年度工作报告，接受登记管理机关检查”。2006年1月12日，民政部颁布第31条政令《基金会信息公布办法》，规定指出，基金会、境外基金会代表机构是信息公布义务人，应当向社会公布年度工作报告、募捐信息、公益资助项目的信息等，应当持续至活动结束或者项目完成，并应当制作信息公布档案，妥善保管，以此公开基金会的信息，并保护了捐赠人及其相关当事人的合法权益，也规范了基金会、境外基金会代表机构的活动。2007年11月24日，民政部〔2007〕169号令《民政部、外交部、公安部、劳动和社会保障部关于基金会、境外基金会代表机构办理外国人就业和居留有关问题的通知》，就基金会、境外基金会代表机构拟聘用外籍工作人员的就业与居留有关问题做出规定，如需要向业务主管单位提出申请，填写登记管理机关制定的表格和《聘用外国人就业申请表》，并提交相关有效文件，以使基金会的管理更加规范化。2009年1月25日，民政部〔2009〕17号令《民政部办公厅关于加强基金会2008年年度检查工作的通知》，加强了对基金会的年度检查，并对年度工作报告书和审计报告模板进行了进一步完善，从而细致地统计和科学地分析基金会发展数据，把握基金会发展的总体趋势。
值得一提的是，2008年“5·12”汶川大地震后，抗震救灾与对口支援政策的提出促进了众多基金会原有业务的拓展与新一批基金会组织的成立，如2008年6月27日民函〔2008〕169号民政部关于同意中国宋庆龄基金会开展汶川地震抗震救灾募捐的批复等一批相似的复函，促进了原有基金会业务的扩展，不少基金会社会团体开始就汶川大地震面向全社会实施公开募捐，同时也有一批新的基金会社会团体成立。
纵观以上的整理与论述可知，在这一阶段基金会开始成为一种独立的社团形式，并迅速发展，党和政府对基金会的立法规制与管理登记工作也因此而加快了步伐，从2004年的《基金会管理条例》确定了基金会的独立地位由此拉开了基金会的发展幕布开始，基金会的发展也不过几年时间，然后对其登记管理与立法规制却似乎不逊色于先其独立的民办非企业单位。
纵观基金会的立法规制与政策规定，可以窥见政府对基金会的规制主要是围绕《基金会管理条例》来进行完善，虽然也基本上涵设了基金会成立、变更、登记、管理的方方面面，但与民办非企业单位的立法规制与政策规定则有点差距，不如后者规定得那么详细，后者对民办非企业单位的类型与类型化的民办非企业单位都进行了单独的政策规定，考虑到了不同类型民办非企业单位之间的差别与特殊所在，在这一点上是基金会立法规制与政策规定所不能比肩的，这也是对基金会立法规制与政策规定的一种实然判断。
（四）社会组织的财务税收管理制度及
税收优惠政策的演变
税收是国家财政的杠杆，是调节收入与国家宏观调控的重要手段。政府对征税对象的税收征收制度和优惠政策可以体现政府对特定对象的扶持与资助。我国政府对社会组织的财务税收管理制度及税收优惠政策有许多特点，如除了一般性的会费收入不征收营业税外，还对非营利性教育组织的企业所取得的收入也免征企业所得税。本小节意在对社会组织的财务税收管理制度与税收优惠政策进行探讨与整理，相关的政策法规如下：
政府很多有关的法规政策是对有关免税问题的规定，如社会团体的会费收入，科研机构的技术转让收入，以及一些非营利性医疗机构、老年服务机构等免税的规定，有力地促进了此类民间组织的良性运作和健康发展。具体来说，1997年5月21日，财税字〔1997〕63号《财政部、国家税务总局关于对社会团体收取的会费收入不征收营业税的通知》，明确了社会团体按财政部门或民政部门规定标准收取的会费，是非应税收入，不属于营业税的征收范围；各个党派、共青团、工会、妇联、中科协、青联、台联、侨联收取的党费、会费，比照上述规定执行，也不属于营业税的征收范围，这在一定程度上也激励了社会团体的发展。1999年5月27日，财税〔1999〕45号《财政部、国家税务总局关于促进科技成果转化有关税收政策的通知》，明确了科研机构的技术转让收入继续免征营业税，对高等学校的技术转让收入自1999年5月1日起免征营业税；科研机构、高等学校服务于各业的技术成果转让、技术培训、技术咨询、技术服务、技术承包所取得的技术性服务收入暂免征收企业所得税；自1997年7月1日起，对转化职务科技成果而以股份或出资比例等股权形式给予个人奖励，获取的个人奖励，获奖人在取得股份、出资比例时，暂不缴纳个人所得税；若取得按股份、出资比例分红或转让股权、出资比例所得时，应依法缴纳个人所得税。2000年7月10日，财税〔2000〕42号《财政部、国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》，明确了对非营利性医疗机构的税收政策。通知指出，对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收；对非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、财产转让收入、培训收入、对外投资收入等应按规定征收各项税收；对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税；非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收；对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。可以看出，政府对非营利性医疗机构的税收政策很优惠，这无疑有力地促进了类似机构的发展。2000年11月24日，财税〔2000〕97号《财政部、国家税务总局关于对老年服务机构有关税收政策问题的通知》，规定了对社会力量投资兴办的福利性、非营利性的老年服务机构，暂免征收企业所得税以及老年服务机构自用房产、土地、车船的房产税、城镇土地使用税、车船使用税；对于社会力量通过非营利性的社会团体和政府部门向福利性、非营利性的老年服务机构的捐赠，在缴纳企业所得税和个人所得税前准予全额扣除。专门对老年服务机构等民间非企业单位的税收进行了规定，有力地促进了此类民间非企业单位的发展。2001年2月9日，财税〔2001〕5号《财政部、国家税务总局关于非营利性科研机构税收政策的通知》，明确了非营利性科研机构从事技术开发、技术转让业务与之相关的技术咨询、技术服务所得的收入，按有关规定免征营业税和企业所得税；非营利性科研机构自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税等有关优惠政策，以此鼓励社会公益类科研事业的发展。2004年2月5日，财税〔2004〕39号《财政部、国家税务总局关于教育税收政策的通知》，明确了有关教育的税收政策等优惠措施，如对于营业税、增值税、所得税的优惠措施，包括对从事学历教育的学校提供教育劳务取得的收入，免征营业税；对学生勤工俭学提供劳务取得的收入，免征营业税；对学校从事技术开发、技术转让业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税；对托儿所、幼儿园提供养育服务取得的收入，免征营业税；等等。如对于房产税、城镇土地使用税、印花税的优惠措施，包括对国家拨付事业经费和企业办的各类学校、托儿所、幼儿园自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税；对财产所有人将财产赠给学校所立的书据，免征印花税等优惠政策；关于耕地占用税、契税、农业税和农业特产税等优惠政策；关于关税的优惠政策等，同时也取消了诸如校办企业生产的应税货物，凡用于本校教学科研方面的，免征增值税等优惠税收政策。2009年11月11日，财税〔2009〕122号《财政部、国家税收总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》，对符合条件的非营利组织企业所得税免税收入范围进行了明确，包括接受其他单位或者个人捐赠的收入、按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费等都属于企业所得税免税收入的范围。
另外，政府还规定了非营利组织的会计制度，有利于促进社会组织财务的明确化，加强对社会组织的监督。2004年8月18日，财会〔2004〕7号财政部关于印发《民间非营利组织会计制度》的通知，对于规范民间非营利组织的会计核算，提高会计信息质量起到了一定的规范与引导作用，这彰显了国家与政府对社会组织的管理进入专业化、精细化阶段。2004年10月28日，财会〔2004〕17号财政部、民政部关于认真贯彻实施《民间非营利组织会计制度》的通知，强化了民间非营利组织会计制度的实施，并且还提出了各级财政、民政部门等要充分利用中介机构的力量，加强对民间非营利组织的审计监督。