在社会团体组织的人事管理制度和法规方面，政府除了不断地强调社会团体的自主自律管理以外，更加强化业务主管单位的指导与管理，在程序和职责等方面都加强了监督。如对于政府各部门的领导同志不得兼任社会团体的领导职务的规定等都是对社会团体的人事管理制度的具体规定，与此同时，在强调社团组织本身的自主管理与业务主管单位与登记管理机关的双重管理以外，还注意了“政社分开的原则”。这些举措不但与政府机构改革的步伐相适应，同时也注重培养社会团体组织的独立地位，具有积极的意义。不过，值得注意的是，我国某些正式社会组织仍具有行政化倾向，这无疑是社会组织的倒退与行政化干预的过分延伸。这一点是我们在发展社会组织时要时刻关注的问题，实际上，这仍然是与政府机构的执政理念落后及政社分开原则贯彻不力联系在一起的。1994年4月13日，国办发〔1994〕59号《国务院办公厅关于部门领导同志不兼任社会团体领导职务问题的通知》指出，国务院各部委、各办事机构、各直属机构的领导同志今后不再兼任社会团体领导职务，已兼任社会团体领导职务的，要依照该社会团体章程规定程序，辞去所兼职务。特殊情况确需兼任的，要报经国务院批准。这一规定对于社会团体的人事管理制度进行了剥离，积极贯彻了政社分开的原则，对于加快政府职能的转变，更好地发挥社会团体的独立作用具有现实意义。1994年5月27日，民社函〔1994〕127号民政部关于对《国务院办公厅关于部门领导同志不兼任社会团体领导职务问题的通知》有关内容解释的通知，指出了部门领导人的具体范围与社会团体的领导职务范围，前者包括国务院各部委、各办事机构、各直属机构现任的正副部长、正副主任、正副行长、正副署长、正副局长；后者包括社团的正副理事长（会长）、秘书长；同时也规定了因特殊情况确需兼任社会团体领导职务的由部门直接向国务院写出专题报告，并附上该领导人的简历；对于现已担任社会团体领导职务的部门领导人，应于《通知》发出一年内退出，由社会团体到民政部办理备案或变更登记手续，由此更加贯彻了政社分开的原则，使得《通知》得以贯彻和落实，为政社分开提供了现实的程序。1998年7月2日，中办发〔1998〕17号《中共中央办公厅、国务院办公厅关于党政机关领导干部不兼任社会团体领导职务的通知》，对于党政领导干部不得兼任社会团体领导职务作出了规定，并对各党政机关的范围进行了详列，同时对社会团体的领导职务进行了列举，主要包含了社会团体的会长、副会长、秘书长、分会会长、副会长，不包括名誉职务、常务理事、理事，并规定了军队领导干部兼任社会团体职务的问题，由中国人民解放军总政治部按照本通知精神制定相应规定，同样对于政社分开、党政分开、政治体制的改革和机构改革起到了促进与推动作用，从而发挥社会团体应有的社会中介作用。1998年11月3日，民社函〔1998〕224号民政部关于对《中共中央办公厅、国务院办公厅关于党政机关领导干部不兼任社会团体领导职务的通知》有关问题的解释，对于党政机关领导干部兼任社会团体领导职务工作的情形进行更为细化的解释，如兼任社会团体领导职务的人员，不得领取社会团体的任何报酬；全国人大、全国政协专职常委兼任社会团体领导职务的，需要按照所述《通知》规定审批；2000年12月17日，民发〔2000〕263号《民政部、人事部关于全国性社会团体专职工作人员人事管理问题的通知》，对于民政部、人事部要对社会团体专职工作人员的人事管理工作进行指导、监督、检查，使社会团体的人事管理工作逐步走向法制化、规范化的轨道；对于全国性社会团体专职工作人员，其档案管理、档案工资、社会保险等人事管理工作参照国家对事业单位的有关规定执行，由人事部全国人才流动中心或人事部、民政部共同指定的有人事代理权的机构代理等，制定和完善了社会团体的人事管理政策，促进了社会团体的发展。
党和政府还对社会团体的经营活动、资金的使用、会费收取也制定了相应的政策法规，不仅加强了党和政府对社会团体从事经营活动的管理，而且还提高了社会团体专项基金的使用效益，促进了社会团体资金的良性运转，对加强社会团体专项基金的管理与运作起了重要的作用。同时，加强对社会团体法规、制度上的约束，以明确文件的形式公布于社会，这既是对社会团体自身的激励，又是社会进行监督的依据，并维护了社会主义市场经济秩序，更好地实现社会组织所应承担的社会责任。1995年7月10日，民社发〔1995〕14号《民政部、国家工商行政管理局关于社会团体开展经营活动有关问题的通知》要求，开展经营活动的社会团体必须具有社团法人资格，不具备法人资格的社会团体不得开展经营活动；社会团体开展经营活动，可以投资设立企业法人；社会团体设立的非法人经营机构，其所得的当年税后利润，应全部返还给所从属的社会团体；社会团体所办非公司企业的经济性质，根据投资来源依法核定。通过以上的规定，加强了对社会团体从事经营活动的管理。
1999年8月全国人大常委会颁布《公益事业捐赠法》，对捐赠和受赠行为进行了规范，并在第三条对公益事业的范围进行了界定：“本法所称公益事业是指非营利的下列事项：
（一）救助灾害、救济贫困、辅助残疾人等困难的社会群体和个人的活动；
（二）教育、科学、文化、卫生、体育事业；
（三）环境保护、社会公共设施建设；
（四）促进社会发展和进步的其他社会公共和福利事业”，并以此促进公益事业的发展。1999年9月17日，民发〔1999〕50号《社会团体设立专项基金管理机构暂行规定》，对社会团体的专项基金管理与使用及其专项基金管理机构的设立等进行了规定，对于专项基金的使用效益有所提高，加强了对社会团体专项基金的管理与运作。2003年7月30日，民发〔2003〕95号《民政部、财政部关于调整社会团体会费政策等有关问题的通知》，对于社会团体的会费收取、会费标准的制定和修改程序须经会员大会讨论，并须经到会会员半数以上表决方能生效，且对会费的支出等事项做出了规定，促进了社会团体的健康发展。2006年7月25日，民发〔2006〕123号《民政部、财政部关于进一步明确社会团体会费政策的通知》规定了社会团体制定或修改会费标准的程序等，确定了会员直接参与制定会费标准的有关办法，缓解了长期困扰社会团体的经费短缺问题，满足了不同社会团体的需要，健全了社会团体的民主管理机制，促进了社会团体的健康有序发展；2007年11月21日，民发〔2007〕167号《民政部、国家发展改革委、监察部、财政部、国家税务总局、国务院纠风办关于规范社会团体收费行为有关问题的通知》，对于社会团体的收费、会费标准的制定和修改程序、会费的性质、收取经营服务性收费的原则、开展各类业务活动的程序与支出、接受社会各界捐赠的原则、应当建立独立的财务制度、建立日常监督检查和定期抽查制度等方面进行了规定，规范了社会团体的收费行为。2007年9月12日，民函〔2007〕263号《民政部关于社会团体登记管理有关问题的通知》规定了社会团体章程的修订及核准、社会团体民主程序的监督、社会团体负责人备案制度、社会团体负责人任职资格和条件、社会团体法定代表人任职、社会团体会费标准的备案管理、登记管理机关对社会团体的年度检查，以此来建立健全社会团体法人治理结构和民主管理制度，提高社会团体的自律性和诚信度，改善服务，促进社会团体的健康发展。2008年8月29日，发改产业〔2008〕2351号《国家发展改革委、国务院纠风办、民政部、工商总局、中编办、人民银行、国资委、法制办、财政部关于印发规范行业协会、市场、中介组织服务和收费行为专项治理工作的实施意见的通知》，对于做好规范行业协会、市场中介组织服务和收费行为专项治理工作进行了规定。规定包括指导思想、基本原则和总体目标，规范了工作范围、工作主要任务及分工、实施步骤、工作要求（加强组织领导、明确责任分工、加强监督检查）等方面。
业务主管单位作为社会团体的管理主体之一，对社会团体的发展具有重要作用，党和政府因此制定了一系列关于社会团体业务主管单位的法规政策，它体现了党和政府对社会团体的重视，有利于促进业务主管单位的规范化、合法化和专业化，有利于明确业务主管单位的职责，加强业务主管单位的监督职能，对规范业务主管单位的活动具有重要的作用。2000年8月24日，民办函〔2000〕150号《民政部办公厅关于民主党派能否作为社会团体业务主管单位问题的复函》指出，鉴于上一个通知的授权并未授权民主党派作为全国性社会团体的业务主管单位，各地也不宜授权民主党派作为社会团体的业务主管单位，明确了各地民主党派不宜作为社会团体的业务主管单位。2000年2月23日，民发〔2000〕41号《民政部关于重新确认社会团体业务主管单位的通知》，对于社会团体业务主管单位的管理职责进行了详细的列举规定，如包括负责社会团体筹备申请、成立登记、变更登记、注销登记前的审查，负责社会团体的思想政治工作、党的建设、财务和人事管理、研讨活动、对外交往、接受境外捐赠资助等职责；同时也对社会团体业务主管单位的范围与应当具备的条件进行了明确的规定，并授权由中国社会科学院、中华全国总工会、中国共产主义青年团等组织为全国性社会团体的业务主管单位。地方县级以上的党委、各级人民政府可参照以上意见，根据当地实际情况，对符合第三项第三款条件的组织予以授权，这样就进一步完善了社会团体的双重管理体制，使社会团体更好地发挥积极作用。2002年8月12日，民函〔2002〕138号《关于授权中国红十字总会作为中国红十字基金会业务主管单位的通知》，经国务院批准，由民政部授权中国红十字总会作为中国红十字基金会的业务主管单位。2009年6月10日，民发〔2009〕78号《民政部关于国务院授权全国工商联作为全国性社会团体业务主管单位有关问题的通知》，国务院同意授权全国工商联作为全国性社会团体业务主管单位，并且应当按照规定的条件和程序履行登记手续，涉及相关行业主管部门职能的，应事先充分征求有关部门的意见；国务院授权全国工商联作为社会团体业务主管单位后，对于各地是否授权地方工商联作为社会团体业务主管单位，由各地地方人民政府决定。2009年11月13日，民发〔2009〕160号《民政部关于国务院授权中国红十字总会作为全国性社会团体业务主管单位有关问题的通知》，国务院同意授权中国红十字总会作为全国性社会团体业务主管单位，由其主管的社会团体名称应冠以“红十字”字样，业务范围涉及有关部门职能的，应在筹备成立登记时征求他们的意见，国务院授权中国红十字总会作为业务主管单位后，各地是否授权红十字总会作为社会团体业务主管单位，由地方人民政府决定，对于地方红十字会应履行登记手续，地方红十字会相应登记手续可予简化。