太宗简文皇帝咸安元年（公元371年）
大司马温恃其材略位望，阴蓄不臣之志，尝抚枕叹曰：“男子不能流芳百世，亦当遗臭万年！”
术士杜炅能知人贵贱，温问炅以禄位所至，炅曰：“明公勋格宇宙，位极人臣。”温不悦。温欲先立功河朔，以收时望，还受九锡。及枋头之败，威名顿挫。既克寿春，谓参军郗超曰：“足以雪枋头之耻乎？”超曰：“未也。”久之，超就温宿，中夜，谓温曰：“明公都无所虑乎？”温曰：“卿欲有言邪？”超曰：“明公当天下重任，今以六十之年，败于大举，不建不世之勋，不足以镇惬民望！”温曰：“然则奈何？”超曰：“明公不为伊、霍之举者，无以立大威权，镇压四海。”温素有心，深以为然，遂与之定议。
王猛率兵三万，后加兵至六万，春发秋收，攻取邺城，一举灭燕。
消息传到桓温这里，老桓肯定是羡慕嫉妒恨。羡慕的是苻坚对王猛的支持绝对够力，嫉妒的是这个没有良好卫生习惯的北方穷汉竟然奏此大功，恨的是朝廷上下苟且偷安，对自己北伐扯胳膊拉腿看笑话。
秦灭燕，北方东西合为一体，俨然当年晋灭吴之前的局势。桓温知道，要从苻坚、王猛手里夺回河、洛、幽、并更是做梦都不可能了。怎一个郁闷了得！
老桓有名言曰：“男子不能流芳百世，亦当遗臭万年！”如今流芳的大路堵上了，遗臭的洞口却开着，桓温出口受阻，于是眼光向内扩大内需。郗超揣摩透了桓温的心思，建议桓温学习伊尹、霍光好榜样，改选皇帝。
是年（371年）十一月，桓温回到了阔别多年的建康，给褚太后打报告，请求废掉皇帝司马奕，立丞相司马昱，而且把废立的文告都准备好了，就等太后签署。
褚太后平常没事在佛屋烧香，看来佛教已经成为一种时尚在上流社会流行。褚太后倚户看桓温的奏表，看了数行就说：“我就说嘛，桓温好不恙地回到建康，肯定是有大事。”女人敏感，搞政治的女人尤其敏感，做了太后的女人那就是最敏感。
褚太后异常冷静，命人取笔过来，在桓温的奏疏上加了这么几句话：“未亡人不幸罹此百忧，感念存没，心焉如割。”不说同意也不说不同意，只是表达对时世人生的无限伤感，这几句可与陈子昂的“前不见古人，后不见来者，念天地之悠悠，独怆然而涕下”媲美。
褚太后那意思是说：“你们这帮爷们儿真没劲！”但是桓温还是兴致勃勃地完成了他的改选计划。问题是皇帝“素谨无过”，怎么办？没有最狠的，只有更狠的，桓温的改选办就策划说，皇帝阳痿，他的三个儿子血统不纯。
司马奕是真阳痿还是被阳痿，已经无从考证了，因为阳痿离婚的不少，但因为阳痿从皇帝宝座上下来的却不多。“帝著白帢单衣，步下西堂，乘犊车出神虎门，群臣拜辞，莫不歔欷。”凤凰落架不如鸡，真龙下台不如虫，司马奕可怜兮兮的样子定格在群臣的记忆里，消失在建康这座阴气颇重的古都外。
被桓温推举上台的皇帝司马昱，其实一直以宗室王身份在朝廷打理朝政。元帝司马睿时代是“敦总征讨，导专机政”，眼下是“温总征讨，昱专机政”。司马昱主政也就是凡事迁就桓温，自己确实有不同意见，也绝不敢公开表达，如在北伐一事上只能是悄悄扯后腿。但是桓温在外，总以为这位王爷没有主张就等于是自己的内应，这么多年下来感觉还合作愉快，提拔一个软弱的王爷做皇帝符合桓温的利益，所以就把司马昱这个搭档推上去了。
当时有一个比较强悍的宗室王爷，就是武陵王司马晞，桓温很忌惮他。桓温和当年吴国的诸葛恪一样，在外面打了败仗，就在家里靠政治迫害立威，他杀了庾氏、殷氏诸族子弟，并上表固请诛杀司马晞，词甚酷切。
新皇帝司马昱人不坏，遭桓温这么死逼，实在没辙，也就实话实说：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏；如其大运去矣，请避贤路。”傀儡皇帝可以做，但是假我之手残害同宗的事情我不能做。司马昱亮出了自己的底线，桓温“流汗变色”。
司马昱比汉献帝有胆色一些，桓温和曹操一比，纯属色厉内荏。显然，桓温还不能像曹操、司马懿父子那样，在朝廷的力量对比中占到绝对优势，做不到生杀由我。
侍中谢安见温遥拜。温惊曰：“安石，卿何事乃尔？”安曰：“未有君拜于前，臣揖于后。”
谢安此言绵里藏针，属于一种“弱势”侦察，测试的结果是桓温不敢和谢氏翻脸。
清代王夫之在《读通鉴论》里对司马昱大加鞭挞：首先，司马昱作为丞相，在桓温外拒燕秦的时候，漠然不能相助，只知道忌惮和防范，但又不能树贤能以制桓温，树了一个殷浩也不管用；在桓温废帝时，司马昱又不能以丞相的担当保护皇帝；当桓温推举自己做皇帝的时候，司马昱不能坚持原则，“奉名义之正”。所以，桓温是国贼，司马昱也是国贼。
桓温和司马昱的关系，我看和晚清袁世凯与庆亲王奕劻（kuāng）的关系有些仿佛，属于互相利用、狼狈为奸（这个词不雅）。桓温借的是司马昱的宗室名分以为内援，司马昱借的是桓温的势力以为外援，这样可以分别巩固自己的地位。如果时代背景切换一下，袁世凯秉政也有可能扶持奕劻上台。
桓温切换了皇帝，任丞相、大司马，留亲信郗超任中书侍郎，做皇帝的值班秘书，自己仍然不留京城，还于姑孰（今安徽马鞍山的当涂），在自己的地盘和自己的部下待在一起比较踏实。
“温威振内外，帝虽处尊位，拱默而已，常惧废黜。”
这种日子过了一年，司马昱感觉命将休矣，急召桓温入辅，“一日一夜发四诏”。司马昱临死召唤桓温，一是他和桓温可能有这样的约定，这个江山从废司马奕起，就是桓温的了，只不过司马昱先名义上代理一段时间，现在我不行了，所以请桓温回来，下一步怎么办，你自己回来看着办吧；二是即使没有私下约定，司马昱内心也是这么认为的，所以请老桓回来，收回自己的东西。但是他也没有胆量或必要在死前把帝位禅让给桓温，所以含含糊糊地下了遗诏“大司马温依周公居摄故事”。接着又补充道：“少子可辅者辅之，如不可，君自取之。”
桓温本来希望司马昱干干脆脆把皇帝的位子主动禅让给自己，这样自己可以省很多麻烦，至于效仿周公、诸葛亮，他是没有心思的。但即使如此，司马昱“少子可辅者辅之，如不可，君自取之”的遗诏也没有顺利发下去。侍中王坦之截获这份遗诏，直接和司马昱戗上了，司马昱说：“这个破差事，谁想干谁干，你急什么？”王坦之说：“天下者，是老一辈无产阶级革命家司马懿、司马睿同志开创的天下，你怎么能随便送给别人呢？”司马昱和桓温即使有密约，在这种情形下，也不好公然转移国有资产，于是顺水推舟，让王坦之改了诏书：“家国事一禀大司马，如诸葛武侯、王丞相（王导）故事。”
经王坦之打过折的遗诏到桓温这里，老桓一定是气得一佛出世，二佛升天。
王坦之是太原王氏，弱冠即与郗超并称；当时还有一个王彪之，是琅邪王氏，包括谢安，他们暗中作梗破坏桓温的篡夺大业。