当时他的朋友刘歆就说，《周易》够难读了，你又来了一个《太玄》，谁能读懂它？我恐怕后人要拿它盖酱缸。孰料宋代司马光竟是知音，不但为之作注，而且自己也另创了套《潜虚》，也有一套符号和说明。东汉末年的魏伯阳，则另辟蹊径，著《周易参同契》，把易与养生、炼丹等道术联系起来，创建了以道教解易的系统，为气功、化学、数学等自然科学的发展找到了动力，也是今天“科学易”的端始。后来佛教也充分吸收《易经》精华，形成独特的以佛解易流派。华严和禅宗关系最为密切，而作为禅宗《五叶》之一的曹洞宗，又是禅易关系中的翘楚。其后承云岩昙晟（公元782－841），以《坎》、《离》二卦思路，提出“宝镜三昧”新法门，作四言偈颂数百句，其中：如离六爻，偏正回互，叠而为三，变尽成五。此四句最为关键，但奥义秘藏，难为其解，不知难倒了多少学者，而且引起一场长达几百年的争论，断断续续直到清代才告结束。《宝镜三昧》提出由个别的（事）上能够显现出全体（理）的境界来。说镜里的是影子，镜外的是形貌，如此形影相睹，汝（形）不是渠（影），渠正是汝。如此别开生面，形成禅易一大特色。当然，这一切易注、易传，大都不是阐发《易经》思想，而是借此来阐发他们自己的思想，而且“江山代有才人出，各领风骚数百年”。宋代大儒朱熹不满意这些人的行为，花了20年精力，作12卷《周易本义》，他要还清庐山真面目，依他所见，历代易学，就其解经说，其通病是空论较多，离经文本义甚远。不过，朱熹到底身为一代宗师，胸襟远阔，并不轻易否定一切，而是说只要他们能讲出一番道理来，“自是一说，自有用处”，亦不应置之不理。这就给泛舟放歌者，发放了通行证。然而他自己的一套学说，却出现了戏剧性变化，庆元二年（1196年），宋宁宗下诏禁止程朱理学，称其为伪学，不料百年之后，1313年元仁宗诏令科举教材，只用朱熹注本，元代的学者几乎都是学习朱、程之说而起家闻名的。由于朱熹、二程等人的极力倡导，以及陆九渊、杨简、张载、王阳明、来之德、王夫之等人的推波助澜，终于形成了中国历史上的第三次社会大思潮——宋明理学，在纵贯四个朝代，绵延八百年中，形成了中国人的独特思维模式。
理学根本精神是“内圣外王”之道，内圣就是修身养性，达到自我人格的完善；外王就是建立理想的社会，推行王道于天下。北宋程颐（1033－1107）、程颢（1032－1085）兄弟二人，驱除汉代以来的象数方法，把爻辞变得很容易理解，创造了理学家的《易》。程颐说：“易是个甚？易又不只是这一部书，是易之道也。不要将易又是一个事，即事尽天理，便是易也。”（《程氏遗书？卷二》）他对自己的学生，甚至规定只需看三家易学即可，“若欲治易，先寻绎令熟，只看王弼、胡先生、王介甫三家文字令贯通，余人易说，无取枉费劲。”
（《程氏文集？金堂谢君书》）
这三家对象数扫除略尽，很合程颐味口，汉魏王弼首开义理先河，宋初胡瑗作《周易口义》推阐义理，又有师承关系；王安石著《易解》也属宋易中的义理学派，又是当朝权倾一时的人物。
程颐通过《易经》，提倡修身和改造，允许读者逐步进行，以符合官方标准。他独立地改造了《易经》，让它成为一本道德的百科全书。《易传》是他唯一的著作，在死前10年中，他因反复修改这本书，而无暇再写其它著作，但仍然不能满意，临终前他说“只说得七分，后人更须自体究。”（《程氏外书？卷十一》）其实他的《易传》的理学思想内核，仍然是从《易经》本身汲取的养料，我们回头看看《易经》，便能发现先圣们对这一问题极为重视，“立德”从来就是最高目标，其次才是“立言”，再次才是“立业”。《易经》六十四卦中，有二十九卦是谈君子的道德修养问题：
乾：天行健，君子以自强不息。
坤：地势坤，君子以厚德载物。
蒙：山下出泉，蒙，君子以果行育德。
小畜：风行天上，小畜，君子以懿文德。
大有：火在上天，大有，君子以遏恶扬善，顺天休命。
蛊：山下有风，蛊，君子以振民育德。
临：泽上有地，临，君子以教思无穷，容保民无疆。
大畜：天在山中，大畜，君子以多识前言往行，以畜其德。
大过：泽灭木，大过，君子以独立不惧，遁世无闷。
坎：水繻至，习坎，君子以常德行习教事。
遁：天下有山，遁，君子以远小人，不恶而严。
大壮：雷在天上，大壮，君子以非礼勿履。
晋：明出地上，晋，君子以自昭明德。
蹇：山上有水，蹇，君子以反身修德。
益：风雷益，君子以见善则迁，有过则改。
升：地中升木，升，君子以顺德，积小以高大。
震：繻雷震，君子以恐惧修省。
艮：兼山艮，君子以思不出其位。
渐：山上有木，渐，君子以居贤德善俗。
节：泽上有木，节，君子以制数度，议德行。
小过：山上有雷，小过，君子以行为过乎恭，丧过乎哀，用过乎俭。
《易经》对君子的道德修养的最高要求是“仁、义、礼、智”四德。孔子：“德之不修，学之不讲，闻义不能徒，不善不能改，是君忧也。”（《论语？述而》）宋明理学可称枝繁叶茂，大家迭出，值得一提的是宋杨简（1141－1226）创立的心学解易派。他是著名心学家陆九渊的高足。陆九渊著名的论点便是“万物森然于方寸之间。”（《陆九渊集？卷三十四》）杨简将人类主体（心）设定为易道——“人心即易道也。”正是要从《易？大传》“感而遂通”以来的原始、简单的卦爻生存状态，进入到主体性的人文高度：人类心智对现实世界的反作用。孟子曾说“万物皆备于我”，杨简当然是远承孟子心性论余绪，将世界理解为一个心的天地。他认为“心”是在易学符号及其占筮实践中不断展开的。六十四卦、三百八十四爻，错综互动，构成一幅包容自然界、人类社会及其思维的全象图景。而根据“理一不分殊”的原理，表象差异的各卦爻在本质上，又是同质同构、同根同源的。它们都是“心”的各种具体展开形式。它们都由“心”演绎而来，因而最终又都必然回归于“心”。这样杨简可以，而且必须不放过每一具体卦爻来阐明教化，厘叙人伦，使人心向善。杨简的易学思想主要集 中在二十卷解易著作《杨氏易传》和一卷提纲性的通论《己易》之中，这也是整个中国古代心学解易派的代表作。如果用一句话概括宋明理学“内圣”的实质，那就是“存天理，灭人欲”！朱熹说：“圣贤千言万语，只教人明天理，灭人欲。”（《朱子语类？卷十二》）另一大儒王守仁也说：“将好色、好货、好名等私欲逐一追究，搜寻出来，定要拨出病根，永不复起，方始为快。”
（《传习录》）
理学家们认为继承尧、舜、禹、汤传下的道统，要立四句话为标准：
人心惟危(人心危险)，
道心惟微（道心精微），
惟精惟一（精研专一），
允执厥中（诚实中庸）。
（《尚书？大禹谟》）
道心即天理，它是精微纯正的；人心就是人欲，它是危险有害的，要改变社会不良风气，当然应该“存天理，灭人欲”！天理、人欲是人性的两极，如果以磁体比喻，Ｎ极与Ｓ极相互排斥又不可分割；同样，自然性和社会性，在人体整体中也是无法剥离的，只有让两者和谐才能体现真正的人。然而，理学家们想以道德规范引导人们实现理想的自由人格，结果走向极端，成为对人性的扭曲，从而异化为残酷的现实。我们看看八百年前程颐与人的一段对话，便可知其端倪：问：或有孤孀，贫穷无托者，可再嫁否？曰：只是后世怕寒饿死，故有是说。然饿死事极小，失节事极大。（《二程遗书》）理学家们在塑造民族气节与风骨的同时，也禁锢了人心的灵动与创造。他们熟悉的一套，无非是亲君子、远小人，慎守吏、求贤才、修平治齐、安民靖边、经庭讲学、抑商重农，因为这一切都可以在《六经》及程朱语录中找到依据。这使人不禁想起欧洲的宗教改革家加尔文，1536年他夺取了日内瓦的最高权力后，决定把这座美丽的城市改造成尘世上第一个没有污染、腐化、堕落、罪恶的公社。他自认为是救世主，并深信只有他一个人掌握了真理，他的职责是教育，而其他人的职责则是学习。加尔文手下的宗教警察有权“访问”任何一个家庭，他们检查妇女的裙子是否过短，发式是否过高，并查看主妇手指上戴有几个戒指，并到卧室翻看柜里有几双鞋，进厨房里去看吃饭时是否超过了规定的一菜一汤，以及是否藏有糖果。这些虔诚的警察还仔细翻阅书柜里是否有未经宗教法庭许可出版的书，而向国外写信是被禁止的。仆人们要交待主人的行为，孩子们也必须陈述父母的所作所为。看来“存天理，灭人欲”，并非孤立的现象，而是思想家们在追求一种理想境界时，出现的一种异化，因为狂热的行为将真理推向了谬误！令人遗憾的是由于历史的局限性，每当出现这类狂热的天才时，就不再同时产生能与之抗衡的对手，所以这永远是一个“留待后人纠正”的错误。
中国人的“最高真理”，起初是孔孟之道，这是一切行为的准则。古人不是标榜过半部论语治天下吗？！现在理学就是最好的规范模式，义理才是根本，象数只能归于“机巧”属于“末”的价值范畴。清代同治年间，大学士倭仁上了一份奏疏，反对在北京开设同文馆：②立国立道，尚礼义不尚权谋。根本之图，在人心不在技艺。今求一技之末，而又奉夷人为师。无论夷人诡谲，未必传其精巧，即使教者诚教，所成就者，不过术数之士。古今未闻有恃术数而起衰振弱者。（王之春《国朝柔远记》）这种认知思维是如此的根深蒂固，几乎和正统士大夫的生存本能一样难以分离。当列强用炮舰撞击国门之时，那些士子心目中仍然是：十六字心传，五百年道统，及纲常名教、忠孝节廉、尊中国、攘夷狄，与夫尧、舜、禹、汤、文、武、周、孔之道脉，填胸溢臆，摇笔即来，且嚣嚣然曰：圣人之道，不外乎是。（《唐才常集？时文 流毒中国论》）一种僵化模式深深锁住了士大夫们的心扉，偏偏他们又是中国最优秀的一个阶层。在他们眼时，理学就是“绝对真理”。屈原上下求索的精神早已磨损殆尽！而此刻，英国开始了工业革命！北邻俄国正不遗余力地向欧洲发达国家学习，彼得大帝甚至连服装也要求欧化，去掉东方式的长袍，代之德国式的短衣、长袜。东邻日本也开始了明治维新运动。而中国却正昏昏入睡！只有一个人在痛苦地号哭，在这个朝无才相，校无才士，甚至连才偷和才盗都没有的衰落时代，他早晚号哭以求天下大治，求治不得，他就早晚号哭以求天下大乱！他就是龚自珍。
后来的文化大革命——一场触及人们灵魂深处的大革命，要求的不正是“存天理，灭人欲”吗？“斗私批修”、“三忠于”、“四无限”、“破四旧立四新”、“放之四海而皆准”、“横扫一切牛鬼蛇神”、“打倒走资派”、“上山下乡”、“五七道路”等等，都可以在宋明理学中找到其思想原生态。这些以改造世界观为目的的政治运动，正是“存天理，灭人欲”的翻版。恰恰是人们对过头“真理”的极度厌恶，致使民族虚无主义思潮和殖民文化得以乘虚而入，塑造着我们的下一代，这更是令人担忧！
宋明理学执其一端，唯我独尊，封杀一切，以至物极必反，使清代易学又回到了象数和义理并驾齐驱的轨道上，但却未能渗透融合。其桐城方氏易学学派，发端了今天“科学易”的早期形态。而王夫之（1619－1692）以他的易学体系，“其明有、尊生、主动等大义，是为近代思想开一路向。”（熊十力《谈经示要》）清代所编《四库全书总目提要》，对几千年来的易学源流，作了一个总结性的说明：汉儒言象数，去古未远也，一变而为京焦（汉代京房？焦延寿），入于祥；再变而为陈邵(宋代陈抟？邵雍)，务穷造化，《易》遂不切于民用。王弼尽黜象数，说以老庄，一变而胡瑗程子，始阐明儒理；再变而李光杨万里，又参证史事，《易》遂日启其论端。此两派六宗，已互相攻驳。又易道广大，无所不包，旁及天文地理、乐律兵法、韵学算术，以逮方外炉火，皆可援《易》以为说，而好异者又援以入《易》，故《易》说愈繁。纵观一部中国历史，先秦子学、两汉经学、魏晋玄学、隋唐佛学、宋明理学、清代朴学等，其内蕴莫不贯穿《易经》精神，这就是易文化传统，是在一系列否定中积淀下来的肯定。
注释：
①左传》昭公二年，韩宣子聘鲁而见《易象》，叹曰：“周礼尽在鲁矣”。
②《庄子？天下》说了一个故事：“子贡游楚，见丈人灌园，凿隧而入，抱瓮汲水而灌，用力多见功少。子贡哂笑之，荐以桔槔。曰：‘凿木如机，后重前轻。提水如抽，速如溢泉。’丈人斥曰：‘去！有机事必有机心。吾非不知也，羞而不为也！’”可见中国士大夫的守旧心态，由来已久。