北宋开宝八年（975），北宋军队围攻金陵（今南京），南唐后主李煜急命镇南军节度使朱令赟救援。朱令赟立即在南昌组织十万军队，在湖口与宋军激战，朱令赟战败而死。开宝九年（976），隶属于南唐的江州（九江）被宋军攻克，全城数万人被屠杀，城乡遭到严重的破坏。
北宋军占领江西后，为了巩固统治，于太平兴国三年（978）将原星子镇升级为星子县，又在星子县的基础上，以星子、建昌（今永修）、都昌升建南康军，治所设在星子县。
书院，一般是民间开设的教育设施。在发展过程中，一些书院被当地政府改为官办。私办书院经费由私人筹集，官办书院则由政府出资。另有一些官办民资。朝廷重视书院教育，江西各州、军、县都纷纷办起了书院。根据光绪《江西通志》记载，江西境内大约有136所书院，其中以江州德安县的东佳书堂和庐山的白鹿洞书院最为著名。
白鹿洞书院于太平兴国二年（977）兴办，它的划时代意义是由庐山国学改为白鹿洞书院，即由书堂改为书院。当时的江州知州周述将白鹿洞书院办学的情况向宋朝廷做了报告，并要求朝廷驿送国子监刻印的儒家经典《九经》也就是五代南唐冯运等人主持刻印的《九经》（《诗》《书》《易》《礼记》《仪礼》《周礼》《左传》《公羊传》《谷梁传》）等送给白鹿洞书院。宋太宗赵光义批准，由驿站转送《九经》至白鹿洞书院。由于得到了朝廷御赐的《九经》，白鹿洞书院名声大震，前来读书的人急增，当时有生徒数十人至百人不等。王应麟的《玉海》认为宋初白鹿洞书院“有生徒数千百人”，这个数字有些过大，因为仅有十余间砖瓦房的白鹿洞书院不可能挤进那么多的人读书。
太平兴国三年（978），宋朝廷任命明起为白鹿洞书院洞主。当时，北宋朝廷刚刚建立，各地的社会生活和生产活动逐步走上正轨。在这种情况下，明起为洞主的白鹿洞书院继续办学。维持书院的经济生活尚有南唐时留下的数十顷田产。五年六月，明起将南唐留下的田产献给了朝廷。明起这一举动得到了朝廷的肯定，即授给明起蔡州褒信县主簿的官阶。其实，明起所得褒信县主簿只是一个寄禄官阶，并非差遗（实际职务）。北宋前期，用一些官称当作寄禄官阶的某个资级，获得这种待遇的人并不担任与这些官名相应的职务。明起被授褒信县主簿官阶后，并没有去褒信县，而是继续留在白鹿洞担任洞主。但与以前不同的是，他从此进入仕途，成为一名官员，尽管官阶不高，但每月可以领取六贯铜钱、米或麦三石至两石。此后，书院勉强继续办学。
咸平四年（1001），宋真宗赵恒下令全国各地学校、书院用国子监印本经书并修缮孔子庙堂。次年，白鹿洞书院又得到修缮，重塑孔子及其弟子的像。这时候的白鹿洞书院教学、管理情况不详。大中祥符年间（1008—1016），宋朝直史馆新淦人孙冕请求朝廷把白鹿洞书院作为他晚年养老的地方。宋真宗同意了他的请求。天圣初年（1023），在知苏州任上，孙冕主动辞职退休，准备归隐庐山。可惜，还未到白鹿洞书院，他就在路上去世了。他的家人只好将他安葬在白鹿洞书院附近的山坡上。但由于年久，孙冕安葬的具体地址不明。这位年长的学者安眠在白鹿洞翠绿的山冈上，与千年松树共存，与莺歌燕舞同欢。
宋仁宗皇祐四年（1053），孙冕的儿子孙琛任礼部郎中，为了却父亲孙冕的心愿，他在白鹿洞书院建房屋十间，以供养前来读书的生徒居住和讲学之用，同时命名书院为“白鹿洞书堂”。南康知军郭祥正写《白鹿洞书堂记》，刻石记之。
北宋末年，白鹿洞书院因兵乱而遭大火，屋舍被毁，满院瓦砾残砖，好心人把《白鹿洞书堂记》石碑搬迁到星子县城的天庆观存放。后来天庆观又因火灾被焚毁，《白鹿洞书堂记》石碑不知落到哪去了。北宋时期，白鹿洞书院三起三落。