运河自隋朝修通以来，一直是历代南北交通的大动脉。
在建都北京的元、明、清三代，运河更是南粮北调和朝官南巡的通道。南粮北调，称之为“漕务”，被清朝各代帝王视为“政务之要”。道光帝爱新觉罗旻宁于五年（1825）面谕军机大臣时，强调：“漕粮为王庾正供，所关非细。”故始终由官船官运，并特设漕运总督董其事。每年，运河粮船如织，最多时达一万多艘，船工达十万多人，他们把约四百万斤粮食运抵天津和通州。
然而，积久弊生，漕运亦复如此。第一，成本过大。
“军船行数千里之运河，过浅过闸有费，督运催攒有费，淮安通坝验米又有费”。旗丁长途运输，更需大批力资，仅江苏的苏、松、常、镇、太仓四府一州，“每岁例给旗丁之运费，则为银三十六万九千九百两，为米四十一万一千八百九十三石，计米折价，直银九十三万六千七百五十九两”，两项总计，“为银百二十万五千七百五十八两”。这还只是出自国库的钱，至于“下之所以津贴帮船者，殆不啻再倍之”，以致一石米需运费好几两银子。第二，自长吏到下吏，都以漕运为利薮，贪污受贿，中饱私囊。魏源感慨地说：“良莠强弱之不平，吏治何由而清？民气何由而靖？”第三，运河逐渐淤塞，遇旱季常梗阻，遇洪水则常溃决，困难重重。例如，“道光四年冬，淮决高堰，竭运河”；“五年夏，江苏河、淮交病，漕运中阻”。当时，漕粮于“清口过船，多夫牵挽，至今起剥，尚有滞漕二百万石，船运车挽，日需数万人，竣事尚须数月以后，堤堰挑挖各工，用力尚无底止……以细民力作于寒暑风雨之中，疾疫不时，耕种或辍，未得稍休，所以劳民者至矣”！
因此，朝廷内外，议论纷纷。大学士、户部尚书英和于道光五年五月呈《筹漕运变通全局疏》，回溯了历朝海运的史实，然后说：“由臣今日论之，窃谓全漕悉由海运则不可，而商船未尝不可分载也。”道光帝是时也认为：“江苏之苏、松、常、镇，浙江之杭、嘉、湖等府属，滨临大海，商船装载货物，驶至北洋，在山东、直隶、奉天各口岸卸运售卖，一岁中乘风开放，每每往来数次，似海运尚非必不可行。”于是道光帝接英和奏折后于五月二十二日下令各督、抚“各抒所见，据实奏闻，不可徒以空言塞责”。陶澍接到上谕后，立即上折称：“臣细阅英和条议，诚识时之要着，目前筹运之策，无逾于此，自属可行……其章程一切，则折内所举照斛兑交、官给运脚及委派大员赴津兑收各条，均极周密。”陶澍在同一折中又提出了“海、河并运”的做法，因为他认为，“专办海运，则恐商船之不足；专办河运，又恐清水之难持”。因此，他拟于海运时，“广招商船，分作两次装载，计可运米百五六十万石”。六月二十五日，道光帝批准了他的奏折。
中国的海岸线很长，内海运输的历史悠久。“《禹贡》载，扬州贡赋，沿海达淮；冀州，夹右碣石入海：即海运之始。”元代，海运最久。至元十九年（1282），初次运米北上，仅运四万三千石，第二年始达直沽。后来逐年增加，每年运米达三四十万石。明代初，河、海并运。永乐十年（1412），会通河凿通以后，又改由河运，但还是每三年海运一次。清初实行海禁，海运被迫停止。康熙二十三年（1684）海禁大开，于是沿海运输开始复苏和发展。清代的海运航线有两条：一条为上海至天津，远的抵达辽东半岛，称为北洋航线；另一条是浙江至广东沿岸，称南洋航线。两条航线上，开禁以后，均来往船只如织，“万商辐辏之盛，亘古未有”。魏源写道，这些船只“南北遄行，四时获利，百馀载来，共沐清晏承平之泽”。海船“畏浅不畏深，畏礁不畏风”，但由于航行既久，“凡驾驶之技，趋向之方，靡不渐推渐准，愈久愈精”，北洋航线，在“春夏之时，东南风多，行走尤为顺利”。海上运输业的发展，体现着清代中叶国力的强大。
雍正年间，福建漳浦人、广州府知府蓝鼎元曾上《漕粮兼资海运疏》，建议河、海并运。谓“今之海道已为坦途”，“舟航安稳，与内河如出一辙”，“臣以为海运之法，在今日确乎可行，请先拨苏、松漕粮十万石试之”。“若试之而果可行，请将江南、浙江沿海漕粮改归海运”，“而回空之船亦可载北货以资江、浙，上下海关俱可多征税课”。当时，已设有天津水师，蓝鼎元说：“若再行海运，设海督，联合山东、江、浙为京东一大水师，内可以廓清洋盗，外可以镇压诸彝，上可以飞挽漕粮，下可以流通百货。”这真是一篇眼光远大、设计周详的极好文章！可惜当年没有引起重视，嘉庆帝曾有“海运非必不可行之事，然而万不得已而后行之”的话，最后还是没有实行。
海运的话题，自英和重新提出、道光帝允准以后，两江总督琦善、江苏巡抚陶澍、江苏布政使贺长龄便在上海设立海运总局，以川沙厅同知李景峄、苏州府督粮同知俞德渊管理此事。海运于道光五年进入实施阶段。
此次改河运为海运，不仅仅是改变运输漕粮的航道而已，其中的一个重大举措，是改官运为商运，改官船为商船，以漕费为运费，即充分利用民间商业资本的力量来办理这件“政务之要”的漕运大事。
当时，“上海沙船有三千馀号，大船可载三千石，小船可载千五百石，多系通州、海门土着富民所造，立有会馆，保载牙行，运货往来，并不押载，从无欺骗。关东一岁数至，沙线风信，是所熟悉”。钱咏记载道：“道光初年，上海及乍浦各口，有善走关东、山东海船五千多艘。”齐彦槐写道：“沙船聚于上海，约三千五六百号……船主皆崇明、通州、海门、南汇、宝山、上海土着之富民，每造一船，需银七八千两，其多者至一主有船四五十号，故名曰船商。自康熙二十四年开海禁，关东豆、麦，每年至上海者千馀万石，而布、茶各南货至山东、直隶、关东者，亦由沙船载而北行。”谢占壬说：“数十年前，江、浙海船赴奉天贸易，岁止两次，近则一年行运四回。”这些商船对南北货物的交流，起过重大的作用。且它是一种平底船，吃水浅，较易适应风大浪高的情况。因而它自然也是漕粮北运的较好的运输工具。
其时，江苏崇明县人、候选知县施彦士作《海运议》，认为“以今日而筹海运，其至便有四”：江浙船户“往来天津，熟习有素，皆踏勘之人，即皆历试之人，无庸另募屡试，其便一”；沙船“坚致牢实，百无一失，无庸另选，其便二”；“漕运多置儹督官员，今择船户殷良者督之，无庸另委，反多掣肘，其便三”；沙船的雇价，每石二两六钱，“即以造船银及旗丁行粮给之，已省其大半，无庸另筹帑藏，其便四”。魏源后来总结利用船商的沙船运粮，也说有四大好处：船商和水手熟悉航道，故“道不待访也”；船商拥有大批船只，如王文源、王文瑞有船一百馀艘，郁润桂有船七十馀艘，故“船不待造也”；这些船商雇有大批水手等，如郁润桂有雇工两千多人，故“丁不别募也”；海运时，可以将河运时旗丁的各项开支移为雇商船的租金，故“费不别筹也”。
江苏漕粮海运，筹议于道光五年（1825），次年实施。
其时，陶澍、贺长龄亲赴上海，“筹商船，访道路，定价值”，并且“重申约束，号令严明”。自正月起，海船云集崇明岛十滧，旌旗飙动，人群欢呼，吉日分两批北运漕粮，均兼旬即至天津，“总计苏州、松江、常州、镇江、太仓等四府一州额征……通计装载正耗各米一千六百三十三万馀石，前后用沙船及浙江蛋船、三不像船共一千五百六十二只，截至六月初五日止，扫数斛交完峻”。朝廷命尚书穆彰阿前往检验，“米色率莹洁，过河运数倍”，“先后共用银百馀万两，不请一帑，而漕项银米自解京应用，及调补旗丁外，尚节省银米各十馀万”。
这次海运取得成功，主要原因是借用了船商。魏源有个重要论断：“官告竭，非商不为功也！”政府给予了船商三大优惠政策：一是优给运费，二是允准运粮船夹带其他货物，三是免除关税。因此，船商踊跃参与，“运漕而北，载豆而南，两次得价，且由部发帑收买海船耗米十馀万石。其出力之商，优给顶戴，皆踊跃过望”。这种适当照顾商人利益的政策，实质上是将封建主义的垄断运作逐渐改变为利用经济手段。
魏源后来总结道，海运“优于河运者有四利：利国、利民、利官、利商。”他突破传统思想的束缚，明确地把“利商”与“利国、利民”并列，体现着新的资本主义新因素在封建经济体内的躁动。所谓“利国、利民”者，他指的是，“河运有剥浅费、过闸费、过准费、屯官费、催儹费”等等，朝廷为此每年要出百馀万漕项，百姓每年要出百馀万帮费。
实行海运后，“实用实销，三省其二”，“运米百六十馀万（石），而费只四十万金”，“较之河运帮费每石几一两有馀者，已大有省便，州县亦尚有赢馀”。故魏源感叹道：“三代有贡道无漕运，汉唐有漕运无海运，元明海运矣，而有官运无商运。其以海代河，商代官，必待我道光五年乘天时人事至顺而行之！”
魏源又作《君不见》一首，记述南漕之弊，与实行海运后官、民、商的喜悦心境。诗曰：
君不见南漕岁岁三百万，漕费倍之至无算。
银价岁高费增半，民除抗租抗赋无饱啖。
吏虽横征犹啜羹，丁虽横索橐不盈，惟肥仓胥与闸兵。衣垢必浣弦必彻，天运有旋道有捷，何必内河受要挟！
英公海运陶公节，万艘溟渤如搴涉，官民歌舞海商悦，只少未饱仓胥箧。海运不举海防多，水犀楼船方荷戈，小东大东当若何！
可惜，这种“因商道为运道，因商舟为运舟，因商估为运丁，因漕费为海运费”，“国便、民便、商便、官便、河便、漕便”的海运漕粮的方法，陶澍的后任督、抚没有坚持下来，没有成为国家的定制。
这里的原因也许很多，其中原因之一，是各种阻力太大，“南漕北仓，交口阻挠”。魏源从经济利益的角度指出：阻力来自三种人，“海关税侩也，天津仓胥也，屯弁运丁也”。因为漕粮免税，海关无利可图，再不能“以贷税为庄佃”；因为有钦差大臣会同直隶总督、仓场侍郎共管天津的收兑事宜，天津仓胥难于跟过去一样，“以运丁为奇货”，在收仓的数量和质量上做手脚，难于谋私利；因为减少河运，则河运中的屯丁、水手有失业或减少收入的危险。除上述三种外，最大的阻力还是来自靠河运的积弊而捞取私利的层层官蠹。魏源据此感慨地说：“不难于祛百载之积患，而难于祛人心之积利！反是正之，百废可举也。”在江苏漕粮实行海运的全过程中，魏源和他的父亲魏邦鲁都积极参与。魏邦鲁还因此受到朝廷的奖励。魏源参加编辑了《江苏海运全案》，收在这本书里的贺长龄的《序》、陈銮的《跋》及李景峄的《道光丙戌海运记》，都是魏源代笔。
魏源于道光五年为时任江苏布政使的贺长龄代作复两江总督魏元煜垂询海运的信，又于道光五年夏作《筹漕篇上》，于道光七年夏“减坝既筑，御坝仍不启，黄高于清，漕舟复舣，天子命相臣行河，群难复起”的时候，作《筹漕篇下》，全面阐述自己对漕运的意见。还为陶澍作复两江总督蒋攸铦的信，再次申言：“舍海运，别无事半功倍之术。”希望蒋攸铦“上达圣聪，仰邀俞允”。直到道光二十六年（1846），魏源作为幕僚，仍在向江苏巡抚陆建瀛面陈：“江苏漕弊，非海运不能除，京仓缺额，非海运不能补，请将苏、松、常、镇、太仓、江宁五府一州之漕，酌行海运”，并且另呈一信，详细述说。以上事实表明，魏源对改河运为海运非常执着。